●SARS-CoV-2由来タンパク質構造関連情報　→ 新型コロナウイルスの構造情報 - PDBj ｜ COVID-19 protein structures in the PDB - PDBsum ｜ 新型コロナウイルスのPDB公開構造一覧 - crisp_bio

◆主要プロテアーゼ
• 今月の分子 242: コロナウイルスプロテアーゼ（Coronavirus Proteases）（PDBj，2020/02） ｜ Molecule of the Month（PDB）　※2020/02/05公開データ6lu7を下掲，パパイン様プロテアーゼにも言及
  • COVID-19/SARS-CoV-2 Resources（RCSB PDB，2020/03/28）
  • New Coronavirus Protease Structure Available（RCSB PDB，2020/02/04）
  • COVID-19 Coronavirus Resources（RCSB PDB，2020/02/06）　※PDB 6lu7*，6vsb*，6lxt，6lvn，6vw1*，6vww*，6y2e・6y2f*・6y2g（*は本トピックに掲載）
  • Evaluation of the Binding Affinity of Anti-Viral Drugs against Main Protease of SARS-CoV-2 through a Molecular Docking Study（Bentham Science，2020/12/07）　※“Methods: AutoDock Vina in PyRx platform was used for docking analysis against the main viral protease (Mpro) (PDB ID 6LU7), and Computed Atlas of Surface Topography of proteins (CASTp 3.0) was applied for detecting and characterizing cavities, pockets, and channels of this protein structure.”
    • Evaluation of the Binding Affinity of Anti-Viral Drugs against Main Protease of SARS-CoV-2 through a Molecular Docking Study（Docwire News，2020/12/09）
  • Identification of key interactions between SARS-CoV-2 main protease and inhibitor drug candidates（Scientific Reports，2020/07/27）　※引用PDBデータ6lu7・6y2g
• X-ray Structure of Main Protease of the Novel Coronavirus SARS-CoV-2 Enables Design of α-Ketoamide Inhibitors（bioRxivプレプリント，2020/02/20）　※“PDB under accession codes 6Y2E (unliganded Mpro), 6Y2F (complex with 13b in space group C2), and 6Y2G (complex with 13b in space group P212121)”から6y2fを下掲（2020/03/04公開）
• RCSB PDB 2020/03/11新規公開データより：5r7y PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of COVID-19 main protease in complex with Z45617795　※他に5r7z〜5r84公開
• RCSB PDB 2020/03/11新規公開データより：6y84 COVID-19 main protease with unliganded active site (2019-nCoV, coronavirus disease 2019, SARS-CoV-2)
• 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）メインプロテアーゼの分子動力学シミュレーションデータを公開（理研，2020/03/23）　※現在以下には未掲載
• RCSB PDB 2020/03/25新規公開データより：5re4 PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Z1129283193　※他に5re5〜5rep・5rer〜5rg0および2020/04/15公開5rg1〜5rg3・5rgg〜5rgs（論文未出，以下には構造未掲載）
• RCSB PDB 2020/03/25新規公開データより：6yb7 SARS-CoV-2 main protease with unliganded active site (2019-nCoV, coronavirus disease 2019, COVID-19)　※論文未出，以下には構造未掲載
• Structure of M^pro from COVID-19 virus and discovery of its inhibitors（Nature，2020/04/09）　※2020/04/22公開データ7bqy，以下にはPDBsumデータのみ
  • 構造生物学：SARS-CoV-2のプロテアーゼの構造（Nature ハイライト，2020/06/12）
  • [2020-05-01改訂] 新型コロナウイルスのメインプロテアーゼの構造を解析し、治験薬からその阻害剤を発見（crisp_bio，2020/05/01）
• Structure-based design of antiviral drug candidates targeting the SARS-CoV-2 main protease（Science，2020/04/22）　※“There is currently an international effort to join forces to design better inhibitors of SARS-CoV-2 M^pro as described in the following website: https://covid.postera.ai/covid.”；2020/04/29公開データ6lze（下掲）・6m0k
  • 新型コロナウイルス: メインプロテアーゼの構造から設計した阻害剤の活性と安全性をラットとビーグル犬で実証（crisp_bio，2020/06/20）
• Structural basis for the inhibition of COVID-19 virus main protease by carmofur, an antineoplastic drug（bioRxivプレプリント，2020/04/09）　※2020/04/29公開データ7buy，以下には未掲載
• RCSB PDB 2020/05/13新規公開データより：7brp Crystal structure of the 2019-nCoV main protease complexed with Boceprevir　※論文未出，以下にはPDBsumデータのみ
• RCSB PDB 2020/05/27新規公開データより：5rh2 PanDDA analysis group deposition SARS-CoV-2 main protease fragment screen -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Z1129289650 (Mpro-x2646)　※論文未出，以下にはPDBsumデータのみ（他に5rgt〜5rgz・5rh0・5rh1・5rh3〜5rha公開）
• Structural plasticity of SARS-CoV-2 3CL M^pro active site cavity revealed by room temperature X-ray crystallography（Nature Communications，2020/06/24）　※2020/05/06公開データ6wqf，他に同じ研究グループによる構造として6xch・6xb0・6xb1・6xb2（以上2020/06/17公開；6xb1のみ以下にPDBsumデータ）・6xhu（2020/07/01公開）
  • Protein Structure at the "Heart" of SARS-CoV-2 Sized Up With X-rays（Technology Networks，2020/06/26）
  • X-rays size up coronavirus protein structure at room temperature（THE WEEK，2020/06/30）
• RCSB PDB 2020/07/29新規公開データより：7c7p Crystal structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with Telaprevir　※論文未出，以下にはPDBsumデータのみ（2件）
• Discovery of Chlorofluoroacetamide-Based Covalent Inhibitors for Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 3CL Protease（Journal of Medicinal Chemistry，2022/10/13）　※2022/11/09公開データ7xar（下掲）
  • 新型コロナウィルスの増殖を抑えるコバレントドラッグを開発　-COVID-19 の新たな治療薬として期待-（九州大学，2022/10/14）　※“新型コロナウィルスの増殖を抑制するコバレントドラッグ(※1)YH-6 の開発に成功”。
  ◆スパイク糖タンパク質（サブユニットS1・S2）
• 今月の分子 264: SARSコロナウイルス2型スパイク変異体（SARS-CoV-2 Spike Variants）（PDBj，2021/12） ｜ Molecule of the Month（PDB）　※PDBデータ7kj2（変異なし）・7lwv（α変異）・7lyo（β変異）・7v7q（δ変異）・7v7e（κ変異）・6vyb（変異なし，下掲）
• 今月の分子 246: SARSコロナウイルス2 スパイク（SARS-CoV-2 Spike）（PDBj，2020/06） ｜ Molecule of the Month（PDB）　※PDBデータ6crz・6vxx・6m17・6vsb（何れも下掲）ほか
  • [20210120更新] [解説] 新型コロナウイルスのスパイク (S)タンパク質とは?（crisp_bio，2021/01/20）　※動画3件紹介など。
  • Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation（Science，2020/03/13）
• 今月の分子 256: SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体（SARS-CoV-2 Spike and Antibodies）（PDBj，2021/04） ｜ Molecule of the Month（PDB）　※PDBデータ7k8t・7k43・6zdh・7c2l・7l06・6zxn・7kkl・7cwu・7cwn
• SARS-CoV-2 can recruit a haem metabolite to evade antibody immunity（Science Advances，2021/04/22）　※2021/04/28公開PDBデータ7b62・7nt9・7nta（下掲）・7ntc（他に6zge・6apc・6phb引用）。
• Vaccines that can protect against many coronaviruses could prevent another pandemic（Science，2021/04/15）　※PDBデータ6vxx引用
• Reduced neutralization of SARS-CoV-2 B.1.617 by vaccine and convalescent serum（Cell，2021/06/17）　※2021/07/07公開7ora（下掲），T478K変異有すB.1.617変異株（デルタ株）
• コロナウイルス：SARS-CoV-2スパイクタンパク質のin situ構造（Nature ハイライト，2020/12/17）
  • Structures and distributions of SARS-CoV-2 spike proteins on intact virions（Nature，2020/08/17）　※PDBデータ6zwv（他に6vxx・6vyb・6xra・6zp0など紹介）
• Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation（Science，2020/02/19）　※2020/02/26公開データ6vsbを下掲
  • Breakthrough in Coronavirus Research Results in New Map to Support Vaccine Design（UT News，2020/02/19）
  • 「スパイク」の立体構造解明　新型コロナ、ワクチン開発に貢献―米国立研究所など（時事通信，2020/02/20）　※“人の免疫システムに攻撃対象と覚えさせて発症を抑えるワクチンや、侵入を阻害する抗ウイルス薬の開発に広く利用されることが期待される”。
  • 新型コロナウイルスは2003年のSARSコロナウイルスよりも細胞への感染力が高いと判明（GIGAZINE，2020/02/21）
  • 打倒新型コロナウイルス。原子レベルの姿から弱点を探せ（ギズモード・ジャパン，2020/02/20）
  • [2020-02-22改訂] 新型コロナウイルスのスパイク糖タンパク質 (S)のクライオ電顕構造（crisp_bio，2020/02/22改訂）
• Structural impact on SARS-CoV-2 spike protein by D614G substitution（Science，2020/04/30）　※D614G変異，2020/03/24公開データ7krq・7krr・7krs
• Structure, Function, and Antigenicity of the SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein（Cell，2020/03/09）　※2020/03/11公開データ6vxx（closed state）・6vyb（open state），両者のChain Bを下掲
  • The SARS-CoV-2 Spike variant D614G favors an open conformational state（Science Advances，2021/04/16）　…上記論文引用
  • Structure, function and antigenicity of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein（bioRxivプレプリント，2020/02/20）
  • COVID-19 coronavirus spike holds infectivity details（UW Medicine Newsroom，2020/02/21）
  • @PDBeurope による動画ツイート（2020/03/13）
• Inhibition of SARS-CoV-2 (previously 2019-nCoV) infection by a highly potent pan-coronavirus fusion inhibitor targeting its spike protein that harbors a high capacity to mediate membrane fusion（Cell Research，2020/03/30）　※2020/02/26公開データ6lxtを下掲
  • 新型コロナウイルス：スパイクのサブユニットS2の構造と、細胞融合・感染を阻害する脂質化ペプチドの合成（crisp_bio，2020/03/23）
• Cross-neutralization of SARS-CoV-2 by a human monoclonal SARS-CoV antibody（Nature，2020/05/18）　※2020/05/27公開データ6wps（closed state）・6wpt（open state，下掲）・6ws6
  • Going back in time for an antibody to fight COVID-19（Nature News & Views，2020/06/22）
  • コロナウイルス：SARS-CoVとSARS-CoV-2に交差反応性を示す中和抗体（Nature ハイライト，2020/07/09）
• A neutralizing human antibody binds to the N-terminal domain of the Spike protein of SARS-CoV-2（Science，2020/06/22）　※ヒト中和抗体4A8が結合したSARS-CoV-2スパイクタンパク質，2020/07/01公開PDBデータ7c2l（以下には構造未掲載）
  • 新型コロナウイルス: スパイクタンパク質のN末端に結合する中和抗体を発見 - 抗体カクテル療法の可能性拡がる（crisp_bio，2020/10/05更新）
• Distinct conformational states of SARS-CoV-2 spike protein（Science，2020/07/21）　※2020/07/22公開PDBデータ6xr8・6xra（下掲）
  • Freeze-Framing SARS-CoV-2 Spikes（Technology Networks，2020/07/22）
• Structure-based design of prefusion-stabilized SARS-CoV-2 spikes（Science，2020/07/23）　※2020/07/15公開PDBデータ6xkl（既報6vsbも紹介）
• 新型コロナウイルスのスパイク(S)タンパク質D614G変異体の構造・機能解析（crisp_bio，2020/07/24）　※2020/07/22公開PDBデータ6xs6（minus RBD）
  • Structural and Functional Analysis of the D614G SARS-CoV-2 Spike Protein Variant（bioRxivプレプリント，2020/07/16）
  • [20200916更新] 新型コロナウイルスのスパイク(S)タンパク質D614G変異体の構造・機能解析（crisp_bio，2020/09/16）
• Circulating SARS-CoV-2 spike N439K variants maintain fitness while evading antibody-mediated immunity（Cell，2021/01/28）　※N439K変異，2021/02/17公開PDBデータ7l0n（下掲）
  • N439K variant of SARS-CoV-2 is resistant to some neutralising antibodies, shows study（Drug Target Review，2021/02/01）
• Antibody resistance of SARS-CoV-2 variants B.1.351 and B.1.1.7（Nature，2021/03/08）　※K417N・E484K・N501Y変異，引用PDBデータ6zgg。
  • コロナウイルス：SARS-CoV-2の現在拡散中で懸念されている変異株に対する中和活性（Nature ハイライト，2021/05/06）　※“さまざまな変異体（B.1.1.7変異株とB.1.351変異株を含む）”。
• Prospective mapping of viral mutations that escape antibodies used to treat COVID-19（Science，2021/02/19）　※引用PDBデータ6xdg・7c01。変異例はE406W，K417N，N439K，D614Gなど。
• Reduced neutralization of SARS-CoV-2 B.1.1.7 variant by convalescent and vaccine sera（Cell，2021/02/18）　※2021/03/03公開7neh・7neg（N501Y変異，下掲）
• Antibody evasion by the P.1 strain of SARS-CoV-2（Cell，2021/03/30）　※2021/04/07公開7nx6・7nx7（K417N変異）・7nx8（K417T変異）・7nx9（N501Y変異，下掲）・7nxb（P.1変異）・7nxa（B.1.351変異）・7nxc（P.1〈デルタ〉変異，下掲）
• Increased resistance of SARS-CoV-2 variant P.1 to antibody neutralization（Cell Host & Microbe，2021/04/18）　※2021/05/05公開7m8k（P.1変異，L18F・T20N・P26S・D138Y・R190S・N501Y・D614G・H655Yほかの変異有す，下掲）
• Structural basis for enhanced infectivity and immune evasion of SARS-CoV-2 variants（Science，2021/08/06）　※“B.1.1.7 variant (N501Y)”，“B.1.351 variant (K417N and E484K)”。2021/07/07公開7n1t・7n1u・7n1x・7n1y・7n1v・7n1w・7n1q（B.1.351変異（ベータ株），K417N・E484K・N501Y変異有す，下掲）
• SARS-CoV-2 immune evasion by the B.1.427/B.1.429 variant of concern（Science，2021/07/01）　※B.1.427/B.1.429（イプシロン株）。L452R変異ほか。2021/07/14公開PDB 7n8h（下掲）・7n8i（他に公開済み7cm4・7kmg・7lxw・7dmu引用）。
  • SARS-CoV-2 variants, spike mutations and immune escape（Nature Reviews Microbiology，2021/07/01）　※B.1.1，B.1.1.7，B.1.1.28，B.1.1.70，B.1.177，B.1.258，B.1.1.298，B.1.351，B.1.427/B.1.429（イプシロン株），B.1.525，B.1.526，P.1，P.2。引用PDBデータ6zgg・6m0j・6zge。
  • 新型コロナウイルス感染症COVID-19：最新エビデンスの紹介（7月10日）（Neurology　興味を持った「脳神経内科」論文，2021/07/10）　※“米国イプシロン株はワクチン接種や過去の感染でも感染防御しにくい”など
• Cryo-electron microscopy structures of the N501Y SARS-CoV-2 spike protein in complex with ACE2 and 2 potent neutralizing antibodies（PLOS Biology，2021/04/29）　※イギリス型B.1.1.7変異，2021/05/12公開7mjg〜7mjn（7mjmを下掲，他に7kmbなど引用）
  • 強い感染力裏付け＝「N501Y」結合の立体構造―新型コロナ変異株・カナダ大学（時事通信，2021/05/09）
• Effect of SARS-CoV-2 B.1.1.7 mutations on spike protein structure and function（Nature Structural & Molecular Biology，2021/08/12）　※イギリス型B.1.1.7変異（アルファ株），2021/09/01公開7edf〜7edj・7eh5（最後はD614G変異含む；他に7kms・6xm3・6m0j・7mji・7mjl引用）
• Ultrapotent antibodies against diverse and highly transmissible SARS-CoV-2 variants（Science，2021/07/01）　※PDBデータ7lrt・7lrs・7mm0・7mlz
  • 新型コロナウイルスの23種類の変異株に超強力な (ultrapotent)抗体を回復者から発見（crisp_bio，2021/08/02）
• SARS-CoV-2 immune evasion by the B.1.427/B.1.429 variant of concern（Science，2021/07/01）　※未公開PDBデータ7n8h・7n8i
• Molecular basis of immune evasion by the Delta and Kappa SARS-CoV-2 variants（Science，2021/11/09）　※デルタおよびカッパ変異。2021/11/17公開PDBデータ7so9・7soa（以上デルタ δ），7sob・7soc・7sod・7soe・7sof（以上カッパ κ）。他に既出7kmg・7cm4・6vw1・7lxw・7ntc引用。
• Membrane fusion and immune evasion by the spike protein of SARS-CoV-2 Delta variant（Science，2021/10/26）　※2021/11/03公開PDBデータ7sbk・7sbl・7sbo（以上デルタ δ；7sboを下掲），7sbp・7sbq・7sbr（以上カッパ κ），7sbs・7sbt（以上ガンマ γ）。7sbl・7sbtは2021/11/10公開。他にG614S変異の7krq・7krr引用。
• Cover Story：オミクロン株と抗体：SARS-CoV-2変異株に対するワクチン応答に関する知見（Nature ハイライト，2022/02/24）　※オミクロン ο変異。“今週号では6報の論文によって、極めて感染性の高いオミクロン株が既存のワクチンを回避する能力に関して、重要な情報が明らかにされている”。
• Structural diversity of the SARS-CoV-2 Omicron spike（bioRxivプレプリント，2022/01/26）　※2021/02/16公開オミクロン ο変異PDBデータ7tf8・7tei（他にδ変異など）および2021/02/23公開7tl1・7tl9
• Memory B cell repertoire from triple vaccinees against diverse SARS-CoV-2 variants（Nature，2022/01/28）　※2022/05/04公開オミクロン ο変異PDBデータ7we7・7we8・7we9・7wea・7web・7wec・7wed・7wee・7wef・7wlc
• SARS-CoV-2 Omicron variant: Antibody evasion and cryo-EM structure of spike proteinーACE2 complex（Science，2022/01/20）　※2021/12/29オミクロン ο変異PDBデータ7t9j・7t9k（下掲）・7t9l
  • Cryo-EM analysis reveals Omicron’s strong bond with human cells（BioTechniques，2022/01/26）
• Omicron's molecular structure could help explain its global takeover（Nature News，2022/02/03）　※オミクロン ο変異
• Structures of the Omicron Spike trimer with ACE2 and an anti-Omicron antibody（Science，2022/02/08）　※オミクロン ο変異未公開PDBデータ7wp9・7wpa・7wpb・7wpc・7wpd・7wpe・7wpf・7wrv
• Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 Omicron spike（Cell Reports，2022/03/01）　※2022/03/02公開オミクロン ο変異PDBデータ7thk，“The RBD mutations include G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, and Y505H.”
• Broad neutralization of SARS-CoV-2 variants by an inhalable bispecific single-domain antibody（Cell，2022/04/14）　※2022/05/11公開オミクロン ο変異PDBデータ7whi・7whj・7whk
• Antibodies with potent and broad neutralizing activity against antigenically diverse and highly transmissible SARS-CoV-2 variants（bioRxivプレプリント，2021/03/01）　※2022/01/22公開オミクロン ο変異PDBデータ7tb4
• Structural analysis of full-length SARS-CoV-2 spike protein from an advanced vaccine candidate（Science，2020/08/20）　※2020/08/26公開7jji（こちらのPDBsumデータのみ下掲）・7jjj
• Free fatty acid binding pocket in the locked structure of SARS-CoV-2 spike protein（Science，2020/09/21）　※未公開PDBデータ6zb5・6zb4。他に6vxx・5x58・5x5f・6nzk・5gnb引用
• Beyond Shielding: The Roles of Glycans in the SARS-CoV-2 Spike Protein（ACS Central Science，2020/09/23）　※“PDB and PSF files of wild-type, open and closed full-length models of spike protein (ZIP)”ダウンロード可能。ムービーも3件。
  • Glycans on SARS-CoV-2 may help the virus infect cells（Chemical & Engineering News，2020/09/23）
• Ultrapotent human antibodies protect against SARS-CoV-2 challenge via multiple mechanisms（Science，2020/09/24）　※未公開PDBデータ7k4n・7k45・7k43・7k3q
  ◆受容体結合ドメイン（RBD）：ヒトACE2（アンジオテンシン変換酵素2）ほかとの複合体
• 米国で新たなオミクロン派生型が拡大　数週間で1割超え（日経，2020/10/18）　※ο（“派生型の「BQ.1」と「BQ1.1」”）。
  • 「感染力は最強」、コロナXBB.1.5について今わかっていること　日本でも確認、米国で瞬く間に優勢になったオミクロン株の亜系統（ナショナルジオグラフィック，2023/01/11）
  • 【解説】"新変異"の「ケルベロス」「グリフォン」って？　コロナ第８波はすでに準備段階に！？専門家が感染拡大の要因を分析（MBSニュース，2020/10/24）　※“ギリシャ神話に登場する冥界の番犬「ケルベロス」に例えられた『BQ.1.1』と、上半身がワシで下半身がライオンという伝説上の生き物「グリフォン」に例えられた『XBB』”。
  • オミクロン株の新たな系統が米国で急増、一気に計15％超に　BA.5から派生したBQ.1、BQ.1.1、BF.7の3系統、6〜8週以内に感染拡大は確実と専門家（ナショナルジオグラフィック，2020/10/20）
  • 新たなコロナ派生型BA.4.6やBQ.1.1、米欧でじわり拡大（日経，2020/10/18）
• Characterization of the enhanced infectivity and antibody evasion of Omicron BA.2.75（Cell Host Microbe，2022/10/04）　※ο（BA.2.75）。2022/10/19公開7yqt・7yqu・7yqv・7yqw・7yqx・7yqy・7yqz・7yr0・7yr1・7yr2（下掲）・7yr3・7yr4
• SARS-CoV-2オミクロンBA.2.75株（通称ケンタウロス）のウイルス学的性状の解明（東京大学，2022/10/12）　※ο（BA.2.75）。2022/10/26公開8gs6
  • Virological characteristics of the SARS-CoV-2 Omicron BA.2.75 variant（Cell Host Microbe，2022/10/18）
  • オミクロンの次はどうなる？ 新型コロナ「変異型」の現状（日経，2022/10/24）
  • Virological characteristics of the SARS-CoV-2 Omicron BA.2.75 variant（Cell Host & Microbe，2022/10/09）
  • コロナ｢BA.2.75｣、感染力はBA.5の1.1倍　東京大学（日経，2022/10/13）
  • 新型コロナウイルス（SARS-Cの変異株BA.2.75系統について（国立感染症研究所，2022/07/13）　※“BA.2.75系統は、BA.2系統と比較して、スパイクタンパク質にK147E、W152R、F157L、I210V、G257S、G339H、G446S、N460Kの各変異を有しており、BA.1系統、BA.2系統などで見られたQ493R変異は有さない”。
  • オミクロン株の亜種「BA.2.75」感染者を都内で初確認（Yahoo!ニュース，2022/07/21）
  • 神戸で全国初、オミクロン株「BA.2.75」系統確認　新型コロナ（Yahoo!ニュース，2022/07/13）
• Virological characteristics of the SARS-CoV-2 Omicron BA.2 subvariants, including BA.4 and BA.5（Cell，2022/09/14）　※ο（BA.4・BA.5）。2022/09/28公開7xwa（下掲）
  • SARS-CoV-2オミクロンBA.5株およびBA.2系統株のウイルス学的性状の解明（京都大学，2022/09/21）
• Antibody escape of SARS-CoV-2 Omicron BA.4 and BA.5 from vaccine and BA.1 serum（Cell，2022/06/09）　※ο（BA.4・BA.5）。2022/06/29公開7zxu（下掲）
  • オミクロン株の亜系統 BA.4とBA.5、BA2.12.1について　現時点で分かっていること（Yahoo!ニュース，2022/05/08）
  • BA.5世界で急拡大　WHO、コロナ感染の50％（毎日，2022/07/18）
  • 新型コロナウイルス感染症の直近の感染状況等（2022年7月13日現在）（国立感染症研究所，2022/07/13）
• オミクロン｢BA.5｣、抗ウイルス薬が有効　東大など発表（日経，2022/07/21）
• An engineered ACE2 decoy neutralizes the SARS-CoV-2 Omicron variant and confers protection against infection in vivo（Science Translational Medicine，2022/04/26）　※ο。引用データは7a89・7t9l・7dmu・6m0j（後2者は下掲）
  • 高親和性ACE2製剤はオミクロン株にも有効　新たな変異株や将来のパンデミックにも効果が期待される（京都府立医科大学，2022/04/27）
  • 「おとり」使う新型コロナの治療　オミクロンにも効果ありそう（朝日，2022/04/28）
• Targeting SARS‐CoV‐2 Spike Protein/ACE2 Protein‐Protein Interactions: a Computational Study（Wiley Online Library，2021/04/27）　※引用データは6m17・6m0j（何れも下掲）
• 新型コロナウイルス中和タンパク製剤の開発について（京都府立医科大学，2020/11/18）　※2020/12/22公開データ7dmu（下掲）
  • High affinity modified ACE2 receptors protect from SARS-CoV-2 infection in hamsters（bioRxiv，2020/12/14）
• Receptor binding and priming of the spike protein of SARS-CoV-2 for membrane fusion（Nature，2020/09/27）　※7a91〜7a98（他のデータも引用）
  • コロナウイルス：SARS-CoV-2のスパイクは膜融合のための準備を行う（Nature ハイライト，2020/12/10）
  • SilMol-mini　COVID-19　寄付対象モデル　PDBID:7a98　200万倍スケール（スタジオミダス）　※“イギリス、ブラジルの変異株の特徴的な変異箇所（N501Y、E484K）をそれぞれマゼンタ、オレンジで着色”；元のPDBデータはそれぞれ変異前のモデルで，抗体は無くACE2が3分子結合。
• 構造生物学：SARS-CoV-2が受容体に結合する仕組み（Nature ハイライト，2020/05/14）　※下記2論文紹介
  • Structural basis of receptor recognition by SARS-CoV-2（Nature，2020/03/30）　…ヒトACE2（アンジオテンシン変換酵素2）とSARS-CoV-2の受容体結合ドメイン（RBD）との複合体　※2020/03/04公開6vw1
    • Structural basis for receptor recognition by the novel coronavirus from Wuhan（Nature Researchプレプリント，2020/02/25）
  • Structure of the SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain bound to the ACE2 receptor（Nature，2020/03/30）　※“an unedited manuscript”；2020/03/18公開6m0j　…同上
    • Nasal delivery of an IgM offers broad protection from SARS-CoV-2 variants（Nature，2021/06/03）
    • 抗体：SARS-CoV-2感染マウスモデルにおけるIgM抗体の有効性（Nature ハイライト，2021/07/29）
  • 新型コロナウイルス：Sタンパク質受容体結合ドメインとヒトACE2との複合体構造 (Nature論文２報)（crisp_bio，2020/05/16）
• Structural and Functional Basis of SARS-CoV-2 Entry by Using Human ACE2（Cell，2020/05/14）　※2020/03/18公開6lzg　…同上，以下には構造未掲載
  • 新型コロナウイルスのスパイク(S)タンパク質のC末端ドメインとhACE2の複合体の2.5-Å分解能構造（crisp_bio，2020/04/12）
• Structural basis for the recognition of SARS-CoV-2 by full-length human ACE2（Science，2020/03/27）　※2020/03/11公開6m17（2019-nCoV RBD/ヒトACE2-B⁰AT1 complex；下掲）・6m18（ACE2-B⁰AT1 complex）・6m1d（ACE2-B⁰AT1 complex, open conformation）
  • Adding the missing sugars to coronavirus protein structures（Chemical & Engineering News，2020/03/06）
  • SARS-CoV-2 Point of Entry Into Cells Captured by Cryo-EM（Genetic Engineering & Biotechnology News，2020/03/06）
• Structural basis of a shared antibody response to SARS-CoV-2（Science，2020/07/11）　※“IGHV3-53 antibodies”，紹介PDBデータ6m0j・7bz5・6xc2・6xc3・6xc4・6xc7
• De novo design of picomolar SARS-CoV-2 miniprotein inhibitors（Science，2020/09/09）　※PDBデータ7jzl・7jzu・7jzm
  • 新型コロナウイルス: Sタンパク質に結合し阻害剤として機能するミニバインダーをデノボで創製（crisp_bio，2020/09/25）
  SARS-CoV-2 neutralizing antibody structures inform therapeutic strategies（Nature，2020/10/12）　※2020/10/21公開PDBデータ7k8m〜7k90
  • 免疫学：SARS-CoV-2スパイク三量体、もしくはRBDと複合体を形成したCOVID-19患者由来中和抗体の構造（Nature ハイライト，2020/12/24）
• RCSB PDB 2021/10/06新規公開データより
  • ベータ（β）変異：7v76・7v77・7v7z・7v80・7v8c
  • ガンマ（γ）変異：7v81・7v82・7v83・7v84・7v78・7v79・7v7a・7v7d・7v7e
  • デルタ（δ）変異　7v7e・7v7n・7v7o・7v7p・7v7q・7v7r・7v7s・7v7t・7v7u・7v7v・7v88・7v89・7v8a・7v8b
  • カッパ（κ）変異：7v85・7v86（下掲）・7v87・7v7f・7v7g・7v7h・7v7i・7v7j
• The biological and clinical significance of emerging SARS-CoV-2 variants（Nature Reviews Genetics，2021/10/17）　※引用PDBデータ6xr8・6m0j・7bnn
  ◆その他の受容体結合ドメイン（RBD）；スパイクタンパク質のサブユニットS1に含まれる
• A highly conserved cryptic epitope in the receptor-binding domains of SARS-CoV-2 and SARS-CoV（Science，2020/04/03）　※2020/03/25公開データ6w41（ヒト抗体CR3022との複合体）
  • Clues to COVID-19 coronavirus’s vulnerability emerge from an antibody against SARS（Scripps Research，2020/04/03）
  • A highly conserved cryptic epitope in the receptor binding domains of SARS-CoV-2 and SARS-CoV（Science，2020/05/08）
• A noncompeting pair of human neutralizing antibodies block COVID-19 virus binding to its receptor ACE2（Science，2020/05/13）　※2020/05/14公開データ7bz5（中和抗体B38との複合体）
  • 新型コロナウイルス：COVID-19回復期患者から中和能を帯びたモノクローナル抗体4種類を分離（crisp_bio，2020/05/17）
• A human neutralizing antibody targets the receptor binding site of SARS-CoV-2（Nature未定稿，2020/05/26）　※2020/05/27公開データ7c01（中和抗体との複合体；他に4tsa・6lzg・6w41引用），以下に構造未掲載
• コロナウイルス：2つのヒトモノクローナル抗SARS-CoV-2抗体の特性解析（Nature ハイライト，2020/08/06）
  • COVID-19患者1名から、霊長類モデル動物をSARS-CoV-2から保護する中和抗体を発見（crisp_bio，2020/05/30）
• Human neutralizing antibodies elicited by SARS-CoV-2 infection（Nature未定稿，2020/05/26）　※2020/06/03公開データ7bwj（中和抗体P2B-2F6との複合体；他に6m0j・6vsb引用），以下には構造未掲載
  • CODIV-19患者B細胞から、SARS-CoV-2特異的中和抗体を発見（crisp_bio，2020/05/30）
  • コロナウイルス：SARS-CoV-2中和抗体の単離（Nature ハイライト，2020/08/06）
• Potent Neutralizing Antibodies against SARS-CoV-2 Identified by High-Throughput Single-Cell Sequencing of Convalescent Patients’ B Cells（Cell，2020/05/18）　※2020/06/10公開データ7byr（中和抗体BD-368-2との複合体），以下には構造未掲載
  • [20200610更新] 新型コロナウイルス: SARS-CoV-2中和抗体をCOVID-19から回復した患者由来モノクローナル抗体から発見（crisp_bio，2020/06/10）
• Structural basis of a public antibody response to SARS-CoV-2（bioRxivプレプリント，2020/06/09）　※2020/07/08公開データ6xc2〜6xc4・6xc7，以下には構造未掲載
  ◆ヌクレオカプシドタンパク質
• 今月の分子 278: SARSコロナウイルス2型のヌクレオカプシドと家庭検査（SARS-CoV-2 Nucleocapsid and Home Tests）（PDBj，2023/02） ｜ Molecule of the Month（PDB）　※PDBデータ6wji（下掲）・7cr5・7n3c・7sts・7act・6yi3
• 新型コロナウイルスの創薬標的候補であるヌクレオカプシドのウイルスゲノムRNA結合ドメインの結晶構造解析（crisp_bio，2020/03/10）　※2020/03/18公開6m3m
  • Crystal structure of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein RNA binding domain reveals potential unique drug targeting sites（bioRxivプレプリント，2020/03/11）
  ◆ADPリボースホスファターゼ Nsp3／パパイン様プロテアーゼ
• NMR Characterization of the Papain-like Protease from SARS-CoV-2 Identifies the Conformational Heterogeneity in Its Inhibitor-Binding Site（JACS，2023/07/29）　※引用PDBデータ（パパイン様プロテアーゼ）6yva（既出）・7jrn（GRL0617結合，下掲）
  • 新型コロナウイルスパパイン様プロテアーゼの構造柔軟性　−COVID-19の新しい治療薬開発に期待−（理研，2023/07/31）
• RCSB PDB 2021/12/15新規公開データより：7qg7 SARS-CoV-2 macrodomain Nsp3b bound to the remdesivir nucleoside GS-441524　…レムデシビルのヌクレオシド類似体GS-441524が結合したNsp3b（下掲）　※論文未出
• RCSB PDB 2020/04/01新規公開データより：6w9c The crystal structure of papain-like protease of SARS CoV-2　…パパイン様プロテアーゼ　※論文未出
• Papain-like protease regulates SARS-CoV-2 viral spread and innate immunity（Nature，2020/07/29）　…パパイン様プロテアーゼ（ユビキチン様タンパク質ISG15結合）　※2020/05/13公開データ6yva（他に3e9s・3mj5・5e6j・5tl7・5tla・5w8u・6bi8・6w9c紹介）
  • コロナウイルス：SARS-CoV-2の2つ目のプロテアーゼに関する知見（Nature ハイライト，2020/11/26）
• RCSB PDB 2020/03/04新規公開データより：6vxs Crystal Structure of ADP ribose phosphatase of NSP3 from SARS CoV-2　※他に2020/03/11公開6w02；論文未出，以下には構造未掲載
• RCSB PDB 2020/03/25新規公開データより：6w6y Crystal Structure of ADP ribose phosphatase of NSP3 from SARS CoV-2 in complex with AMP　※論文未出，以下には構造未掲載
• RCSB PDB 2020/04/15新規公開データより：6wen Crystal Structure of ADP ribose phosphatase of NSP3 from SARS-CoV-2 in the apo form　※論文未出，以下には構造未掲載
  ◆Nsp10
• High-resolution structures of the SARS-CoV-2 2′-O-methyltransferase reveal strategies for structure-based inhibitor design（Science Signaling，2020/09/29）　※2020/04/29公開6wkq 1.98 Angstrom Resolution Crystal Structure of NSP16-NSP10 Heterodimer from SARS-CoV-2 in Complex with Sinefungin　…NSP10，NSP16
• RCSB PDB 2020/03/25新規公開データより：6w75 1.95 Angstrom Resolution Crystal Structure of NSP10 - NSP16 Complex from SARS-CoV-2　…NSP10，NSP16　※論文未出，以下には構造未掲載
• RCSB PDB 2020/03/25新規公開データより：6w61 Crystal Structure of the methyltransferase-stimulatory factor complex of NSP16 and NSP10 from SARS CoV-2　…NSP10，NSP16　※論文未出，以下には構造未掲載
• Mn²⁺ coordinates Cap-0-RNA to align substrates for efficient 2′-O-methyl transfer by SARS-CoV-2 nsp16（Nature，2021/06/15）　…NSP10，NSP16　※2020/09/16公開7jyyおよび2021/01/06公開7l6r・7l6t，以下には構造未掲載
  ◆校正エキソリボンヌクレアーゼ Nsp14
• Structural basis of mismatch recognition by a SARS-CoV-2 proofreading enzyme（Science，2021/07/27）　…，NSP10　※PDBデータ7n0b（野生型，下掲）・7n0c・7n0d（後2者はE191A変異）
  ◆RNA依存性RNAポリメラーゼ Nsp12
• 今月の分子 249: SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ（SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase）（PDBj，2020/09） ｜ Molecule of the Month（PDB）　※PDBデータ6yyt・7c2k・7bzf・7bv2・6x2g ほか
• Structure of the RNA-dependent RNA polymerase from COVID-19 virus（Science，2020/04/10）　…NSP12（RNA依存性RNAポリメラーゼ），NSP7，NSP8　※PDBデータ6m71（2020/04/01公開）・7btf（2020/04/08公開，下掲）
  • Scientists chart weak spots in coronavirus protein that antiviral drugs can target（GeekWire，2020/04/10）
• Structural basis for inhibition of the RNA-dependent RNA polymerase from SARS-CoV-2 by remdesivir（Science，2020/05/01）　…NSP12，NSP7，NSP8，レムデシビル三リン酸体RTP結合　※2020/04/22公開7bv1・7bv2（下掲）
  • How remdesivir blocks SARS-CoV-2’s polymerase（Chemical & Engineering News，2020/05/09）
  • 新型コロナウイルスの遺伝子を複製するタンパク質にレムデシビル、アビガンが取り込まれる過程を解明（計算科学研究センター，2021/08/02）　※利用PDBデータ7bv1・7bv2・6nur
    • “Bucket brigade” using lysine residues in RNA-dependent RNA polymerase of SARS-CoV-2（Biophysical Journal，2021/08/01）
    • 新型コロナのタンパク質にアビガンなどが取り込まれる仕組みを分子研などが解明（マイナビニュース，2021/08/05）
  • Computational prediction of the molecular mechanism of statin group of drugs against SARS-CoV-2 pathogenesis（Scientific Reports，2022/04/14）　※引用PDBデータ7bv2・6lu7・6zsl　→ スタチン類を含む生体分子のSITE例
• Structure of replicating SARS-CoV-2 polymerase（Nature，2020/05/21）　…NSP12，NSP7，NSP8，RNA　※2020/05/13公開6yyt（下掲；他に2ahm・6m71引用）
  • Researchers Solve Structure of SARS-CoV-2 Viral Copy Machine（Technology Networks，2020/04/28）
  • 構造生物学：SARS-CoV-2の複製（Nature ハイライト，2020/08/06）
• Structural basis for RNA replication by the SARS-CoV-2 polymerase（Cellプレプリント，2020/05/22）　※2020/06/03公開PDBデータ7bzf・7c2k，以下には構造未掲載
  • [20200523更新]新型コロナウイルスのPDB公開構造一覧 - その２（crisp_bio，2020/05/23）
• Fe-S cofactors in the SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase are potential antiviral targets（Science，2021/06/02）　※引用PDBデータ7btf
• Structural Basis of SARS-CoV-2 Polymerase Inhibition by Favipiravir（Innovation，2021/02/27）　…NSP12，NSP7，NSP8，RNA　※2020/09/02公開7ctt（下掲）
  ◆エンドリボヌクレアーゼ Nsp15
• Crystal structure of Nsp15 endoribonuclease NendoU from SARS-CoV-2（Protein Science，2020/04/17）　※2020/03/04公開6vww
  • Research team identifies potential drug target in virus causing COVID-19（Daily Northwestern，2020/03/03）
  • New drug target found for COVID-19（UC Riverside，2020/03/20）
• Crystal structure of Nsp15 endoribonuclease NendoU from SARS-CoV-2（Protein Science，2020/04/17）　※2020/03/11公開6w01，以下には構造未掲載
  ◆上記以外のNSP（非構造タンパク質）タンパク質
• RCSB PDB 2020/07/22新規公開データより：6zoj SARS-CoV-2-Nsp1-40S complex, composite map　…NSP1とヒト40Sリボソームの複合体　※Chain j（NSP1）のみ下掲，論文未出
• RCSB PDB 2020/04/29新規公開データより：6yhu Crystal structure of the nsp7-nsp8 complex of SARS-CoV-2　…NSP7，NSP8　※論文未出
• RCSB PDB 2020/07/29新規公開データより：6xez Structure of SARS-CoV-2 replication-transcription complex bound to nsp13 helicase - nsp13(2)-RTC　…NSP13（ヘリカーゼ），NSP12，NSP7，NSP8
  • Structural basis for helicase-polymerase coupling in the SARS-CoV-2 replication-transcription complex（bioRxivプレプリント，2020/07/13）
  ◆タンパク質3a（ORF3a）
• Cryo-EM structure of he SARS-CoV-2 ORF3a ion channel in lipid nanodiscs（Nature Structural & Molecular Biology，2021/06/22；以前NIHプレプリントに）　※2020/11/18公開6xdc（下掲）・7kjr（PDBsumデータのみ下掲）
  • Unusual coronavirus protein is potential drug target to fight COVID-19（Berkeley News，2021/06/23）
  ◆Mタンパク質（膜タンパク質）
• Structure of SARS-CoV-2 membrane protein essential for virus assembly（Nature Communications，2022/08/05）　※2022/08/03新規公開データ7vgr（下掲）・7vgs
  • 新型コロナウイルスのウイルス形成に必須の膜タンパク質の構造を解明（横浜市立大学，2022/08/05）
  ◆エンベロープタンパク質
• Structure and Drug Binding of the SARS-CoV-2 Envelope Protein in Phospholipid Bilayers（Structural Biologyプレプリント，2020/09/24）　※2020/09/30新規公開データ7k3g
  • Chemists discover the structure of a key coronavirus protein（MIT News，2020/11/12）
  • 新型コロナウイルスの重要なタンパク質構造が特定される、新たな治療薬の標的となる可能性も（GIGAZINE，2020/11/16）　※“また、研究チームはインフルエンザの治療薬であるアマンタジンや高血圧の治療薬に使われるヘキサメチレンアミロライドが、エンベロープタンパク質Eのイオンチャネルをふさぐ可能性があることも突き止めました。しかし…”。
  ◆その他（複数PDBデータ紹介・多領域網羅，RNA関連，変異，long COVID，後遺症，brain fog，SARS-CoV-2由来以外など）
• コロナ後遺症、2年で6割が大きく改善、免疫の異常が落ち着く　緩やかな回復がありうるという回復の希望をもたらす研究結果（ナショナルジオグラフィック，2024/05/09）
• 新型コロナ 5類移行1年 マスク ワクチン 生活はこう変化した（NHK，2024/05/08）
• 自己負担額が増えた新型コロナ内服薬　何を使うべきか（毎日，2024/05/06）　※“内服の抗コロナ薬はラゲブリオ、パキロビッド、ゾコーバの3種（いずれも商品名）があります。”，一般名でそれぞれモルヌピラビル，ニルマトレルビル（PF-07321332）／リトナビル，エンシトレルビル。     
• コロナ後遺症に依存症薬ナルトレキソン、有望な改善法として注目　低用量の投与で慢性的な痛みや炎症や「頭の中の霧」を抑える、安全性も高い（ナショナルジオグラフィック，2023/05/25）　※“編注：国内未承認”，ナルトレキソン（naltrexone）　→ GPCR（μオピオイド受容体について）
  • COVID-19後遺症に依存症薬が有効？（東京都医学総合研究所，2022/12/06）
• 新型コロナウイルス感染症COVID-19：最新エビデンスの紹介（5月22日）long COVID神経後遺症のメカニズム研究ラッシュ！（Neurology　興味を持った「脳神経内科」論文，2023/05/22）　※“long COVIDはウイルス持続感染による慢性炎症・免疫異常・微小血栓により生じる”など。
• COVID-19治癒後の認知後遺症；“脳の霧”（東京都医学総合研究所，2022/03/01）
• コロナ後遺症の倦怠感など　認知症治療薬に効果期待（ANNニュース，2022/07/23）　※donepezil。“認知症の治療薬として使われている「ドネペジル」というアセチルコリンの濃度を高める薬”，“東京慈恵会医科大学・近藤一博教授：「ドネペジルというのは、安全性が確認されている薬なので。LongCOVID（コロナ後遺症）に効くかどうかの治験は、すごくやりやすい」”。　→ アルツハイマー病治療薬   
  ドネペジル（donepezil）および同分子結合ヒトアセチルコリンエステラーゼ例6o4wのChain AとそのPDBsumデータ

• Non-cell autonomous disruption of nuclear architecture as a potential cause of COVID-19 induced anosmia（Cell，2022/02/02）
  • 新型コロナウイルス感染症COVID-19：最新エビデンスの紹介（2月5日）（Neurology　興味を持った「脳神経内科」論文，2022/02/05）　※“嗅覚障害の機序を解明したインパクトのある論文で，なぜ感染をほとんどしない嗅覚神経細胞が機能しなくなり，回復後に匂いの正しい認識ができない後遺症が生じるのか十分説明するものです”。
  • コロナ患者の「においを感じられない」は脳の損傷？＝米大学研究チーム（Yahoo!ニュース，2022/02/05）
• Science’s 2021 Breakthrough of the Year: AI brings protein structures to all（Science，2021/12/16）
• 新型コロナウイルスに殺傷効果を持つ記憶免疫キラーT細胞　−体内に存在するもう一つの防御部隊−（理研，2021/12/08）　※未公開PDBデータ7ejl・7ejm・7ejn（他に2bck・3i6l・3vxm・4f7m引用）　※“SARS-CoV-2のSタンパク質領域に存在するエピトープに着目…Pep#3（QYIペプチド：QYIKWPWYI）を同定”　→ Jmolトピック
  • Identification of TCR repertoires in functionally competent cytotoxic T cells cross-reactive to SARS-CoV-2（Communications Biology，2021/12/02）
• RCSB Protein Data Bank resources for structure-facilitated design of mRNA vaccines for existing and emerging viral pathogens（Structure，2021/11/04）　※“Molecule of the Month”のDavid S. Goodsellらによる（画像多数）。SARS-CoV-2以前も含め網羅的。
• 【速報】ノババックス製コロナワクチンを薬事承認　国内で4種類目（Yahoo!ニュース，2022/04/19）　※組み換えタンパクワクチン
  • 組換えコロナウイルス（SARS-CoV-2）ワクチン「ヌバキソビッド®筋注」の日本における初回免疫、および追加免疫を含む製造販売承認取得について（武田薬品工業，2022/04/19）
• [20220430更新] long-COVID (ロングCOVID または COVID-19後遺症)（crisp_bio，2021/10/10）　※“厚労省，4月28日に「新型コロナウイルス感染症 (COVID-19) 別冊 罹患後症状のマネジメント 第1版」を公開”。
  • 長期的な後遺症に対するワクチンの効果、世界初の「DNAワクチン」の可能性：新型コロナウイルスと世界のいま（9月）（WIRED.jp，2021/10/10）　※“ワクチンは後遺症「ロング・コヴィド」の発症も半減させる”，“インドでDNAワクチン「ZyCoV-D」が承認”など。
  • 新型コロナ後遺症　4人に1人が半年後も何らかの症状、女性、重症が後遺症リスク　日本人457人の調査（忽那賢志）（Yahoo!ニュース，2021/10/10）
  • 情報BOX：新型コロナ後遺症、これまでに判明した実態とは（ロイター，2021/10/08）
  • Post-COVID Conditions | CDC（Updated 2021/09/16）
  • 3,000人規模の国際的コホートに見たCOVID-19後遺症 (long COVID): 多くが多臓器に障害，7ヶ月では回復に至らず（crisp_bio，2021/07/20）
  • 新型コロナウイルス感染症COVID-19：最新エビデンスの紹介（7月17日）（Neurology　興味を持った「脳神経内科」論文，2021/07/17）
    • 同（10月16日）（2021/10/16）　※“ワクチン接種は，long COVID患者における120日後の重症度と生活への影響を軽減する”など。
    • 同（10月23日）（2021/10/23）　※““ようやくできたLong COVIDの定義…12のドメイン”，“デルタ株感染による死亡の抑制に，ファイザー，アストラゼネカワクチンとも90%以上の有効性”，“イベルメクチンの中毒症状”など。
  • How scientists are teasing apart the biology of Long COVID（Science，2021/04/13）
  • Post-acute COVID-19 syndrome（Nature Medicine，2021/03/22）
• Mechanisms of SARS-CoV-2 entry into cells（Nature Reviews Molecular Cell Biology，2021/10/05）　※引用PDBデータ6xr8・7krq・7krr・6xra・6m0j
• Evolution of the SARS-CoV-2 proteome in three dimensions (3D) during the first 6 months of the COVID-19 pandemic（Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics，2021/09/27）　※FIGURE 2がCOVID-19/SARS-CoV-2 Resources - RCSB PDBに転載
• RCSB PDB 2021/05/26新規公開データより：7mky SARS-CoV-2 frameshifting pseudoknot RNA　※フレームシフトRNAシュードノット
• サイエンスZERO - 新型コロナ収束のカギ!　mRNAワクチンに迫る（NHK，2021/08/22放送）　→ YouTube動画
• Structural and functional ramifications of antigenic drift in recent SARS-CoV-2 variants（Science，2021/05/20）　※PDBデータ7lop（他に多数引用）
• 新型コロナ インド由来の変異ウイルス　現時点で分かっていること（Yahoo!ニュース，2021/05/16）　※“B.1.617はさらに3つの系統（B.1.617.1〈カッパ〉、B.1.617.2、B.1.617.3）に分かれますが…”など。
• 多様な変異株に効くエイズワクチンに突破口　コロナに応用できる可能性も、およそ40年目のブレークスルー（ナショナルジオグラフィック，2021/05/14）
• Structural basis of ribosomal frameshifting during translation of the SARS-CoV-2 RNA genome（Science，2021/05/13）　※リボソームフレームシフト。リボソームトンネル。シュードノット。未公開PDBデータ7o7y・7o7z・7o80・7o81（他に6ek0・2fyg引用）。
• How SARS-CoV-2 first adapted in humans（Science，2021/04/30）　※D614G変異。引用PDBデータ6vxx・6vsb・6xra。
• 新型コロナウイルスの超高感度・世界最速検出技術を開発　−汎用的な感染症診断技術としての応用展開に期待−（理研，2021/04/19）　※“世界最先端のマイクロチップ技術[2]と核酸検出技術CRISPR-Cas13a[3]を融合”。
  • Amplification-free RNA detection with CRISPR-Cas13（Communications Biology，2021/04/19）
  • コロナ判定、世界最速5分以内　理研など新検査法を開発（朝日，2021/04/19）
• 三角形状のスパイクがコロナウイルス伝播性の鍵　新たな研究結果（OIST，2021/04/16）
  • Peplomer bulb shape and coronavirus rotational diffusivity（Physics of Fluids，2021/03/30）
• [20210423更新] 新型コロナウイルス ：インド由来変異株の2重変異または3重変異の作用（crisp_bio，2021/04/23）　※E154K，L452R，E484Q，G142D，D614G，P681R。
• Detection of a SARS-CoV-2 variant of concern in South Africa（Nature，2021/03/09）
  • コロナウイルス：南アフリカでのSARS-CoV-2変異株のゲノム疫学（Nature ハイライト，2021/04/15）　※“抗体による中和に対する抵抗性と関連付けられているE484K置換を生じる変異や、SARS-CoV-2の受容体であるヒトACE2に対する結合親和性を亢進させるN501Y置換を生じる変異が含まれる”。
• Computational epitope map of SARS-CoV-2 spike protein（PLOS Computational Biology，2021/04/01）　※引用PDBデータ6vsb・2fxp。
• The evolution of commercial drug delivery technologies（Nature Biomedical Engineering，2021/04/01）
• ネアンデルタール人から受け継がれた遺伝的変異体が新型コロナウイルス感染症の重症化リスクを低減（OIST，2021/02/19）　※“現在ではアフリカ以外の地域に住む人の約半数、日本に住む人の約30パーセントにその変異体が発現していることが分かりました。これとは対照的に、ネアンデルタール人から受け継いだ重大リスクの変異体は日本ではほとんど見られないことが以前の研究で分かっています”。
  • A genomic region associated with protection against severe COVID-19 is inherited from Neandertals（PNAS，2021/01/22）
  • コロナ軽症化の遺伝子？　ネアンデルタール人から（朝日，2021/02/22）
• [20210103更新] 新型コロナウイルス：英国変異株の変異と感染性の因果関係のエビデンスはこれから（crisp_bio，2021/01/03）　※“N501Y変異”など。
  • ブラジル滞在者から新たな変異株検出、英・南アとは別　自主検査の無症状者から英国変異株も、変異株検出34人に（m3.com，2021/01/10）　※“N501Y変異や、南ア株でも認められるE484K変異があった”。
  • 【解説】コロナ変異株　分かっていること・いないこと（時事通信，2021/01/07）
• Explainer: What is a spike protein?（Science News for Students，2020/11/10）　※学生向け解説，用語説明あり。
• Preexisting and de novo humoral immunity to SARS-CoV-2 in humans（Science，2020/11/06）
• Neuropilin-1 is a host factor for SARS-CoV-2 infection（Science，2020/11/13）　※2020/10/28公開7jjc
  • 「SARS-CoV-2感染のブースタータンパク質を発見！」 COVID19パンデミックウイルスに対する創薬につながる可能性あり（日本の研究.com，2020/11/19）
  • [20201023更新] 新型コロナウイルス感染に関与する新たな宿主因子ニューロピリン（crisp_bio，2020/10/23）　※“フーリンの切断によって露出するSタンパク質S1ユニットのC末端配列Arg-Arg-Ala-Arg (RRAR)がヒト細胞表面に位置するニューロピリン1 (NRP1)に結合することで、SARS-CoV-Rの細胞への侵入が進行するモデルを提示”。
  • 新型コロナの感染力を増大するタンパク質発見　新薬へ期待　名大ら（財経新聞，2020/11/25）
• Dexamethasone and Cytokine Storms（PDB-101，2020/10/12）
  • Coronavirus disease 2019 (COVID-19): cytokine storms, hyper-inflammatory phenotypes, and acute respiratory distress syndrome（Genes & Diseases，2020/06/29）
• Research and Development on Therapeutic Agents and Vaccines for COVID-19 and Related Human Coronavirus Diseases（ACS Central Science，2020/05/12）
• The SARS-CoV-2 main protease as drug target（Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters，2020/07/01）
• A Visual Guide to the SARS-CoV-2 Coronavirus（Scientific American，2020/07/01）
  • How I Built a 3-D Model of the Coronavirus for Scientific American（Scientific American: Arts & Culture，2020/06/25）
• Structural basis for the neutralization of SARS-CoV-2 by an antibody from a convalescent patient（Nature Structural & Molecular Biology，2020/07/31）　※PDB 6zcz・6zdg・6zdh・6zer・6zfo（他に1igt・6m0j・6vsb・6vxx・6vyb・6yla紹介）
• Cryo-electron Microscopy and Exploratory Antisense Targeting of the 28-kDa Frameshift Stimulation Element from the SARS-CoV-2 RNA Genome（Biorxiv，2020/07/20）　※2020/08/19公開PDB 6xrz（RNAゲノムのフレームシフト刺激エレメント），以下には構造未掲載
  ◆画像・関連動画・番組など
• How to Draw the Coronavirus（The Paris Review，2020/05/18）
• The sprint to solve coronavirus protein structures - and disarm them with drugs（Nature News Feature，2020/05/15）
  • 新型コロナウイルス：超速のタンパク質構造解析ストーリー（crisp_bio，2020/05/16）
• How structural biologists revealed the new coronavirus’s structure so quickly（Chemical & Engineering News，2020/05/02）
• Adding the missing sugars to coronavirus protein structures（Chemical & Engineering News，2020/04/22）　※スパイクタンパク質
• Bad News Wrapped in Protein: Inside the Coronavirus Genome（The New York Times，2020/04/03）　※“The full coronavirus genome and the proteins it encodes are shown below.” スパイクタンパク質やNSP1〜16など
• Fighting Coronavirus with Soap（PDB-101，2020/03/10）

  ※参考：界面活性剤の種類（本サイト） …左がセッケン（脂肪酸塩）の構造例

• The Coronavirus Explained & What You Should Do - YouTube（2020/03/19）

• COVID-19 Animation: What Happens If You Get Coronavirus? - YouTube（2020/03/28）
  ※参考：ニューズウィーク日本版記事（2020/03/23）

• 情熱大陸「＃1098「ウイルス学者・河岡義裕」」 | MBS動画イズム　…2020年06月30日 22:59 までオンラインで閲覧可（公開終了）。
  • 「日本人は幻想を抱く」新型コロナと闘うウイルス学者の『情熱大陸』のドキュメントがすごい！（Yahoo!ニュース，2020/04/13）
  

• NHKスペシャル『タモリ×山中伸弥「人体 VS ウイルス」〜驚異の免疫ネットワーク〜』（NHK総合，2020/07/04放送予定）　※本動画は公開終了しました。

• サイエンスZERO「徹底分析！コロナ新常識＆治療薬最新研究」（NHK総合，2020/07/05放送） ｜ 「“withコロナ時代”に いまこそ知りたいウイルスの正体」（2020/07/12放送）

• スーパーコンピュータ「富岳」記者勉強会「「富岳」による新型コロナウイルスの治療薬候補同定」 - YouTube（2020/07/31）
  • 「富岳」による新型コロナウイルスの治療薬候補同定（課題代表者；理化学研究所/京都大学　奥野 恭史）（理研，2020/04）
  • 【研究成果ピックアップ（3）】新型コロナウイルスの治療薬候補の探索と同定に貢献　〜「富岳」による新型コロナウイルス対策その2（理研，2021/01/14）

• COVID19 in VR: RCSB Protein Data Bank Biocurator Joins Us Inside Nanome - YouTube（2020/11/24）
  • 仮想現実のスタートアップNaomeと富士通がイマーシブな医薬品設計ソフトウエアを日本市場に提供（レスポンス，2020/09/14）

• Breakthrough of the Year 2020（Science，2020/12）

• SARS-CoV-2 Visualization and Annotation Project - The Animation Lab
  • How the coronavirus infects cells - and why Delta is so dangerous（Nature News Feature，2021/07/28）
  • 新型コロナウイルス感染のまさにその瞬間や複製メカニズムをアニメーションで分かりやすくするとこうなる（GIGAZINE，2021/07/30）

●治療薬候補関連情報

• Identification of Potent, Broad-Spectrum Coronavirus Main Protease Inhibitors for Pandemic Preparedness（Journal of Medicinal Chemistry，2024/09/27） [NEW!]　※2024/10/26公開9c7w・9c80（上掲）・9c8q
• Potent new pill provides COVID relief for the masses（Nature News，2024/01/17）　※邦題『錠剤で服用可能な薬剤であるシムノトレルビルが、COVID-19の軽症患者の回復を約1.5日早めるとの報告が。』（Nature v625 n7996），simnotrelvir（シムノトレルビル）。
• 抗HIV薬を新型肺炎治療に応用 北京市衛生健康委（AFPBB News，2020/01/27）　※“ロピナビル／リトナビル”。以下で“ロピナビル/リトナビル（LPV/r）”の2分子同時表示可能。
  • HIV drugs didn’t work as a coronavirus treatment in a clinical trial（Science News，2020/03/19）　※“Antivirals called lopinavir and ritonavir ‘showed no benefit’ when given to severely ill people”
  • Coronavirus Infections-More Than Just the Common Cold（JAMA，2020/01/23）　※“lopinavir/ritonavir”
  • 中国、新型肺炎の治療に抗HIV薬を試験的に使用＝アッヴィ（朝日，2020/01/27）
  • 中国で新型コロナウイルス肺炎の治療薬がもう発見される - Togetter ｜ 新型コロナウイルス由来タンパクの立体構造解析と阻害剤同定の発表について
• 新型肺炎、治療法を各国で試行　効果あった薬の報告も（朝日，2020/02/04）　※“エボラ出血熱の治療薬として開発された「レムデシビル」”，“インフルエンザ治療薬オセルタミビル（商品名タミフル）と、HIV治療薬（ロピナビルとリトナビル）”，“レムデシビル、リトナビルと、マラリア治療薬として開発され自己免疫疾患にも使われているクロロキンの三つ”。
  • 『タイ政府「新型肺炎、エイズ・インフル薬で治癒」と発表』と日経新聞／『なんでHIV治療薬が新型コロナウイルスに効くのかについて』を解説するツイートも - Togetter
• 第65回 新型コロナウイルスの新薬開発、驚異的な速度で各国が参入（佐藤健太郎の薬にまつわるエトセトラ，2020/02/25）　※レムデシビル，ファビピラビル（商品名アビガン），リトナビル，ロピナビル，オセルタミビル（タミフル）。
  • アビガン 科学的根拠に基づいた議論を（忽那賢志）（Yahoo!ニュース，2020/04/25）
  • 新型コロナで注目のアビガンはどう活性化する？（日経メディカル，2020/03/19）
  • 日本で新型コロナ治療薬の試験、先天異常の危険も　富士フイルムホールディングスの「アビガン」（WSJ，2020/03/09）
  • 日本感染症学会　新型コロナウイルスで暫定指針　抗ウイルス薬投与は「低酸素血症発症が必要条件」（WSJ，2020/03/02）
• エボラ治療薬で68％が改善　コロナで重い肺炎の53人（朝日，2020/04/12）　※“エボラ出血熱の治療薬として開発された「レムデシビル」”，“ヒトでの効果を判断するには、薬を使う患者と使わない患者を無作為に分けて治療結果を比較する試験（RCT）が必要”。
• レムデシビル､5月半ばに暫定結果公表の可能性　米ギリアドの｢新型コロナ治験薬｣はどうなる（東洋経済オンライン，2020/04/26）
• レムデシビル、コロナ治療に「明確」な効果 米発表（AFPBB News，2020/04/30）
  • WHO、コロナ治療薬レムデシビル「投与勧めず」（日経，2020/11/20）
  • 米、「レムデシビル」を正式承認　コロナ治療薬で初（日経，2020/10/23）
  • レムデシビル、コロナ死亡率減に効果ほぼ無し　WHO（日経，2020/10/16）
  • レムデシビル1人25万円　コロナ薬、ギリアドが価格決定（日経，2020/06/30）
  • 新型コロナ治療薬「レムデシビル」が機能する仕組みを分かりやすく説明するとこんな感じ（GIGAZINE，2020/06/30）
  • Remdesivir is the first drug found to block the coronavirus（Science News，2020/04/29）
  • 治療薬「レムデシビル」、評価二分　米国「回復が早まった」／中国「効果確認できず」（毎日，2020/04/30）
• 米、レムデシビル投与許可　新型コロナで緊急使用（時事通信，2020/05/02）
  • レムデシビル10月にも卸流通に、医師が迅速に使用できる体制期待（m3.com，2020/09/08）
  • コロナ治療薬候補「レムデシビル」、併用療法に期待（WSJ，2020/05/14）　※バリシチニブ（baricitinib）などとの併用。
  • コロナ治療薬「レムデシビル」を特例承認　申請から3日（朝日，2020/05/07）
  • Coronavirus (COVID-19) Update: FDA Issues Emergency Use Authorization for Potential COVID-19 Treatment（FDA，2020/05/01）
  • 米、コロナ治療薬「レムデシビル」を緊急認可（日経，2020/05/02）
  • 米、レムデシビルの緊急時使用を許可　重症の患者が対象（朝日，2020/05/02）
• 新型コロナウイルス研究注目の論文（5月）（Nature ダイジェスト，2021/05/22）　※“トランプ大統領お気に入りのヒドロキシクロロキンには効果はないが、レムデシビルは有効”，“新型コロナウイルス感染は鼻から始まる可能性”など。
  • 同（3〜4月）（Nature ダイジェスト，2021/05/22）　※“ウイルス酵素の構造が指し示す治療薬の可能性”（PDB 6LU7・7BQY）など。
• 三つ目のコロナ治療薬、「バリシチニブ」承認へ　厚労省（朝日，2021/04/21）　※“投与対象は新型コロナに感染した中等症や重症の患者。すでに特例承認されている「レムデシビル」との併用を前提にする”。
• Two groups use artificial intelligence to find compounds that could fight the novel coronavirus（C&EN，2020/02/04）　※baricitinib（バリシチニブ）
  • WHO、重症コロナにバリシチニブを強く推奨（日経メディカル，2022/01/21）
  • 新型コロナウイルス感染症COVID-19：最新エビデンスの紹介（9月11日）（Neurology　興味を持った「脳神経内科」論文，2021/09/11）　※“JAK阻害剤バリシチニブで入院患者死亡率が38%低下する”，“IL-1α/β阻害剤アナキンラは呼吸不全ハイリスク患者の予後を改善する”など。　［Anakinra - Wikipedia］
  • 厚労省、バリシチニブをコロナ治療薬として承認　国内3例目（ロイター，2021/04/23）
  • Genetic mechanisms of critical illness in Covid-19（Nature，2020/12/11）
    • コロナ重症化に5つの主要遺伝子が関与、英研究で判明（ロイター，2020/12/12）　※“「IFNAR2」「TYK2」「OAS1」「DPP9」「CCR2」の各遺伝子が関与”，“特にJAK阻害剤（関節リウマチなどの治療薬）の類いが有望とした。JAK阻害剤には米イーライリリーの「バリシチニブ」などがある”。
  • JAK inhibition reduces SARS-CoV-2 liver infectivity and modulates inflammatory responses to reduce morbidity and mortality（Science Advances，2020/11/13）　※引用PDBデータ4w9x・4wsq・4y8d
  • Baricitinib restrains the immune dysregulation in severe COVID-19 patients（Journal of Clinical Investigation，2020/08/18）
  • COVID-19入院患者にバリシチニブ治験へ／リリー（CareNet，2020/07/02）
  • Baricitinib as potential treatment for 2019-nCoV acute respiratory disease（Lancet，2020/02/04）
  • Single-cell RNA expression profiling of ACE2, the putative receptor of Wuhan 2019-nCov（bioRxivプレプリント，2020/01/26）
  • BenevolentAIが特定した新型コロナウイルス治療薬の可能性（医療AIニュース，2020/02/18）
• ファイザーが開発する経口投与の新型コロナ治療薬「PF-07321332」とは？（GIGAZINE，2021/04/27）　［PF-07321332 - Wikipedia］　※PF-07321332とリトナビルの合剤が治療薬候補のパクスロビド（Paxlovid；商品名）
  • ファイザー飲み薬を特例承認　国内2種類目、一部薬と併用できず（毎日，2022/02/10）
    • 新型コロナウイルス感染症COVID-19：最新エビデンスの紹介（1月7日）（Neurology　興味を持った「脳神経内科」論文，2023/01/07）　※“COVID-19軽症感染でも脳血管周囲に明らかな病理変化が生じている！最多の神経合併症は認知機能障害であった”，“パクスロビド^®はlong COVIDのリスクを低減する”など。
    • 新型コロナウイルス感染症COVID-19：最新エビデンスの紹介（2月12日）（Neurology　興味を持った「脳神経内科」論文，2022/02/12）　※“一昨日，厚労省は，ファイザーの抗ウイルス薬パキロビッド（パクスロビド）を特例承認”，“本剤（nirmatrelvir錠/リトナビル錠併用）は，リトナビルでCYP3Aにおける薬物代謝を阻害して薬剤の血中濃度を保つ薬剤であるため，CYP3Aで代謝される薬剤の血中濃度をほとんどの場合で上昇させます．代表的な薬剤はカルシウム拮抗薬，スタチンですが，とても多くの薬剤が影響を受けます．このため併用薬の確認は厳密に行う必要があります．”
  • 米当局、ファイザーコロナ経口薬の緊急使用を承認　自宅服用可能に（ロイター，2021/12/23）　※“ただ、当面は供給が少ないと見込まれるほか、最適な使用のためには診断をすぐに受ける必要があることが問題だとした”。
    • 米FDAがコロナ飲み薬を使用許可　ファイザー製、12歳以上が対象（朝日，2021/12/23）
  • 米ファイザーのコロナ飲み薬、入院・死亡リスク9割減（日経，2021/11/05）
    • ファイザーの飲み薬「オミクロン型に効果」　初期分析（日経，2021/12/14）
    • 米ファイザーのコロナ飲み薬、重症化リスク89％減　近くFDAにデータ提出（ロイター，2021/11/06）
    • 新型コロナの重症化を89%防いだ　ファイザーの新型コロナ飲み薬 パクスロビドはどんな薬？（忽那賢志）（Yahoo!ニュース，2021/11/06）
    • [20211105更新] 新型コロナウイルス: 飲み薬が増えてきた（crisp_bio，2021/12/24更新）　※“「パクスロビドが標的とするのはオミクロン株で多数の変異が同定されているスパイクタンパク質ではなく，変異が一ヶ所 (P132H)だけであった主要プロテアーゼであることから，パクスロビッドはオミクロン株にも有効であろう」と言う期待は，まだ，裏切られていない”。
    • Structural basis for Nirmatrelvir in vitro efficacy against the Omicron variant of SARS-CoV-2（bioRxivプレプリント，2022/01/19）　※2022/01/26公開7tll（下掲），“the M^pro changing a proline to a histidine (P132H)”
  • An oral SARS-CoV-2 M^pro inhibitor clinical candidate for the treatment of COVID-19（Science，2021/11/02）　※2021/11/10公開7rfr・7rfu・7rfs・7rfw（下掲）
  • Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with protease inhibitor PF-07321332（Protein Cell，2021/10/22）　※2021/11/03公開7vh8（PDBsumデータ）
  • 米ファイザー、コロナ飲み薬で後期治験　濃厚接触対象（時事通信，2021/09/28）　※“開発中の抗ウイルス薬「PF-07321332」に加え、エイズウイルス（HIV）感染者の治療に用いられる「リトナビル」を投与”。
  • ファイザー開発の新型コロナ治療薬候補（メインプロテアーゼ阻害剤）PF-07321332への期待 - Togetter
  • 自宅で服用可能な「コロナ治療薬」、ファイザーが年内にも発売へ（Forbes JAPAN，2021/04/29）
• 新型コロナウイルス感染症に伴う肺傷害を改善する治療薬開発　-肺炎の重症化を防ぎ、後遺症の軽減を目指す-（東北大学，2021/04/28）　※TM5614
  • 新型コロナの肺炎を抑える薬開発　東北大学の研究グループ　自宅やホテルでも服用できる飲み薬〈宮城〉（Yahoo!ニュース，2021/04/30）
• 新型コロナウイルスの感染阻止が期待される国内既存薬剤の同定（東京大学，2020/03/11）　※“ウイルスの侵入過程を効率的に阻止する可能性がある薬剤としてナファモスタット（Nafamostat mesylate、商品名フサン）を同定”。
  • ウイルス・寄生虫学 村田貴之教授らの研究成果がウイルス学専門誌「Viruses」オンライン版に掲載されました（藤田医科大学，2022/02/21）
    • In Silico Analysis and Synthesis of Nafamostat Derivatives and Evaluation of Their Anti-SARS-CoV-2 Activity（Viruses，2022/02/21）
  • 東大、新型コロナウイルス感染阻止が期待できる既存薬剤を同定（東京大学新聞社，2020/03/18）　※“急性膵（すい）炎などの治療薬として使用されている「ナファモスタット」”。
  • 新型コロナウイルスの感染阻止を期待できる国内既存薬剤を同定（＠IT MONOist，2020/04/02）
  • 新型コロナに急性膵炎治療薬＝感染阻止、臨床研究へ―東大（時事通信，2020/03/18）
  • ナファモスタットに新型コロナウイルス感染阻止の可能性（日経メディカル，2020/03/19）
  • 新型コロナ治療薬候補に膵炎向け「ナファモスタット」　東大医科学研究所、投与し効果検証（日経，2020/03/16）
  • 東京大学、理化学研究所、日医工、第一三共による新型コロナウイルス感染症（COVID-19）治療に向けたナファモスタット吸入製剤の共同研究開発に関する基本合意のお知らせ（東京大学，2020/06/08）
  • 東大病院、COVID-19集中治療例の治療結果を発表　ナファモスタットとファビピラビルで症状軽快　COVID-19重症例の11人中9人がICU退室、うち7人は退院（日経メディカル，2020/07/07）
• 群馬大など　新型コロナ治療薬の臨床研究開始（日経，2020/03/09）　※“抗HIV薬のロピナビル、リトナビルと、自己免疫疾患の全身性エリテマトーデス治療薬であるヒドロキシクロロキンの3種類の薬剤を併用して…”。
• コロナ治療薬候補「フサン」変異型にも効果の可能性（テレ朝news，2021/06/04）　※“井上教授は臨床研究を進めて「年内の承認を目指したい」としています”。
  • 新型コロナ治療、抗マラリア薬有効か　治験広がる（WSJ，2020/03/23）　※“抗マラリア薬のリン酸クロロキンとヒドロキシクロロキン”。
  • フランスで抗マラリア剤と抗生物質の混合投与が新型コロナに有効との研究報告（TechCrunch Japan，2020/03/20）　※“抗マラリア剤（商品名：プラケニル）として知られているヒドロキシクロロキン、および抗生物質のアジスロマイシン（商品名：ジスロマックまたはアジスロシン）”。
  • アメリカが期待した「クロロキン」、ブラジルで被験者死亡で臨床試験中止（Newsweekjapan，2020/04/15）
• コロナ治療、トランプ氏称賛の2剤併用で心臓に悪影響の恐れ 米国立衛生研（AFPBB News，2020/04/23）　※“NIHはCOVID-19治療ガイドラインで、臨床試験以外で抗マラリア薬ヒドロキシクロロキンと抗生物質アジスロマイシンを併せて投与しないよう医師らに警告”。
• WHO launches global megatrial of the four most promising coronavirus treatments（Science，2020/03/22）　※リトナビル／ロピナビル，クロロキン，ヒドロキシクロロキン，レムデシビル
• 数百人の研究者が国境を越えて協力　「治療薬」の研究はどこまで進んでいるのか？　新型コロナとの戦いの“最前線”（クーリエ・ジャポン，2020/03/28）
• Scientists Identify 69 Drugs to Test Against the Coronavirus（New York Times，2020/03/22）　※“On the list were such unexpected candidates as haloperidol, used to treat schizophrenia, and metformin, taken by people with Type 2 diabetes.”　上掲以外にハロペリドール，メトホルミンなど。
• 新型コロナウイルス治療薬候補の抗HIV薬「カレトラ」、中国での臨床試験の結果が明らかに（@DIME，2020/03/31）　※“抗HIV薬のロピナビル・リトナビル（商品名カレトラ）や抗インフルエンザウイルス薬のファビピラビル（商品名アビガン）が有効であったことが、国内外で報告されている”，“アビガンやトシリズマブ（商品名アクテムラ）など、いくつかの薬剤について臨床試験が実施されている”。トシリズマブ（tocilizumab）。
  • 厚労省、中外製薬「アクテムラ」のコロナ向け使用を了承（日経，2022/01/20）
  • 新型コロナウイルス感染症に対して劇的に効果を発揮した処置法などを最前線で戦う医師が紹介（GIGAZINE，2020/03/30）　※トシリズマブ（Tocilizumab - Wikipedia），レムデシビル
  • 期待の「アビガン」、シミュレーションが予測する「効果と副作用」（平山 令明）（ブルーバックス，2020/05/09）　※“ファビピラビルはそれ自身では効果がなく、体内に取り込まれた後で、リン酸化され、三リン酸という形になって効果を発揮”。SARS-CoVのRNAポリメラーゼPDB 6NURの構造でシミュレーション。
  • アビガン、アクテムラ、ストロメクトール…日本の薬が世界を救う日（塚崎 朝子）（ブルーバックス，2020/05/18）　※“日本人研究者が関わった薬が、ファビピラビル（商品名アビガン）、トシリズマブ（商品名アクテムラ）、イベルメクチン（商品名ストロメクトール）と3つ”。
• FDA authorizes bamlanivimab and etesevimab monoclonal antibody therapy for post-exposure prophylaxis (prevention) for COVID-19（FDA，2020/09/16）　※緊急使用許可改訂。バムラニビマブ（bamlanivimab）とエテセビマブ（etesevimab）。
  • FDA revises Lilly's COVID-19 antibody combo EUA for use after exposure to virus（Reuters，2020/09/16）
• 新型コロナウイルス治療用モノクローナル抗体ソトロビマブ (sotrovimab)（crisp_bio，2020/09/21）
  • 新型コロナ治療薬「ソトロビマブ」、オミクロン株にも効果か　英製薬大手GSKが開発、日本も特例承認（東京新聞，2020/12/03）
  • SARSの研究から生まれた新型コロナ治療薬（日経，2020/10/24）
• 豪大学「イベルメクチンに効果」（TBSニュース，2020/04/05）　※“抗寄生虫治療薬の「イベルメクチン」”
  • イベルメクチン「有効性見いだせず」　コロナ治療薬の臨床試験（朝日，2022/09/26）
    • 興和　新型コロナウイルス感染症患者を対象とした「K-237」（イベルメクチン）の第III相臨床試験結果に関するお知らせ（興和，2022/09/26）
  • 駆虫薬「イベルメクチン」、米でコロナ治療目的の使用に警鐘（BBC，2021/09/05）
  • イベルメクチン論文は捏造？ プレプリントの闇（日経メディカル，2021/07/19）
  • 大村博士発見のイベルメクチンは新型コロナの「奇跡の治療薬」？　海外で評価割れる（ニューズウィーク，2021/07/07）
  • ノーベル賞の大村氏「治療薬迅速に」　感染状況に危機感（朝日，2021/01/22）　※“抗寄生虫薬「イベルメクチン」”，“欧米など26カ国で治験が始まり、ペルーでは承認され投与が始まった”。
  • 北里大、イベルメクチン治験へ　コロナ治療薬に期待　ノーベル賞大村氏が開発（毎日，2020/05/07）
  • コロナ治療薬なるか　「イベルメクチン」治験開始（Yahoo!ニュース，2021/07/01）
  • 抗寄生虫薬が新型コロナウイルスの複製を48時間以内に止めるとする研究結果（GIGAZINE，2020/04/06）
  • Possible coronavirus drug identified（Science Daily，2020/04/03）
  • Possible Coronavirus Treatment? Head Lice Drug Ivermectin Is Being Tested（SciTechDaily，2020/04/06）　※“Ivermectin has also been shown to stop other viruses (such as HIV, dengue, influenza, and Zika) replicating, at least in the laboratory.”
• 一酸化窒素で新型コロナウイルスの症状を抑えられるか試験中（ギズモード・ジャパン，2020/04/07）
  • Nitric Oxide Inhalation Therapy for COVID-19 Infections in the ED (NO COV-ED)（ClinicalTrials.gov，2020/04/08）
• 新型コロナ感染者が急回復　米社の抗ウイルス薬―報道（時事通信，2020/04/17）
  • Compassionate Use of Remdesivir for Patients with Severe Covid-19（New England Journal of Medicine，2020/04/10）
• Inhibition of SARS-CoV-2 Infections in Engineered Human Tissues Using Clinical-Grade Soluble Human ACE2（Cell，2020/04/24）
• コロナ、免疫暴走抑える薬に期待　関節リウマチ治療のアクテムラ（AFPBB News，2020/04/29）　※“「アクテムラ」や「ロアクテムラ」などの商標名で販売されているトシリズマブ”　［Tocilizumab - Wikipedia；PDBデータなし］
  • コロナ重症治療にリウマチ薬が期待される根拠　中外製薬｢アクテムラ｣の免疫暴走抑制に注目（東洋経済オンライン，2020/05/05）
  • コロナ、免疫暴走抑える薬に期待　関節リウマチ治療薬のアクテムラ（京都新聞，2020/05/01）　※“免疫学者の平野俊夫・量子科学技術研究開発機構理事長…平野氏はIL6発見者の一人”　　［Interleukin-6 - Wikipedia］
  • 中外製薬「アクテムラ」、米でコロナ治療に緊急使用許可（朝日，2021/06/25）
• Inhibition of the Binding of Spike Protein of SARS-CoV-2 Coronavirus to Human Angiotensin-Converting Enzyme 2 by Chlorine Dioxide（Annals of Pharmacology and Pharmaceutics，2020/09/12） [PDF]
  • 大幸薬品、二酸化塩素分子が新型コロナウイルスの 感染を阻止するメカニズムを解明（福島民友新聞，2020/10/15）
  • 大幸薬品、二酸化塩素分子が新型コロナウイルスの感染を阻止するメカニズムを解明（日経，2020/10/15）
• Sofosbuvir terminated RNA is more resistant to SARS-CoV-2 proofreader than RNA terminated by Remdesivir（Scientific Reports，2020/10/06）　※ソホスブビル（ソフォスブビル，sofosbuvir；C型肝炎治療薬）
  • Sofosbuvir as Repurposed Antiviral Drug Against COVID-19: Why Were We Convinced to Evaluate the Drug in a Registered/Approved Clinical Trial?（Archives of Medical Research，2020/08）
• WHO、抗マラリア薬と抗HIV薬の新型コロナ治験を中止（ロイター，2020/07/06）　※“抗マラリア薬「ヒドロキシクロロキン」と抗エイズウイルス（HIV）薬「ロピナビル／リトナビル」”，“死亡率抑制の効果が示されなかったため”。
• 【薬害オンブズ会議】観察研究の登録中止を‐アビガン高致死率に懸念（薬事日報，2020/07/08）
• コルヒチンはCOVID-19患者の悪化を抑制する？　ギリシャの小規模RCTで臨床状態が2段階悪化した患者が少ない（日経メディカル，2020/07/13）
  • 痛風治療薬「コルヒチン」、コロナ治療に有効か カナダ研究（AFPBB News，2021/01/24）　※“コルヒチンは「サイトカインストーム」と呼ばれる危険な炎症性症候群の発生を防ぎ、合併症の発症率を下げる効果”。
    • Colchicine reduces the risk of COVID-19-related complications（Montreal Heart Institute，2021/01/23）
  • Effect of Colchicine vs Standard Care on Cardiac and Inflammatory Biomarkers and Clinical Outcomes in Patients Hospitalized With Coronavirus Disease 2019　The GRECCO-19 Randomized Clinical Trial（JAMA Network Open，2020/06/24）
  • Colchicine for the Treatment of Myocardial Injury in Patients With Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) -An Old Drug With New Life?（JAMA Network Open，2020/06/24）
  • Colchicine shows potential for COVID-19（medwireNews，2020/07/02）
• 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）の細胞内侵入を防ぐ既存薬を同定　−新しいCOVID-19治療薬の開発へ！−（九州大学 プレプリント情報，2021/03/17）　※クロミプラミン（clomipramine）。“さらに、レムデシビルとの併用によるウイルス感染の阻害増強効果も実証されたことから…”。
  • Clomipramine suppresses ACE2-mediated SARS-CoV-2 entry（bioRxiv プレプリント，2021/03/13）
  • 抗うつ剤「クロミプラミン」に新型コロナの侵入防ぐ作用か（毎日，2021/03/17）
  • 【新型コロナ】抗うつ薬「クロミプラミン」が新型コロナウイルスの細胞侵入を防ぐ　既存薬と作用点が異なり併用療法も期待できる（糖尿病リソースガイド，2021/03/18）
• RNAウイルスの感染を阻害する既存薬の同定 ―複数の異なるRNAウイルスに対して宿主細胞の感受性を下げることにより感染を抑制する薬剤―（京都大学 iPS細胞研究所，2021/04/07）　※“また、PPARγアゴニストであるPioglitazoneは、SARS-CoV-2に対して抗ウイルス作用を示しました。さらに、RaloxifeneとPioglitazoneは、Vero E6細胞において、SARS-CoV-2に対して相乗的な抗ウイルス作用を示すことが分かりました”。ピオグリタゾン，ラロキシフェン。
  • 新型コロナなどの感染抑制　既存３薬剤、iPS実験で―京大など（時事通信，2021/04/07）　※“ラロキシフェンとレムデシビルはエボラとコロナ両方、ピオグリタゾンはコロナに対し抗ウイルス作用が見られた”。raloxifene，remdesivir，pioglitazone。
  • 新型コロナの薬候補を発見　京大、iPS細胞の研究で（朝日，2021/04/07）　※“骨粗鬆症の薬「エビスタ（一般名ラロキシフェン）」や、血糖降下薬「アクトス（一般名ピオグリタゾン）」”。raloxifene，pioglitazone。
• 新型コロナ感染を抑制する生体内因子の発見 −病態解明や治療薬開発の可能性へ−（京都大学，2021/04/12）　※“一部の生体内タンパク質分解酵素に対する生理的阻害物質HAI-2（hepatocyte growth factor activator inhibitor 2）”。
  • The physiological TMPRSS2 inhibitor HAI-2 alleviates SARS-CoV-2 infection（Journal of Virology，2021/03/25）
  • 新型コロナが細胞に侵入するのを阻害する生理的阻害物質を京大などが発見（マイナビニュース，2021/04/09）
• メルク、コロナの飲み薬販売へ　米政府に1300億円で（朝日，2021/06/10）　※モルヌピラビル（molnupiravir）
  • コロナ薬モルヌピラビル、一般流通開始へ（日経メディカルオンライン，2022/09/12）
  • 新型コロナ飲み薬を初投与　京都で20代男性患者に（Yahoo!ニュース，2021/12/28）
  • 米メルク、日本でコロナ飲み薬の承認申請（日経，2021/12/03）
  • 続々登場？ 新型コロナの抗ウイルス飲み薬、今わかっていること　英国が「モルヌピラビル」を承認、「パクスロビド」は重症化リスク89%減の報告（ナショナルジオグラフィック，2021/11/09）
  • コロナ飲み薬を英が承認　軽症者向け、米メルクなど開発（日経，2021/11/04）
  • 新型コロナの飲み薬モルヌピラビルの合成・生体触媒を用いた短工程化（Chem-Station，2021/10/25）
  • 飲めるコロナ治療薬　重症化を50％減少させたモルヌピラビルは新型コロナ診療をどう変えるのか（忽那賢志）（Yahoo!ニュース，2021/10/09）
  • コロナ軽症者用の飲み薬、一定量調達へ交渉　米メルク製（朝日，2021/10/04）
  • 新型コロナウイルス：メルク社，第3相試験で重症化を半減させた飲み薬モルヌピラビルの緊急使用許可申請へ（crisp_bio，2021/10/03）
    • [参考] モルヌピラビル全合成論文：Evolving to an Ideal Synthesis of Molnupiravir, an Investigational Treatment for COVID-19（ChemRixプレプリント，2020/12/23）
  • 新型ウイルスの経口治療薬、入院・死亡リスクが半減　米製薬会社が緊急使用申請へ（BBC，2021/10/02）
  • 新型コロナの飲み薬、臨床試験で高い効果　入院半減、米メルク株急伸（朝日，2021/10/02）
  • コロナ飲み薬、年内にも　軽症者用、量産が容易　米メルクなど最終治（日経，2021/09/24）
  • コロナ飲み薬、進む開発　早ければ年内の処方も　東北医薬大・久下教授に聞く（河北新報，2021/09/16）
  • 米メルクのコロナ治療薬、年末までに緊急使用許可取得の可能性（ロイター，2021/09/14）
  • Mechanism of molnupiravir-induced SARS-CoV-2 mutagenesis（Nature Structural & Molecular Biology，2021/08/11）　※2021/08/18公開7ozu・7ozv（部分を下掲）
  • Biden Administration Recommends Policy Changes to Secure U.S. Pharmaceutical Supply Chain（HHS，2021/06/08）
  • Merck Announces Supply Agreement with U.S. Government for Molnupiravir, an Investigational Oral Antiviral Candidate for Treatment of Mild to Moderate COVID-19（Merck，2021/06/09）
  • 米政府 コロナウイルス増殖抑える薬の確保 製薬大手と合意（NHK，2021/06/10）
• 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)の細胞内侵入を抑制する薬剤を発見 〜COVID-19 の重症化治療への適応に期待〜（東京大学，2021/07/01）　※フェンレチニド（fenretinide，4-HPR）
  • N-(4-Hydroxyphenyl) retinamide suppresses SARS-CoV-2 spike protein-mediated cell-cell fusion by a dihydroceramide Δ4-desaturase 1-independent mechanism（Journal of Virology，2021/06/09）
  • 帝京大など、新型コロナウイルスの感染を抑制する既存薬「4-HRP」を同定（TECH+，2021/07/02）
• 新型コロナウイルスの増殖抑制する化合物を開発　〜COVID-19の新たな治療薬として期待〜（広島大学，2021/09/17）　※“Pin1阻害化合物のひとつであるH-77” 　→ Jmolトピック
• 人工知能であらゆる疾患の治療薬を見つける方法を開発　−新型コロナウイルス（含デルタ株）治療薬候補の発見に成功−（九州大学，2021/09/27）　※ “エトキシゾラミドというすでに緑内障治療薬や利尿薬(※9)などとして本邦で承認されている化合物を見出しました”。ethoxzolamide。
  • LIGHTHOUSE illuminates therapeutics for a variety of diseases including COVID-19（bioRxivプレプリント，2021/09/25）
  • コロナなどの新薬候補を超高速で予測　九州大などのチームがAI開発（朝日，2021/09/27）
  • AIで治療薬候補を高速予測“コロナ感染抑制物質も”九州大など（NHK，2021/09/27）
  • あらゆる病気の治療薬をAIで発見？　九大などが査読前論文を発表　「タンパク質の立体構造を使わず高速に探せる」（ITmedia，2021/09/27）
  • KEGG DRUG: エトキシゾラミド
  • 新型コロナウイルス治療薬候補エトキシゾラミドが話題に - Togetter
• 新型コロナウイルス感染症COVID-19：最新エビデンスの紹介（11月14日）（Neurology　興味を持った「脳神経内科」論文，，2021/11/14）　※“レムデシビルの経口薬が開発され，フェレットのCOVID-19感染や伝播防止への有効性が示された”（レムデシビルを改良した化合物GS-621763）など。
  • Oral prodrug of remdesivir parent GS-441524 is efficacious against SARS-CoV-2 in ferrets（Nature Communications，2021/11/05）
• 新型コロナウイルス感染症治療薬の候補物質を発見　− 重症化を防ぐ経口治療薬として期待されるCDM-3008 −（理研，2021/11/17）
  • Establishment of a Rapid Detection System for ISG20-Dependent SARS-CoV-2 Subreplicon RNA Degradation Induced by Interferon-α（International Journal of Molecular Sciences，2021/10/28）
• 新型コロナウイルス感染症（COVID-19）治療薬S-217622の第2/3相臨床試験結果に関する発表について（塩野義製薬，2022/01/31）　※“COVID-19治療薬であるS-217622は、北海道大学と塩野義製薬の共同研究から創製された3CLプロテアーゼ阻害薬です”。一般名 エンシトレルビル（ensitrelvir；治療薬としてはエンシトレルビル フマル酸）。
  • 塩野義コロナ飲み薬「ゾコーバ」緊急承認　軽症者も対象、国産初（朝日，2022/11/22）
    • 「1日早く症状を改善｣の意味は　塩野義コロナ飲み薬、専門家の見方（朝日，2022/11/22）
    • 【QAで】新型コロナ 塩野義飲み薬「ゾコーバ」効果や特長は？（NHK，2022/11/22）
    • 厚労省　経口新型コロナ治療薬・ゾコーバを緊急承認　重症化リスク因子のない軽症患者などの治療選択肢（ミクスOnline，2022/11/22）
    • 深まらぬ審議、運用に課題　コロナ飲み薬「ゾコーバ」緊急承認（毎日，2022/11/23）
  • 新型コロナウイルス感染症（COVID-19）治療薬S-217622の 第2/3相臨床試験Phase 2a partの結果について（塩野義製薬，2022/02/07）
    • Discovery of S-217622, a Noncovalent Oral SARS-CoV-2 3CL Protease Inhibitor Clinical Candidate for Treating COVID-19（Journal of Medicinal Chemistry，2022/03/30）　※2022/04/06公開データ7vth・7vu6（S-217622結合，下掲）
      • この関連研究がStructure VOLUME 31, ISSUE 9（2023/09/07）表紙に！
        • Structural basis for the inhibition of coronaviral main proteases by ensitrelvir（Structure，2023/09/07）　※PDBデータ（すべてS-217622〈ensitrelvir〉結合）8hur・8hus・8hut・8huu・8huw・8huv・8hux
    • 塩野義製薬　経口新型コロナ薬・S-217622　日本政府が承認後100万人分購入で基本合意（ミクスOnline，2022/03/28）
    • 塩野義、月内にもコロナ飲み薬承認申請　治療の幅広がる（日経，2022/02/07）
    • [20220208更新] 新型コロナウイルス: 飲み薬が増えてきた - FDA緊急使用を許可（crisp_bio，2022/02/08）
  • コロナ飲み薬治験「ウイルス保持者6〜8割減」　塩野義製薬（毎日，2022/01/31）
  • 塩野義、コロナ薬にウイルス減効果　1000万人分生産体制（日経，2022/01/31）
• Hundreds of COVID trials could provide a deluge of new drugs（Nature News Feature，2022/03/01）　※Nature v603 n7899に邦題『COVID-19治療薬が続々と』
• 新型コロナ治療薬〜医薬を「転職」させる（有機化学美術館・分館，2020/04/02）　※ファビピラビル（アビガン），ロピナビル・リトナビル，ナファモスタット，イベルメクチン
• 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構の平野俊夫理事長が、国立大学法人北海道大学遺伝子病制御研究所の村上正晃教授と共同で、これまでの長年の研究成果を基に個人的な活動として新型コロナウイルスに関する論文を発表いたしました。（量子科学技術研究開発機構，2020/04/15）
  • Pleiotropy and Specificity: Insights from the Interleukin 6 Family of Cytokines（Immunity，2020/04/16）
  • COVID-19の急性呼吸器不全症候群、IL-6-STAT3経路の阻害が治療に有望−量研と北大（QLifePro医療ニュース，2020/04/16）
• Top 200 Drugs in the CSD（The Cambridge Crystallographic Data Centre，2020/04/18）
• 新型コロナウイルス治療薬候補となる既承認薬の発見　〜ネルフィナビルとセファランチン薬剤併用による新型コロナウイルス排除効果〜（東京理科大学，2020/04/22）
  • Multidrug treatment with nelfinavir and cepharanthine against COVID-19（bioRxivプレプリント，2020/04/14）
  • NELFINAVIR AND CEPHARANTHINE SHOW SOME POTENTIAL AS COVID-19 TREATMENT IN LABORATORY TESTS（Newsweek，2020/04/17）
  • 新型コロナ重症化 受容体が影響か 持病や喫煙で活性化も　ウイルス侵入の「足場」ACE2に注目（日経，2020/05/08）
• Scientists Tested 47 Existing Drugs And Found Potential New Ways to Fight Coronavirus（ScienceAlert，2020/05/02）
• 新型コロナ　新たな戦略で「死なない病気」に（朝日，2020/05/03）　※“小島勢二・名古屋大名誉教授は、新型コロナと立ち向かうには、抗ウイルス薬や、免疫を抑える薬とともに、第三の薬として「毛細血管に働きかける薬」が有効かもしれないという”。
• Triple combination of interferon beta-1b, lopinavir?ritonavir, and ribavirin in the treatment of patients admitted to hospital with COVID-19: an open-label, randomised, phase 2 trial（The Lancet，2020/05/08）　※“interferon beta-1b, lopinavir-ritonavir, and ribavirin”　［Interferon beta-1b - Wikipedia］
  • 新型コロナ「難病の薬など３つを併用すると効果」の報告（NHK，2020/05/09）
  • The Lancet: New triple antiviral drug combination shows early promise for treating COVID-19 in phase 2 randomized trial（EurekAlert，2020/05/08）
• エーザイ、新型コロナ治療薬候補の治験開始へ（日経，2020/05/13）　※エリトラン（eritoran）
• Dozens of coronavirus drugs are in development - what happens next?（Nature News，2020/05/14）　※“COVID-19の治療薬が多数開発中だが、十分な量を適切な場所に迅速に供給できるかが次なる課題に”（Nature Japan v581 n7808 より）。
• 701)糖尿病治療薬メトホルミンはレニン・アンジオテンシン系をターゲットにしてCOVID-19の重症化を予防する（「漢方がん治療」を考える，2020/05/16）
• 新型コロナ治療薬、ボナック 福岡県と共同研究（日経，2020/05/18）　※“遺伝情報をつかさどる物質「核酸」を使い、副作用を抑える新薬開発を進める”。
• これからのコロナウイルスとの闘いでは、ゲノム編集技術「CRISPR」が有力な“武器”になる（WIRED.jp，2020/05/29）
• 国産ゲノム編集技術CRISPR-Cas3を用いたCOVID-19迅速診断法の開発　−最短40分で試験紙による正確な診断が可能に−（東京大学，2020/06/03）
• 新型コロナウイルスの感染は、ヒト細胞ニューロピリンによっても進行する（crisp_bio，2020/06/15）
• デキサメタゾンがCOVID-19患者の死亡率を減少　ただし、酸素投与が必要ない患者には利益がなさそう（日経メディカル，2020/08/06）　※デキサメタゾン（dexamethasone）。
  • 世界的流行からわずか3カ月　英国が新型コロナ薬を見つけたわけは（朝日，2022/05/05）
  • コロナの治療薬、感染拡大で入手困難に　「不育症」の妊婦にも影響か（朝日，2020/09/04）　※“ステロイド薬デキサメタゾンの安定供給のために…”，“「適正に使えば、自宅療養で頼りになる唯一の薬…」”。
  • 抗炎症薬デキサメタゾン、国内2例目のコロナ治療薬に（日経，2020/07/21）
  • ステロイド薬でコロナ重篤患者の生存率向上、英国できょうから使用開始へ（AFPBB News，2020/06/16）　※“「デキサメタゾンは安価で在庫があり、世界中で救命のためにすぐ使用できる」と述べた”。
  • Coronavirus breakthrough: dexamethasone is first drug shown to save lives（Nature News，2020/06/16）
  • ステロイド薬がCOVID-19による死亡を防ぐ（Nature ダイジェスト，2020/06/16）
  • Low-cost dexamethasone reduces death by up to one third in hospitalised patients with severe respiratory complications of COVID-19（University of Oxford，2020/06/16）
  • 今月の分子 258: 糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン（Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone）（PDBj，2021/06）　→ Jmolトピック
• ぜんそく治療薬シクレソニドの新型コロナウイルス増殖抑制機構の解明について（群馬パース大学，2020/06/17）　※“先端バイオインフォマティクス技術ならびに高性能コンピューターを駆使したドッキングシミュレーションという手法を用い…”。
  • Molecular pharmacology of ciclesonide against SARS-CoV-2（Journal of Allergy and Clinical Immunology，2020/06/13）
• [20201110更新] 新型コロナウイルス: ファイザー社とビオンテック社のmRNAワクチン候補'BNT162b2'第3相試験で有効率90%を達成（crisp_bio，2020/11/10）
  • [20201117更新] 新型コロナウイルス: モデルナ (Moderna) のmRNAワクチン第3相試験, 終盤へ（crisp_bio，2020/11/17）
• コロナワクチン「効果9割超」　米ファイザー許可申請へ（朝日，2020/11/09）
• Cover Story：ワクチン設計：SARS-CoV-2と闘う臨床試験中のワクチン候補（Nature ハイライト，2020/10/22）　※Nature v586 n7830に他のSARS-CoV-2ワクチン関連記事多数
• オックスフォード大のワクチン、初期の治験で効果確認（朝日，2020/07/21）
• Structure of human steroid 5α-reductase 2 with anti-androgen drug finasteride（Research Squareプレプリント，2020/07/15）　→ 全文PDF　※“Finasteride and dutasteride as SRD5α2 inhibitors are widely used anti-androgen drugs for benign prostate hyperplasia, which have recently been indicated in the treatment of COVID-19”，フィナステリド（finasteride，下掲）とデュタステリド（dutasteride）　→ Jmolトピック
• 新型コロナワクチン、注目の有力候補はこの7つ　開発が急がれるワクチン、最終治験に進み期待を集める先行組とその現状（ナショナルジオグラフィック，2020/08/05）
• 結核ワクチン、新型コロナに有効か 臨床試験で検証へ（AFPBB News，2020/04/07）　※“抗結核ワクチンBCGが有する潜在的な有効性についての調査が進められている”。
  • 【さらに追記しました】新型コロナウイルスとBCG（大隅典子の仙台通信，2020/03/28：適宜追記）
• アンジェスと大阪大学、新型コロナウイルスのワクチンを共同開発（ロイター，2020/03/05）　※“予防用DNAワクチン”，“早ければ６カ月で臨床試験ができるとの見通しを示した”。
• 新型肺炎、ぜんそく薬で改善例　有効な治療法の可能性（朝日，2020/03/03）　※シクレソニド（ciclesonide）
• 【やじうまPC Watch】中国科学院ら、武漢の新型肺炎治療に効く可能性のある30種類の薬を発見（Impress PC Watch，2020/01/27）

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• コロナウイルスは150以上のタンパク質を模倣する「擬態の達人」だと研究者（GIGAZINE，2020/10/28）
  • A Sweep of Earth’s Virome Reveals Host-Guided Viral Protein Structural Mimicry and Points to Determinants of Human Disease（Cell Systems，2020/10/13）
• 14歳の少女が「新型コロナウイルス感染症の治療薬につながる可能性のある分子」を特定して賞金260万円を獲得（GIGAZINE，2020/10/20）
• 新型コロナウイルス感染症（COVID-19）の治療薬設計に役立つウイルスタンパク質と治療薬候補化合物の相互作用データを公開（理研，2020/04/17）　※“PDBjに登録された131個の立体構造のうち、65個についてFMO計算を行い、治療薬候補化合物との相互作用（分子間にかかる引力、斥力などの力）を解析”。
• Inside the Global Race to Fight COVID-19 Using the World's Fastest Supercomputers（Scientific American Blog Network，2020/04/07）
• Researchers Working on Computational Models to Design Ways to Treat COVID-19（BNL Newsroom，2020/04/06）

●スパコン富岳関連ニュース

• 「富岳」を使い新型コロナウイルスの侵入のメカニズムの解明に貢献　〜「富岳」による新型コロナウイルス対 策その4（理化学研究所計算科学研究センター，2021/07/14）
• 新型コロナウイルス関連タンパク質に対するフラグメント分子軌道計算に関する記者勉強会（4月28日・オンライン開催）（理化学研究所計算科学研究センター，2021/04/28）
  • 変異株「細胞に結びつく力が強い」　スパコン富岳で分析（朝日，2021/04/28）
  • 新型コロナN501Y変異株の感染力の強さ、スパコン富岳が解明（PC Watch，2021/04/28）
• ウイルス学：抗寄生虫薬がSARS-CoV-2によって誘導される肺細胞の融合を防ぐかもしれない（Nature Japan，2021/04/07）　※ニクロサミド（niclosamide，下掲）。参考：コロナ薬候補を数十種類　スパコン「富岳」で京大発見（日経，2020/07/03）
  • Drugs that inhibit TMEM16 proteins block SARS-CoV-2 Spike-induced syncytia（Nature，2021/04/07）
• コロナ薬候補を数十種類　スパコン「富岳」で京大発見（日経，2020/07/03）　※“寄生虫の薬である「ニクロサミド」や「ニタゾキサニド」などで…”。
  • 両化合物言及記事例：AI finds 9 potential COVID-19 drugs that can be used on humans immediately（EurekAlert，2020/03/25）
  • ニクロサミド言及記事例：UNION Receives Approval From Danish Medicines Agency to Initiate Clinical Study With Niclosamide for Treatment of COVID-19（Markets Insider，2020/07/01）
  • ニタゾキサニド言及記事例：Research and Development on Therapeutic Agents and Vaccines for COVID-19 and Related Human Coronavirus Diseases（ACS Central Science，2020/05/12）
• コロナ薬を探せ　あのスーパーコンピューター後継の挑戦（朝日，2020/05/24）　※“そのひとつが、京大の奥野恭史教授らが取り組む薬の候補を探す取り組み”。
  • 富岳で新型コロナ治療薬の候補探索が加速、勢いづく日本の「AI創薬」（ITpro，2020/06/26）
  • 参考（奥野さんは2013年に新潟大学でご講演）：スーパーコンピュータ「京」を知る集い in 新潟（理研，2013/07/20）
• 新スパコン「富岳」でコロナ治療薬探し　「京」の後継機（朝日，2020/04/07）　※“複数の薬物のたんぱく質への作用も同時に調べられるという”。
• 新型コロナに効く薬、スパコンで目星　すでに100候補（朝日，2020/03/29）
  • 新型肺炎、効く既存薬探せ　スパコンで作用解析（中日新聞，2020/03/03）

●その他のニュースなど

• Novel Coronavirus (2019-nCoV) - World Health Organization
  • 新型コロナウイルス感染症（COVID-19）WHO公式情報特設ページ
  • Statement on the second meeting of the International Health Regulations (2005) Emergency Committee regarding the outbreak of novel coronavirus (2019-nCoV)（2020/01/30）
• Novel coronavirus (COVID-19)（FDA）
• Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)（CDC）
  • Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)（2020/02/10）
  • Initial Public Health Response and Interim Clinical Guidance for the 2019 Novel Coronavirus Outbreak ─ United States, December 31, 2019-February 4, 2020（2020/02/05）
• SARS-CoV-2 and COVID-19 | Springer Nature
  • What is nCoV-2019? | Nature Research Microbiology Community
  • China coronavirus: how many papers have been published?（Nature，2020/01/30）
  • This scientist hopes to test coronavirus drugs on animals in locked-down Wuhan（Nature News Q&A，2020/01/24）
  • 新型コロナウイルス感染が拡大しやすい理由（Nature ダイジェスト，原文 2020/03/06）
• Coronavirus: Research, Commentary, and News | Science
• 2019 Novel Coronavirus Outbreak（Science News）
• COVID-19: Cell Press
• Coronavirus (COVID-19) | PNAS
• NCBI genome ID MN908947

• ウイルスのスパイクタンパク質でウミホタルの発光基質が発光　−新型コロナウイルスの検知の新手法として有望−（産総研，2024/01/17）　→ Jmolトピック
  • Pseudo-Luciferase Activity of the SARS-CoV-2 Spike Protein for Cypridina Luciferin（ACS Central Science，2024/01/17）
• 新型ウイルスの正式名称は「COVID-19」 WHO発表（AFPBB News，2020/02/12）
  • 新型コロナウイルスの症状は、かくして「COVID-19」と名づけられた（WIRED.jp，2020/02/13）　※“WHOは2015年、新たに発生した感染症の名称決定に関するガイドラインを発表”。
• 新型コロナ、インフルやエボラと比べた危険度は　単純ではない感染症のリスクの比較、図とともに解説（ナショナルジオグラフィック，2020/02/12）
• 新型肺炎、SARSとウイルス類似　感染源はコウモリか（朝日，2020/02/03）
  • A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin（Nature，2020/02/03）
  • A new coronavirus associated with human respiratory disease in China（Nature，2020/02/03）
• いまこそ知っておくべき「コロナウイルス」に関する4つの基礎知識（WIRED.jp，2020/03/08）
• 新型コロナウイルスをめぐる各国の最新状況まとめ（23日現在）（ニューズウィーク日本版，2020/03/23）
  • 緊急公開：人類と感染症、闘いと共存の歴史（全文）（2020/03/30）
• 【図解】感染症流行期のメンタルヘルス管理（AFPBB News，2020/03/28）
• 【図解】新型コロナ感染の検査方法とウイルスの構造（AFPBB News，2020/03/29）
• 新型コロナウイルスはこうして広がっている、遺伝子技術で判明（ナショナルジオグラフィック，2020/03/31）
• 【図解】知っておきたい新型コロナの基礎知識まとめ　よくある症状、危ない持病、ウイルスの生存期間、感染のメカニズムなど（ナショナルジオグラフィック，2020/04/01）
• 新型コロナウイルスは、長年にわたるヒト-ヒト感染で進化した可能性がある（ニューズウィーク日本版，2020/04/01）
• 新型コロナ、なぜ子供は重症化しにくいのか？　災禍と闘うヒントが得られるか、専門家に聞いた（ナショナルジオグラフィック，2020/04/02）　※“カンタ・スバラオ氏は、COVID-19において子供が成人よりも重症化しにくいのは、事前に比較的弱いコロナウイルスに暴露していることが関連しているのではないかと述べている”，“一部の研究者は、子供の肺細胞はACE2タンパク質を作る数が少ないか、異なる形のものを作っているのではないかという仮説を立てている”など諸説。
• 新型コロナウイルスは、いかに感染し、そして重症化するのか？ そのメカニズムが研究で明らかになってきた（WIRED.jp，2020/04/19）　※『細胞への“入り口”として使用される「ACE2」受容体と、たんぱく質の分解酵素である「TMPRSS2」「FURIN（フーリン）」である』など。
• コロナ患者、本当にこわい「免疫システムの暴走」　人体が立ち上げる“戦闘部隊”、サイトカインストームとは（ナショナルジオグラフィック，2020/05/12）
• 下水中の新型コロナウイルスに関する世界初の総説論文を発表 〜COVID-19の流行状況を把握する上での下水疫学調査の有用性を提唱〜（北海道大学，2020/05/14）
• 対コロナ・ミラクル日本の立役者はBCG日本株(インターネットで読み解く!，2020/05/20）
• 疫学：軽症SARS-CoV-2感染症でのウイルス排出（Nature ハイライト，2020/05/28）　※“軽症患者の上気道でのウイルスの活発な複製と排出が実証されたことは、ウイルスは容易に伝播し、封じ込めが困難であることを示している”。
• COVID-19重症化に関わる生物学的「ファクターX」は？ （大隅典子の仙台通信，2020/05/31）　※“つまり、このVKORC1遺伝子のT型を持っているということが、山中先生が言われた「ファクターX」なのではないだろうか”など。 ｜ その２（2020/06/02）
  • 新型コロナウイルスに対抗する生物学的「ファクターX」を考察する｜Sendaitribune｜note（大隅典子さん）（2020/06/14）
• 『ファクターX』、西浦博教授が報告 「考察すると見えてきた“4つ”の事実」（西浦 博）（現代ビジネス，2021/05/19）　※“大切なこととして、その存在は未だ否定されるものではありません”。
• 子どもはコロナに強い?　第2波へ「科学的検証が必要」（朝日，2020/06/02）
  • 「学校閉鎖は流行阻止効果に乏しい」「2歳未満のマスクは危険」と小児科学会（サイエンスポータル，2020/05/28）
  • 子どもと新型コロナ　知っておきたい大事なポイント（Yahoo!ニュース，2021/01/06）
• 新型コロナウイルスはいつまで体内に残るのか　長引く「持続感染」や再感染の有無について、専門家に聞いた（ナショナルジオグラフィック，2020/06/08）
• 電子顕微鏡が「新型コロナウイルスがサルの細胞を襲う瞬間」を捉えた（WIRED.jp，2020/06/27）
• コロナ空気感染の可能性、世界の科学者239人が警鐘（AFPBB News，2020/07/03）
• “新会議に山中教授”への懸念　コロナ対策の政治利用が加速も（「週刊新潮」2020年7月9日号 掲載）（Yahoo!ニュース，2020/07/09）　※“政府と専門家会議のいびつな二人三脚を、東京大学特任講師（科学コミュニケーション）の内田麻理香さんが総括”，“政治利用されかねない”など。
• 武漢型でも欧米型でもない。日本中に蔓延する新型コロナの正体（まぐまぐニュース！，2020/07/17）　※“東京大学先端科学技術研究センターの児玉龍彦教授によると、RNAウィルスであるコロナウィルスは、増殖するたびに、遺伝子配列を変異させ…”。自然免疫にも言及。
  • 参議院予算委員会資料（2020/07/16） [PDF]
  • 感染防止「総力挙げないとNYの二の舞」＝東大・児玉氏（朝日，2020/07/16）
  • 教えて！児玉先生　駒崎弘樹×児玉龍彦（2020年7月10日） - YouTube　※“「子育て×コロナ」をテーマにオンライン対談”
• 変異した新型コロナウイルスが優勢に　過剰な心配は不要　D614G変異が話題となっている新型コロナをどうとらえるべきか、専門家に聞いた（ナショナルジオグラフィック，2020/07/18）
  • コロナウイルスの変異を理解する（Nature ダイジェスト，2020/12）
  • [20201114更新] 新型コロナウイルスのスパイク(S)タンパク質D614G変異体の構造・機能解析（crisp_bio，2020/11/14）
  • The coronavirus is mutating - does it matter?（Nature News Feature，2020/09/08）
  • 新型コロナウイルス: スパイクの天然変異80種類と26ヶ所のN結合型糖鎖削除が感染性と抗原性をどう変えたか？（crisp_bio，2020/07/18）
  • 新型コロナウイルス: パンデミックの中でD614G変異型スパイク (S)タンパク質が優勢になる意味（crisp_bio，2020/07/05）
  • 【新型コロナウイルス研究Part�@】武漢型からヨーロッパ型へ変化していた！（子供の科学KoKaNet，2020/08/04）
• 新型コロナ、なぜこんなに「無症状」が多いのか？　年齢、免疫系、遺伝子…原因の仮説はさまざま、感染抑える鍵にも（ナショナルジオグラフィック，2020/08/04）
• COVID-19死亡率はACE1の遺伝子型と強く相関（日経メディカル，2020/08/24）
  • SARS-CoV-2 infections and COVID-19 mortalities strongly correlate with ACE1 I/D genotype（Gene，2020/08/20）
• 今冬を見据えた最先端のCOVID-19対策を議論（日経メディカル，2020/10/16）
• 世界のコロナ感染、3千万人超える AFP集計（AFPBB News，2020/09/18）
• 「コロナ、お前すげーわ」現場医師が見た５つの ”新型コロナ、ここがすごい”（Yahoo!ニュース，2021/01/12）
• COVID’s toll on smell and taste: what scientists do and don’t know（Nature News Explainer，2021/01/14）　※Nature v589 n7842に邦題『COVID-19による嗅覚や味覚の障害の機構や持続性、治療可能性について、次第に科学的なデータが。』
• What new COVID variants mean for schools is not yet clear（Nature News，2021/01/21）　※Nature v589 n7843に邦題『COVID-19変異株の子どもたちへの感染力、さらには学校閉鎖の効果や影響は、いまだに不明確』
• 症状軽い変異ウイルス確認　治療にネコの薬使えるかも？（朝日，2021/02/08）　※“「GC376」という化合物の開発が海外で進んでいる”。GC376は既出で結合PDBデータも数件あり，SARS-CoV-2メインプロテアーゼ例7d1mのPDBsumデータを下掲。
  • Pro108Ser mutant of SARS-CoV-2 3CL^pro reduces the enzymatic activity and ameliorates COVID-19 severity in Japan（medRxiv，2021/02/02）
• 新型コロナウイルスへの都道府県の対応を評価しランキング化（慶應義塾大学，2021/04/26）　※ “｢健康影響｣｢対策｣｢市民の協力｣｢経済影響｣の観点から10指標を選定”，“大阪府はいずれの指標も低くなっており全体的に対策を立て直す必要があることが明らかに”，“本研究成果は『科学』（2021.5、岩波書店）に掲載” 。
• 症状、予防、経過と治療…　新型コロナウイルス感染症とは？　現時点で分かっていること（2021年5月）（忽那賢志）（Yahoo!ニュース，2021/05/30）
• [20210624更新] 新型コロナウイルス ：インド由来変異株の2重変異または3重変異とは（crisp_bio，2021/06/24）　※“デルタ・プラス株 (正式名AY.1)”。
  • インド、新変異株「デルタプラス」を懸念　感染力さらに強く（Yahoo!ニュース，2021/06/22）
  • 英で「デルタプラス」41件確認（Yahoo!ニュース，2021/06/24）
  • 変異株デルタプラス、日本でも　感染研が集計、少なくとも6件（東京新聞，2021/06/24）
  • 新型コロナウイルス: イスラエル，デルタ変異株に対するワクチンの感染防止の有効性低下を受けて，3回目の接種を検討（crisp_bio，2021/07/08）
  • 米ファイザー、デルタ型対応ワクチン開発　追加接種向け（日経，2021/07/09）
  • インドから広がったデルタ型変異ウイルス　感染力、重症化リスク、ワクチンの効果について（Yahoo!ニュース，2021/07/11）
  • 都内「L452R」変異あるウイルス 陽性率が21％に（NHK，2021/07/15）　※L452R変異はイプシロン株にも。
  • 新型コロナ デルタ型変異ウイルス 感染力、重症化リスク、ワクチンの効果など　現時点で分かっていること（忽那賢志）（Yahoo!ニュース，2021/08/01）
  • なぜデルタ株は脅威なのか、あらためてコロナ感染対策の徹底を　強い感染力・高い重症化リスク・優れた抗体回避能力、だがワクチンは依然有効（ナショナルジオグラフィック，2021/08/11）
  • N501S変異を有する新たなデルタ株（B.1.617.2系統）の市中感染事例（国内第１例目）を確認（東京医科歯科大学，2021/08/30）
    • 「N501S」の変異があるデルタ株　国内で初確認（朝日，2021/08/31）
    • 新たな変異ある「デルタ株」検出 感染力への影響分からず（NHK，2021/08/31）
• 「ラムダ型」これまでない変異　ワクチン効果低減か（Yahoo!ニュース，2021/06/25）　※“（ラムダ型は）490番目のまったく違う新しいところに変異”。F490Sか。
  • [20210629更新] 新型コロナウイルス：変異株ギリシャ語アルファベット表記の一覧（crisp_bio，2021/06/29）　※“ラムダ変異株が帯びている変異は，ORF1aの一部欠失 (Δ3675-3677)とスパイクタンパク質の一部欠失と置換 (Δ246-252, G75V, T76I, L452Q, F490S, D614G, およびT859N)である”。
  • 南米発・ラムダ株はどれだけ怖いのか、豪ウイルス学者が解説（ニューズウィーク日本版，2021/08/18）
• デルタ・ラムダより恐ろしい「最後の審判の日」変異株の可能性＝韓国報道（Yahoo!ニュース，2021/06/25）　※“ニューヨークで発生したイオタ（Iota）”。ι。
  • [20210819更新] 新型コロナウイルス：変異株ギリシャ語アルファベット表記の一覧（crisp_bio，2021/08/19）　※“新型コロナウイルスB.1.526 (iota/イオタ)変異株の疫学”。
• [20210902更新] 新型コロナウイルス：変異株ギリシャ語アルファベット表記の一覧（crisp_bio，2021/09/02）　※“新たなVOI認定株Mu (ミュー)変異株の広がりと変異”。μ。
  • WHO、「ミュー株」を注目すべき変異株に（AFPBB News，2021/09/01）　※“「B.1.621」系統”
  • 変異ウイルス「ミュー型」2例確認　厚労省、空港検疫で（日経，2021/09/01）
  • ミュー・カッパ…警戒すべき変異株は？専門家に聞く（テレ朝，2021/09/16）
  • デルタ・イータ・ミュー…よくわかるコロナ変異型（日経，2021/09/17）
  • SARS-CoV-2 Mu variant - Wikipedia
• 変異ウイルス「イータ型」、国内で18例　20年12月以降（日経，2021/09/09）　※イータ株（B.1.525）。η。
• コロナウイルス：脳におけるSARS-CoV-2感染のマッピング（Nature ハイライト，2021/07/22）
  • Dysregulation of brain and choroid plexus cell types in severe COVID-19（Nature，2021/07/21）
  • Dysregulation of brain and choroid plexus cell types in severe COVID-19ブレインフォグ「脳に霧」　“コロナ後遺症”　感染1年後も頭痛や倦怠感（Yahoo!ニュース，2021/09/16） → 【図解】ブレインフォグとは　※下畑亨良さんによる解説。“脳でも炎症が起こり、アルツハイマー病に似た変化を脳細胞にもたらしている可能性”，“可能な限りワクチンを接種することが、後遺症と向き合う上でも大切”など。
• コロナ感染で人格が変わる？ 脳研究でわかってきたこと　頭部の外傷や神経変性疾患に似た精神・神経症状、コロナによる脳損傷の証拠も（ナショナルジオグラフィック，2022/01/08）　※オミクロン株（B.1.1.529）。ο。
  • タンパク質の構造を予測するAIが、「オミクロン株」の特異性を見通していた（WIRED.jp，2022/01/17）　→ PDBsumサイトで入手したAlphaFold構造
    • Predictions of the SARS-CoV-2 Omicron Variant (B.1.1.529) Spike Protein Receptor-Binding Domain Structure and Neutralizing Antibody Interactions（bioRxiv，2021/12/29）
    • 深層学習、コロナ変異株の中和抗体開発に活用（CNET Japan，2022/03/22）
      • Deep learning guided optimization of human antibody against SARS-CoV-2 variants with broad neutralization（PNAS，2022/03/01）
  • Activity of convalescent and vaccine serum against SARS-CoV-2 Omicron（Nature | ADVANCE ARTICLE PREVIEW，2021/12/31）
  • [20211223更新] 新型コロナウイルス：南アフリカ由来変異株オミクロン (B.1.1.529系統)をめぐる状況（crisp_bio，2021/12/23）　※“オミクロン株感染者の入院リスクはデルタ株感染者よりも40%低い”。
  • オミクロン株、いま分かっていること　重症度やワクチン効果を解説（朝日，2021/12/22更新）
  • オミクロン株はなぜ大きな脅威なのか、米ウイルス学者が解説（ニューズウィーク，2021/12/06）
  • 新型コロナウイルス感染症COVID-19：最新エビデンスの紹介（12月5日）（Neurology　興味を持った「脳神経内科」論文，2021/12/15）　※“オミクロン株に関してこれから明らかにすべき疑問”，“long COVIDやワクチン後副反応に抗イディオタイプ抗体が関与する可能性がある”など。
  • Omicron variant (B.1.1.529) of SARS-CoV-2, a global urgent public health alert!（Journal of Medical Virology，2021/11/30）
  • How bad is Omicron? What scientists know so far（Nature News，2021/12/02）
  • 世界初か　イタリアの病院がオミクロン株の画像公開（テレ朝news，2021/11/30）
  • 南アのオミクロン株感染者、入院急増も重症化は増えず（WSJ，2021/11/30）
  • 南アフリカから見つかった新規変異株「オミクロン株」 現時点で分かっていること（忽那賢志）（Yahoo!ニュース，2021/11/27）　※“以上のように、オミクロン株についてはまだ分かっていないことが多く…今後のさらなる情報が待たれます”。
    • [20211127更新] 新型コロナウイルス：変異株ギリシャ語アルファベット表記の一覧（crisp_bio，2021/11/27）
  • オミクロン株の構造から急速な感染拡大を説明する（Nature ダイジェスト，2022年4月号）
  • SARS-CoV-2 Omicron variant - Wikipedia　※“Spike protein: A67V, Δ69-70, T95I, G142D, Δ143-145, Δ211, L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F”（2021/12/29書換え）
• ステルスオミクロン、主流より感染力18%高い可能性　国内でも検出（朝日，2022/01/27）　※“これまで世界で最も広まってきた系統は、日本も含めBA.1だが、一部の国ではBA.2が広がっている”。
  • Sudden rise of more transmissible form of Omicron catches scientists by surprise（Science，2022/01/31）
  • オミクロン株の亜種"BA.2"について現時点で分かっていること　「ステルス・オミクロン」の意味とは？（Yahoo!ニュース，2022/01/29）　※“日本ではデルタ株に特徴的な「L452R」という変異がないことをもってオミクロン株の簡易検出法としていることから、日本ではBA.2もBA.1と同様の方法で検出されます”。
  • PCR検査をすり抜けるステルスオミクロンすでに日本に潜伏か（東スポ，2022/01/25）
  • [20220126更新] 新型コロナウイルス：南アフリカ由来変異株オミクロン (B.1.1.529系統)をめぐる状況（crisp_bio，2022/01/26）
• オミクロン株「BA.2」が支配的に　新たな変異株「XE」も懸念（朝日，2022/04/07）
• 神経画像化：SARS-CoV-2感染による脳構造の変化（Nature ハイライト，2022/04/28）
• SARS-CoV-2 is associated with changes in brain structure in UK Biobank（Nature，2022/03/07）
• COVID lessons from Japan: the right messaging empowers citizens（Nature，2022/05/23）
  • 新型コロナウイルス：日本に学ぶ（crisp_bio，2022/05/29）
• 風邪と闘うＴ細胞が新型コロナを防御も＝英研究（ロイター，2022/01/11）
  • Cross-reactive memory T cells associate with protection against SARS-CoV-2 infection in COVID-19 contacts（Nature Communications，2022/01/10）
• Studying SARS-CoV-2 infectivity and therapeutic responses with complex organoids（Nature Cell Biology，2021/08/02）　※感染サイクルなど幅広く網羅
• コロナ起源まだ不明、「流出説」は…　WHOの科学諮問団が報告書（朝日，2022/06/11）
  • コロナ起源調査は結論出ず　流出か動物媒介、見解割れる（朝日，2021/08/28）
  • 新型コロナウイルス発生起源に関する調査結果を読む（Yahoo!ニュース，2021/08/28）
  • [レビュー] 新型コロナウイルスの起源: クリティカルレビュー（crisp_bio，2021/08/20）　※“SARS-CoV-2の起源は…人獣共通感染症であると考えるのが最もシンプル (the most parsimonious explanation)であろう”。
• 「ニセの受容体」でウイルスを騙す、新型コロナ次世代治療法（MITテクノロジーレビュー，2021/09/04）　※“本物のACE2受容体を守るために、偽物のデコイ受容体が担う働き”。
• ゲノム変異、修復困難で死滅？　コロナ第５波収束の一因か（東京新聞，2021/10/30）　※“この酵素は「nsp14」”。
• 新型コロナウイルスの化学への影響（Chem-Station，2020/02/24）
  • コロナウイルスが免疫システムから逃れる方法（1）（2020/03/31） ｜ （2）（2020/04/01）
• 新型コロナウイルス感染症に関する専門家有志の会
• 特集：新型コロナウイルス感染症 〜COVID-19とわたしたち〜 | SciencePortal
• Q&A「新しい感染症との向き合い方　わかんないよね 新型コロナ」 - 日本科学未来館
• 特集：新型コロナウイルス感染症「COVID-19」 - AFPBB
• crisp_bioから　…上掲PDB構造情報除く
  • [20201122更新] 新型コロナウイルス: マスクの効果は素材や形によってどの程度違うのか, 飛沫の濾過性能を比較してみた（2020/11/22）
  • 新型コロナウイルス: 米FDAは科学に立脚し, 他の何者にも左右されることはない（2020/10/16）
  • 新型コロナウイルス：フーリン阻害剤がウイルスの侵入と増殖を抑制する（2020/09/28）
    • Furin Inhibitors Block SARS-CoV-2 Spike Protein Cleavage to Suppress Virus Production and Cytopathic Effects（Cell Reports，2020/09/23）
    • フーリン関連別記事例：新型コロナウイルスは、いかに感染し、そして重症化するのか？ そのメカニズムが研究で明らかになってきた（WIRED.jp，2020/04/19）　※“新型コロナウイルスが、効率よく侵入できる分子的な仕組みがある。細胞への“入り口”として使用される「ACE2」受容体と、たんぱく質の分解酵素である「TMPRSS2」「FURIN（フーリン）」である”。
  • 新型コロナウイルスは神経細胞にも浸潤する（2020/09/24）
  • [20200914更新] 新型コロナウイルス感染症COVID-19の重症化への三段階」（2020/09/14）
  • [20200909更新] 新型コロナウイルス・ワクチン承認は、ランダム化比較試験の結果を待て - 米国での危惧（2020/09/09）
    • [20200909更新] 新型コロナウイルス・ワクチン承認は、ランダム化比較試験の結果を待て - 米国での危惧（朝日，2020/09/09）
  • 新型コロナウイルスを質量分析で検出（2020/07/25）　※“ウイルスタンパク質を検出する質量分析はウイルス遺伝子を検出するPCR検査を相補するとした”。
  • 新型コロナウイルス・ワクチン：英国と中国、第3相試験に進む根拠をLancetに発表（2020/07/21）　※“オックスフォード大学とアストラゼネカのChAdOx1-nCoV”ほか。
    • オックスフォード大のワクチン、初期の治験で効果確認（朝日，2020/07/21）
  • 新型コロナウイルスがヒトの各器官に与える損傷を、ヒトの気管, 肺, 血管, 腎臓, 肝臓, 腸のオルガノイドで見た（2020/07/18）
  • [20200619更新] 新型コロナウイルス感染症 (軽症)から回復した175名が帯びていた中和抗体のデータから見えてきたこと（2020/06/16）
  • 新型コロナウイルス：抗原検査は使い物になるのか？（2020/05/23）
  • 数字で見るSARS-CoV-2 (COVID-19)（2020/05/21）　※“フィジカル・ディスタンシングの効果は？”など。
  • [2020-05-19改訂] 新型コロナウイルスに対するModernaのmRNAワクチン第1相試験進む（2020/05/19）
    • 「新型コロナワクチン臨床試験で有望な結果、被験者に抗体確認　米モデルナ（CNN.co.jp，2020/05/19）
  • [2020-05-05更新] 新型コロナウイルス：SARS-CoV-2の感染を阻害し中和するヒト・モノクローナル抗体を作出（2020/05/05）
    • A human monoclonal antibody blocking SARS-CoV-2 infection（Nature Communications，2020/05/04）
  • 新型コロナウイルス感染症の第一選択療法の列に、血清と血清に由来するポリクローナル抗体が並んだ（2020/05/04）
  • [2020-05-04更新] 新型コロナウイルスとヒトのタンパク質間相互作用マップから、承認薬の標的になり得る宿主因子が見えてきた（2020/05/04）　※“69種類の化合物*の標的になり得る (druggable)ヒトタンパク質 (宿主因子) 66種類同定した [* FDA承認薬 29種類; 治験薬 12種類; 前臨床試験中化合物 28種類]”。
    • A SARS-CoV-2 protein interaction map reveals targets for drug repurposing（Nature，2020/04/30）
  • [2020-04-30更新]新型コロナウイルスとインフルエンザA型ウイルスの感染・増殖をCRISPR-Cas13d (CasRx)で阻止する（2020/04/30）
    • Development of CRISPR as an Antiviral Strategy to Combat SARS-CoV-2 and Influenza（Cell，2020/04/30）
  • [2020-04-28更新] 新型コロナウイルス：台湾・米国・日本で分離されたウイルスの配列解析から見えてきたこと（2020/04/28）
  • [2020-04-17更新] 新型コロナウイルス：DETECTRは来た、SHERLOCKはどうしてる？（2020/04/17）
• No More Corona プロジェクト
  • 感染予防の若者向け情報、北大医学部生らネットで発信（朝日，2020/04/13）
• 【お知らせ】「新型コロナウィルスについて いっしょに考えよう！」を公開（知識流動システム研究所，2020/04/02）
  • コロナ、子どもと知識共有して　医師らが教材作り発信（朝日，2020/04/17）
• 山中伸弥による新型コロナウイルス情報発信 ｜ 5つの提言（2020/03/31） ｜ 専門家、書籍から学ぶ ｜ ファクターXを探せ！（2020/05/30更新）
  • 京大山中氏がコロナ警鐘「研究できるのも平和だから」（日経，2020/03/31）
  • 「新型コロナ対策にiPS細胞も貢献できる」　山中教授、情報発信サイトを開設（毎日，2020/03/30）
  • 山中教授、コロナのHP開設　我慢「国のためでなく…」（朝日，2020/03/20）
• 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2（2019-nCoV））による COVID-19 について（ぱそろじすと・あっと・ざ・らぼ；適宜更新）
• 新型コロナウイルスに我々はどう対峙すべきなのか（押谷仁教授メッセージ）（東北大学，2020/02/04）
  • 新型コロナウイルスに我々はどう対峙したらいいのか(No.2)　新たな段階に入っている新型コロナウイルスと人類の戦い（2020/02/12）
  • 新型コロナウイルスに我々はどう対峙すべきなのか(No.3)　新たなフェーズに入った日本での対応はどうあるべきなのか（2020/02/15）
  • 新型コロナウイルスに我々はどう対峙すべきなのか(No.4)　想像する力を武器に（2020/02/22）　※“このウイルスでは、療養のためではなく風邪程度の症状であっても他の人に感染させないために自宅にとどまることが絶対に必要である”。
  • 新型コロナウイルスに関連した感染症対策に関する厚生労働省対策推進本部クラスター対策班・押谷仁（東北大学大学院医学系研究科）『COVID-19への対策の概念』（2020/03/29暫定版） [PDF]　※図版多数
• 新型コロナウイルス どれぐらい警戒したらいいの？　感染症のスペシャリストに聞きました（BuzzFeed Japan，2020/01/30）
• 河出書房新社編集部 編，「思想としての〈新型コロナウイルス禍〉」，河出書房新社(2020)
• デビッド・クアメン 著，甘糟智子 訳，「スピルオーバー　ウイルスはなぜ動物からヒトへ飛び移るのか」，明石書店(2021)　→ Jmolトピック
• 雑誌特集『新型コロナ・パンデミック(COVID-19) その衝撃と科学世界への影響』，生物の科学 遺伝，2021年1月発刊号
• 雑誌特集『コロナと暮らし』，現代思想，2020年8月号
  • 雑誌特集『感染／パンデミック――新型コロナウイルスから考える』，2020年5月号
• 雑誌特集『新型コロナウイルス』，日経サイエンス，2020年5月号 収載
• 『続・人類と感染症の歴史』の第9章「SARSとMERS」を公開します。（丸善，2020/02/13）　※【コラム】新型コロナウイルスはどう落ち着くのか？（同書著者）
• 新型コロナウイルス関連資料の公開（化学同人）
  • 新型コロナウイルス関連資料を公開いたします　※『みんなの生命科学』13章：“感染，免疫，抗体，ウイルスについて，わかりやすく解説しています”。
  • 氏家 誠，『新型コロナウイルスの特性と病原性──“正しく恐れる”ための四つのポイント』，「化学」2020年4月号 [PDF]
• 【先行公開】新型コロナウイルス感染症（COVID-19）とサイトカインストーム−炎症病態からみた治療法の選択（医歯薬出版，2020/05/23）　※“公開予定期間：2020年4月27日〜2020年6月30日”　→ 文中“TLR（Toll-like receptor）”について：Toll様受容体（本サイト）
• 新型コロナウイルス寄稿論文（『生物の科学 遺伝』Special） - エヌ・ティー・エス
• 新型コロナウイルス（2019-nCoV）関連情報について - 国立感染症研究所
• 新型コロナウイルス感染症 - 日本感染症学会
  • COVID-19に対する抗ウイルス薬による治療の考え方　第1版（2020/02/26） [PDF]　※“ロピナビル・リトナビル”（下掲 LPV/r），“ファビピラビル”，“COVID-19 に対する治療に使用できる可能性のある抗ウイルス薬にはレムデシビル、インターフェロン、クロロキンなどがあるが、それらの効果や併用効果に関しては今後の知見が待たれる。”
    • 新型コロナへの抗ウイルス薬、感染症学会が暫定指針を公表（日経メディカル，2020/02/28）
  • 水際対策から感染蔓延期に移行するときの注意点（2020/02/28）
• 新型コロナウイルス関連情報特設サイト - 日本疫学会
• Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 - Wikipedia ‖ 新型コロナウイルス感染症 (2019年) - Wikipedia ｜ 2019新型コロナウイルス ｜ SARSコロナウイルス2の変異株
  • 英語版に掲載の2019-nCoVタンパク質構造情報：“The Phyre2 model is courtesy of Innophore (https://innophore.com/2019-ncov/) and the Phyre2 web portal (http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/)”。前者（Innophore）にはドッキング計算画像などが多数。
• SARSと抗ウイルス薬（本サイト） ｜ HIVとエイズ ｜ エボラ出血熱 ｜ エイズ薬の例 ｜ Jmolトピック