GPCR - 2012年ノーベル化学賞（Jmol版）

◆ GPCR - 2012年ノーベル化学賞（Jmol版） ◆
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※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot⁺ v.2.2で取得したものです。

受容体関連(1)：MRGPRX2～アデノシン受容体関連｜受容体関連(2)：アドレナリン受容体～GABA_B受容体関連
受容体関連(3)：カンナビノイド受容体関連～セクレチン受容体関連｜受容体関連(4)：セロトニン受容体関連～
ロドプシン関連｜その他 ∥ 参考資料｜ニュース（別ページに移行）

●受容体関連 (1)

※初期表示はPDB 5CXV（ムスカリン性アセチルコリン受容体M1；アンタゴニストのチオトロピウム結合，2012年ノーベル化学賞受賞のKobilkaらによる）
※初期着色：特性基I/O値順
※ブラウザはInternet Explorerを推奨します。
※生体分子は4文字のID（3pqrなど）により

PDBで詳細を参照可能
※Natureレビュー掲載図を参考に作成したページ
% はGPCR Target (GPCR Network)掲載PDBデータ（追加作業中）

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
（*印のみ）　HB選択（$印のみ）
空間充填　球棒　球10％　球30％　球60％　スティック（太）　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色 ∥ 濃赤　緑　濃ピンク　橙
糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別　疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順　コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）　ヒトの必須・非必須区別
水素結合表示｜ S-S結合表示　｜　
｜背景・黒　灰　白　紺
　Chain選択： A B C D E F G H I J K L M N O P

◆MRGPRX2関連
7s8oのChain R（MRGPRX2；(R)-Zinc-3573が結合）　同PDBsumデータ7s8o_8IU$ ｜ PDBsumデータ7s8n_8IU$　［MRGPRX2 - Wikipedia］
7vv6（MRGPRX2；C48/80が結合）　同PDBsumデータ7vv6_6IB$ ｜ PDBsumデータ7vv5_6IB$　PDBsumデータ7vdh_6IB$
◆ムスカリン性アセチルコリン受容体関連
5cxv（ムスカリン性アセチルコリン受容体M1；アンタゴニストのチオトロピウム結合，Kobilkaらによる）　0HK（チオトロピウム）選択　同PDBsumデータ5cxv_0HK$　［Muscarinic acetylcholine receptor - Wikipedia］
6oij（ムスカリン性アセチルコリン受容体M1；G11タンパク質とイペロキソ結合，Kobilkaらによる）　IXO（イペロキソ）選択　同PDBsumデータ6oij_IXO$
6wjc（ムスカリン性アセチルコリン受容体M1；muscarinic toxin 7とアトロピン結合，Kobilkaらによる）　Chain C（muscarinic toxin 7）選択　OIN（アトロピン）選択　同PDBsumデータ6wjc_OIN$　［Muscarinic toxin 7 - Wikipedia］
6zfz（ムスカリン性アセチルコリン受容体M1；77-LH-28-1結合）　QJT（77-LH-28-1）選択　同PDBsumデータ6zfz_QJT$　［77-LH-28-1 - Wikipedia］
3uon（ムスカリン性アセチルコリン受容体M2；アンタゴニストC21H23NO3結合）　同PDBsumデータ3uon_QNB$
4mqt（ムスカリン性アセチルコリン受容体M2；ナノボディが結合）　IXO（iperoxo）選択　同PDBsumデータ4mqt_IXO$　同PDBsumデータ4mqt_2CU（LY2119620）$
5yc8（ムスカリン性アセチルコリン受容体M2；アンタゴニストのN-メチルスコポラミン結合）　同PDBsumデータ5yc8_3C0$ ∥ PDBsumデータ5zk8_3C0$　PDBsumデータ5zkc_3C0$　PDBsumデータ5zk3_QNB$　PDBsumデータ5zkb_82F$
6oik（ムスカリン性アセチルコリン受容体M2；Goタンパク質とイペロキソ結合，Kobilkaらによる）　同PDBsumデータ6oik_IXO$
6u1nのChain C・R（ムスカリン性アセチルコリン受容体M2；βアレスチン1とアゴニスト結合）　Chain C（βアレスチン1）選択　2CU（アゴニスト）選択　同PDBsumデータ6u1n_2CU$
7t94のChain A（ムスカリン性アセチルコリン受容体M2；アゴニストLY2119620結合，Kobilkaらによる）　2CU（アゴニスト）選択　同PDBsumデータ7t94_lp$
4dajのChain A（ムスカリン性アセチルコリン受容体M3；チオトロピウム結合，Kobilkaらによる）　同PDBsumデータ4daj_0HK$
4u14（ムスカリン性アセチルコリン受容体M3；アンタゴニストのチオトロピウム結合，Kobilkaらによる）　同PDBsumデータ4u14_0HK$
5zhpのChain A（ムスカリン性アセチルコリン受容体M3；アンタゴニスト結合，Kobilkaらによる）　同PDBsumデータ5zhp_9EC$
8ea0（ムスカリン性アセチルコリン受容体M3；アゴニストのイペルオキソ〈iperoxo〉結合）　同PDBsumデータ8ea0_lp$
5dsgのChain A（ムスカリン性アセチルコリン受容体M4；インバースアゴニストのチオトロピウム結合，Kobilkaらによる）　0HK（チオトロピウム）選択　同PDBsumデータ5dsg_0HK$
7trpのChain R（ムスカリン性アセチルコリン受容体M4；イペルオキソ〈iperoxo〉とLY2033298結合）　同PDBsumデータ7trp_IXO_lp（イペルオキソ〈iperoxo〉）$　同PDBsumデータ7trp_IUE_lp（LY2033298）$ ｜ PDBsumデータ7trq_IUI_lp（VU0467154）$
7v6aのChain R（ムスカリン性アセチルコリン受容体M4）　同PDBsumデータ7v6aR_lp$
8fx5のChain R（ムスカリン性アセチルコリン受容体M4；アゴニストのキサノメリン〈xanomeline〉結合）　同PDBsumデータ8fx5_XNO[501(R)]$
◆アデノシン受容体関連
5uenのChain A（アデノシンA₁受容体；アゴニストDU172結合）　DU1（DU172）選択　同PDBsumデータ5uen_DU1$　［Adenosine receptor - Wikipedia，Adenosine A₁ receptor - Wikipedia］
5n2s*（アデノシンA₁受容体；アンタゴニストPSB36結合，以下のA_2A受容体5mzj・5mzp・5n2rと同じ研究）　8K8（PSB36）選択　同PDBsumデータ5n2s_8K8$
6d9h（アデノシンA₁受容体；G_iタンパク質とアデノシンが結合）　同PDBsumデータ6d9h_ADN$
7ld3のChain R（アデノシンA₁受容体；MIPS521とアデノシンが結合）　同PDBsumデータ7ld3_XTD（MIPS521）$　同PDBsumデータ7ld3_ADN（アデノシン）$ ｜ PDBsumデータ7ld4_ADN（アデノシン）$
3eml%（アデノシンA_2A受容体；アンタゴニストZM241385結合）　ZMA（ZM241385）選択　同PDBsumデータ3eml_ZMA$　［Adenosine A_2A receptor - Wikipedia］
3pwh（アデノシンA_2A受容体〔Mutation: A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A〕；アンタゴニストZM241385結合）　同PDBsumデータ3pwh_ZMA$
5uvi（アデノシンA_2A受容体〔Mutation: M1007W, H1102I, R1106L〕；ZM241385結合）　同PDBsumデータ5uvi_ZMA$
3qak*%（アデノシンA_2A受容体；アゴニストUK-432097結合）　同PDBsumデータ3qak_UKA$
3rfm（アデノシンA_2A受容体；カフェイン結合）　同PDBsumデータ3rfm_CFF$
3vg9（アデノシンA_2A受容体と抗体フラグメントFabの複合体；アンタゴニストZM241385結合）　同PDBsumデータ3vg9_ZMA$
5g53のChain A・C（アデノシンA_2A受容体；mini-G_sとアゴニストNECAが結合）　NECA選択　GDP選択　同PDBsumデータ5g53_NEC（NECA）$
5iu4（アデノシンA_2A受容体；ZM241385結合）　同PDBsumデータ5iu4_ZMA（4-{2-[(7-amino-2-furan-2-yl[1,2,4]triazolo[1,5- a][1,3,5]triazin-5-yl)amino]ethyl}phenol）$　∥　以下は同時公開データのPDBsumデータ：　5iu7_6DY（2-(furan-2-yl)-N~5~-[2-(4-phenylpiperidin-1-yl) ethyl][1,2,4]triazolo[1,5-a][1,3,5]triazine-5,7- diamine）$ ｜ 5iu8_6DZ（2-(furan-2-yl)-N~5~-[2-(4-methylpiperazin-1-yl) ethyl][1,2,4]triazolo[1,5-a][1,3,5]triazine-5,7- diamine）$ ｜ 5iua_6DX（2-(furan-2-yl)-N~5~-[3-(4-phenylpiperazin-1-yl) propyl][1,2,4]triazolo[1,5-a][1,3,5]triazine-5,7- diamine）$ ｜ 5iub_6DV（N~5~-{2-[4-(2,4-difluorophenyl)piperazin-1-yl]ethyl}-2- (furan-2-yl)[1,2,4]triazolo[1,5-a][1,3,5]triazine-5,7- diamine）$
5k2a（アデノシンA_2A受容体；ZM241385結合）　同PDBsumデータ5k2a_ZMA$　∥　以下は同時公開データのPDBsumデータ（リガンドは何れもZM241385）：　5k2b_ZMA$ ｜ 5k2c_ZMA$ ｜ 5k2d_ZMA$
5mzj（アデノシンA_2A受容体；テオフィリン結合，5mzp・5n2r・5n2s〈A₁受容体〉と同じ研究）　TEP（テオフィリン）選択　同PDBsumデータ5mzj_TEP$
8pwn（アデノシンA_2A受容体；テオフィリン結合）　TEP（テオフィリン）選択　同PDBsumデータ8pwn_lp$
5mzp（アデノシンA_2A受容体；カフェイン結合）　CFF（カフェイン）選択　同PDBsumデータ5mzp_CFF$
5n2r（アデノシンA_2A受容体；アンタゴニストPSB36誘導体結合）　8JN（PSB36誘導体）選択　同PDBsumデータ5n2r_8JN$
5olo（アデノシンA_2A受容体；アンタゴニストtozadenant結合）　9XW（tozadenant）選択　同PDBsumデータ5olo_9XW$　∥　以下は同時公開データのPDBsumデータ：　5olg_ZMA　5olh_9XT　5olv_9Y2　5olz_T4E　5om1_T4E　5om4_T4E
5uig（アデノシンA_2A受容体；新規アンタゴニスト結合）　8D1（アンタゴニスト）選択　同PDBsumデータ5uig_8D1$
5vra（アデノシンA_2A受容体；アンタゴニストZM241385結合）　同PDBsumデータ5vra_ZMA$
5wf5（アデノシンA_2A受容体；アゴニスト結合）　UKA（アゴニスト）選択　同PDBsumデータ5wf5_UKA$ ∥ PDBsumデータ5wf6_UKA$
6aqf（アデノシンA_2A受容体；ZM241385結合）　同PDBsumデータ6aqf_ZMA$
6gdg（アデノシンA_2A受容体；mini-G_sヘテロ三量体とアゴニストNECAが結合）　同PDBsumデータ6gdg_NEC$
6jzh（アデノシンA_2A受容体；ZM241385結合）　同PDBsumデータ6jzh_ZMA（H原子付加）$
6lpj（アデノシンA_2A受容体；インバースアゴニストZM241385とEROCOC₁₇₊₄結合）　ER0（EROCOC₁₇₊₄）選択　同PDBsumデータ6lpj_ER0[2416(A)]$　同PDBsumデータ6lpj_ZMA$
6mh8（アデノシンA_2A受容体；ZM241385結合）　同PDBsumデータ6mh8_ZMA（ZM241385のH原子追加）$
6ps7（アデノシンA_2A受容体；ZM241385結合）　同PDBsumデータ6ps7_ZMA$
6s0q（アデノシンA_2A受容体；ZM241385結合）　同PDBsumデータ6s0q_ZMA$ ｜ 6s0l_ZMA$
6zdr（アデノシンA_2A受容体；アンタゴニスト結合）　QGE（アンタゴニストcompound 4d）選択　同PDBsumデータ6zdr_QGE$ ｜ PDBsumデータ6zdv_QGW（compound 5d）$
7aro（アデノシンA_2A受容体；アゴニストLUF5833結合）　RVZ（LUF5833）選択　同PDBsumデータ7aro_RVZ$
7ezcのChain A（アデノシンA_2A受容体；アゴニストUK-432097結合）　同PDBsumデータ7ezcA_lp$
7t32（アデノシンA_2A受容体；アンタゴニストZM241385結合）　同PDBsumデータ7t32_ZMA$
8a2p（アデノシンA_2A受容体；アンタゴニストLUAA47070結合）　9Y2（LUAA47070）選択　同PDBsumデータ8a2p_9Y2$
8c9w（アデノシンA_2A受容体；阻害剤エトルマデナント結合）　U30（etrumadenant）選択　同PDBsumデータ8c9w_lp$
8cic（アデノシンA_2A受容体；阻害剤エトルマデナント結合）　U30（etrumadenant）選択　同PDBsumデータ8cic_lp$
8jwz（アデノシンA_2A受容体-T4L；アンタゴニストのエトルマデナント結合）　U30（etrumadenant）選択　同PDBsumデータ8jwz_lp$
8cu7（アデノシンA_2A受容体；アンタゴニストLJ-4517結合）　LJX（LJ-4517）選択　同PDBsumデータ8cu7_LJX$
8fyn（アデノシンA_2A受容体；ZM241385結合）　ZMA（ZM241385）選択　同PDBsumデータ8fyn_lp$
8rln（アデノシンA_2A受容体；アンタゴニストLUF5834結合，cif→pdb変換）　H1S（LUF5834）選択　同PDBsumデータ8rln_lp$
8wdtのChain A（アデノシンA_2A受容体；photoNECA (blue)結合）　同PDBsumデータ8wdt_lp$
6k41のChain R（アデノシンA_2B受容体；デクスメデトミジン結合，Kobilkaらによる）　同PDBsumデータ6k41_CZX$ ｜ PDBsumデータ6k42_CZX$　［Adenosine A_2B receptor - Wikipedia，Dexmedetomidine - Wikipedia］
7xy7のChain R（アデノシンA_2B受容体；アゴニストNECA結合）　同PDBsumデータ7xy7_lp$ ｜ PDBsumデータ7xy6_lp（BAY 60-6583）$　［BAY 60-6583 - Wikipedia］
8hdoのChain R（アデノシンA_2B受容体；アゴニストBAY 60-6583結合）　I5D（BAY 60-6583）選択　同PDBsumデータ8hdo_lp$
8x17のChain R（アデノシンA₃受容体；アゴニストCF102結合）　同PDBsumデータ8x17_lp$　［Adenosine A₃ receptor - Wikipedia］
8yh6のChain R（アデノシンA₃受容体；アゴニストのナモデノソン〈namodenoson〉結合）　同PDBsumデータ8yh6_XS0$　［Namodenoson - Wikipedia］　PDBsumデータ8yh3_6MD$

ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO

酸性

中性

芳香族

塩基性

ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS

極性

酸性

塩基性

非極性（疎水性）

SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP

ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE

ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE

ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG

ILE　LEU　VAL　PHE　MET　TRP　LYS　HIS　THR　ARG　ALA　PRO　CYS　TYR　GLY　GLU　GLN　ASP　SER　ASN

アミノ酸および特性基の親水性・疎水性｜ Log Pをポケットに！

チオトロピウム（I/O=1.4565）が結合したムスカリン性アセチルコリン受容体M1・M3・M4のPDBsumデータの比較；いずれも2012年ノーベル化学賞受賞のKobilkaらによる
5cxv（M1，I'/O'=1.1464），4daj（M3，I'/O'=1.1120），4u14（M3，I'/O'=1.2168），5dsg（M4，I'/O'=1.1630）
参考資料例：Nature ハイライト『構造生物学：ムスカリン性アセチルコリン受容体M1およびM4の構造』（2016/03/17）
※I，Oについては有機概念図参照

アゴニストDU172が結合したアデノシンA₁受容体5uenとそのPDBsumデータ

［左］ZM241385など5種類のリガンドが結合したアデノシンA_2A受容体（5iu4，5iu7，5iu8，5iua，5iub）のPDBsumデータ
［右］上記5リガンドの有機概念図上の位置

ZM241385・tozadenantなど5種類のリガンドが結合したアデノシンA_2A受容体（5olg，5olh，5olo，5olv，5olz，5om1，5om4）のPDBsumデータ

X線自由電子レーザー（XFEL）によるZM241385が結合したアデノシンA_2A受容体のPDBsumデータ（5k2a，5k2b，5k2c，5iua，5k2d）のPDBsumデータ
Native phasing of x-ray free-electron laser data for a G protein-coupled receptor（Science Advances，2016/09/23）

その他のZM241385結合アデノシンA_2A受容体5uvi，5vra，6aqf，6mh8（ZM241385のH原子表示）・6s0q・6s0lのPDBsumデータ

●受容体関連 (2)

※初期表示はPDB 3SN6（β₂アドレナリン受容体-Gsタンパク質複合体）
※初期着色：β₂ARを特性基I/O値順　■G_α　■G_β　■G_γ　■抗体Nb35　■T4L

カラゾロールが結合したアドレナリン受容体（β₂AR）2rh1・5d5a（ノーベル化学賞受賞のKobilkaらによる），5d6l（Maらによる），5x7d（Kobilkaらによる）のPDBsumデータの比較
参考資料例：ブライアン・コビルカ Brian K. Kobilka（Chem-Station，2012/10/11）

オピオイド受容体の主要なクラス例 μ 4dkl，κ 4djh，δ 4ej4，および関連するノシセプチンオピオイド受容体（NOP） 4ea3
参考：今月の分子 217: オピオイド受容体（Opioid Receptors）（PDBj，2018/01）　→ Jmolトピック[1]｜[2]

●受容体関連 (3)

※初期表示はPDB 5XR8（カンナビノイド受容体CB₁；アゴニストAM841が結合）
※初期着色：特性基I/O値順

ケモカイン受容体の例：CCR9（5lwe）とCCR2（5t1a）

●受容体関連 (4)

※初期表示はPDB 7E2ZのChain R（5-HT_1A受容体；アリピプラゾールが結合）
※初期着色：特性基I/O値順

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
（*印のみ）　HB選択（$印のみ）
Leu選択　BCAA球表示（Leu Ile Val）
空間充填　球棒　球10％　球30％　球60％　スティック（太）　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色 ∥ 濃赤　緑　濃ピンク　橙
糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別　疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順　コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）　ヒトの必須・非必須区別
水素結合表示｜ S-S結合表示　｜　
｜背景・黒　灰　白　紺
　Chain選択： A B C D E F G H I J K L M N O P

［左3図］LSDが結合したセロトニン受容体5tvn　→ Jmolトピック　［右端図］別研究の7srqのPDBsumデータ

エルゴタミンが結合したセロトニン受容体のPDBsumデータ（左から 7c61・4iar・5tud・4ib4・4nc3・6bqg）

●ロドプシン関連　→ モノはなぜ見える｜生体分子模型ウシロドプシンPDB 3PQR

※初期表示はPDB 3PQR（メタロドプシンII）
※初期着色：特性基I/O値順

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
（*印のみ）　HB選択（$印のみ）
RET選択（レチナール；ロドプシン関連データの一部）
空間充填　球棒　球10％　球30％　球60％　スティック（太）　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色 ∥ 濃赤　緑　濃ピンク　橙
糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別　疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順　コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）　ヒトの必須・非必須区別
水素結合表示｜ S-S結合表示　｜　
｜背景・黒　灰　白　紺
　Chain選択： A B C D E F G H I J K L M N O P

◆ロドプシン（ロドプシンファミリーは別名クラスA；バソロドプシン，ルミロドプシンなど含む） → モノはなぜ見える
1f88のChain A#（ウシロドプシン）　Gly90選択　Lys296選択　同PDBsumデータ1f88_RET$
1jfp（ウシロドプシン）　同PDBsumデータ1jfp_RET$
1ln6（メタロドプシンII）　同PDBsumデータ1ln6_RET$
1l9hのChain A#（ウシロドプシン）　同PDBsumデータ1l9h_RET[Chain A]$
1u19#（ウシロドプシン，Hg，Zn）　同PDBsumデータ1u19_RET$
2g87*#（バソロドプシン）　同PDBsumデータ2g87_RET$
2hpy*#（ルミロドプシン）　同PDBsumデータ2hpy_RET$
2i37#（光活性化ロドプシン）
2ped#（9-cis-ロドプシン）　同PDBsumデータ2ped_RET$
2x72*#（ウシロドプシン）　同PDBsumデータ2x72_RET$
2z73のChain A*（イカロドプシン）　同PDBsumデータ2z73_RET$
3pqr#（メタロドプシンII）　PDBsumによるレチナールのSITE選択　Gly90選択　Lys296選択　同PDBsumデータ3pqr_RET$ → 生体分子模型Kawakami Model
4bey*#（ウシロドプシン変異体G90D；先天停止性夜盲）　Asp90選択　Lys296選択
4pxf（ウシロドプシン；オクチル-β-D-グルコシドおよびGPCR共役制御タンパク質ファミリーのアレスチン〔B鎖〕が結合）　同PDBsumデータ4pxf_BOG406$　BOG_406A選択　［Arrestin - Wikipedia］
4ww3のChain A（イカロドプシン）　同PDBsumデータ4ww3_RET$
4zwjのChain A（ロドプシンとアレスチンのキメラタンパク質；フェムト秒X線レーザーによる）　→ Jmolトピック
5azdのChain A（好熱性ロドプシン）
5dys（ロドプシン；先天性停止性夜盲症〈CSNB〉に関係するT94I変異体）　同PDBsumデータ5dys_RET$ ｜ 5en0（同）　同PDBsumデータ5en0_RET$
5te3（ウシロドプシン；オクチル-β-D-グルコシドが結合）　同PDBsumデータ5te3_BOG[411(A)]$　BOG（ロドプシン内のβ-octylglucoside）選択｜ 5te5　同PDBsumデータ5te5_7AB$
5wkt（ウシロドプシン；オクチル-β-D-グルコシドが結合）　BOG（ロドプシン内のβ-octylglucoside）選択　7MA（EMPA）選択　同PDBsumデータ5wkt_BOG[405(A)]$
6fk6（ウシロドプシン；S-RS01が結合）　DOK（S-RS01）選択　BOG（ロドプシン内のβ-octylglucoside）選択　同PDBsumデータ6fk6_DOK$ ｜ PDBsumデータ6fk7_DO5（RS06結合）$ ｜ PDBsumデータ6fk8_DNZ（RS08結合）$ ｜ PDBsumデータ6fk9_DNK（RS09結合）$ ｜ PDBsumデータ6fka_DN5（RS11結合）$ ｜ PDBsumデータ6fkb_DLH（結RS13合）$ ｜ PDBsumデータ6fkc_DLB（RS15結合）$ ｜ PDBsumデータ6fkd_DL2（RS16結合）$
6pgs（ウシオプシン）　64Z（ゲラニオール）選択　Chain B（G alpha CT2 peptide）選択　同PDBsumデータ6pgs_64Z$ ｜ PDBsumデータ6ph7_NZZ（ネロール結合）$
6cmo（ロドプシン；G_iタンパク質が結合）
6fuf（ロドプシン；mini-G_oタンパク質が結合）　同PDBsumデータ6fuf_RET$
7mt9のModel 1（ロドプシン；GPCR特異的キナーゼ GRK1が結合）　［Rhodopsin kinase - Wikipedia］
8a6eのChain A（ウシロドプシン）　同PDBsumデータ8a6e_RET$
9eppのChain R（11,20-エタノレチナールが結合したハエトリグモロドプシンアイソフォーム1〈JSR1〉；cif→pdb変換）　同PDBsumデータ9epp_lp$
◆ロドプシン類似タンパク質（バクテリオロドプシンなど；GPCRには含まれない）
1c3w（バクテリオロドプシン）　同PDBsumデータ1c3w_RET$
1e0pのChain A（基底状態）（バクテリオロドプシン）　同PDBsumデータ1e0p_RET$
1h2s（センソリーロドプシンII）　Chain A　同PDBsumデータ1h2s_RET$　［Sensory rhodopsin II - Wikipedia］
1iw9*#（バクテリオロドプシン，光駆動プロトンポンプ）　同PDBsumデータ1iw9_RET$
7vgvのChain C（光駆動型イオンポンプロドプシンNM-R3）　Asn98・Thr102・Trp201・Asp231空間充填／α炭素ラベル表示　同PDBsumデータ7vgv_RET[301(A)]$
1qhj（バクテリオロドプシン）　同PDBsumデータ1qhj_RET$
1r2nのModel 1*（バクテリオロドプシン）　同PDBsumデータ1r2n_RET$
2z55のChain A*#（アーキロドプシン，バクテリオルベリン）　同PDBsumデータ2z55_RET$
4qidのChain A（高度好塩菌Haloquadratum walsbyiのバクテリオロドプシン）　同PDBsumデータ4qid_RET$　［Haloquadratum - Wikipedia］
4qry（ハロロドプシン）　A-C鎖選択　E-G鎖選択　BRとRET（Br^-とレチナール）選択　同PDBsumデータ4qry_RET$　タンパク質（Lys）選択　→ Jmolトピック
5b6v（バクテリオロドプシン；光照射前）｜ 5b6y（同；光照射後36.2 μs） ∥ 以下PDBsumデータ（リガンドはRET）： 5b6v（光照射前）　5b6w（光照射後16 ns）　5h2h（40 ns）　5h2i（110 ns）　5h2j（290 ns）　5b6x（760 ns）　5h2k（2 μs）　5h2l（5.25 μs）　5h2m（13.8 μs）　5b6y（36.2 μs）　5h2n（95.2 μs）　5h2o（250 μs）　5h2p（657 μs）　5b6z（1.725 ms）
5kkhのChain A（バクテリオロドプシン）　同PDBsumデータ5kkh_RET$
6csmのChain A（チャネルロドプシンGtACR1）　［Channelrhodopsin - Wikipedia］　同PDBsumデータ6csm_RET$
8yel（チャネルロドプシンGtCCR4）　同PDBsumデータ8yel_lp$
6csn（チャネルロドプシンiC++；at pH8.5）　同PDBsumデータ6csn_RET$ ｜ PDBsumデータ6cso_RET（at pH6.5）$
7e70（チャネルロドプシン）　同PDBsumデータ7e70_RET（250 ms structure）$ ｜同PDBsumデータ7c86_RET（dark state structure）$
7w9w（チャネルロドプシンChRmine）　同PDBsumデータ7w9w_RET$
6jo0（ウイルス型ロドプシン）　PDBsumデータ6jo0_RET（at pH6.5）$
6gux（アーキロドプシン3〈archaerhodopsin-3〉）　同PDBsumデータ6gux_RETs（レチナールはA構造，H原子付加）$ ｜ PDBsumデータ6guy_RET$　PDBsumデータ6guz_RET$　［Archaerhodopsin - Wikipedia］
6is6（ヘリオロドプシン）　Lys238（レチナールが結合）選択　同PDBsumデータ6is6_RET（1-オレオイル-R-グリセロールが結合）$　［Heliorhodopsin - Wikipedia］　→ Jmolトピック
6lm0のChain A（シアノロドプシン）
8h79（シアノロドプシン）　PDBsumデータ8h79_RET$
7e4gのChain A（シゾロドプシン4）　同PDBsumデータ7e4g_RET$

生体分子模型ウシロドプシンPDB 3PQR