3Dプリンタによる新生体分子模型Kawakami Model(「生物物理」掲載解説 [PDF]) 左から:GPCR例 ロドプシンPDB 3PQR|光合成関連3ARCのChain A|ヘモグロビン2HHB|Oct1/Sox2/DNA 複合体1GT0|リガンドだけ模型|鍵と鍵穴 ※ヘモグロビンについては共著書の数研出版「チャート式 新化学 化学基礎・化学」,ブルーバックス「動く分子事典」にも掲載。 ※Kawakami Modelの発注・問い合わせは現在共同開発者のスタジオミダスが窓口になっています。 ※発注時のデータはPyMOLで作成できます。 → 解説ページ例:BioKids Wiki,Windowsで行こう ※PyMOLについては「見てわかる構造生命科学」(化学同人)でも解説されています(図版・アニメーション動画閲覧サイト)。 ※2014/07/15のJavaアップデートでJmol分子が表示されない場合はこちらを参考にアップデートファイルを削除。 (この方法は自己責任でお願いします;アップデート版への対応検討中) ★スタジオミダスによりAlphaFold/AlphaFold2関連模型を製作していただきました(川上モデルと異なります)。シトクロムP450 3A4構造PDB 2V0MとUniProt accession P08684です。 ★スタジオミダスからSilMol-mini COVID-19 寄付対象モデル第3弾(PDB 7A98より)発売開始。実費を除き大阪大学未来基金に寄付されました(何れも完売)。 ★2016年から原子・分子とビッグヒストリーでも川上モデルを紹介しています。 ★新規模型結晶&結晶もどきセットを入手しました! → 川上モデル|リガンドだけ模型 市販誌掲載画像カラー版(クリックで拡大) ★本サイト運営などの業績で「化学コミュニケーション賞2013」を受賞致しました(2014/03/17授与式)。 → 授賞紹介ページ ★上掲模型を使ったカガク教室開催申込み受け付け中(画像クリックでチラシPDF表示)。 ★日本コンピュータ化学会 科学コミュニケーション室(分室)のページを公開しました! (サイエンスアゴラ2013出展など諸活動紹介) ★はやのん理系漫画制作室による日刊工業新聞『キラリ研究開発』(2014/01/13)で上記模型開発の川上 勝先生が紹介されました! 2013/08/21のTeNYテレビ新潟「夕方ワイド新潟一番」に入った 『3Dプリンター低価格化進み身近に…立体物を“印刷”する技術が産業・医療にも』で上掲模型紹介。 プロジェクトCANIでも各種企画展開中です! サイエンスアゴラに出展 → これまでの記録 2005/12,本サイト分子データを一部活用した理科ねっとわーく教材「神経とホルモン」が一般公開(現在公開中止) 2005/03/30,「国立科学博物館で分子と遊ぼう!!」を公開 |
本サイトでは,コンピュータのブラウザ上で3次元分子モデルを自由に動かしてみることのできるChimeおよびJmolを利用した教材コンテンツを多数公開してきたところ,それを利用したセミナーなどの依頼をいただくこともできました。またこれらについて一般公開イベントでも紹介してきており,2016年からは国内外で展開されているビッグヒストリーの紹介も開始しています。
そこで,これまでに担当した内容に基づいた出前講座(何れも中・高校生対象の場合は無料)を広く受け付けることにしました。ご関心のある方は,以下の要領を参考にしてお申し込み・お問い合わせください。新潟市内または東京都内を想定していますが,交通費をご負担くだされば遠隔地に出向くことも可能です。
村上龍さんによる「13歳のハローワーク」(幻冬舎)の最終章『明日のための予習』で取り上げられている3つの分野は,IT・環境・バイオとなっており,例えばバイオはタンパク3000プロジェクトが進められているなど,本当にホットで重要な分野です(最新ニュース掲載のバイオ関連トピックス参照)。
また,生体分子の美しさや秘密を知ることによって野生生物を含めて生命を尊重する考え方をもつことはとても大事なことだと考えています。
多くの方にお話を聞いていただけたら有り難いと思っています。
有機化学や生命科学に関心のある中・高校生または環境問題を学習している一般のグループなどを対象に出張講座を行います。受講者がインターネットを利用できる環境が望ましいですが,こちらでノートパソコンと液晶プロジェクタを持参してのオフラインでの講座も可能です。
Jmol(Windows XP/Vista対応)と多数の分子データを収録したCD-ROMがついた「パソコンで見る 動く分子事典」(講談社ブルーバックス)を当日著者割引きで販売することも可能です。その場合は必要部数取り寄せに時間がかかりますので,早めにご連絡ください。
ブログ記事(2009/01/01)参照 |
■過去のセミナー・講演例 ※過去に担当した以下のテーマ例を参考にしてお申し込みください。
●新しい感染症と食の危機 −牛,鳥 次々襲う病気−
●その他
【例】
【参考】本サイトの分子データが利用された例 ※2008年の例についてはブログ記事(2009/12/29)をご参照ください.
※2004/11/02にリニューアルオープンした国立科学博物館新館の地下3階(宇宙・物質・法則)にある『分子を作ってみよう』コンピュータ端末には,「パソコンで見る 動く分子事典」付録CD収録の分子データを変換したものがデモデータの一部として使用されています。
●生体分子のかたちの不思議 〜 DNA,プリオン,SARS,イオンチャネル 〜
2003/12/27,京都において中学生・高校生を対象として開催された第56回 Super Science Seminarにおける講義
生体内にも建築家がいる?
左図 上左:DNA部分構造例,上右:tRNA関連データ例(1ml5のChain B・C;コドンと遺伝暗号表参照),
下左:GFPの例(1hcj),下右:イオンチャネルタンパク質の例(1bl8)
右写真 セミナー会場のITBL棟フロアの電子ポスター
※左中央のサグラダ・ファミリアの画像は美学ホームページ 主宰者から提供していただいた写真を加工したものです.
2004/03/24,新潟市で開かれた「食とみどり県民会議学習会」における講演※2004/05/29,県央地域地場産業振興センター(三条市)でも講演
インフルエンザウイルスの構造
上記2テーマ以外の場合では,「分子の形と性質」学習帳で公開しているコンテンツを組み合わせた内容,あるいは最近の著作である,『生命を考える家庭科』や『情報の入出力を基本とした食の安全教育と「食育」 』に関係した内容でお話をさせていただくことも可能ですので,原案を作成の上お問い合わせください。
バイオインフォマティクス(「13歳のハローワーク」p.451参照)をテーマとして,以下のコンテンツなどを組み合わせて実施(オンライン環境必須)
セントラルドグマとRNAワールド
   
中:JST理科ねっとわーく・デジタル教材「神経とホルモン〜細胞間の情報伝達〜」(一般公開版 [2005/12 公開!])に収録された分子モデル例
右:英語版分子モデルリストがハンガリー語版に翻訳された例
※その他,Webページ・講義資料・ポスターでの利用やテレビ放映(TBS「探険!ホムンクルス」およびテレビ朝日「大人のソナタ」;下掲),Web動画教材(燃料電池電解質膜,ハイドロゲル)など多数。
※また本サイトは,Yahoo!/化学,同/環境関連,Google/化学 などに収録されているほか,多くの書籍等で紹介していただいています。
〔左〕β-エンドルフィン:TBS「探険!ホムンクルス」2003/11/01放映(参考:探険! ホムンクルス - Wikipedia)
〔右〕p53:テレビ朝日「大人のソナタ|第2回 恋は体に良いって本当?」2009/05/10放映 (参考:大人のソナタ - Wikipedia,ブログ記事)
国立科学博物館の展示で利用された分子例(「国立科学博物館で分子と遊ぼう!!」参照)
Newton 2009年06月号の特集『有機化学とは何か』の分子モデルイラストに本サイトのデータが多数利用されました!
※ブログ記事(2009/04/26)参照
また同書の内容等をまとめたNewton別冊『すぐわかる! ビジュアル化学 改訂新版』(現在は2018年刊『学びなおし 中学・高校化学』にも転載されています。 → Jmolトピック
あんな分子こんな分子
Googleイメージ検索による本サイト内の“分子”検索結果
【御礼】以下のメディア等で本企画および関連コンテンツを紹介していただきました!
- 新潟日報,2004/04/06付け教育欄記事
- 新潟きょういく通信,2004/04/20付けメールマガジン記事
- 2004/08,Dnavi(国立国会図書館データベース・ナビゲーション・サービス)にPDB部分データによるコンテンツ集が収録(“生体分子”で検索可能)