共通商品券商品券の有効期限については殆どの発行団体が無期限としているが、最近は有効期限付きに切り替える団体が少数だが、出始めている（以前から有効期限をつけている発行団体としては、６年前から踏み切った、あきた共通商品券協同組合がある）。
新潟県の長岡市共通商品券協同組合は５月発行分から、東京の世田谷区商店街振興組合連合会は６月発行分から、有効期間を約５年としている。２団体とも従来は無期限だった。
無期限とする主な理由は、
(1)消費者にとっては、無期限で使えることが望ましい
(2)有効期限をつける場合は、チェック作業もやや煩雑になる
――など。
それでも有効期限付きに切り替える理由としては、財務と管理上の問題のため。
財務上の問題とは、「有効期限無期限の商品券は、発行４年度目末の未回収商品券をその翌年度に益金算入する（益金算入した未回収商品券がその後、回収された場合はその翌年度に損金参入する）」（国税庁の通達）こと。
有効期限無期限の共通商品券は、「未回収として益金算入」した共通商品券の引換にも無期限に応じなければならず、そのための原資（預り金）を確保しておく必要がある。また、累計未回収分が1,000万円以上の場合は半額以上を国に供託する義務がある。
これは未回収分をきちんと保管しておけば、供託や回収についての問題は生じないが、発行４年度目末の未回収商品券は収益とみなされ課税対象となるという問題がある。
管理その他の問題としては、
(1)収益に計上した発行４年度目末の未回収商品券が５年目以降に回収される都度、損金として記帳する必要がある。
(2)未回収分が最終的に何％回収されるかわからないので、どの程度預かり金にすればいいかの判断が難しい（100％の回収を前提とすれば回収分の支払いの心配はなくなるが、税金の問題が残る）
――などがある。
有効期限の問題は、商品券だけでなくスタンプ・ポイントカードも同様にある。
新潟県佐渡市のトキカード協同組合でも、従来無期限だったポイントの有効期間を昨年10月発行分から４年としている。
長岡市共通商品券協組の新商品券。裏には広告も掲載
世田谷区商連の新商品券。500円券と1000円券
写真はあきた共通商品券協組の2006年度発行分商品券。裏には広告も掲載
