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川上モデル|分子・結晶・リガンド模型
原子・分子とビッグヒストリー

呼吸鎖の複合体I
書籍紹介トピック: ニック・レーン「生命、エネルギー、進化」(みすず書房)
第100回サイエンスカフェにいがた『科学書を翻訳するという仕事』(2017/09/10,新潟市)


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書籍紹介トピック: 池田善昭・福岡伸一,「福岡伸一、西田哲学を読む」(明石書店)



鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例

光合成に関係する生体分子のSITE例(歪んだ椅子)

窒素から見る生命の世界
→ 関連Jmolトピック

Mo化合物,W化合物を含む生体分子のSITE例

ヘモグロビン

チューブワーム由来ヘモグロビンPDB 1YHU(24量体)とヒトのヘモグロビンPDB 1HHO(4量体,オキシヘモグロビン)
ヘモグロビン | チューブワーム関連データのSITE例
※参考: 深海2017(国立科学博物館)

DNAとRNAのいろいろな姿

PDBデータ4oo8のChain A-C(Cas9タンパク質-ガイド鎖RNA-標的DNAの複合体;CRISPR/Cas9関連)
→ CRISPR関連生体分子データ ─ゲノム編集を考える

アルツハイマー病患者の脳に蓄積するタウタンパク質フィラメント
→ アルツハイマー病治療薬
※参考: Tau protein - Wikipedia

β2アドレナリン受容体-Gタンパク質複合体構造例 PDBデータ3sn6
→ GPCR - 2012年ノーベル化学賞

フラーレン(C60)結合ペプチド5et3のPDBsumデータ
→ Jmolトピック

カーボンナノベルト(carbon nanobelt;CNB)
→ Jmolトピック

新抗生物質シュードウリジマイシン(pseudouridimycin)
→ Jmolトピック

自然免疫に関係するToll様受容体の例;2本鎖RNAを含むTLR3の構造例 PDBデータ3ciy
→ Toll様受容体


2014年は世界結晶年!
→ 2015年は国際光年!

危険ドラッグ(モル・タロウ着色;画像はAKB48〔APINACA〕)

ジカウイルスの構造例5ireの360量体(Chain A-F×60)
→ Jmolで見るジカウイルス

PDBデータ3av1(ヒストンH3.2変異体を含むヒトのヌクレオソーム構造)
→ Jmolトピック | ヌクレオソーム関連別トピック

[左]イベルメクチンB1a [右]PDBデータ3rhw(イベルメクチンが結合)
→ Jmolトピック(2015年ノーベル生理学医学賞)

2014年にエボラ出血熱感染拡大

分子モデルで見るノーベル賞
= Jmolカラーによる3Dプリンタ模型(川上モデル) =

ヘモグロビン

ウシロドプシンPDB 3PQR

光合成に関係する生体分子PDB 3ARC

Oct1/Sox2/DNA 複合体 - iPS細胞の山中因子から(右はPyMOLで作成)

川上モデル|分子・結晶・リガンド模型
※臨時リンク[3](日本コンピュータ化学会@サイエンスアゴラ2017用): パワポ資料 | 有機概念図簡易計算アプリ | デモ用YouTube推薦動画集
※臨時リンク[2](科学発信!! Kumamoto用): 有機概念図簡易計算アプリ | パワポ資料 | デモ用YouTube推薦動画集
※臨時リンク[1](電気通信大学『サイエンス・コミュニケーション演習』2017用): 演習用パワポ(抜粋) | デモ用YouTube推薦動画集 | 『市民研通信』第42号 掲載原稿

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