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◆ 生体分子は対称形がお好き？ ◆
＝ PQS，RCSB PDBによるタンパク質複合体構造（Jmol版） ＝
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PQS（Protein Quaternary Structure）による複合体構造例
※PQS作成データから座標値以外を除いて作成（一部は水分子も削除）。
※ファイルサイズが大きく，読み込みに時間がかかるデータもあります。
※PQS QUICKはPDBの新データにも対応しています。
《 初期表示は1ekrの六量体 》

    ★2009/08以降，PQSに代わってRCSB PDBで多量体データが入手できるようになりました。そちらを利用したものはPDB IDの直後の括弧内に“n量体”（nは数字）と明記しています（PDB公開データ以下に掲載）。
●二量体
116d* 〈RCSB PDB〉 〔A-DNA，DNAとRNAのいろいろな姿〕
1a59 〈RCSB PDB〉 〔クエン酸シンターゼ，Molecule of the Month〕
1l3w* 〈RCSB PDB〉 〔C-カドヘリン，Molecule of the Month〕
2got* 〈RCSB PDB〉 〔バルジ塩基（不対塩基）を含むDNA〕
2hzp 〈RCSB PDB〉 〔キヌレニン分解酵素〕
2weq 〈RCSB PDB，今月の分子〉 〔Hsp90，ゲルダナマイシン（Hsp90阻害剤）〕
●三量体
1iwg* 〈RCSB PDB〉 〔多剤排出タンパク質AcrB，JST資料〕
1mg1* 〈RCSB PDB〉 〔HTLV-1エンベロープのgp21〕
1qko* 〈RCSB PDB〉 〔バクテリオロドプシン〕
1r13* 〈RCSB PDB〉 〔肺サーファクタント〕
1wp1* 〈RCSB PDB〉 〔緑膿菌の薬剤排出ポンプ，KEK資料〕
2b2j* 〈RCSB PDB〉 〔AMT1型アンモニウム輸送体，Xe〕
2d4n 〈RCSB PDB〉 〔デオキシウリジントリフォスファターゼ，dUTPase〕
2et0 〈RCSB PDB〉 〔three-way DNA junction〕
2i1x* 〈RCSB PDB〉 〔バクテリオロドプシン〕
2hr6 〈RCSB PDB〉 〔dUTPase〕
2ibl 〈RCSB PDB〉 〔ヌクレオカプシドタンパク質〕
2npo 〈RCSB PDB〉 〔トランスフェラーゼ〕
2oi6 〈RCSB PDB〉 〔二機能性タンパク質glmU；Chain A × 3〕
2uuh 〈RCSB PDB〉 〔ロイコトリエンC4合成酵素〕
2w1b 〈RCSB PDB〉 〔排出ポンプ AcrB，胆汁酸〕
2yvv 〈RCSB PDB〉 〔hyluranidase〕
4pnp 〈RCSB PDB〉 〔プリンヌクレオシドフォスフォリラーゼ〕
●四量体
1a4q 〈RCSB PDB〉 〔ノイラミニダーゼ〕
1fqy 〈RCSB PDB〉 〔アクアポリン，AQP1〕
1jc9 〈RCSB PDB〉 〔タキレクチン〕
1nn2 〈RCSB PDB〉 〔ノイラミニダーゼ，Molecule of the Month〕
2b6p* 〈RCSB PDB〉 〔アクアポリン，AQP0〕
2cg9 〈RCSB PDB，今月の分子〉 〔Hsp90；Chain A・B × 2〕
2d57 〈RCSB PDB〉 〔アクアポリン，AQP4〕
2iia 〈RCSB PDB〉 〔センサリーロドプシン，トランスデューサー〕
2ptm 〈RCSB PDB〉 〔チャネル（hyperpolarization-activated channel）〕
2qwk 〈RCSB PDB〉 〔鳥インフルエンザウイルスN9のノイラミニダーゼ（オセルタミビル〈タミフル〉が変化したGS4071結合）〕
3bc8 〈RCSB PDB〉 〔セレノシステイン合成酵素，Molecule of the Month〕
3c02* 〈RCSB PDB〉 〔アクアグリセロポリン〕　グリセリン（グリセロール）選択
3e86* 〈RCSB PDB〉 〔NaKチャネル（セレウス菌）〕
3eau 〈RCSB PDB〉 〔K+チャネル，コルチゾン（コーチゾン）〕
3ldh 〈RCSB PDB〉 〔乳酸デヒドロゲナーゼ，Molecule of the Month〕
●六量体
1ekr 〈RCSB PDB〉 〔モリブデン補因子生合成タンパク質〕
1k28 〈RCSB PDB〉 〔T4ファージのgp5タンパク質；Chain A・D × 3，資料例〕
1muh 〈RCSB PDB〉 〔トランスポザーゼとDNA；Chain A-C × 2，資料例〕
1ub4 〈RCSB PDB〉 〔MazEFタンパク質複合体〕
1yyf 〈RCSB PDB〉 〔HslUV，資料例〕
2bqx 〈RCSB PDB〉 〔ヘリコバクター・ピロリ由来の無機ピロホスファターゼ〕
2cmn 〈RCSB PDB〉 〔センサータンパク質FixL，ヘムPASドメイン〕
2g13* 〈RCSB PDB〉 〔カルボキシソーム〕
2hmm（PQSでは十二量体）のChain A-F 〈RCSB PDB〉 〔芳香環ジオキシゲナーゼ，アントラセン〕
2jen 〈RCSB PDB〉 〔キシログルカナーゼ〕
2iq5 〈RCSB PDB〉 〔ウリジンホスホリラーゼ；Chain A・B × 3〕
2nyd 〈RCSB PDB〉 〔黄色ブドウ球菌由来（機能不明）；Chain A・B × 3〕
2prd 〈RCSB PDB〉 〔高度好熱菌由来の無機ピロホスファターゼ〕
2r79 〈RCSB PDB〉 〔ペリプラズム（周辺質）結合タンパク質〕
2uxy 〈RCSB PDB〉 〔緑膿菌由来のアミダーゼ〕
2v08 〈RCSB PDB〉 〔シトクロムc6；Chain A・B × 3〕
3cf1 〈RCSB PDB〉 〔p97，バロシン含有タンパク質（VCP）；Chain A-C × 2，資料例〕
3dxr* 〈RCSB PDB〉 〔Tim9-Tim10複合体，シャペロン；Chain A・B × 3〕
●八量体
1c3m* 〈RCSB PDB〉 〔レクチン〕
2cwx 〈RCSB PDB〉 〔ルビスコ〕
2e7w 〈RCSB PDB〉 〔転写制御因子（hypothetical）〕
2ehz 〈RCSB PDB〉 〔ジオキシゲナーゼ（二原子酸素添加酵素）〕
2gu0 〈RCSB PDB〉 〔ロタウイルス〕
2jf6 〈RCSB PDB〉 〔ストリクトシジン-O-β-D-グルコシダーゼ；Chain A・B × 4〕
2vao 〈RCSB PDB〉 〔フラビン酵素〕
2zbc* 〈RCSB PDB〉 〔転写制御因子（hypothetical）〕
●九量体
1f6a 〈RCSB PDB〉 〔ヒトIgE-Fc；Chain A・B・D × 3〕
1fwe 〈RCSB PDB〉 〔ウレアーゼ；Chain A-C × 3〕
1kqg 〈RCSB PDB〉 〔ギ酸脱水素酵素；Chain A-C × 3〕
2d3g 〈RCSB PDB〉 〔ユビキチン，Hrs-UIM；Chain A・B・P × 3〕
●十量体
1wm9 〈RCSB PDB〉 〔GTPシクロヒドロラーゼ I〕
1yep 〈RCSB PDB〉 〔ペルオキシレドキシン，AhpC〕
●十二量体
1coa 〈RCSB PDB〉 〔キモトリプシンインヒビター〕
1k4c 〈RCSB PDB〉 〔Kチャネル KcsA-Fab；Chain A-C × 4，資料例，Wikipedia記事〕
2cie 〈RCSB PDB〉 〔フラボタンパク質〕
2d00 〈RCSB PDB〉 〔V型ATPアーゼ／ATP合成酵素；Chain A-F × 2〕
2dhq 〈RCSB PDB〉 〔3-デヒドロキナ酸デヒドラターゼ〕
2dwe 〈RCSB PDB〉 〔Rbイオンを含むKcsA-Fab-TBA複合体；Chain A-C × 4〕 ｜ Chain C・D・H・J（四量体；Chain C × 4）
2exs* 〈RCSB PDB〉 〔TRAP（trp RNA binding attenuation protein），資料例 [PDF]〕
2gic 〈RCSB PDB〉 〔水疱性口内炎ウイルスの核タンパク質‐RNA複合体〕
2hjf* 〈RCSB PDB〉 〔Kチャネル KcsA-Fab；Chain A-C × 4，資料例〕 ｜ Chain C・D・H・J（四量体；Chain C × 4）
2ipo 〈RCSB PDB〉 〔アスパラギン酸トランスカルバモイラーゼ；Chain A-D × 3〕
2j9a 〈RCSB PDB〉 〔アミノペプチダーゼとmicroginin；Chain A・D × 6〕
2os5 〈RCSB PDB〉 〔マクロファージ遊走阻止因子；Chain A-D × 3〕
2vjr* 〈RCSB PDB〉 〔フィコエリトリン（色素タンパク質）；Chain A・B × 6〕
●十四量体
7ins* 〈RCSB PDB〉 〔インスリン〕
●十五量体
2e0z 〈RCSB PDB〉 〔超好熱古細菌 Pyrococcus furiosus；Chain A-C × 5〕　※他に3種の多量体
●十六量体
1a6d 〈RCSB PDB〉 〔II型シャペロン，CCT/TRiC；Chain A・B × 8〕
1qtj（アミノ酸区別不可） 〈RCSB PDB〉 〔血清アミロイドP成分，アメリカカブトガニ；Chain A・B × 8〕
1v5w 〈RCSB PDB〉 〔Dmc1タンパク；Chain A・B × 8〕
2hlc 〈RCSB PDB〉 〔コラゲナーゼ〕
●十八量体
1eyx* 〈RCSB PDB〉 〔フィコエリトリン〕
●二十量体
1aym 〈RCSB PDB〉 〔ライノウイルス；Chain 1-4 × 5〕
●二十四量体
1e9z 〈RCSB PDB〉 〔ウレアーゼ，ヘリコバクター・ピロリ菌；Chain A・B × 12〕
1fha 〈RCSB PDB〉 〔フェリチン（H鎖）；RCSB - Molecule of the Month〕
1shs 〈RCSB PDB〉 〔低分子量熱ショックタンパク質；Chain A-H × 3〕
2z5r 〈RCSB PDB〉 〔フェリチン；JASRIプレスリリース〕
●四十九量体
2tmv（水分子削除） 〈RCSB PDB〉 〔タバコモザイクウイルス；RCSB - Molecule of the Month，CYLINDRICAL POLAR SYMMETRY〕
●百八十量体
1na4 〈RCSB PDB〉 〔黄熱ウイルスのエンベロープ（α炭素のみ）；Chain A-C × 60〕
以下はPDBオリジナルデータが対称構造をもつ多量体であるもの，またはRCSB PDBで提供している多量体計算構造
◆二量体
3daa〔D-アミノ酸トランスフェラーゼ〕
◆三量体
1a0t〔ポーリン（ポリン）, βバレル構造〕
1fq0〔KDPGアルドラーゼ〕
1v9bのChain A-C〔CutA1；理研資料〕
　　※参考15Glu-36Arg・24Glu-68Arg球棒表示（理研資料図3の一部）
2drd〔AcrB（多剤排出トランスポーター，A鎖にミノサイクリン結合）；今月の分子〕 [NEW!]
◆四量体
1ldnのChain A-D*〔乳酸デヒドロゲナーゼ〕
2b8h〔ノイラミニダーゼ〕
2gvm*〔ハイドロフォビン，界面活性剤〕
◆五量体
1chp〔コレラ毒素〕
1cqf〔志賀毒素〕
1geh〔ルビスコ〕
1msl（現在2oarに置換）〔結核菌のMscL（機械受容チャネル）ホモログ〕
2rcf*〔カルボキシソーム，OrfA〕
2oarに置換）〔結核菌のMscL（機械受容チャネル）ホモログ〕
2w8fのChain A-E*〔ジャンボアメフラシ，アセチルコリン受容体，三環系抗うつ剤，in silico〕
2zju*〔アセチルコリン結合タンパク質，ヨーロッパモノアラガイ，イミダクロプリド（殺虫剤）〕
3ezk〔バクテリオファージT4，分子モーター（α炭素のみ）〕
◆六量体
2iuu〔FtsKモータードメイン〕
1tf7〔時計タンパク質KaiC；JST資料〕
1u7k*〔レトロウイルスのカプシド〕
2oyyのChain C-H〔ヘムタンパク質，HTHP（Unknown Function）〕
◆七量体
1g31*〔GroES コシャペロニン〕
1g65のChain A-G〔プロテアソーム（偽ヘプタマー）〕
7ahl*〔α-ヘモリシン〕
◆八量体
1lnq〔Kチャネル，資料例，Wikipedia記事〕
1uun（8量体；A・B鎖×4）〔ポリン〕
2qmi〔ペニシリン結合タンパク質ホモログ（パイロコッカス・アビシ由来）〕
◆九量体
2ao9〔ファージタンパク質（セレウス菌由来）〕
2b7f*〔HTLV-1プロテアーゼ〕
3b8n〔多糖類コポリメラーゼ〕
◆十量体
1zof*〔アルキルヒドロペルオキシド還元酵素（AhpC，ピロリ菌由来）〕
2a3x〔血清アミロイドP成分〕
2c9tのChain F-J・P-T〔アセチルコリン結合タンパク質，コノトキシン〕
2db4〔V型ATPアーゼ（生体分子モーター）〕
2e2m*〔抗酸化タンパク質ペルオキシレドキシン；産総研資料〕　Cys(CSD)42・His50選択
2nvl*〔抗酸化タンパク質ペルオキシレドキシン；産総研資料〕　Cys(OCS)42・His50選択
◆十一量体
1kn0*〔Rad52；理研資料〕
2gttChain A-K・W（十一量体＋RNA）〔狂犬病ウイルスの核タンパク質＋RNA鎖〕
◆十二量体
1fpy〔グルタミン合成酵素；RCSB - Molecule of the Month〕
1ji4〔好中球活性化タンパク質（NAP，ピロリ菌由来）〕
2ga6のChain A-L〔SARSコロナウイルス〕
3h3w〔バクテリオファージT4，gp6，ドーム型〕
3h3y〔バクテリオファージT4，gp6，スター型〕
◆十四量体
1tznのChain A・B・C・D・E・F・O・a・b・c・d・e・f・o〔炭疽毒素受容体；RCSB - Molecule of the Month〕
2zl0〔ATP依存性Clpプロテアーゼ〕
◆二十一量体
2rcj〔ヒトIgM（α炭素のみ）〕
◆二十四量体
1mfr*〔フェリチン；RCSB - Molecule of the Month〕

バックボーン　二次構造 ｜ DNA/RNA（ATGCU，backbone）
全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　リガンド選択　（*印のみ）
 空間充填　球棒　球10％　球25％　球30％　球60％　スティック　スティック（太）　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色 ∥ 濃赤　濃青　緑　濃ピンク
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別　疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順　コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
 水素結合表示 ｜ S-S結合表示　 ｜ 　　 ｜ 背景・黒　灰　白　紺


PQS QUICK ｜ PQS（Protein Quaternary Structure）
※PQS Protein Quaternary Structure ABOUT


2tmvの四十九量体（画像クリックで拡大）
Molecule of the Month（PDB，2009/01），Tobacco Mosaic Virus（タバコモザイクウイルス，TMV）
※参考文献例：C.K.Mathews ほか著，清水孝雄 ほか監訳，「カラー生化学」，pp.34-35，西村書店(2003)

タバコモザイクウイルスのデータ例2tmvのPQSによる49量体

  
〔左〕2dhqの十二量体
〔右〕1aymの二十量体（PDB元データ×5；さらに多数のサブユニットが集まってサッカーボール型の20面体を形成）


十一角形の1kn0（オリジナルPDBデータが十一量体）
※ヒトDNA組み換え修復の分子メカニズムの一端を解明（理化学研究所，2002/08/16）
※壁紙：　1024*768 ｜ 800*600

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