氷構造も水素結合による
※参考：水の氷化過程の分子動力学シミュレーション（名古屋大学）*
※Googleイメージ検索による『水素結合』検索結果*，同『hydrogen bond”』*

演習１　生体分子中の水素結合の例（太字はPDB ID）　　↑TOP
《 水素結合は原子種と結合距離などから自動描出されるため，不要な結合が表示される場合もある 》
※任意のPDBデータをハードディスク保存して以下のような表示を可能にする方法 → PDBデータを詳細に見るために

●DNA関連 DNA部分構造例　…初期表示 　 DNA部分構造例（A-T） 　 DNA部分構造例（G-C） 1d66のChain D・E 1n4eのChain A・B（チミンダイマー含む） ●Protein関連 6rsa 　 6rsaのα-helix部分の例（Tyr25-Ser32） 　 6rsaのβ-sheet部分の例（Val43-Val47 & Arg85-Ile81）…逆平行 1juy 　 1juyのα-helix部分の例（Asp153-Leu172） 　 1juyのβ-sheet部分の例（Val4-Gly8 & Tyr261-Ile265）…平行 参考データ（表1の順にアミノ酸20種をα構造で結合） ●DNA＋Protein 1bnz ●RNA（水素結合表示不可） 1g59のChain B（tRNAGlu）

タンパク質バックボーン 同・二次構造 リガンド表示 OFF 水分子表示（*印データのみ）　 OFF 全選択 リガンド選択 タンパク質選択 DNA/RNA全選択 同・糖＆リン酸選択 空間充填 球棒 スティック OFF 原子色（CPK） amino色 DNA/RNA塩基色（ATGCU） ラベル表示（アミノ酸） OFF ドット表面表示 OFF 水素結合（細） 同（太） OFF 光沢表示 OFF ｜ 光量30% OFF 背景・黒 背景・灰 背景・白 回転 OFF ｜ 画像をクリップボードへコピー 酸性・中性・塩基性アミノ酸区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 等電点順 ※amino表示の凡例 ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO ＝ 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 ＝ ※酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例 ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS ※極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別 SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP ※疎水性インデックス順 ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE ※等電点順 ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG