アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
|
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 （*印のみ） HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球10％ 球30％ 球60％ スティック（太） 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 ∥ 濃赤 緑 濃ピンク 橙 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 ｜ S-S結合表示 ｜ ｜ 背景・黒 灰 白 紺 Chain選択： A B C D E F G H I J K L M N O P |
◆Mas関連Gタンパク質共役型受容体D（MrgD） 7y12のChain R（Mas関連Gタンパク質共役型受容体D） Ser234空間充填／α炭素ラベル表示 同PDBsumデータ7y12_BAL（β-アラニン）$ ［MRGPRD - Wikipedia］ 9dqhのChain A（MRGPRD GPCR；アゴニストEP-2825が結合したMAS関連GPCR D，cif→pdb変換） 同PDBsumデータ9dqhA_lp$ ◆MRGPRX2関連 7s8oのChain R（MRGPRX2；(R)-Zinc-3573が結合） 同PDBsumデータ7s8o_8IU$ ｜ PDBsumデータ7s8n_8IU$ ［MRGPRX2 - Wikipedia］ 7vv6（MRGPRX2；C48/80が結合） 同PDBsumデータ7vv6_6IB$ ｜ PDBsumデータ7vv5_6IB$ PDBsumデータ7vdh_6IB$ ◆ムスカリン性アセチルコリン受容体関連 5cxv（ムスカリン性アセチルコリン受容体M1；アンタゴニストのチオトロピウム結合，Kobilkaらによる） 0HK（チオトロピウム）選択 同PDBsumデータ5cxv_0HK$ ［Muscarinic acetylcholine receptor - Wikipedia］ 6oij（ムスカリン性アセチルコリン受容体M1；G11タンパク質とイペロキソ結合，Kobilkaらによる） IXO（イペロキソ）選択 同PDBsumデータ6oij_IXO$ 6wjc（ムスカリン性アセチルコリン受容体M1；muscarinic toxin 7とアトロピン結合，Kobilkaらによる） Chain C（muscarinic toxin 7）選択 OIN（アトロピン）選択 同PDBsumデータ6wjc_OIN$ ［Muscarinic toxin 7 - Wikipedia］ 6zfz（ムスカリン性アセチルコリン受容体M1；77-LH-28-1結合） QJT（77-LH-28-1）選択 同PDBsumデータ6zfz_QJT$ ［77-LH-28-1 - Wikipedia］ 3uon（ムスカリン性アセチルコリン受容体M2；アンタゴニストC21H23NO3結合） 同PDBsumデータ3uon_QNB$ 4mqt（ムスカリン性アセチルコリン受容体M2；ナノボディが結合） IXO（iperoxo）選択 同PDBsumデータ4mqt_IXO$ 同PDBsumデータ4mqt_2CU（LY2119620）$ 5yc8（ムスカリン性アセチルコリン受容体M2；アンタゴニストのN-メチルスコポラミン結合） 同PDBsumデータ5yc8_3C0$ ∥ PDBsumデータ5zk8_3C0$ PDBsumデータ5zkc_3C0$ PDBsumデータ5zk3_QNB$ PDBsumデータ5zkb_82F$ 6oik（ムスカリン性アセチルコリン受容体M2；Goタンパク質とイペロキソ結合，Kobilkaらによる） 同PDBsumデータ6oik_IXO$ 6u1nのChain C・R（ムスカリン性アセチルコリン受容体M2；βアレスチン1とアゴニスト結合） Chain C（βアレスチン1）選択 2CU（アゴニスト）選択 同PDBsumデータ6u1n_2CU$ 7t94のChain A（ムスカリン性アセチルコリン受容体M2；アゴニストLY2119620結合，Kobilkaらによる） 2CU（アゴニスト）選択 同PDBsumデータ7t94_lp$ 4dajのChain A（ムスカリン性アセチルコリン受容体M3；チオトロピウム結合，Kobilkaらによる） 同PDBsumデータ4daj_0HK$ 4u14（ムスカリン性アセチルコリン受容体M3；アンタゴニストのチオトロピウム結合，Kobilkaらによる） 同PDBsumデータ4u14_0HK$ 5zhpのChain A（ムスカリン性アセチルコリン受容体M3；アンタゴニスト結合，Kobilkaらによる） 同PDBsumデータ5zhp_9EC$ 8ea0（ムスカリン性アセチルコリン受容体M3；アゴニストのイペルオキソ〈iperoxo〉結合） 同PDBsumデータ8ea0_lp$ 5dsgのChain A（ムスカリン性アセチルコリン受容体M4；インバースアゴニストのチオトロピウム結合，Kobilkaらによる） 0HK（チオトロピウム）選択 同PDBsumデータ5dsg_0HK$ 7trpのChain R（ムスカリン性アセチルコリン受容体M4；イペルオキソ〈iperoxo〉とLY2033298結合） 同PDBsumデータ7trp_IXO_lp（イペルオキソ〈iperoxo〉）$ 同PDBsumデータ7trp_IUE_lp（LY2033298）$ ｜ PDBsumデータ7trq_IUI_lp（VU0467154）$ 7v6aのChain R（ムスカリン性アセチルコリン受容体M4） 同PDBsumデータ7v6aR_lp$ 8fx5のChain R（ムスカリン性アセチルコリン受容体M4；アゴニストのキサノメリン〈xanomeline〉結合） 同PDBsumデータ8fx5_XNO[501(R)]$ ◆アデノシン受容体関連 5uenのChain A（アデノシンA1受容体；アゴニストDU172結合） DU1（DU172）選択 同PDBsumデータ5uen_DU1$ ［Adenosine receptor - Wikipedia，Adenosine A1 receptor - Wikipedia］ 5n2s*（アデノシンA1受容体；アンタゴニストPSB36結合，以下のA2A受容体5mzj・5mzp・5n2rと同じ研究） 8K8（PSB36）選択 同PDBsumデータ5n2s_8K8$ 6d9h（アデノシンA1受容体；Giタンパク質とアデノシンが結合） 同PDBsumデータ6d9h_ADN$ 7ld3のChain R（アデノシンA1受容体；MIPS521とアデノシンが結合） 同PDBsumデータ7ld3_XTD（MIPS521）$ 同PDBsumデータ7ld3_ADN（アデノシン）$ ｜ PDBsumデータ7ld4_ADN（アデノシン）$ 3eml%（アデノシンA2A受容体；アンタゴニストZM241385結合） ZMA（ZM241385）選択 同PDBsumデータ3eml_ZMA$ ［Adenosine A2A receptor - Wikipedia］ 3pwh（アデノシンA2A受容体〔Mutation: A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A〕；アンタゴニストZM241385結合） 同PDBsumデータ3pwh_ZMA$ 5uvi（アデノシンA2A受容体〔Mutation: M1007W, H1102I, R1106L〕；ZM241385結合） 同PDBsumデータ5uvi_ZMA$ 3qak*%（アデノシンA2A受容体；アゴニストUK-432097結合） 同PDBsumデータ3qak_UKA$ 3rfm（アデノシンA2A受容体；カフェイン結合） 同PDBsumデータ3rfm_CFF$ 3vg9（アデノシンA2A受容体と抗体フラグメントFabの複合体；アンタゴニストZM241385結合） 同PDBsumデータ3vg9_ZMA$ 5g53のChain A・C（アデノシンA2A受容体；mini-GsとアゴニストNECAが結合） NECA選択 GDP選択 同PDBsumデータ5g53_NEC（NECA）$ 5iu4（アデノシンA2A受容体；ZM241385結合） 同PDBsumデータ5iu4_ZMA（4-{2-[(7-amino-2-furan-2-yl[1,2,4]triazolo[1,5- a][1,3,5]triazin-5-yl)amino]ethyl}phenol）$ ∥ 以下は同時公開データのPDBsumデータ： 5iu7_6DY（2-(furan-2-yl)-N~5~-[2-(4-phenylpiperidin-1-yl) ethyl][1,2,4]triazolo[1,5-a][1,3,5]triazine-5,7- diamine）$ ｜ 5iu8_6DZ（2-(furan-2-yl)-N~5~-[2-(4-methylpiperazin-1-yl) ethyl][1,2,4]triazolo[1,5-a][1,3,5]triazine-5,7- diamine）$ ｜ 5iua_6DX（2-(furan-2-yl)-N~5~-[3-(4-phenylpiperazin-1-yl) propyl][1,2,4]triazolo[1,5-a][1,3,5]triazine-5,7- diamine）$ ｜ 5iub_6DV（N~5~-{2-[4-(2,4-difluorophenyl)piperazin-1-yl]ethyl}-2- (furan-2-yl)[1,2,4]triazolo[1,5-a][1,3,5]triazine-5,7- diamine）$ 5k2a（アデノシンA2A受容体；ZM241385結合） 同PDBsumデータ5k2a_ZMA$ ∥ 以下は同時公開データのPDBsumデータ（リガンドは何れもZM241385）： 5k2b_ZMA$ ｜ 5k2c_ZMA$ ｜ 5k2d_ZMA$ 5mzj（アデノシンA2A受容体；テオフィリン結合，5mzp・5n2r・5n2s〈A1受容体〉と同じ研究） TEP（テオフィリン）選択 同PDBsumデータ5mzj_TEP$ 8pwn（アデノシンA2A受容体；テオフィリン結合） TEP（テオフィリン）選択 同PDBsumデータ8pwn_lp$ 5mzp（アデノシンA2A受容体；カフェイン結合） CFF（カフェイン）選択 同PDBsumデータ5mzp_CFF$ 5n2r（アデノシンA2A受容体；アンタゴニストPSB36誘導体結合） 8JN（PSB36誘導体）選択 同PDBsumデータ5n2r_8JN$ 5olo（アデノシンA2A受容体；アンタゴニストtozadenant結合） 9XW（tozadenant）選択 同PDBsumデータ5olo_9XW$ ∥ 以下は同時公開データのPDBsumデータ： 5olg_ZMA 5olh_9XT 5olv_9Y2 5olz_T4E 5om1_T4E 5om4_T4E 5uig（アデノシンA2A受容体；新規アンタゴニスト結合） 8D1（アンタゴニスト）選択 同PDBsumデータ5uig_8D1$ 5vra（アデノシンA2A受容体；アンタゴニストZM241385結合） 同PDBsumデータ5vra_ZMA$ 5wf5（アデノシンA2A受容体；アゴニスト結合） UKA（アゴニスト）選択 同PDBsumデータ5wf5_UKA$ ∥ PDBsumデータ5wf6_UKA$ 6aqf（アデノシンA2A受容体；ZM241385結合） 同PDBsumデータ6aqf_ZMA$ 6gdg（アデノシンA2A受容体；mini-Gsヘテロ三量体とアゴニストNECAが結合） 同PDBsumデータ6gdg_NEC$ 6jzh（アデノシンA2A受容体；ZM241385結合） 同PDBsumデータ6jzh_ZMA（H原子付加）$ 6lpj（アデノシンA2A受容体；インバースアゴニストZM241385とEROCOC17+4結合） ER0（EROCOC17+4）選択 同PDBsumデータ6lpj_ER0[2416(A)]$ 同PDBsumデータ6lpj_ZMA$ 6mh8（アデノシンA2A受容体；ZM241385結合） 同PDBsumデータ6mh8_ZMA（ZM241385のH原子追加）$ 6ps7（アデノシンA2A受容体；ZM241385結合） 同PDBsumデータ6ps7_ZMA$ 6s0q（アデノシンA2A受容体；ZM241385結合） 同PDBsumデータ6s0q_ZMA$ ｜ 6s0l_ZMA$ 6zdr（アデノシンA2A受容体；アンタゴニスト結合） QGE（アンタゴニストcompound 4d）選択 同PDBsumデータ6zdr_QGE$ ｜ PDBsumデータ6zdv_QGW（compound 5d）$ 7aro（アデノシンA2A受容体；アゴニストLUF5833結合） RVZ（LUF5833）選択 同PDBsumデータ7aro_RVZ$ 7ezcのChain A（アデノシンA2A受容体；アゴニストUK-432097結合） 同PDBsumデータ7ezcA_lp$ 7t32（アデノシンA2A受容体；アンタゴニストZM241385結合） 同PDBsumデータ7t32_ZMA$ 8a2p（アデノシンA2A受容体；アンタゴニストLUAA47070結合） 9Y2（LUAA47070）選択 同PDBsumデータ8a2p_9Y2$ 8c9w（アデノシンA2A受容体；阻害剤エトルマデナント結合） U30（etrumadenant）選択 同PDBsumデータ8c9w_lp$ 8cic（アデノシンA2A受容体；阻害剤エトルマデナント結合） U30（etrumadenant）選択 同PDBsumデータ8cic_lp$ 8jwz（アデノシンA2A受容体-T4L；アンタゴニストのエトルマデナント結合） U30（etrumadenant）選択 同PDBsumデータ8jwz_lp$ 8cu7（アデノシンA2A受容体；アンタゴニストLJ-4517結合） LJX（LJ-4517）選択 同PDBsumデータ8cu7_LJX$ 8fyn（アデノシンA2A受容体；ZM241385結合） ZMA（ZM241385）選択 同PDBsumデータ8fyn_lp$ 8rln（アデノシンA2A受容体；アンタゴニストLUF5834結合，cif→pdb変換） H1S（LUF5834）選択 同PDBsumデータ8rln_lp$ 8rw0（アデノシンA2A受容体；イストラデフィリン〈istradefylline〉結合） JQ9（イストラデフィリン）選択 同PDBsumデータ8rw0_lp$ ［Istradefylline - Wikipedia］ 8ugw（アデノシンA2A受容体；作動薬CGS21680結合） 同PDBsumデータ8ugw_NGI$ 8wdtのChain A（アデノシンA2A受容体；photoNECA (blue)結合） 同PDBsumデータ8wdt_lp$ 6k41のChain R（アデノシンA2B受容体；デクスメデトミジン結合，Kobilkaらによる） 同PDBsumデータ6k41_CZX$ ｜ PDBsumデータ6k42_CZX$ ［Adenosine A2B receptor - Wikipedia，Dexmedetomidine - Wikipedia］ 7xy7のChain R（アデノシンA2B受容体；アゴニストNECA結合） 同PDBsumデータ7xy7_lp$ ｜ PDBsumデータ7xy6_lp（BAY 60-6583）$ ［BAY 60-6583 - Wikipedia］ 8hdoのChain R（アデノシンA2B受容体；アゴニストBAY 60-6583結合） I5D（BAY 60-6583）選択 同PDBsumデータ8hdo_lp$ 8x17のChain R（アデノシンA3受容体；アゴニストCF102結合） 同PDBsumデータ8x17_lp$ ［Adenosine A3 receptor - Wikipedia］ 8yh6のChain R（アデノシンA3受容体；アゴニストのナモデノソン〈namodenoson〉結合） 同PDBsumデータ8yh6_XS0$ ［Namodenoson - Wikipedia］ PDBsumデータ8yh3_6MD$ |
アゴニストDU172が結合したアデノシンA1受容体5uenとそのPDBsumデータ
［左］ZM241385など5種類のリガンドが結合したアデノシンA2A受容体（5iu4，5iu7，5iu8，5iua，5iub）のPDBsumデータ
［右］上記5リガンドの有機概念図上の位置
ZM241385・tozadenantなど5種類のリガンドが結合したアデノシンA2A受容体（5olg，5olh，5olo，5olv，5olz，5om1，5om4）のPDBsumデータ
X線自由電子レーザー（XFEL）によるZM241385が結合したアデノシンA2A受容体のPDBsumデータ（5k2a，5k2b，5k2c，5iua，5k2d）のPDBsumデータ
Native phasing of x-ray free-electron laser data for a G protein-coupled receptor（Science Advances，2016/09/23）
その他のZM241385結合アデノシンA2A受容体5uvi，5vra，6aqf，6mh8（ZM241385のH原子表示）・6s0q・6s0lのPDBsumデータ
|
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 （*印のみ） HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球10％ 球30％ 球60％ スティック（太） 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 ∥ 濃赤 緑 濃ピンク 橙 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 ｜ S-S結合表示 ｜ ｜ 背景・黒 灰 白 紺 Chain選択： A B C D E F G H I J K L M N O P |
◆アドレナリン受容体関連 7ym8のChain A（α1Aアドレナリン受容体（α1AAR）；選択的アゴニスト オキシメタゾリン〈oxymetazoline〉結合，Kobilkaらによる） 同PDBsumデータ7ym8_J5C$ ｜ PDBsumデータ7ymj_JGX（アンタゴニスト タムスロシン〈tamsulosin〉）$ ［Alpha-1A adrenergic receptor - Wikipedia］ 7b6w（α1Bアドレナリン受容体（α1BAR）；インバースアゴニスト(+)-cyclazosin結合） ［Alpha-1B adrenergic receptor - Wikipedia］ 2アドレナリン受容体（α2AR）；アンタゴニストRS 79948結合） 同PDBsumデータ6kux_E3F$ ｜ PDBsumデータ6kuy_E39（部分アゴニストRES結合）$ ［Alpha-2 adrenergic receptor - Wikipedia］ 7ejaのChain R（α2Aアドレナリン受容体（α2AAR）；デクスメデトミジン結合）） 同PDBsumデータ7eja_lp$ ［Alpha-2A adrenergic receptor - Wikipedia，Dexmedetomidine - Wikipedia］ 7w6pのChain R（α2Aアドレナリン受容体（α2AAR）；アゴニスト'9087結合）） 同PDBsumデータ7w6p_W96$ 2vt4のChain A*（β1アドレナリン受容体（β1AR）；シアノピンドロール結合） P32（シアノピンドロール）選択 ［Beta-1 adrenergic receptor - Wikipedia］ 2y00のChain A（β1アドレナリン受容体（β1AR）； ドブタミン結合） Y00（ドブタミン）選択 同PDBsumデータ2y00_Y00$ 4bvn（β1アドレナリン受容体（β1AR）；シアノピンドロールが結合） P32（シアノピンドロール）選択 同PDBsumデータ4bvn_P32$ 4gpoのChain A（β1アドレナリン受容体（β1AR）） 5a8e（β1アドレナリン受容体（β1AR）；7-メチルシアノピンドロール結合） XTK（7-メチルシアノピンドロール）選択 同PDBsumデータ5a8e_XTK$ 5f8uのChain A（β1アドレナリン受容体（β1AR）；4-{[(2S)-3-(tert-ブチルアミノ)-2-ヒドロキシプロピル]オキシ}-3H-インドール-2-カルボニトリル〈シアノピンドロール〉結合） P32（シアノピンドロール）選択 同PDBsumデータ5f8u_P32[Chain B]$ 6h7nのChain A・C・E（β1アドレナリン受容体（β1AR）；チオレドキシン1と抗体フラグメントNb6B9との複合体，キサモテロール結合） FVK（キサモテロール）選択 ｜ PDBsumデータ6h7j_5FW（イソプレナリン結合）$ PDBsumデータ6h7k_FVN（リガンドFVN結合）$ PDBsumデータ6h7l_Y00（ドブタミン結合）$ PDBsumデータ6h7m_68H（サルブタモール結合）$ PDBsumデータ6h7n_FVK（キサモテロール結合）$ PDBsumデータ6h7o_P32（リガンドP32結合）$ PDBsumデータ6ibl_H98（ホルモテロール〈フォルモテロール〉結合）$ ※一部リガンドは「亀-C-C-N」構造を有する 6tkoのChain A（β1アドレナリン受容体（β1AR）；ホルモテロール〈フォルモテロール〉結合） 同PDBsumデータ6tko_H98$ ｜ 同Chain B（β-アレスチン1，理研別研究で引用） I31, I168, I207, I214, I314空間充填（I386は無し）／α炭素ラベル表示 7jjoのChain R（β1アドレナリン受容体（β1AR）；イソプロテレノール結合） 同PDBsumデータ7jjo_5FW$ 7bu6のChain A（β1アドレナリン受容体（β1AR）；ノルアドレナリン〈ノルエピネフリン〉とナノボディ6B9が結合，Kobilkaらによる） E5E（ノルアドレナリン）選択 同PDBsumデータ7bu6_E5E$ ｜ PDBsumデータ7bu7_P0G（BI-167107）$ 7s0fのChain R（β1アドレナリン受容体（β1AR）；イソプロテレノール結合） 同PDBsumデータ7s0f_5FW$ ｜ PDBsumデータ7s0g_5FW$ 8dcsのChain R（β1アドレナリン受容体（β1AR）；シアノピンドロール結合） 同PDBsumデータ8dcs_P32$ 2rh1*%（β2アドレナリン受容体（β2AR）；カラゾロールが結合，Kobilkaらによる） CAU（カラゾロール）選択 同PDBsumデータ2rh1_CAU$ ［Beta-2 adrenergic receptor - Wikipedia］ 3p0g（β2アドレナリン受容体（β2AR）-ナノボディ〈ラクダの抗体分子〉複合体，Kobilkaらによる） 同PDBsumデータ3p0g_P0G$ 3sn6（β2アドレナリン受容体（β2AR）-Gsタンパク質複合体） 同PDBsumデータ3sn6_P0G$ 4ldo*（β2アドレナリン受容体（β2AR）；アドレナリンと抗体フラグメントが結合，Kobilkaらによる） ALE（アドレナリン）選択 5d5a（β2アドレナリン受容体（β2AR）；カラゾロールが結合，Kobilkaらによる） CAU（カラゾロール）選択 同PDBsumデータ5d5a_CAU$ 5d6l（β2アドレナリン受容体（β2AR）；カラゾロールが結合） CAU（カラゾロール）選択 同PDBsumデータ5d6l_CAU$ 5x7d（β2アドレナリン受容体（β2AR）；カラゾロールほかが結合，Kobilkaらによる） 8VS（4-carbamoyl-N-[(2R)-2-cyclohexyl-2-phenylacetyl]- L-phenylalanyl-3-bromo-N-methyl-L-phenylalaninamide）選択 CAU（カラゾロール）選択 同PDBsumデータ5x7d_8VS$ 同PDBsumデータ5x7d_CAU$ 6e67のChain A（β2アドレナリン受容体（β2AR）） 同PDBsumデータ6e67_P0G$ 6kr8のModel 1（β2アドレナリン受容体（β2AR）） NPxxYモチーフ（本データではNPLIY）選択 6mxt（β2アドレナリン受容体（β2AR）；サルメテロールとナノボディNb71が結合，Kobilkaらによる） K5Y（サルメテロール）選択 同PDBsumデータ6mxt_K5Y$ 6n48（β2アドレナリン受容体（β2AR）；ナノボディ6B9ほかが結合，Kobilkaらによる） P0G（BI-167107）選択 KBY選択 Chain BをChain色に 同PDBsumデータ6n48_P0G$ 6ps3（β2アドレナリン受容体（β2AR）；カルベジロールが結合） CVD（カルベジロール）選択 Chain BをChain色に 同PDBsumデータ6ps3_CVD$ ［Carvedilol - Wikipedia］ 7dhiのChain R（β2アドレナリン受容体（β2AR）；サルブタモールが結合） 同PDBsumデータ7dhi_68H$ ｜ 7dhr_5FW$（イソプレナリン〈イソプロテレノール〉結合） 7xk9のChain A（β2アドレナリン受容体（β2AR）；constrained isoproterenolが結合，Kobilkaらによる） 同PDBsumデータ7xk9_lp$ 8jjl（β2アドレナリン受容体（β2AR）；アゴニストのオロダテロール〈olodaterol〉結合） 同PDBsumデータ8jjl_DZQ$ 8ggfのChain R（β2アドレナリン受容体（β2AR）） 同PDBsumデータ8ggf_G1I$ 8w1vのChain A（β2アドレナリン受容体（β2AR），cif→pdbデータ変換） 同PDBsumデータ8w1v_lp$ 9chu（β2アドレナリン受容体（β2AR）-PPP3CA-FKBP12複合体；タクロリムス〈tacrolimus，FK506〉結合） Chain B・C（β2AR以外）をChain色に 同PDBsumデータ9chu_FK5$ → Jmolトピック（タクロリムス結合データ） 6ni3（β2V2受容体（β2アドレナリン受容体キメラ-アルギニンバソプレシン受容体2）-Gsタンパク質複合体；ナノボディ35が結合） 同PDBsumデータ6ni3_P0G$ ［Vasopressin receptor 2 - Wikipedia］ 7dh5のChain R（β3アドレナリン受容体（β3AR）；選択的刺激薬ミラベグロンが結合） 同PDBsumデータ7dh5_H6U$ ［Beta-3 adrenergic receptor - Wikipedia］ 7xjiのChain R（β3アドレナリン受容体（β3AR）；選択的アゴニスト ソラベグロンが結合） 同PDBsumデータ7xjiR_lp$ ［Solabegron - Wikipedia］ 9ijdのChain R（β3アドレナリン受容体（β3AR）；アゴニストのカラゾロール〈carazolol〉が結合） 同PDBsumデータ9ijd_lp$ ［Carazolol - Wikipedia］ ◆アペリン受容体関連 7w0lのChain Q（アペリン受容体） 同PDBsumデータ7w0l_8EH[401(Q)]$ ［Apelin receptor - Wikipedia］ 8s4d（アペリン受容体；アゴニストCMF-019結合，cif→pdbデータ変換 同PDBsumデータ8s4d_lp$ ◆アンジオテンシン受容体関連 4zud（オルメサルタンが結合したアンジオテンシン受容体 AT1R） 同PDBsumデータ4zud_OLM$ ［Angiotensin receptor - Wikipedia，Olmesartan - Wikipedia］ 6do1のChain A・C・E・H（アンジオテンシン受容体 AT1R） Chain H（アンジオテンシン様ペプチドS1I8）選択 同PDBsumデータ6do1_SAR1~ILE8（Chain B・D・F・Gグループより）$ Chain G（アンジオテンシン様ペプチドS1I8）選択 6os2のChain A・B（アンジオテンシン受容体 AT1R；ナノボディ除く） Chain B（TRV026）選択 5unfのChain A（アンジオテンシン受容体 AT2R） 同PDBsumデータ5unf_8ES$ 5ung（アンジオテンシン受容体 AT2R） 8ES選択 同PDBsumデータ5ung_8ES$ 5unhのChain A（アンジオテンシン受容体 AT2R） 同PDBsumデータ5unh_8EM$ 5xjm（アンジオテンシン受容体 AT2R） Chain B（アンジオテンシン；SAR-ARG-VAL-TYR-ILE-HIS-PRO-ILE）選択 同PDBsumデータ5xjm_SAR~ILE$ 5xjm（アンジオテンシン受容体 AT2R） Chain B（アンジオテンシン；SAR-ARG-VAL-TYR-ILE-HIS-PRO-ILE）選択 同PDBsumデータ5xjm_SAR~ILE$ 6jodのChain A（アンジオテンシン受容体 AT2R） 7jniのChain A（EMA401が結合したアンジオテンシン受容体 AT2R） VFD（EMA401）選択 同PDBsumデータ7jni_VFD$ ［EMA401 - Wikipedia］ ◆エンドセリンB受容体関連 5glh（エンドセリンB受容体；エンドセリン-1が結合） Chain B（エンドセリン-1）選択 ｜ 5gli（エンドセリンB受容体のみ） → Jmolトピック ［Endothelin B receptor - Wikipedia，Endothelin receptor - Wikipedia］ 5x93（エンドセリンB受容体） K87（K-8794）選択 5xpr（エンドセリンB受容体） K86（bosentan）選択 ［Bosentan - Wikipedia］ 6igl（エンドセリンB受容体；エンドセリン類似IRL1620〈Chain B〉結合） Chain B（IRL1620）選択 6k1q（エンドセリンB受容体；逆作動薬〈インバースアゴニスト〉IRL2500結合） D2U（IRL2500）選択 同PDBsumデータ6k1q_D2U$ 8xvjのChain R（エンドセリン1受容体；アンタゴニストのマシテンタン〈macitentan〉結合，cif→pdb変換） 同PDBsumデータ8xvj_lp$ ◆オキシトシン受容体関連 6tpk（オキシトシン受容体） NU2（レトシバン）選択 同PDBsumデータ6tpk_NU2$ ［Oxytocin receptor - Wikipedia，Retosiban - Wikipedia］ 7rycのChain L・O（オキシトシン受容体；オキシトシン-NH2が結合） Chain L（オキシトシン-NH2）選択 同PDBsumデータ7ryc_CYS-TYR-ILE-GLN-ASN-CYS-PRO-LEU-GLY-NH2$ ［Oxytocin - Wikipedia］ ◆オピオイド受容体関連 4ej4（δオピオイド受容体） EJ4（ナルトリンドール）選択 同PDBsumデータ4ej4_EJ4$ ［δ-opioid receptor - Wikipedia］ 4n6h（δオピオイド受容体；ナルトリンドール〈naltrindole〉が結合） 同PDBsumデータ4n6h_EJ4$ 8y45のChain A（δオピオイド受容体；バイアス型アゴニストADL5859結合，cif→pdb変換） 同PDBsumデータ8y45_lp$ 4djh*%（κオピオイド受容体〈KOR〉；アゴニストJDTicが結合） JDC（JDTic）選択 同PDBsumデータ4djh_JDC$ ［κ-opioid receptor - Wikipedia］ 6b73のChain A・D（κオピオイド受容体；アゴニストMP1104とナノボディが結合） CVV（MP1104）選択 同PDBsumデータ6b73_CVV$ 6vi4のChain A（κオピオイド受容体；アゴニストJDTicが結合） 同PDBsumデータ6vi4_JDC$ 7yitのChain A（κオピオイド受容体；アゴニストのナルフラフィン〈nalfurafine〉が結合） 同PDBsumデータ7yit_IVB$ ｜ ナルフラフィン（nalfurafine） → Jmolトピック 8dzrのChain A・B（κオピオイド受容体；Chain BはGタンパク質gustducin） Chain BをChain色に 同PDBsumデータ8dzr_lp$ 8fegのChain A・B（κオピオイド受容体；アゴニストMP1104の誘導体が結合） Chain A選択 DPN＋XT9選択 同PDBsumデータ8feg_lp$ 8vvfのChain A（κオピオイド受容体；インバースアゴニストJDTicが結合） 同PDBsumデータ8vvf_JDC$ 9mql（不活性化κオピオイド受容体； compound #020_E1が結合，cif→pdb変換） 同PDBsumデータ9mql_lp$ 4dkl*（μオピオイド受容体；モルフィナン系アンタゴニストが結合） BF0（アンタゴニスト）選択 同PDBsumデータ4dkl_BF0$ ［μ-opioid receptor - Wikipedia］ 5c1m（μオピオイド受容体） 同PDBsumデータ5c1m_4VO$ 4VO（アゴニストBU72）選択 → Jmolトピック 6ddf（Giタンパク質とアゴニストDAMGOが結合したμオピオイド受容体） Chain D（アゴニストDAMGO）選択 同PDBsumデータ6ddf_DAMGO$ ［DAMGO - Wikipedia］ 7sbfのChain R（オピオイド鎮痛薬PZM21が結合したμオピオイド受容体；2012年ノーベル化学賞受賞のKobilkaらによる） 同PDBsumデータ7sbfR_lp$ ［PZM21 - Wikipedia］ 7u2lのChain D（μオピオイド受容体；2012年ノーベル化学賞受賞のKobilkaらによる） 同PDBsumデータ7u2lD_lp$ 8eflのChain R（アゴニストSR17018が結合したμオピオイド受容体） WH9（SR17018）選択 同PDBsumデータ 8eflR_lp$ ｜ PDBsumデータ 8ef5R_lp$（フェンタニル） PDBsumデータ 8ef6R_lp$（モルヒネ／モルフィン） → 危険ドラッグ 7t2hのChain D（ロフェンタニル〈lofentanil〉が結合したμオピオイド受容体；Kobilkaらによる） 同PDBsumデータ7t2hD_lp$ ［Lofentanil - Wikipedia］ 7u2kのChain D（μオピオイド受容体） 同PDBsumデータ7u2kD_lp$ 8e0gのChain A（オピオイドでBU72が結合したμオピオイド受容体） VF1（BU72）選択 同PDBsumデータ8e0g_lp$ ［BU72 - Wikipedia］ 8k9lのChain R・S（完全作動薬DAMGOとアロステリック調節薬BMS-986122が結合したμオピオイド受容体） Chain S（DAMGO）選択 同PDBsumデータ8k9l_TYR~ETA（DAMGO）$ 同PDBsumデータ8k9l_VV9（BMS-986122）$ ［DAMGO - Wikipedia］ 4ea3*%（ノシセプチン/オルファニンFQ（N/OFQ）受容体） 0NN選択 PDBsumデータ（0NN，A鎖）$ ［Nociceptin receptor - Wikipedia］ ◆オレキシン受容体関連 4zj8（オレキシン1〈OX1〉受容体；スボレキサントが結合） SUV（スボレキサント）選択 同PDBsumデータ4zj8_SUV$ 6to7のChain A（オレキシン1〈OX1〉受容体；スボレキサントが結合） 同PDBsumデータ6to7_SUV$ ∥ 6tp3のChain A（オレキシン1〈OX1〉受容体；ダリドレキサントが結合） NS2（ダリドレキサント）選択 同PDBsumデータ6tp3_NS2[401(A)]$ ∥ 6tpjのChain A（オレキシン2〈OX2〉受容体；スボレキサントが結合） 同PDBsumデータ6tpj_SUV（スボレキサントのH原子付加）$ 6totのChain A（オレキシン1〈OX1〉受容体；レンボレキサントが結合） NRK（レンボレキサント）選択 同PDBsumデータ6tot_NRK[401(A)]$ ［Lemborexant - Wikipedia］ 6v9s（オレキシン1〈OX1〉受容体；アンタゴニストが結合） JHC（JH112）選択 同PDBsumデータ6v9s_JHC$ 4rnb（オレキシン2〈OX2〉受容体；スボレキサントが結合，現在4s0vに置換） SUV（スボレキサント）選択 同PDBsumデータ4rnb_SUV$ → Jmolトピック ｜ スボレキサント（suvorexant） 5ws3（オレキシン2〈OX2〉受容体；アンタゴニストEMPAが結合） 7MA（EMPA）選択 同PDBsumデータ5ws3_7MA$ 7l1vのChain R（オレキシン2〈OX2〉受容体；アゴニストが結合） 同PDBsumデータ7l1v_XGD$ 7sqoのChain R（オレキシン2〈OX2〉受容体；アゴニストTAK-925が結合） A6F（TAK-925）選択 同PDBsumデータ7sqoR_lp$ ｜ 7sr8のChain R（同；TAK-925が結合） 同PDBsumデータ7sr8R_lp$ 7xrr（オレキシン2〈OX2〉受容体；レンボレキサント結合） 同PDBsumデータ7xrr_lp$ ◆カルシウム感知受容体関連 ［Calcium-sensing receptor - Wikipedia］ 7dd7（エボカルセトが結合したカルシウム感知受容体） H43（エボカルセト）選択 同PDBsumデータ7dd7_H43$ ｜ PDBsumデータ7dd5_YP1（NPS-2143）$ ［NPS-2143 - Wikipedia］ 7sinのChain A（ネガティブアロステリック調節因子NPS-2143が結合したカルシウム感知受容体） 同PDBsumデータ7sin_YP1$ ｜ PDBsumデータ7sil_9IG（ポジティブアロステリック調節因子）$ 7e6tのChain A（TNCAが結合したヒトカルシウム感知受容体） TCR（TNCA）選択 8szhのChain A（シナカルセト〈cinacalcet〉が結合したカルシウム感知受容体） 同PDBsumデータ8szh_YP4$ ［Cinacalcet - Wikipedia］ 9ayfのChain R（リガンド9IGが結合したカルシウム感知受容体） 同PDBsumデータ9ayf_lp$ 9c2fのChain A（ポジティブアロステリック調節因子の'54149が結合したカルシウム感知受容体，cif→pdb変換） 同PDBsumデータ9c2f_lp$ ◆GABAB受容体関連 ［GABAB receptor - Wikipedia］ 6uo8（GABAB受容体；SKF97541とGS39783が結合） QDA（GS39783）選択 同PDBsumデータ6uo8_QDA$ 6wivのChain A（GABAB受容体；内因性リン脂質が結合） 同PDBsumデータ6wiv_U3G$ 同PDBsumデータ6wiv_U3D[Chain B]$ 6w2yのChain A（代謝型GABAB受容体；リン脂質とアンタゴニストCGP55845が結合） 同PDBsumデータ6w2y_L9Q（リン脂質）$ 同PDBsumデータ6w2y_SGG（CGP55845）$ 7cumのChain A（GABAB受容体；アンタゴニストCGP54626が結合） 2BV（CGP54626）選択 同PDBsumデータ7cum_2BV[Chain B]$ 7eb2のChain C・D（GABAB受容体；アゴニストのバクロフェン〈baclofen〉とポジティブアロステリック調節因子のBHFFが結合） 2C0（バクロフェン）選択 FN0（BHFF）選択 同PDBsumデータ7eb2_2C0$ 同PDBsumデータ7eb2_FN0$ ［Baclofen - Wikipedia，BHFF - Wikipedia，Allosteric modulator - Wikipedia］ ◆GPR関連 8ww2のChain R（GPR3；オレイン酸が結合） OLA（オレイン酸）選択 同PDBsumデータ8ww2_lp$ ［GPR3 - Wikipedia］ 8t1w（オーファン受容体GPR6；インバースアゴニストCVN424が結合） 同PDBsumデータ8t1w_X7T$ ［GPR6 - Wikipedia］ 8xofのChain R（GPR30；阻害剤Lys01が結合，cif→pdb変換） 同PDBsumデータ8xof_lp$ ［GPR30 - Wikipedia］ 8saiのChain A（GPR34；LysoPS (18:1)が結合） 同PDBsumデータ8sai_S12$ ［GPR34 - Wikipedia］ 8k4nのChain D（GPR34） 同PDBsumデータ8k4n_lp$ 8wrbのChain R（GPR34；リゾホスファチジルセリン〈lysophosphatidylserine〉が結合） UBL選択 同PDBsumデータ8wrb_lp（UBL-Ser502）$ 8xbi（GPR34） 同PDBsumデータ8xbi_lp$ 8h8jのChain C（クラスAオーファン受容体GPR35；アゴニストlodoxamideが結合） WYB（ロドキサミド）選択 同PDBsumデータ8h8jC_lp$ ［GPR35 - Wikipedia，Orphan receptor - Wikipedia］ 4phu（ヒトGPR40〈FFAR1〉；アゴニストTAK-875が結合） 同PDBsumデータ4phu_2YB（TAK-875）$ 2YB（TAK-875）選択 ［Free fatty acid receptor 1 - Wikipedia］ 8eitのChain R（FFAR1；DHAが結合） 同PDBsumデータ8eit_lp（DHA）$ ｜ PDBsumデータ8ejc_lp（TAK-875）$ 6li0（クラスAオーファン受容体GPR52） EN6（アゴニストc17）選択 同PDBsumデータ6li0_EN6$ ［GPR52 - Wikipedia］ 8hmpのChain R（クラスAオーファン受容体GPR52） EN6（アゴニストc17）選択 同PDBsumデータ8hmp_lp$ 8zx5のChain R（GPR55；アンタゴニストAM251が結合，cif→pdb変換） 同PDBsumデータ8zx5_lp$ ［ GPR55 - Wikipedia］ 9iyaのChain A（GPR55；ONO-9710531が結合，cif→pdb変換） 同PDBsumデータ9iya_lp$ 9ge2のChain R（GPR55；アゴニストML184が結合，cif→pdb変換） 同PDBsumデータ9ge2_lp$ 8tb7のChain R（GPR61；compound 1が結合） 同PDBsumデータ8tb7_ZOB$ ［GPR61 - Wikipedia］ 8g05のChain R（GPR84；アゴニストが結合） 同PDBsumデータ8g05_lp$ ［GPR84 - Wikipedia］ 8j19のChain R（クラスA GPCR，GPR84；LY237が結合） 同PDBsumデータ8j19_lp$ 7yk7のChain R（GPR100；アゴニストDC591053が結合） 同PDBsumデータ7yk7_IYM$ ［Relaxin/insulin-like family peptide receptor 4 - Wikipedia］ 7xk2のChain R（GPR109A〈ヒドロキシカルボン酸受容体2，HCA2，HCAR2〉；アゴニストMK-6892が結合） 同PDBsumデータ7xk2R_lp$ ［Hydroxycarboxylic acid receptor 2 - Wikipedia］ 8jiiのChain A（GPR109A〈ヒドロキシカルボン酸受容体2，HCAR2〉；compound 9nが結合） IX8選択 同PDBsumデータ8jii_IX8$ 8ihfのChain R（GPR109A；アゴニストMK-6892が結合） 同PDBsumデータ8ihf_FI7$ 8ijdのChain A（GPR109A〈ヒドロキシカルボン酸受容体2，HCAR2〉；アゴニストMK-6892が結合） 同PDBsumデータ8ijd_lp$ 8jz7のChain A（GPR109A〈ヒドロキシカルボン酸受容体2，HCAR2〉；アゴニストMK-6892が結合） 同PDBsumデータ8jz7_FI7$ 8k5d（GPR109A〈ヒドロキシカルボン酸受容体2，HCAR2〉；アゴニストGSK256073が結合） 同PDBsumデータ8k5d_lp$ 8i7wのChain A（GPR109A〈ヒドロキシカルボン酸受容体2，HCAR2〉；アゴニストGSK256073が結合） 同PDBsumデータ8i7w_lp$ 8iyhのChain D（GPR109A〈ヒドロキシカルボン酸受容体2，HCAR2〉；アゴニストMK-6892が結合） 同PDBsumデータ8iyh_lp$ 8j6pのChain R（GPR109A〈ヒドロキシカルボン酸受容体2，HCAR2〉；アゴニストcompound 9nが結合） 同PDBsumデータ8j6p_lp$ ｜ PDBsumデータ8j6r_lp（アゴニストMK-6892）$ 7wcnのChain R（GPR119；アゴニストAR231453が結合） 同PDBsumデータ7wcn_lp（AR231453）$ ［GPR119 - Wikipedia］ 8g59のChain R（GPR120；アゴニストTUG-891が結合） 同PDBsumデータ8g59_lp（TUG-891）$ ［GPR120 - Wikipedia］ 8id8のChain R（GPR120；アゴニストTUG-891が結合） 同PDBsumデータ8id8_lp（TUG-891）$ ｜ PDBsumデータ8id9_lp（EPA）$ 8hviのChain R（GPR132；NOX-6-7が結合） 同PDBsumデータ8hvi_NFI$ ［GPR132 - Wikipedia］ 8x9tのChain R（GPR133〈接着型GPCR〉；アゴニストAP503が結合） 同PDBsumデータ8x9t_YNH$ ［GPR133 - Wikipedia］ 7vuhのChain R（クラスAオーファン受容体GPR139；JNJ-63533054が結合） 同PDBsumデータ7vuh_7ZQ$ ［GPR139 - Wikipedia］ 8u5x（GPR155〈LYCHOS〉；オーキシン例のインドール-3-酢酸が結合） 同PDBsumデータ8u5x_IAC$ ［GPR155 - Wikipedia］ 8ieiのChain A（クラスC GPCR，GPR156；リン脂質のligand A1LYAが結合，cif→pdb変換） 同PDBsumデータ8iei_lp（PDBsumサイトでデータ得られずLigPlot+で）$ ［GPR156 - Wikipedia］ 7xv3のChain R（クラスAオーファン受容体GPR174；ligand WJSが結合） 同PDBsumデータ7xv3_lp$ ［GPR174 - Wikipedia］ 8kh5のChain A（GPR174；lysoPSが結合） LPS（lysoPS）選択 同PDBsumデータ8kh5_lp$ 8izbのChain R（GPR174；リゾホスファチジルセリン〈lysophosphatidylserine〉が結合） UBL選択 同PDBsumデータ8izb_lp（UBL-Ser502）$ 7tuyのChain R（EBI2/GPR183；GSK682753Aが結合） 同PDBsumデータ7tuyR_lp$ ［GPR183 - Wikipedia］ |
カラゾロールが結合したアドレナリン受容体（β2AR）2rh1・5d5a（ノーベル化学賞受賞のKobilkaらによる），5d6l（Maらによる），5x7d（Kobilkaらによる）のPDBsumデータの比較
参考資料例：ブライアン・コビルカ Brian K. Kobilka（Chem-Station，2012/10/11）
オピオイド受容体の主要なクラス例 μ 4dkl，κ 4djh，δ 4ej4，および関連するノシセプチンオピオイド受容体（NOP） 4ea3
参考：今月の分子 217: オピオイド受容体（Opioid Receptors）（PDBj，2018/01） → Jmolトピック[1]｜[2]
|
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 （*印のみ） HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球10％ 球30％ 球60％ スティック（太） 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 ∥ 濃赤 緑 濃ピンク 橙 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 ｜ S-S結合表示 ｜ ｜ 背景・黒 灰 白 紺 Chain選択： A B C D E F G H I J K L M N O P |
◆カンナビノイド受容体関連 5tgz（カンナビノイド受容体CB1） ZDG（AM6538）選択 同PDBsumデータ5tgz_ZDG$ → Jmolトピック ［Cannabinoid receptor - Wikipedia］ 5u09（カンナビノイド受容体CB1） 7DY（taranabant）選択 同PDBsumデータ5u09_7DY$ → Nature ハイライト（2016/12/21） 5xr8（カンナビノイド受容体CB1） 8D0（アゴニストAM841）選択 同PDBsumデータ5xr8_8D0$ 5xra（カンナビノイド受容体CB1） 8D3（アゴニストAM11542）選択 同PDBsumデータ5xra_8D3$ 9b54のChain R（カンナビノイド受容体CB1，cif→pdb変換） 同PDBsumデータ9b54_lp$ 6kpc（カンナビノイド受容体CB2；アゴニストAM841が結合） 同PDBsumデータ6kpc_8D0$ ｜ PDBsumデータ6kpf_8D0（CB2）$ PDBsumデータ6kpg_8D0（CB1）$ 6kqi（カンナビノイド受容体CB1；アロステリック調節因子が結合） 同PDBsumデータ6kqi_9GF$ ［CP 55,940 - Wikipedia］ 6n4b（カンナビノイド受容体CB1；Gタンパク質とアゴニストMDMB-Fubinacaが結合） KCA（アゴニストMDMB-Fubinaca）選択 同PDBsumデータ6n4b_KCA$ ［MDMB-FUBINACA - Wikipedia］ 7v3z（カンナビノイド受容体CB1；上と同じCP55940が結合） 同PDBsumデータ7v3z_9GF$ 7wv9のChain R（カンナビノイド受容体CB1；同上CP55940が結合） 同PDBsumデータ7wv9R_lp$ 8ghvのChain D（カンナビノイド受容体CB1；AM8125が結合） 同PDBsumデータ8ghv_lp$ 8k8jのChain R（カンナビノイド受容体CB1；フェノフィブラート〈fenofibrate〉が結合） 同PDBsumデータ8k8j_lp$ 8wrzのChain R（カンナビノイド受容体CB1；アゴニストAM841が結合） 同PDBsumデータ8wrz_lp$ 8wu1のChain R（同Chain構造一部削除，カンナビノイド受容体CB1；MDMB-Fubinacaが結合） 同PDBsumデータ8wu1_lp$ ｜ MDMB-Fubinaca → 危険ドラッグ 9erxのChain R（カンナビノイド受容体CB1；HU-210が結合，cif→pdb変換） 同PDBsumデータ9erx_lp$ 9b9yのChain R（カンナビノイド受容体CB1） 同PDBsumデータ9b9y_7DY$ 5zty（カンナビノイド受容体CB2） 9JU（アンタゴニストAM10257）選択 同PDBsumデータ5zty_9JU$ 6pt0のChain R（カンナビノイド受容体CB2；アゴニストWIN 55,212-2が結合） WI5（アゴニストWIN 55,212-2）選択 同PDBsumデータ6pt0_WI5$ → Jmolトピック（同リガンド結合） 8gutのChain R（カンナビノイド受容体CB2；選択的アゴニストLEI-102が結合） 同PDBsumデータ8gut_KO8$ 8x3lのChain R（カンナビノイド受容体CB2） 同PDBsumデータ8x3l_XWD$ ◆嗅覚受容体関連 → 他に微量アミン関連受容体9参照 8f76のChain A（嗅覚受容体；プロパン酸が結合） 同PDBsumデータ8f76_PPI$ ［Olfactory receptor - Wikipedia，OR51E2 - Wikipedia］ → 今月の分子 No.282 - 嗅覚受容体（PDBj，2023/06） 8htiのChain R（嗅覚受容体OR52cs，オクタン酸が結合） 同PDBsumデータ8hti_lp$ 8uxyのChain A（嗅覚受容体consOR1，L-メントールが結合） 同PDBsumデータ8uxy_XUQ$ 4j4q#（オプシン；嗅覚受容体のホモロジーモデリング，オクチル-β-D-グルコシドが結合） 同PDBsumデータ4j4q_BOG405$ BOG_405A選択 ［Olfactory receptor - Wikipedia］ ◆グルカゴン受容体関連 4l6r（グルカゴン受容体） ［Glucagon receptor - Wikipedia］ 5ee7（グルカゴン受容体；アンタゴニストMK-0893が結合） 5MV（MK-0893）選択 同PDBsumデータ5ee7_5MV$ 5xezのChain A（グルカゴン受容体；NNC0640が結合） 97V（NNC0640）選択 同PDBsumデータ5xez_97V[1208(A)]$ 同PDBsumデータ5xez_97V[1207(B)]$ 5xf1のChain A（グルカゴン受容体；NNC0640が結合） 97V（NNC0640）選択 同PDBsumデータ5xf1_97V[1207(A)]$ 同PDBsumデータ5xf1_97V[1209(B)]$ 5yqz（グルカゴン受容体；グルカゴン類似体NNC1702が結合） Chain P（NNC1702）選択 6wpwのChain P・R（グルカゴン受容体；グルカゴン誘導体ZP3780が結合，Kobilkaらによる） Chain P（ZP3780）選択 5nx2（ペプチドアゴニストが結合したGLP-1〈グルカゴン様ペプチド-1〉受容体） Chain B（truncated peptide agonist；リガンド含む）選択 同PDBsumデータ5nx2_9DK~9DZ（5nx2_9DK-9DQ-GLY-THR-9DT-THR-SER-ASP-9DW-9DZ；Chain B）$ 同リガンド選択 ［Glucagon-like peptide 1 receptor - Wikipedia］ 5vai（GLP-1とGタンパク質が結合したGLP-1受容体，Kobilkaらによる） Chain R 選択 5vewのChain A（GLP-1受容体；negative allosteric modulatorのPF-06372222が結合） 97Y（PF-06372222）選択 同PDBsumデータ5vew_97Y$ 5vexのChain A（GLP-1受容体；negative allosteric modulatorのNNC0640が結合） 同PDBsumデータ5vex_97V$ 6b3j（Gタンパク質とペプチドexendin-P5が結合したGLP-1受容体） Chain R（GLP-1受容体）選択 6orvのChain P・R（TT-OAD2が結合したGLP-1受容体；Gタンパク質は除く） 6vcbのChain P・R（GLP-1と“分子糊”LSN3160440が結合したGLP-1受容体，Kobilkaらによる） Chain P（GLP-1）選択 同PDBsumデータ6vcb_QW7$ 6x1aのChain R（アゴニストPF-06882961が結合したGLP-1受容体） 同PDBsumデータ6x1a_UK4$ ∥ PDBsumデータ6x19_UK1（アゴニストCHU-128結合）$ 7c2eのChain R（アゴニストRGT1383が結合したGLP-1受容体） 同PDBsumデータ7c2e_FFR$ 7lciのChain R（PF-06882961が結合したGLP-1受容体） 同PDBsumデータ7lci_UK4$ ∥ PDBsumデータ7lcj_UK4$ PDBsumデータ7lck_UK4$ 7e14のChain R（作動薬OWL833が結合したGLP-1受容体） V6G（OWL833）選択 同PDBsumデータ7e14_V6G$ 7rgpのChain P・R（セマグルチドが結合したGLP-1受容体） Chain P（semaglutide）選択 同Chain P（アミノ酸残基 7-36） ｜ 7ki0のChain P（アミノ酸残基 7-36） ［Tirzepatide - Wikipedia］（セマグルチドは31アミノ酸残基のペプチド：配列 HAEGTFTSDVSSYLEGQAAKEFIAWLVRGRG … HisAlaGluGlyThrPheThrSerAspValSerSerTyrLeuGluGlyGlnAlaAlaLeuGluPheIleAlaTrpLeuValArgGlyArgGly → DRUG: セマグルチド - KEGG ｜ Jmolトピック 7rgpのChain P・R（チルゼパチドが結合したGLP-1受容体，Kobilkaらによる） Chain P（tirzepatide）選択 同Chain P（アミノ酸残基 1-31） ｜ 7rbtのChain P（アミノ酸残基 1-32） ［Tirzepatide - Wikipedia］（チルゼパチドは39アミノ酸残基のペプチド：配列 YXEGTFTSDY SIXLDKIAQK AFVQWLIAGG PSSGAPPPS：Tyr X GluGlyThrPheThrSerAspTyrSerIle X LeuAspLysIleAlaGlnLysAlaPheValGlnTrpLeuIleAlaGlyGlyProSerSerGlyAlaProProProSer → KEGG DRUG: チルゼパチド） 7s15（PF-06883365が結合したGLP-1受容体） 同PDBsumデータ7s15_lp$ 7x8sのChain R（アゴニストWB4-24が結合したGLP-1受容体） 同PDBsumデータ7x8sR_lp$ ｜ PDBsumデータ7x8rR_lp（アゴニストBoc5）$ 9ivmのChain R（ポジティブアロステリック調節因子LSN3318839が結合したGLP-1受容体，cif→pdb変換） 同PDBsumデータ9ivm_lp$ 7d68のChain P・R（GLP-2が結合したGLP-2受容体〈GLP-2R〉） ◆グルタミン酸受容体関連 4or2（代謝型グルタミン酸受容体1） FM9選択 同PDBsumデータ4or2_FM9$ → Jmolトピック ［Metabotropic glutamate receptor，Class C GPCR - Wikipedia，Metabotropic glutamate receptor 1 - Wikipedia］ 7dgeのChain A（代謝型グルタミン酸受容体1〈mGlu1〉；L-キスカル酸が結合） 同PDBsumデータ7dge_QUS$ 7e9gのChain R・S（代謝型グルタミン酸受容体2〈mGlu2〉；LY354740〈エグルメガド，eglumegad〉が結合） 同PDBsumデータ7e9g_40F$ ［Metabotropic glutamate receptor 2 - Wikipedia］ 7epbのChain A・B（代謝型グルタミン酸受容体2〈mGlu2〉；LY354740が結合） 同PDBsumデータ7epb_40F$ 7mtrのChain A（代謝型グルタミン酸受容体2〈mGlu2〉；ポジティブアロステリック調節因子ADX55164が結合） 同PDBsumデータ7mtr_ZQY$ ｜ PDBsumデータ7mts_ZQY$ ｜ PDBsumデータ7mtq_Z99（LY341495）$ 8jcy（代謝型グルタミン酸受容体2-同3ヘテロ2量体〈mGlu2-mGlu3ヘテロダイマー〉；アンタゴニストLY341495が結合） Z99（LY341495）選択 同PDBsumデータ8jcy_lp[2002(2)]$ ［Metabotropic glutamate receptor 3 - Wikipedia］ 7wihのChain A（代謝型グルタミン酸受容体3〈mGlu3〉；アゴニストLY2794193が結合） 同PDBsumデータ7wih_CWY$ ｜ PDBsumデータ7wi6_Z99（LY341495）$ PDBsumデータ7wi8_Z99（同）$ 4oo9（代謝型グルタミン酸受容体5〈mGlu5〉；ネガティブアロステリック調節因子マボグルラント〈mavoglurant〉が結合） 2U8（マボグルラント）選択 同PDBsumデータ4oo9_2U8$ ［Metabotropic glutamate receptor 5 - Wikipedia，Allosteric modulator - Wikipedia］ 5cgd（代謝型グルタミン酸受容体5〈mGlu5〉；ネガティブアロステリック調節因子HTL14242が結合） 51E（HTL14242）選択 同PDBsumデータ5cgd_51E$ → Jmolトピック 6n51（代謝型グルタミン酸受容体5〈mGlu5〉；ナノボディとL-キスカル酸が結合，Kobilkaらによる） QUS（L-キスカル酸）選択 同PDBsumデータ6n51_QUS[903(B)]$ ∥ PDBsumデータ6n50_QUS[603(A)]$ ［Quisqualic acid - Wikipedia］ 7fd9のChain A（代謝型グルタミン酸受容体5〈mGlu5〉；オルソステリックアンタゴニストLY341495が結合） 同PDBsumデータ7fd9_Z99$ ｜ PDBsumデータ7fd8_QUS（L-キスカル酸）$ 8taoのChain B（代謝型グルタミン酸受容体5〈mGlu5〉；ポジティブアロステリックモジュレーターCDPPBとL-キスカル酸が結合） 同PDBsumデータ8tao_YKU（CDPPB）$ 8x0bのChain A（代謝型グルタミン酸受容体5〈mGlu5〉；ポジティブアロステリックモジュレーターVU0424465が結合） 同PDBsumデータ8x0b_XQT（CDPPB）$ ◆ケモカイン受容体関連 2lnlのModel 1（CXCR1〈IL-8A受容体の別名〉） ［Chemokine receptor - Wikipedia，CXC chemokine receptors - Wikipedia］ 8ic0のChain A・F（CXCR1；インターロイキン-8結合） Chain F（インターロイキン-8）選択 6lfl（CXCR2；アンタゴニスト00767013結合） 同PDBsumデータ6lfl_EBX$ 8hnlのChain R（CXCR3；アゴニストPS372424結合） 4AI（PS372424）選択 同PDBsumデータ8hnl_lp$ 8k2wのChain R（CXCR3；アンタゴニストAMG487結合） FI6（AMG487）選択 同PDBsumデータ8k2w_lp$ 8xyi（CXCR3；アゴニストVUF10661結合，cif→pdb変換） 同PDBsumデータ8xyi_lp$ 3oduのChain A%（CXCR4；アンタゴニストIT1t結合） 同PDBsumデータ3odu_ITD$ 8u4pのChain R（CXCR4；アンタゴニスト AMD3100〈plerixafor，プレリキサフォル〉結合） 同PDBsumデータ8u4p_lp$ 4mbsのChain A（CCR5；阻害剤マラビロク〈maraviroc〉結合） 同PDBsumデータ4mbs_MRV$ MRV（マラビロク）選択 6wwzのChain C・R（CCR6；内因性タンパク質リガンドCCL20結合） Chain C（CCL20）選択 9d3gのChain A（CCR6；アロステリックアゴニストOXM1結合，cif→pdb変換） A2A（OXM1）選択 同PDBsumデータ9d3g_lp$ 8kfyのChain R（CCR8；アゴニストZK 756326結合） 同PDBsumデータ8kfy_lp$ 4xt1（ウイルスGPCR；ナノボディとヒトのケモカインCX3CL1〈フラクタルカイン〉が結合） A鎖（ウイルスGPCR）選択 5lweのChain A（CCR9；阻害剤バーサーノン〈vercirnon〉結合） 同PDBsumデータ5lwe_79K（MLI含む）$ 79K（バーサーノン）選択 5t1a（CCR2；BMS-681とCCR2-RA-[R]が結合） 同PDBsumデータ5t1a_73R$ 同PDBsumデータ5t1a_VT5$ 73R（BMS-681）選択 VT5（CCR2-RA-[R]）選択 ◆コハク酸受容体関連 ［SUCNR1 - Wikipedia］ 6rnk（コハク酸受容体1；ナノボディとアンタゴニストNF-56-EJ40結合） KAZ（NF-56-EJ40）選択 同PDBsumデータ6rnk_KAZ$ 6z10のChain A（コハク酸受容体1；アンタゴニスト結合） Q4T（アンタゴニストcompound 20）選択 同PDBsumデータ6z10_Q4T$ 8jpnのChain R（コハク酸受容体1；アゴニストのcis-エポキシコハク酸結合） 同PDBsumデータ8jpn_U9S$ ◆コレシストキニン酸受容体関連 ［Cholecystokinin - Wikipedia，Cholecystokinin receptor - Wikipedia］ 7mbxのChain P・R（コレシストキニン1受容体〈CCK1R〉） Chain P（コレシストキニン8）選択 7xovのChain R（コレシストキニン1受容体〈CCK1R〉；アゴニストSR146131が結合） 同PDBsumデータ7xovR_lp$ 7f8y（コレシストキニン受容体〈CCKAR〉；デバゼピドが結合） 同PDBsumデータ7f8y_1OZ$ ［Devazepide - Wikipedia］ ◆C5a受容体 5o9hのChain A（アンタゴニストNDT9513727が結合したアナフィラトキシンC5a受容体1） 9P2（NDT9513727）選択 同PDBsumデータ5o9h_9P2$ ［C5a receptor - Wikipedia］ 6c1r（アンタゴニストのPMX53とavacopanが結合したC5a受容体） Chain L（PMX53）選択 EFD（avacopan）選択 同PDBsumデータ6c1r_PMX53（PMX53）$ 同PDBsumデータ6c1r_EFDs（avacopan；3つのOLAと1つのPGE除く）$ ∥ PDBsumデータ6c1q_9P2（NDT9513727）$ ◆スフィンゴシン-1-リン酸受容体関連 ［Sphingosine-1-phosphate receptor - Wikipedia］ 3v2y（スフィンゴシン-1-リン酸受容体1〈S1PR1〉）*% 同PDBsumデータ3v2y_ML5$ ［S1PR1 - Wikipedia］ 7eo4のChain A（スフィンゴシン-1-リン酸受容体1〈S1PR1〉；シポニモド〈siponimod，BAF312〉が結合） 同PDBsumデータ7eo4_J8C$ ［Siponimod - Wikipedia］ ∥ PDBsumデータ7wf7_S1P（スフィンゴシン-1-リン酸）$ PDBsumデータ7eo2_J89（フィンゴリモド〈fingolimod，FTY720〉）$ 7td4のChain R（スフィンゴシン-1-リン酸受容体1〈S1PR1〉；シポニモド〈siponimod，BAF312〉が結合） J8C（シポニモド）選択 同PDBsumデータ7td4_J8C$ ｜ PDBsumデータ7td0_NKP（LPA）$ PDBsumデータ7td3_S1P（S1P）$ 7vigのChain F（スフィンゴシン-1-リン酸受容体1〈S1PR1〉；CBP-307が結合） 同PDBsumデータ7vig_7I4$ 7c4sのChain A（スフィンゴシン-1-リン酸受容体3〈S1PR3〉） 同PDBsumデータ7c4s_S1P$ 7ew4のChain R（スフィンゴシン-1-リン酸受容体3〈S1PR3〉） 同PDBsumデータ7ew4_JF9（CYM-5541）$ 7yxaのChain A（スフィンゴシン-1-リン酸受容体5〈S1PR5〉；インバースアゴニストONO-5430608が結合） B2O（ONO-5430608）選択 同PDBsumデータ7yxa_B2O[2502(A)]$ ［S1PR5 - Wikipedia］ 6wzgのChain P・R（セクレチン受容体；セクレチンが結合） Chain P（セクレチン）選択 7d3sのChain P・R（セクレチン受容体；セクレチンが結合） Chain P（セクレチン）選択 ◆スムーズンド関連 ［Smoothened - Wikipedia］ 4jkvのChain A（スムーズンド；抗腫瘍薬LY2940680が結合） 1KS（LY2940680）選択 同PDBsumデータ4jkv_1KS$ 4qin*（スムーズンド；アゴニストSAG1.5が結合） 同PDBsumデータ4qin_SG8$ 6d32（スムーズンド；阻害剤シクロパミンが結合） 同PDBsumデータ6d32_CY8$ ∥ PDBsumデータ6d35_CLR（コレステロール結合）$ 6o3cのChain A（スムーズンド；アゴニストSAG21kとコレステロールが結合） LKD（SAG21k）選択 CLR（コレステロール）選択 同PDBsumデータ6o3c_LKD（SAG21k）$ 同PDBsumデータ6o3c_CLR[612(A)]（コレステロール）$ 6ot0のChain R（スムーズンド；24,25-エポキシコレステロールが結合） 同PDBsumデータ6ot0_CO1$ 6bd4（Frizzled 4受容体） ［Frizzled - Wikipedia］ 6xblのChain R（スムーズンド；アゴニストSAG結合） V0S（アゴニストSAG）選択 同PDBsumデータ6xbl_V0S$ ｜ PDBsumデータ6xbm_CO1[701(R)]（24(S),25-エポキシコレステロール）$ |
ケモカイン受容体の例：CCR9（5lwe）とCCR2（5t1a）
|
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 （*印のみ） HB選択（$印のみ） Leu選択 BCAA球表示（Leu Ile Val） 空間充填 球棒 球10％ 球30％ 球60％ スティック（太） 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 ∥ 濃赤 緑 濃ピンク 橙 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 ｜ S-S結合表示 ｜ ｜ 背景・黒 灰 白 紺 Chain選択： A B C D E F G H I J K L M N O P |
◆セロトニン受容体関連 7e2yのChain R（5-HT1A受容体；セロトニンが結合） SRO（セロトニン）選択 PDBsumデータ7e2y_SRO$ ｜ 7e2zのChain R（5-HT1A受容体；アリピプラゾールが結合） 9SC（アリピプラゾール）選択 同PDBsumデータ7e2z_9SC$ ［5-HT receptor - Wikipedia，5-HT1 receptor - Wikipedia，Aripiprazole - Wikipedia］ ∥ 7e33のChain R（5-HT1E受容体；BRL-54443が結合） 同PDBsumデータ7e33_HVU$ ［BRL-54443 - Wikipedia］ 8fyeのChain R（5-HT1A受容体；4-F,5-MeO-PyrTが結合） YGH（4-F,5-MeO-PyrT）選択 PDBsumデータ8fye_YGH$ 4iar*%（5-HT1B-BRILキメラタンパク質；エルゴタミンが結合） 同PDBsumデータ4iar_ERM$ ［Ergotamine - Wikipedia］ 5tudのChain A-C（5-HT1B-可溶性シトクロムb562キメラタンパク質；抗体Fabフラグメントとエルゴタミンが結合） 同PDBsumデータ5tud_ERM$ 5v54のChain A（5-HT1B受容体；メチオテピン〈methiothepin；またはメチテピン metitepine〉が結合） 同PDBsumデータ5v54_89F$ 6g79（5-HT1B受容体；Goタンパク質とアゴニストのドニトリプタンが結合） 同PDBsumデータ6g79_EP5$ ［Donitriptan - Wikipedia］ 7c61のChain A（5-HT1B受容体；エルゴタミンが結合） 同PDBsumデータ7c61_ERM$ 8ugyのChain R（5-HT1e受容体；ミアンセリン〈mianserin〉が結合） WRU（ミアンセリン）選択 同PDBsumデータ8ugy_WRU$ ［Mianserin - Wikipedia］ 7exdのChain R（5-HT1F受容体；抗片頭痛薬ラスミジタン〈ラスミディタン〉が結合） 同PDBsumデータ7exd_05X$ 6a94Chain A（5-HT2A受容体；抗精神病薬ゾテピンが結合） ZOT（ゾテピン）選択 同PDBsumデータ6a94_ZOT$ ∥ PDBsumデータ6a93_8NU（ペンタエチレングリコール除く）$ ［Risperidone - Wikipedia，Zotepine - Wikipedia］ 6whaのChain A（5-HT2A受容体；幻覚剤25-CN-NBOHが結合） 同PDBsumデータ6wha_U0G$ ［25-CN-NBOH - Wikipedia］ 7voe（5-HT2A受容体；統合失調症治療薬アリピプラゾール〈aripiprazole〉が結合） 9SC（アリピプラゾール）選択 同PDBsumデータ7voe_9SC$ ［Aripiprazole - Wikipedia，7vodに結合 Cariprazine - Wikipedia］ ∥ PDBsumデータ7vod_7RU（カリプラジン）$ ［Cariprazine - Wikipedia］ ｜ アリピプラゾール（aripiprazole） → 日本発の医薬品 7wc6（5-HT2A受容体；LSDが結合） 7LD（LSD）選択 同PDBsumデータ7wc6_7LD$ → 危険ドラッグ ｜ PDBsumデータ7wc4_SRO（セロトニン）$ PDBsumデータ7wc5_91Q$ PDBsumデータ7wc7_H8G（リスリド）$ PDBsumデータ7wc8_92S（ルマテペロン）$ PDBsumデータ7wc9_93F$ 7ranのChain A（5-HT2A受容体；アゴニストR-69が結合） 同PDBsumデータ7ranA_lp$ 8uwlのChain A（5-HT2A受容体；リスリド〈lisuride〉が結合） 同PDBsumデータ8uwl_H8G$ 7um4のChain A（5-HT5A受容体；アンタゴニストAS2674723が結合） NN6（AS2674723）選択 同PDBsumデータ7um4A_lp$ ［5-HT5A receptor - Wikipedia］ 4ib4*%（5-HT2B-BRILキメラタンパク質；エルゴタミンが結合） 同PDBsumデータ4ib4_ERM$ ［5-HT2B receptor - Wikipedia］ 4nc3*（5-HT2B受容体；エルゴタミンが結合） ERM（エルゴタミン）選択 同PDBsumデータ4nc3_ERM$ 5tvn（LSDが結合した5-HT2Bレセプター） 7LD（LSD）選択 Leu209選択 同PDBsumデータ5tvn_7LD$ → Jmolトピック 7srq（5-HT2B受容体；LSDが結合） 同PDBsumデータ7srq_7LD$ 6ds0（アゴニストのLY266097が結合した5-HT2Bレセプター） H8M（LY266097）選択 同PDBsumデータ6ds0_H8M$ ∥ PDBsumデータ6drx_H8G$（lisuride〈リスリド〉結合） PDBsumデータ6dry_H8D$（methylergonovine〈メチルエルゴメトリン〉結合） PDBsumデータ6drz_H8J$（methysergide〈メチセルジド〉結合） 6bqh（5-HT2C受容体；リタンセリンが結合） E2J（リタンセリン）選択 同PDBsumデータ6bqh_E2J$ ［5-HT2C receptor - Wikipedia，Ritanserin - Wikipedia］ ∥ PDBsumデータ6bqg_ERM（エルゴタミン結合）$ 8dpiのChain A（5-HT2C受容体；ロルカセリンが結合） T4U（ロルカセリン）選択 同PDBsumデータ8dpi_T4U$ 8zmf（5-HT2C受容体；agonist 5が結合，cif→pdb変換） 同PDBsumデータ8zmf_lp$ ※以下のセロトニン受容体（リガンド依存性イオンチャネル，Cysループ受容体）は非GPCR 6y5aのChain A（5-HT3A受容体；セロトニンが結合） 同PDBsumデータ6y5a_SRO$ ［5-HT3 receptor - Wikipedia … 非GPCR］ 7x5hのChain R（5-HT5A受容体；5-カルボキサミドトリプタミンが結合） 同PDBsumデータ7x5h_lp$ ［5-HT5A receptor - Wikipedia］ 7ys6のChain A（5-HT6受容体；セロトニンが結合） 同PDBsumデータ7ys6_SRO$ ［5-HT6 receptor - Wikipedia］ 8jlzのChain R（5-HT6受容体；選択的アゴニストST1936が結合） 同PDBsumデータ8jlz_lp$ ［ST-1936 - Wikipedia］ 7xtcのChain R（5-HT7受容体；5-カルボキサミドトリプタミンが結合） 8K3選択 同PDBsumデータ7xtc_8K3$ ［5-HT7 receptor - Wikipedia］ ※以下のセロトニントランスポーターは非GPCR（12回膜貫通タンパク質） 3gwv（セロトニントランスポーター；フルオキセチンが結合） 同PDBsumデータ 3gwv_RFX$ ［Serotonin transporter - Wikipedia］ 7lwdのChain A（セロトニントランスポーター；ビラゾドン〈vilazodone〉が結合） YG7（ビラゾドン）選択 同PDBsumデータ 7lwd_YG7$ ［Vilazodone - Wikipedia］ ◆ソマトスタチン受容体（SSTR） 8xioのChain A（ソマトスタチン受容体1〈SSTR1〉；アゴニストL797591結合，cif→pdb変換） 同PDBsumデータ8xio_lp$ ［Somatostatin receptor - Wikipedia］ 7wigのChain R（ソマトスタチン受容体2〈SSTR2〉；L-054,264結合） 同PDBsumデータ7wigR_lp$ 7xn9（ソマトスタチン受容体2〈SSTR2〉；L-054,522結合） 同PDBsumデータ7xn9_lp$ 7yacのChain E（ソマトスタチン受容体2〈SSTR2〉；paltusotine結合） 同PDBsumデータ7yac_lp$ ◆胆汁酸受容体関連 7bw0のChain R（胆汁酸受容体1〈GPCR19，TGR5〉） ［G protein-coupled bile acid receptor - Wikipedia］ 7cfnのChain R（胆汁酸受容体1〈GPBAR1〉） FX0（INT-777）選択 同PDBsumデータ7cfn_FX0[403(R)]$ ∥ PDBsumデータ7cfm_FWX（P395結合）$ 7xtqのChain R（胆汁酸受容体〈GPBAR〉） 同PDBsumデータ7xtqR_lp$ ◆ドーパミン（ドパミン）受容体関連 7jv5のChain R（ドーパミンD1受容体；アゴニストSKF-81297結合） SK0（SKF-81297）選択 同PDBsumデータ7jv5_SK0$ ［Dopamine receptor D1 - Wikipedia，SKF-81,297 - Wikipedia 7ljcのChain R（ドーパミンD1受容体；アゴニストSKF-81297結合とポジティブアロステリック調節因子LY3154207） SK0（SKF-81297）選択 G4C（LY3154207）選択 同PDBsumデータ7ljc_SK0（SKF-81297）$ 同PDBsumデータ7ljc_G4C（LY3154207）$ ｜ PDBsumデータ7ljd_G4C（LY3154207）$ 7ckyのChain R（ドーパミンD1受容体；アゴニストPW0464結合） G3U（PW0464）選択 同PDBsumデータ7cky_G3U$ ｜ PDBsumデータ7ckx_G3O（A77636）$ PDBsumデータ7crh_GBU（SKF83959）$ PDBsumデータ7ckz_G4C（LY3154207）$ 7jozのChain R（ドーパミンD1受容体；非カテコールアゴニスト結合） G3U（PW0464）選択 同PDBsumデータ7joz_VFP$ 7x2cのChain F（ドーパミンD1受容体；アゴニストのフェノルドパム結合） G3C（フェノルドパム）選択 同PDBsumデータ7x2cF_lp[503(F)]$ ｜ PDBsumデータ7x2dF_lp（タバパドン）$ ［Fenoldopam - Wikipedia，Tavapadon - Wikipedia 8jxrのChain A（ドーパミンD1受容体；LSD結合） 同PDBsumデータ8jxr_lp$ 1i15（ドーパミンD2受容体；Theoretical Model，α鎖部分のみ） ［Dopamine receptor D2 - Wikipedia］ 6c38（ドーパミンD2受容体；リスペリドン結合） 8NU（リスペリドン）選択 ｜ 6cm4（ドーパミンD2受容体〈6c38の更新データ〉；リスペリドン結合） 8NU（リスペリドン）選択 同PDBsumデータ6cm4_8NU$ 6luq（ドーパミンD2受容体；ハロペリドール結合） GMJ（ハロペリドール）選択 同PDBsumデータ6luq_GMJ$ 6vmsのChain R（ドーパミンD2受容体；ブロモクリプチン〈bromoergocryptine〉結合） 同PDBsumデータ6vms_08Y$ 7dfpのChain A（ドーパミンD2受容体；抗精神薬スピペロン〈spiperone〉結合） 同PDBsumデータ7dfp_SIP$ ［Spiperone - Wikipedia］ 3pbl%（ドーパミンD3受容体；エチクロプリド結合） 同PDBsumデータ3pbl_ETQ$ ［Dopamine receptor D3 - Wikipedia］ 7cmvのChain R（ドーパミンD3受容体；アゴニストPD128907結合） 同PDBsumデータ7cmv_G6O$ ［PD-128,907 - Wikipedia］ ｜ PDBsumデータ7cmu_G6L（プラミペキソール）$ 9f33のChain R（ドーパミンD3受容体；アゴニストFOB02-04A結合，cif→pdb変換） 同PDBsumデータ9f33_lp$ ［PD-128,907 - Wikipedia］ 5wiv（ドーパミンD4受容体；ネマトプリド結合） AQD（ネマトプリド）選択 同PDBsumデータ5wiv_AQD$ ［Dopamine receptor D4 - Wikipedia，Nemonapride - Wikipedia］ 6iqlのChain A（ドーパミンD4受容体；アンタゴニストL745870結合） 同PDBsumデータ6iql_L74$ 8irvのChain R（ドーパミンD5受容体；アゴニストのロチゴチン結合） R5F（ロチゴチン）選択 同PDBsumデータ8irv_R5F$ ［Dopamine receptor D5 - Wikipedia，Rotigotine - Wikipedia］ ◆ニューロテンシン受容体関連 4grv（ニューロテンシン受容体1〈NTSR1〉；ニューロテンシン〈部分，6残基/13残基〉結合） 同PDBsumデータ4grv_RRPYIL[Chain B]$ ［Neurotensin receptor - Wikipedia］ 6osa（ヒトニューロテンシン受容体1〈hNTSR1〉とGi1タンパク質の複合体；中間体状態，Kobilkaらによる） 6up7のChain C・R（ヒトニューロテンシン受容体1；Chain B（β-アレスチン1）・V除く，Kobilkaらによる） Chain C（ARG-ARG-PRO-TYR-ILE-LEU）選択 6z4s（インバースアゴニストSR48692が結合したニューロテンシン受容体1） 8fn0のChain A（ニューロテンシン受容体1〈NTSR1〉；アロステリック調節因子結合） 同PDBsumデータ8fn0_SRW$ 8jpf（ニューロテンシン受容体1〈NTSR1〉；ニューロテンシン〈部分，6残基/13残基〉とSBI-553結合） Chain L（ニューロテンシン）選択 同PDBsumデータ8jpf_lp$ ◆ヒスタミン受容体関連 3rze*%（ヒスタミンH1受容体；ドキセピン含む（5EHとD7Vの2構造重ね合わせ）） 5EH（3E体）消去 D7V（3Z体）消去 同PDBsumデータ3rze_5EH-D7V$ 5EH（3E体）のみ表示 D7V（3Z体）のみ表示 ［Histamine H1 receptor - Wikipedia，Doxepin - Wikipedia］ 8x5y（ヒスタミンH1受容体；アンタゴニストのアステミゾール結合） 同PDBsumデータ8x5y_lp$ 8ynaのChain R（ヒスタミンH2受容体；アゴニストのイムピップ結合〈immepip〉結合，cif→pdb変換） 同PDBsumデータ8yna_lp$ ［Histamine H2 receptor - Wikipedia，Immepip - Wikipedia］ 8yutのChain R（ヒスタミンH2受容体；アゴニストのアンタミン結合〈amthamine〉結合，cif→pdb変換） 同PDBsumデータ8yut_lp$ ［Amthamine - Wikipedia］ 7yfdのChain A（ヒスタミンH3受容体；アンタゴニストPF-03654746結合） ［Histamine H3 receptor - Wikipedia，PF-03654746 - Wikipedia］ 8yn7のChain R（ヒスタミンH3受容体；アゴニストのイムメスリジン〈immethridine〉結合，cif→pdb変換） A1LY2（イムメスリジン）選択 同PDBsumデータ8yn7_lp$ ［Immethridine - Wikipedia］ 7yfdのChain R（ヒスタミンH4受容体；選択的アゴニスト イメチット〈imetit〉結合） 同PDBsumデータ7yfd_lp$ → Jmolトピック（アトピー性皮膚炎関連） ［Histamine H4 receptor - Wikipedia，Imetit - Wikipedia］ 8hocのChain R（ヒスタミンH4受容体；イメチット〈imetit〉結合） 同PDBsumデータ8hoc_lp$ 8jxxのChain R（ヒスタミンH4受容体；アゴニストのクロベンプロピット〈clobenpropit〉結合） 同PDBsumデータ8jxx_VCL$ 8ynaのChain R（ヒスタミンH4受容体；アゴニストのイムピップ結合〈immepip〉結合，cif→pdb変換） 同PDBsumデータ8yna_lp$ ［Immepip - Wikipedia］ ◆遊離脂肪酸受容体関連 9k1cのChain R（FFAR1〈遊離脂肪酸受容体1〉，DHAが結合） 同PDBsumデータ9k1c_HXA$ ［Free fatty acid receptor - Wikipedia］ ｜ DHA 8j22のChain C（FFAR2〈遊離脂肪酸受容体2〉；アゴニストTUG-1375が結合） 同PDBsumデータ8j22_lp$ 8iysのChain R（FFAR4〈遊離脂肪酸受容体4〉，GPR120；アゴニストTUG-891が結合） 同PDBsumデータ8iys_lp（TUG-891）$ 8t3oのChain R（遊離脂肪酸受容体4〈FFA4〉，GPR120；アゴニストTUG-891結合） 同PDBsumデータ8t3o_lp$ ◆微量アミン関連受容体関連 8jsoのChain R（微量アミン関連受容体1〈TAAR1〉；デキストロアンフェタミン結合） 同PDBsumデータ8jso_lp$ ［Trace amine-associated receptor - Wikipedia，TAAR1 - Wikipedia］ 8uhbのChain A（微量アミン関連受容体1〈TAAR1〉；アゴニストRo5256390結合） UJL（SEP-363856）選択 同PDBsumデータ8uhb_lp$ ［RO5256390 - Wikipedia］ 8w8bのChain R（微量アミン関連受容体1〈TAAR1〉；アゴニストSEP-363856結合） UJL（SEP-363856）選択 同PDBsumデータ8w8b_lp$ 8wc7のChain R（微量アミン関連受容体1〈TAAR1〉；アゴニストZH8667結合） UJL（SEP-363856）選択 同PDBsumデータ8wc7_lp$ 8pm2のChain R（微量アミン関連受容体7f〈TAAR7f〉；N,N-ジメチルシクロヘキシルアミン〈DMCHA〉結合） 同PDBsumデータ8pm2_8IA$ 8iwe（微量アミン関連受容体9；スペルミジンが結合） 同PDBsumデータ8iwe_lp$ ｜ PDBsumデータ8iwm_lp（2-フェニルエチルアミン）$ ［Olfactory receptor - Wikipedia，TAAR9 - Wikipedia］ ◆P2Y受容体関連 4ntj*（P2Y12受容体；アンタゴニストAZD1283が結合） AZJ（AZD1283）選択 同PDBsumデータ4ntj_AZJ$ ［P2Y receptor - Wikipedia，P2Y12 - Wikipedia］ 4pxz（P2Y12受容体；アゴニスト2MeSADPが結合） 6AD（2MeSADP）選択 同PDBsumデータ4pxz_6AD$ 7xxiのChain A（P2Y12受容体；アゴニスト2MeSADPが結合） 同PDBsumデータ7xxi_6AD$ 7pp1（P2Y12受容体；阻害剤セラトグレル〈selatogrel〉が結合） ◆フェロモン受容体関連 7ad3のChain B・H（フェロモン受容体〈クラスD GPCR，Ste2〉） ［Fungal mating pheromone receptors - Wikipedia］ 7qbi（フェロモンα-ファクター受容体〈Ste2〉） Chain I・K（α-ファクターフェロモン）選択 ◆副腎皮質刺激ホルモン放出因子受容体 4k5y*（阻害剤CP-376395が結合） 同PDBsumデータ4pxz_6AD[Chain A]$ 1Q5選択 ［Corticotropin releasing hormone receptor 1 - Wikipedia，Corticotropin-releasing hormone - Wikipedia］ 6p9xのChain P・R（副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン〈コルチコリベリン〉が結合した副腎皮質刺激ホルモン放出因子受容体1〈CRHR1，CRF1〉） 8gtiのChain A（アンタゴニストBMK-C205が結合した副腎皮質刺激ホルモン放出因子受容体1〈CRF1R〉） 0JS選択 同PDBsumデータ8gti_0JS$ ◆プロスタグランジン受容体関連 → プロスタグランジン分子データ集 6d26（プロスタグランジンD2受容体2〈CRTH2〉：フェビピプラントが結合） FSY（フェビピプラント）選択 同PDBsumデータ6d26_FSY$ ∥ PDBsumデータ6d27_FT4（CAY10471結合）$ ［Prostaglandin DP2 receptor - Wikipedia］ 7m8w（プロスタグランジンD2受容体2〈CRTH2〉：15R-メチル-プロスタグランジンD2が結合） 同PDBsumデータ7m8w_YSS$ 7cx3のChain R（プロスタグランジンE2受容体2〈EP2〉：タプレネパグが結合） 同PDBsumデータ7cx3_GNO$ ｜ PDBsumデータ7cx4_GM9（エバタネパグ）$ ｜ PDBsumデータ7cx2_P2E（プロスタグランジンE2）$ ［Prostaglandin E2 receptor - Wikipedia，Prostaglandin EP2 receptor - Wikipedia］ 6m9t（プロスタグランジンE2受容体3〈EP3〉：ミソプロストール-FAが結合） J9P（ミソプロストール）選択 同PDBsumデータ6m9t_J9P$ ［Prostaglandin EP3 receptor - Wikipedia］ 5ywy（プロスタグランジンE2受容体4〈EP4〉：阻害抗体とアンタゴニストONO-AE3-208が結合） 同PDBsumデータ5ywy_7UR$ PDBsumデータ5yhl_8VL（ONO-AE3-208臭素体）$ ∥ PDBsumデータ6ak3_P2E（プロスタグランジンE2）$ ［Prostaglandin EP4 receptor - Wikipedia］ 7d7mのChain A（プロスタグランジンE2受容体4〈EP4〉：プロスタグランジンE2が結合） 同PDBsumデータ7d7m_P2E$ 8gcmのChain R（プロスタグランジンE2受容体4〈EP4〉） 同PDBsumデータ8gcm_lp$ 8gdaのChain R（プロスタグランジンE2受容体4〈EP4〉；アゴニストL902688が結合） 同PDBsumデータ8gda_lp$ 8iukのChain R（プロスタグランジンF2α受容体〉：プロスタグランジンF2αが結合） 同PDBsumデータ8iuk_lp$ ｜ PGF2α 8iq4のChain R（プロスタグランジンF2α受容体〉：アゴニストのカルボプロスト〈carboprost〉が結合） 同PDBsumデータ8iq4_lp$ ［Carboprost - Wikipedia］ ◆ホルモン受容体関連 7xw6のChain R（甲状腺刺激ホルモン受容体；アゴニストML-109結合） HOI（アゴニストML-109）選択 同PDBsumデータ7xw6R_lp$ ［Thyrotropin receptor - Wikipedia］ 7t9mのChain R（甲状腺刺激ホルモン受容体） 8gw8のChain A・R（副甲状腺ホルモン1型受容体〈PTH1R〉；作動薬PCO371結合） Chain A（Gαサブユニット）選択 同PDBsumデータ8gw8_lp$ ［Parathyroid hormone 1 receptor - Wikipedia］ 8jr9のChain A・R（副甲状腺ホルモン1型受容体〈PTH1R〉；アゴニストPCO371結合） 同PDBsumデータ8jr9_lp$ 7br3（性腺刺激ホルモン放出ホルモン受容体〈GnRH1R〉） F5O選択 同PDBsumデータ7br3_F5O$ ［Gonadotropin-releasing hormone receptor - Wikipedia］ 7cz5のChain P・R（成長ホルモン放出ホルモン受容体〈GHRHR〉） Chain P（成長ホルモン放出ホルモン〈GHRH〉）選択 ［Growth-hormone-releasing hormone receptor - Wikipedia］ 7na8のChain R（成長ホルモン分泌促進因子受容体〈GHSR，グレリン受容体〉；イブタモレン〈ibutamoren〉結合） 同PDBsumデータ7na8_1KD$ ［Growth hormone secretagogue receptor - Wikipedia，Ibutamoren - Wikipedia］ 8jsrのChain R（グレリン受容体；アナモレリン〈anamorelin〉結合） 同PDBsumデータ8jsr_UYI$ ｜ アナモレリン（anamorelin） ［Anamorelin - Wikipedia］ 7f83のChain A（成長ホルモン分泌促進物質受容体タイプ1〈GHSR〉；インバースアゴニスト結合） 同PDBsumデータ7f83_1KQ$ 7f83のChain A（成長ホルモン分泌促進物質受容体タイプ1〈GHSR〉；インバースアゴニスト結合） 同PDBsumデータ7f83_1KQ$ 8i2gのChain R（卵胞刺激ホルモン受容体；compound 21f結合） O6F（compound 21f）選択 同PDBsumデータ8i2g_O6F$ ［Follicle-stimulating hormone receptor - Wikipedia］ ◆味覚受容体関連 5x2mのChain A・B（グルタミンが結合した味覚受容体T1r2-T1r3ヘテロ二量体） GLN（リガンドのグルタミン）選択 同PDBsumデータ5x2m_GLN[951(A)]$ 同PDBsumデータ5x2m_GLN[951(B)]$ 同PDBsumデータ5x2m_GLN[951(D)]$ → Jmolトピックに他のPDBsumデータ ［Taste receptor - Wikipedia，TAS1R2 - Wikipedia］ 8rqlのChain R（苦味受容体TAS2R14，フルフェナム酸〈flufenamic acid〉結合） 同PDBsumデータ8rql_lp[401(R)]$ ［TAS2R14 - Wikipedia，Flufenamic acid - Wikipedia］ 8vy9のChain R（苦味受容体TAS2R14，アゴニスト28.1結合；cif→pdb変換） 同PDBsumデータ8vy9_lp（ligand A1AEI）$ 同PDBsumデータ8vy9_CLR_lp（コレステロール）$ 8ykyのChain R（苦味受容体TAS2R14，アゴニスト28.1結合；cif→pdb変換） 同PDBsumデータ8yky_lp（ligand A1AEI）$ 9iiw（苦味受容体TAS2R14，細胞内アゴニスト28.1結合；cif→pdb変換） 同PDBsumデータ9iiw_lp[601(R)]（ligand A1AEI）$ 7xp6のChain R（ストリキニーネが結合した苦味受容体） 同PDBsumデータ7xp6_lp[951(B)]$ ［TAS2R46 - Wikipedia］ ｜ ストリキニーネ（strychnine） 8jmhのChain A（スクロースが結合した味覚受容体Gr64a；GRファミリー〈GRs〉はGPCRに入れない場合もある） 同PDBsumデータ8jmh_lp$ 8ze2のChain A（スクロースアイソフォームが結合した味覚受容体Gr64a；GRファミリー〈GRs〉はGPCRに入れない場合もある） 同PDBsumデータ8ze2_Z9N-GLC$ ◆メラトニン受容体関連 6me2（メラトニン受容体MT1；ラメルテオンが結合） 同PDBsumデータ6me2_JEV$ ［Melatonin receptor - Wikipedia］ ∥ PDBsumデータ6me3_JEY（2-フェニルメラトニン結合） PDBsumデータ6me4_ML2（2-ヨードメラトニン結合） ［2-Iodomelatonin - Wikipedia］ PDBsumデータ6me5_AWY（アゴメラチン結合） 6ps8（メラトニン受容体MT1；2-フェニルメラトニンが結合） 同PDBsumデータ6ps8_JEY$ 7db6のChain D（メラトニン受容体MT1；ラメルテオンが結合） 同PDBsumデータ7db6_JEV$ ［Ramelteon - Wikipedia］ 7vgyのChain A（メラトニン受容体MT1；2-ヨードメラトニンが結合） ML2（2-ヨードメラトニン）選択 同PDBsumデータ7vgy_ML2$ ∥ PDBsumデータ7vgz_JEV（MT1，ラメルテオン）$ PDBsumデータ7vh0_JEV（MT2，ラメルテオン）$ 6me9のChain A（メラトニン受容体MT2；ラメルテオンが結合） 同PDBsumデータ6me9_JEV [2201(A)]$ ∥ PDBsumデータ6me6_JEY [2201(A)]（2-フェニルメラトニン結合） PDBsumデータ6me7_JEY [2201(A)]（同） PDBsumデータ6me8_JEY [2201(A)]（同） ◆メラノコルチン受容体関連 6w25（メラノコルチン4受容体〈MC4R〉；アンタゴニストSHU9119結合） Chain B（SHU9119）選択 ［Melanocortin 4 receptor - Wikipedia］ 7aueのChain R（メラノコルチン4受容体〈MC4R〉） 7f58のChain R（メラノコルチン4受容体〈MC4R〉） 同PDBsumデータ7f58_1I8$ ［THIQ - Wikipedia］ ◆リゾホスファチジン酸受容体関連 7yu3のChain R（リゾホスファチジン酸受容体1〈LPAR1〉；ONO-0740556結合） 同PDBsumデータ7yu3_K6L（ONO-0740556）$ ［LPAR1 - Wikipedia］ 9j5vのChain R（リゾホスファチジン酸受容体1〈LPAR1〉；アゴニストCpY結合，cif→pdb変換） 同PDBsumデータ9j5v_lp$ ◆ロイコトリエン受容体関連 5x33（ロイコトリエンB4受容体；拮抗薬BIIL260結合） 同PDBsumデータ5x33_7Y9$ ［Leukotriene receptor - Wikipedia］ 7k15（ロイコトリエンB4受容体1；選択的アンタゴニストMK-D-046結合） VRJ（MK-D-046）選択 同PDBsumデータ7k15_VRJ$ 7vktのChain A（ロイコトリエン受容体1；ロイコトリエンB4結合） LTB（ロイコトリエンB4）選択 同PDBsumデータ7vkt_LTB$ ［Leukotriene B4 - Wikipedia］ 6rz5のChain A（システイニルロイコトリエン受容体1；ザフィルルカスト結合） ZLK（ザフィルルカスト）選択 同PDBsumデータ6rz5_ZLK[2001(A)]$ ［Zafirlukast - Wikipedia］ ｜ PDBsumデータ6rz4_KNT（プランルカスト結合）$ ［Pranlukast - Wikipedia］ 6rz9（システイニルロイコトリエン受容体2；ONO-2770372結合） KO5（ONO-2770372）選択 KAZ（NF-56-EJ40）選択 同PDBsumデータ6rz9_KO5$ ｜ PDBsumデータ6rz6_KNW（ONO-2570366結合）$ ｜ PDBsumデータ6rz7_KNW（同）$ ｜ PDBsumデータ6rz8_KNZ（ONO-2080365結合）$ ◆その他の受容体関連 BILF1 7jhjのChain R（ヒトγヘルペスウイルス4のBILF1，Kobilkaらによる） 同PDBsumデータ7jhj_Y01$ PAC1受容体（脳下垂体後葉アデニル酸シクラーゼ1型受容体） 6lpbのChain P・R（PAC1受容体；脳下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ペプチド〈PACAP〉が結合） Chain P（PACAP）選択 ［ADCYAP1R1 - Wikipedia］ アドヒージョン受容体 7d76のChain R（アドヒージョン受容体GPR97） GXR（ベクロメタゾン）選択 同PDBsumデータ7d76_GXR$ ｜ PDBsumデータ7d77_HCY$ ［Adhesion G protein-coupled receptor - Wikipedia］ 黄体形成ホルモン/絨毛性ゴナドトロピン受容体 7fihのChain R（黄体形成ホルモン/絨毛性ゴナドトロピン受容体） 同PDBsumデータ7fih_55Z$ ［Oxytocin receptor - Wikipedia，Luteinizing hormone/choriogonadotropin receptor - Wikipedia］ ガストリン放出ペプチド受容体 (GRPR) 7w41（ガストリン放出ペプチド受容体〈GRPR〉；アンタゴニスト PD176252結合） 同PDBsumデータ7w41_lp$ ［Galanin receptor - Wikipedia，Gastrin-releasing peptide receptor - Wikipedia］ ガラニン受容体 7xbdのChain A・F（ガラニン受容体2〈GALR2〉；ガラニン結合） Chain F（ガラニン）選択 ［Galanin receptor - Wikipedia，Galanin - Wikipedia］ カルシトニン受容体 5uz7（ペプチドリガンドおよびGαsβγタンパク質と複合体を形成したカルシトニン受容体） Chain R（カルシトニン受容体）選択 ［Calcitonin receptor - Wikipedia］ カルシトニン遺伝子関連ペプチド（CGRP）受容体 6e3y（CGRP受容体；受容体活性調節タンパク質1〈RAMP1〉，ナノボディ35およびGsタンパク質ヘテロ3量体との複合体） Chain P（カルシトニン遺伝子関連ペプチド1）選択 → CGRP関連別トピック ［Calcitonin gene-related peptide - Wikipedia］ トロンボキサンA2受容体 6iiu（トロンボキサンA2受容体；ラマトロバン結合） A8X（ラマトロバン）選択 同PDBsumデータ6iiu_A8X$ ∥ PDBsumデータ6iiv_A90（ダルトロバン）$ ［Thromboxane receptor - Wikipedia］ プロテアーゼ活性化受容体 3vw7（プロテアーゼ活性化受容体1〈PAR1〉；ボラパクサール〈ボラパキサル〉結合） 同PDBsumデータ3vw7_VPX（OLC除く）$ ［Protease-activated receptor - Wikipedia］ ホルミルペプチド受容体 7t6sのChain R（ホルミルペプチド受容体〈FPR2〉；compound 43結合） 同PDBsumデータ7t6s_FUI$ ［Formyl peptide receptor - Wikipedia］ ボンベシン受容体 8y53のChain R（ボンベシン受容体サブタイプ3〈BRS3〉；特異的アゴニストMK-5046結合，cif→pdb変換） 同PDBsumデータ8y53_lp$ ［Bombesin receptor - Wikipedia］ メラニン凝集ホルモン受容体 8ynsのChain R（メラニン凝集ホルモン受容体1〈MCHR1〉；アンタゴニストSNAP-94847結合，cif→pdb変換） 同PDBsumデータ8yns_lp$ ［Melanin-concentrating hormone receptor - Wikipedia，Melanin-concentrating hormone receptor 1 - Wikipedia］ モチリン受容体 8ibuのChain R（モチリン受容体〈GPCR38〉；エリスロマイシン結合） 同PDBsumデータ8ibu_ERY$ ［Motilin receptor - Wikipedia］ 血管作動性腸管ポリペプチド受容体 6vn7のChain L・R（血管作動性腸管ポリペプチド受容体〈VIP1R〉；ペプチドPACAP27結合） Chain L（PACAP27）選択 ［Vasoactive intestinal peptide receptor - Wikipedia］ 神経ペプチドY（NPY）受容体 5zbq（UR-MK299が結合した神経ペプチドY1受容体） 同PDBsumデータ5zbq_9AO$ ∥ PDBsumデータ5zbh_9AF$（BMS-193885結合） ［Neuropeptide Y receptor Y1 - Wikipedia，Neuropeptide Y - Wikipedia］ |
［左3図］LSDが結合したセロトニン受容体5tvn → Jmolトピック ［右端図］別研究の7srqのPDBsumデータ
エルゴタミンが結合したセロトニン受容体のPDBsumデータ（左から 7c61・4iar・5tud・4ib4・4nc3・6bqg）
●ロドプシン関連 → モノはなぜ見える ｜ 生体分子模型 ウシロドプシンPDB 3PQR
|
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 （*印のみ） HB選択（$印のみ） RET選択（レチナール；ロドプシン関連データの一部） 空間充填 球棒 球10％ 球30％ 球60％ スティック（太） 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 ∥ 濃赤 緑 濃ピンク 橙 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 ｜ S-S結合表示 ｜ ｜ 背景・黒 灰 白 紺 Chain選択： A B C D E F G H I J K L M N O P |
◆ロドプシン（ロドプシンファミリーは別名クラスA；バソロドプシン，ルミロドプシンなど含む） → モノはなぜ見える 1f88のChain A#（ウシロドプシン） Gly90選択 Lys296選択 同PDBsumデータ1f88_RET$ 1jfp（ウシロドプシン） 同PDBsumデータ1jfp_RET$ 1ln6（メタロドプシンII） 同PDBsumデータ1ln6_RET$ 1l9hのChain A#（ウシロドプシン） 同PDBsumデータ1l9h_RET[Chain A]$ 1u19#（ウシロドプシン，Hg，Zn） 同PDBsumデータ1u19_RET$ 2g87*#（バソロドプシン） 同PDBsumデータ2g87_RET$ 2hpy*#（ルミロドプシン） 同PDBsumデータ2hpy_RET$ 2i37#（光活性化ロドプシン） 2ped#（9-cis-ロドプシン） 同PDBsumデータ2ped_RET$ 2x72*#（ウシロドプシン） 同PDBsumデータ2x72_RET$ 2z73のChain A*（イカロドプシン） 同PDBsumデータ2z73_RET$ 3pqr#（メタロドプシンII） PDBsumによるレチナールのSITE選択 Gly90選択 Lys296選択 同PDBsumデータ3pqr_RET$ → 生体分子模型Kawakami Model 4bey*#（ウシロドプシン変異体G90D；先天停止性夜盲） Asp90選択 Lys296選択 4pxf（ウシロドプシン；オクチル-β-D-グルコシドおよびGPCR共役制御タンパク質ファミリーのアレスチン〔B鎖〕が結合） 同PDBsumデータ4pxf_BOG406$ BOG_406A選択 ［Arrestin - Wikipedia］ 4ww3のChain A（イカロドプシン） 同PDBsumデータ4ww3_RET$ 4zwjのChain A（ロドプシンとアレスチンのキメラタンパク質；フェムト秒X線レーザーによる） → Jmolトピック 5azdのChain A（好熱性ロドプシン） 5dys（ロドプシン；先天性停止性夜盲症〈CSNB〉に関係するT94I変異体） 同PDBsumデータ5dys_RET$ ｜ 5en0（同） 同PDBsumデータ5en0_RET$ 5te3（ウシロドプシン；オクチル-β-D-グルコシドが結合） 同PDBsumデータ5te3_BOG[411(A)]$ BOG（ロドプシン内のβ-octylglucoside）選択 ｜ 5te5 同PDBsumデータ5te5_7AB$ 5wkt（ウシロドプシン；オクチル-β-D-グルコシドが結合） BOG（ロドプシン内のβ-octylglucoside）選択 7MA（EMPA）選択 同PDBsumデータ5wkt_BOG[405(A)]$ 6fk6（ウシロドプシン；S-RS01が結合） DOK（S-RS01）選択 BOG（ロドプシン内のβ-octylglucoside）選択 同PDBsumデータ6fk6_DOK$ ｜ PDBsumデータ6fk7_DO5（RS06結合）$ ｜ PDBsumデータ6fk8_DNZ（RS08結合）$ ｜ PDBsumデータ6fk9_DNK（RS09結合）$ ｜ PDBsumデータ6fka_DN5（RS11結合）$ ｜ PDBsumデータ6fkb_DLH（結RS13合）$ ｜ PDBsumデータ6fkc_DLB（RS15結合）$ ｜ PDBsumデータ6fkd_DL2（RS16結合）$ 6pgs（ウシオプシン） 64Z（ゲラニオール）選択 Chain B（G alpha CT2 peptide）選択 同PDBsumデータ6pgs_64Z$ ｜ PDBsumデータ6ph7_NZZ（ネロール結合）$ 6cmo（ロドプシン；Giタンパク質が結合） 6fuf（ロドプシン；mini-Goタンパク質が結合） 同PDBsumデータ6fuf_RET$ 7mt9のModel 1（ロドプシン；GPCR特異的キナーゼ GRK1が結合） ［Rhodopsin kinase - Wikipedia］ 8a6eのChain A（ウシロドプシン） 同PDBsumデータ8a6e_RET$ 9eppのChain R（11,20-エタノレチナールが結合したハエトリグモロドプシンアイソフォーム1〈JSR1〉；cif→pdb変換） 同PDBsumデータ9epp_lp$ ◆ロドプシン類似タンパク質（バクテリオロドプシンなど；GPCRには含まれない） 1c3w（バクテリオロドプシン） 同PDBsumデータ1c3w_RET$ 1e0pのChain A（基底状態）（バクテリオロドプシン） 同PDBsumデータ1e0p_RET$ 1h2s（センソリーロドプシンII） Chain A 同PDBsumデータ1h2s_RET$ ［Sensory rhodopsin II - Wikipedia］ 1iw9*#（バクテリオロドプシン，光駆動プロトンポンプ） 同PDBsumデータ1iw9_RET$ 7vgvのChain C（光駆動型イオンポンプロドプシンNM-R3） Asn98・Thr102・Trp201・Asp231空間充填／α炭素ラベル表示 同PDBsumデータ7vgv_RET[301(A)]$ 1qhj（バクテリオロドプシン） 同PDBsumデータ1qhj_RET$ 1r2nのModel 1*（バクテリオロドプシン） 同PDBsumデータ1r2n_RET$ 2z55のChain A*#（アーキロドプシン，バクテリオルベリン） 同PDBsumデータ2z55_RET$ 4qidのChain A（高度好塩菌Haloquadratum walsbyiのバクテリオロドプシン） 同PDBsumデータ4qid_RET$ ［Haloquadratum - Wikipedia］ 4qry（ハロロドプシン） A-C鎖選択 E-G鎖選択 BRとRET（Br-とレチナール）選択 同PDBsumデータ4qry_RET$ タンパク質（Lys）選択 → Jmolトピック 5b6v（バクテリオロドプシン；光照射前） ｜ 5b6y（同；光照射後36.2 μs） ∥ 以下PDBsumデータ（リガンドはRET）： 5b6v（光照射前） 5b6w（光照射後16 ns） 5h2h（40 ns） 5h2i（110 ns） 5h2j（290 ns） 5b6x（760 ns） 5h2k（2 μs） 5h2l（5.25 μs） 5h2m（13.8 μs） 5b6y（36.2 μs） 5h2n（95.2 μs） 5h2o（250 μs） 5h2p（657 μs） 5b6z（1.725 ms） 5kkhのChain A（バクテリオロドプシン） 同PDBsumデータ5kkh_RET$ 6csmのChain A（チャネルロドプシンGtACR1） ［Channelrhodopsin - Wikipedia］ 同PDBsumデータ6csm_RET$ 8yel（チャネルロドプシンGtCCR4） 同PDBsumデータ8yel_lp$ 6csn（チャネルロドプシンiC++；at pH8.5） 同PDBsumデータ6csn_RET$ ｜ PDBsumデータ6cso_RET（at pH6.5）$ 7e70（チャネルロドプシン） 同PDBsumデータ7e70_RET（250 ms structure）$ ｜ 同PDBsumデータ7c86_RET（dark state structure）$ 7w9w（チャネルロドプシンChRmine） 同PDBsumデータ7w9w_RET$ 6jo0（ウイルス型ロドプシン） PDBsumデータ6jo0_RET（at pH6.5）$ 6gux（アーキロドプシン3〈archaerhodopsin-3〉） 同PDBsumデータ6gux_RETs（レチナールはA構造，H原子付加）$ ｜ PDBsumデータ6guy_RET$ PDBsumデータ6guz_RET$ ［Archaerhodopsin - Wikipedia］ 6is6（ヘリオロドプシン） Lys238（レチナールが結合）選択 同PDBsumデータ6is6_RET（1-オレオイル-R-グリセロールが結合）$ ［Heliorhodopsin - Wikipedia］ → Jmolトピック 6lm0のChain A（シアノロドプシン） 8h79（シアノロドプシン） PDBsumデータ8h79_RET$ 7e4gのChain A（シゾロドプシン4） 同PDBsumデータ7e4g_RET$ |
5dys・5en0のPDBsumデータ（1f88・3pqr［→ モノはなぜ見える］との比較）
Structural role of the T94I rhodopsin mutation in congenital stationary night blindness（Primary Citation of Related Structures，2016/07/25）
2x72のPDBsumデータ（リガンドRETにO原子含む）
※参考1（非GPCR）：バクテリオロドプシン中のレチナールのPDBsumデータ例（1c3w，1r2n，4qid，5kkh）
［Bacteriorhodopsin - Wikipedia］
［左・中］同PDB 5b6vの全体構造および同データと5b6yのPDBsumデータ
タンパク質中の原子の動き、自由電子レーザーにより動画撮影に成功 ～光によって水素イオンを輸送する仕組みを解明～（JST，2016/12/23）参照
［右］ウシロドプシン8a6eのPDBsumデータ
視覚に関わるタンパク質の超高速分子動画 －薄暗いところで光を感じる仕組み－（SPring-8，2023/03/23）参照
※参考2（非GPCR）：ウイルス型ロドプシン6jo0およびアーキロドプシン3 6gux（これのみH原子付加）・6guy・6guzのPDBsumデータ
|
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 （*印のみ） HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球10％ 球30％ 球60％ スティック（太） 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 ∥ 濃赤 緑 濃ピンク 橙 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 ｜ S-S結合表示 ｜ ｜ 背景・黒 灰 白 紺 Chain選択： A B C D E F G H I J K L M N O P |
◆その他 1omw#（Gタンパク質共役受容体キナーゼ2〈GRK2〉-ヘテロ三量体Gタンパク質複合体；Lefkowitzによる） ［G protein - Wikipedia，G protein-coupled receptor kinase - Wikipedia］ 4l9iのChain A（Gタンパク質共役受容体キナーゼ1〈GRK1〉；パロキセチンが結合） 同PDBsumデータ4l9i_8PR$ 4kfmの12量体（Gタンパク質依存性内向き整流K+チャネルGIRK2-Gタンパク質βγ複合体；Chain A・B・G×4） ［G protein-coupled inwardly-rectifying potassium channel - Wikipedia］ → Natureハイライト（2013/06/13） 5z1n（Gタンパク質相互作用タンパク質1〈Gip1〉） 同PDBsumデータ5z1n_PEF$ （上掲データと重複〔一部はGPCR単鎖のみに〕；別ページ版） 
2007 2rh1 2008 2z73(A) ｜ 2vt4(A) ｜ 3eml 2010 3pbl(A) ｜ 3odu(A) 2011 3sn6(R) ｜ 3qak ｜ 3rze ｜ 3pqr 2012 3v2y ｜ 3uon ｜ 4daj(A) ｜ 3vw7 ｜ 2lnl(Model 1) 4djh(A) ｜ 4dkl ｜ 4ea3(A) ｜ 4ej4 ｜ 4grv |
