PFAS汚染問題

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※2020/11/15-22オンライン開催のサイエンスアゴラに日本コンピュータ化学会動画（公開継続）でPFASについても言及しました。

同動画ロングバージョン（本間担当分）：公開スライド

＝ジョン・ミッチェル／小泉昭夫／島袋夏子著 , 阿部小涼訳，「永遠の化学物質水のPFAS汚染」，岩波ブックレット(2020) ほか参照＝

パーフルオロオクタンスルホン酸（perfluorooctanesulfonic acid，PFOS）

パーフルオロオクタンスルホン酸（perfluorooctanesulfonic acid，PFOS） ∥ PFOSを含むタンパク質のPDBsumデータ例： 4e99_P8S$（PFOSを含む血清アルブミン）　［Serum albumin - Wikipedia］｜ 5jimのChain A（PFOSが結合したトランスサイレチン）　同PDBsumデータ5jim_P8S$　［Transthyretin - Wikipedia］
パーフルオロオクタン酸（perfluorooctanoic acid，PFOA） ∥ PFOAを含むタンパク質例： 7AAI（PFOAが結合したヒト血清アルブミン）　8PF（PFOA）選択｜ 5jidのChain A（PFOAが結合したトランスサイレチン）　同PDBsumデータ5jid_8PF$ ｜ 7fek（PFOAが結合したヒトの心臓由来脂肪酸結合タンパク質）　同PDBsumデータ7fek_8PF[201(A)]$ ｜ 8u57（PFOAが結合したヒトのPPARγ）　8PF（PFOA，503(A)）選択　同PDBsumデータ8u57_lp[503(A)]$
パーフルオロヘキサン酸（perfluorohexanoic acid，PFHxA）
パーフルオロデカン酸（perfluorodecanoic acid，PFDA）
パーフルオロウンデカン酸（perfluoroundecanoic acid，PFUnA）
パーフルオロトリデカン酸（perfluorotridecanoic acid，PFTrDA）
パーフルオロオクタンスルホン酸フルオリド（perfluorooctanesulfonyl fluoride，PFOSF）
パーフルオロヘキサンスルホン酸（perfluorohexanesulfonic acid，PFHxS）
パーフルオロブタンスルホン酸（perfluorobutanesulfonic acid，PFBS）
パーフルオロノナン酸（perfluorononanoic acid，PFNA）
GenX（商品名；異性体あり）　［GenX - Wikipedia］ ∥ GenX例（左と別構造）を含むタンパク質のPDBデータ例： 7z57（血清アルブミン；GenX例のHPFO-DAが結合）　同PDBsumデータ7z57_lp[601(A)]$（PFOSを含む血清アルブミン）　
6:2FTAB（6:2 fluorotelomer sulfonamide betaine）　※週刊金曜日 2024年5月24日発売号 p.21 参照
※その他参考PDBデータ・分子
ジメチルスルホキシド（dimethyl sulfoxide，DMSO）　…GIGAZINE記事（2022/08/19）参照
4bcrのChain A（WY14643結合が結合したヒトPPARα）　同PDBsumデータ4bcr_WY1[1468(A)]$　…Environmental Science and Technology誌論文（2023/12/22）参照

バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色
リガンドの元素記号表示
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填
ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転
背景・黒　灰　白　紺