◆ 多彩なツール活用で化学情報発信へ ◆
＝ 第28回理科・化学教育懇談会フォーラム「授業に役立つ化学の話VI」（2025/03/08） ＝
※本企画で紹介するフリーウェアの多くはWindows版のみです。
※下掲Winmostar無償版についてはインストールに時間がかかるので事前に入手してインストールしておいていただければ幸甚です。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。

Jmolでいろいろな分子を見てみよう（初期表示はアミノ酸20種表示，pdb形式）
アミノ酸20種全表示（有機概念図I/O値順，pdb形式） ｜ 　→ タンパク質中の20種類のアミノ酸（英語版）
オセルタミビル（oseltamivir；インフルエンザ薬の例） ｜ GS4071（オセルタミビル由来）　…リン酸オセルタミビルが抗インフルエンザウイルス薬（商品名タミフル）　→ GS4071を含むノイラミニダーゼのSITE例
AlphaFold構造P08684《1-503》（ヒトのP450 3A4構造）　→ AlphaFold/AlphaFold2/AlphaFold3構造の利用
バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
 空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
ヒトの必須・非必須区別
 水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

参考：アミノ酸および特性基の親水性・疎水性（特性基 R のI/O値順）
→ 有機概念図簡易計算機 ←
アミノ酸 特性基 R hydropathy
index
極性%
 log P 酸性・塩基性 極性・非極性 Cleftの分類 等電点 必須・非必須
（ヒト）
O I I/O
Ile I イソロイシン 80 0 0 4.5 5.2 -1.70 中性 非極性（疎水性） Aliphatic 6.02 必須
Leu L ロイシン 70 0 0 3.8 4.9 -1.52 中性 非極性（疎水性） Aliphatic 5.98 必須
Val V バリン 50 0 0 4.2 5.9 -2.26 中性 非極性（疎水性） Aliphatic 5.96 必須
Ala A アラニン 20 0 0 1.8 8.1 -2.85 中性 非極性（疎水性） Aliphatic 6.00 非必須
Phe F フェニルアラニン 140 15 0.107 2.8 5.2 -1.38 中性 非極性（疎水性） Aromatic 5.48 必須
Pro P プロリン 60 10 0.167 -1.6 8.0 -2.54 中性 非極性（疎水性） Pro & Gly 6.30 非必須
Met M メチオニン 100 20 0.200 1.9 5.7 -1.87 中性 非極性（疎水性） Aliphatic 5.74 必須
Cys C システイン 60 20 0.333 2.5 5.5 -2.49 中性 極性（中性） Cysteine 5.07 非必須
Trp W トリプトファン 180 130 0.722 -0.9 5.4 -1.05 中性 非極性（疎水性） Aromatic 5.89 必須
Tyr Y チロシン 140 115 0.821 -1.3 6.2 -2.26 中性 極性（中性） Aromatic 5.66 非必須
Lys K リシン 80 70 0.875 -3.9 11.3 -3.05 塩基性 極性（塩基性） Positive 9.74 必須
Gly G グリシン 0 0 － -0.4 9.0 -3.21 中性 非極性（疎水性） Pro & Gly 5.97 非必須
His H ヒスチジン 80 152 1.900 -3.2 10.4 -3.32 塩基性 極性（塩基性） Positive 7.59 必須
Arg R アルギニン 80 190 2.375 -4.5 10.5 -4.20 塩基性 極性（塩基性） Positive 10.76 準必須
Thr T トレオニン 40 100 2.500 -0.7 8.6 -2.94 中性 極性（中性） Neutral 6.16 必須
Glu E グルタミン酸 60 150 2.500 -3.5 12.3 -3.69 酸性 極性（酸性） Negative 3.22 非必須
Gln Q グルタミン 60 200 3.333 -3.5 10.5 -3.64 中性 極性（中性） Neutral 5.65 非必須
Asp D アスパラギン酸 40 150 3.750 -3.5 13.0 -3.89 酸性 極性（酸性） Negative 2.77 非必須
Ser S セリン 20 100 5.000 -0.8 9.2 -3.07 中性 極性（中性） Neutral 5.68 非必須
Asn N アスパラギン 40 200 5.000 -3.5 11.6 -3.82 中性 極性（中性） Neutral 5.41 非必須
% 宮田隆，「分子からみた生物進化　DNAが明かす生物の歴史」，p.89，講談社ブルーバックス(2014) より。


有機概念図のI/O値順に並べたアミノ酸（有機概念図簡易計算機，Log Pをポケットに！参照）

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」