「元素楽章」登場分子を動かそう!!

◆ 「元素楽章」登場分子を動かそう!! ◆
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★以下のページ番号以外にも紹介書で取上げられているので，pp.148-149の索引をご覧ください。
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出版：化学同人
 色とりどりの揚げ鶏々｜元素楽章とは - agedoridori ページ！

《初期表示は次サリチル酸ビスマス p.58 》

代表的な生体分子　部分選択 → DNA ｜タンパク質｜リン脂質｜グルコース｜ATP ※DNAやATPが含む P についてはp.4ほか
DNA（1d66のChain D・E ※原子別充填表示用加工データ（DNA塩基色表示不可）
タンパク質（アミノ酸20種をα構造で結合した参考データ；上から RKDNEQHPYWSTGAMCFLVI） ※MOLDAで組み立て（詳細）
リン脂質であるレシチンの例（ジステアロイルレシチン）
　参考中性脂質のトリグリセリドの例（トリパルミチン）
α-グルコース　→ いろいろな甘味分子
ATP

p.2 炭素 C ／グラファイト（石墨）／ダイヤモンド：グラファイト（石墨，graphite）｜ダイヤモンド（diamond）｜グラフェン（graphene）｜ダイヤモンド，グラファイト，フラーレン（C₆₀），カーボンナノチューブの同時表示　→ 2014年は世界結晶年！（様々な結晶構造）
p.2 ケイ素 Si：左水晶（left-handed quartz）　右水晶（right-handed quartz）　→ 二酸化ケイ素の結晶構造｜石英ガラス（fused quartz，シリカガラス；不定形，無機高分子）の構造例
p.4 アデノシン三リン酸：アデノシン三リン酸（adenosine triphosphate，ATP）
p.10 水銀 Hg：メチル水銀イオン CH₃Hg⁺（methyl mercury ion）　→ 水俣病
p.10 ヒ素 As：ルイサイト（lewisite）　→ 毒ガスの例｜サルバルサン (salvarsan；他に3量体・5量体あり)
p.12 マンガン Mn：Mn₄CaO₅（“歪んだ椅子”と呼ばれる）を含むタンパク質の“鍵と鍵穴”部分例 PDB 3JCUの“鍵と鍵穴”部分　→ 光合成光化学系IIの部分構造例 ∥ 参考（下掲図のために；Fe-Sクラスター含むタンパク質の“鍵と鍵穴”部分例） PDB 5D8Vの“鍵と鍵穴”部分　→ 鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例
p.14 プラチナ Pt：シスプラチン（cisplatin）　→ 話題の制がん剤・抗がん剤｜ ※参考（シスプラチンが結合したDNA例）： 1ksb　→ Jmolトピック
p.14 金 Au：金（gold，Au）の結晶構造｜金（Au）・銀（Ag）・銅（Cu）の結晶構造同時表示　→ 2014年は世界結晶年！
p.21・114ほかウラン U：六フッ化ウラン（uranium hexafluoride，UF₆）
p.38 ハロゲン：

PFAS汚染問題

新規POPs有害物質リスト

ダイオキシン類

I（書籍には登場しない）

₃

₄

Jmolトピック

p.49 ベンゼン：ベンゼン（benzene）
p.49 トルエン：トルエン（toluene）
p.49 フェノール：フェノール（phenol）　→ アルコールとフェノール
p.49 ナフタレン／アントラセン：ナフタレン（naphthalene）｜アントラセン（anthracene）　→ モノはなぜ見える
p.49 メタノール／エタノール：メタノール（methanol）｜エタノール（ethanol）　→ アルコールとフェノール
p.49 メタン：メタン（methane）　→ 分子の形と性質(1)　－メタン，アンモニア，水－
p.50 リモネン：D-リモネン（(R)-リモネン，(R)-limonene；オレンジ香味）｜ L-リモネン（(S)-リモネン，(S)-limonene）　→ 分子の科学（第8章）
"load ../kaori/lim2.mol; set frank off; set spin y 20; set spin x 0; spin on;");
p.50 バニリン：バニリン（vanillin）
p.50 インドール／スカトール：インドール（indole）｜スカトール（skatole，3-methyl-1H -indole）　→ 悪臭の正体
p.51 (-)-メントール：(-)-メントール（(-)-menthol；さわやかなハッカのにおい）｜ (+)-メントール（(+)-menthol；不快臭）　→ (-)-メントールと(+)-メントール
p.51 カプサイシン：カプサイシン（capsaicin）　→ 辛さと熱さ／カプサイシン
p.51 グルタミン酸：グルタミン酸（glutamic acid）　→ タンパク質中の20種類のアミノ酸｜ S-グルタミン酸モノナトリウム（S-monosodium glutamate）
p.51 イノシン酸：イノシン酸（inosinic acid）
p.52 ニトログリセリン：ニトログリセリン（nitroglycerin）
p.52 TNT ：TNT（トリニトロトルエン，trinitrotoluene）　｜参考（ニトロ化合物同時表示）：ニトログリセリン，TNT，ニトロセルロース，オクタニトロキュバン（p.59）　→ セルロースは代表的な高分子
p.53 モルヒネ：モルヒネ（モルフィン，morphine；鎮静作用）　→ 危険ドラッグ
p.53 MDMA ：MDMA（3,4-methylenedioxy-N-methylamphetamine；幻覚作用）
p.53 メスカリン：メスカリン（mescaline；幻覚作用）
p.53 リゼルグ酸ジエチルアミド（LSD）：LSD（リゼルグ酸ジエチルアミド，lysergic acid diethylamide，LSD-25；幻覚作用）
p.54 セロトニン：セロトニン（serotonin）　→ 抗うつ剤と神経伝達物質
p.54 バソプレシン：バソプレシン（バソプレッシン，vasopressin）
p.54 メラトニン：メラトニン（melatonin）
p.54 カフェイン：カフェイン（caffeine）
p.54 オキシトシン：オキシトシン（oxytocin；データPDB 1NPO中のChainB）｜同（mol形式）　→ オキシトシン
p.54 ドーパミン：ドーパミン（ドパミン，dopamine）
p.54 グルコース：α-グルコース（α-glucose）　→ 甘味物質の秘密｜ β-グルコース（β-glucose）
p.54 フルクトース：フルクトース（果糖，fructose；フラノース型）｜同（ピラノース型）
p.54 デンプン：デンプン（アミロース，amylose；グルコース環×2〔マルトース単位〕）｜グルコース環×4〔マルトース単位×2〕｜グルコース環×8〔マルトース単位×4〕　→ 代表的な高分子
p.54 スクロース：スクロース（ショ糖，sucrose）
p.54 スクラロース：スクラロース（sucralose）
p.54 サッカリン：サッカリン（saccharin）
p.54 ラグドゥネーム：ラグドゥネーム（lugduname；食用には使われない）　→ 甘味物質の秘密
p.56 メチルオレンジ：メチルオレンジ（methyl orange）　→ 染料の種類
p.56 カリックスアレーン：4-tert-ブチルカリックス[4]アレーン（4-tert-butylcalix[4]arene）　→ フラーレン
p.56 ポリアクリロニトリル：ポリアクリロニトリル（polyacrylonitrile，PAN）　→ 代表的な高分子
p.57 サフロール：サフロール（safrole）
p.58 メタンハイドレート：メタンハイドレート（methanehydrate）　水素結合表示　→ メタンハイドレート
p.58 次サリチル酸ビスマス：次サリチル酸ビスマス（bismuth subsalicylate）
p.59 キュバン：キュバン（cubane）
p.59 オクタニトロキュバン：オクタニトロキュバン（octanitrocubane）
p.59 ペルフルオロキュバン：ペルフルオロキュバン，perfluorocubane〈オクタフルオロキュバン（octafluorocubane〉）
p.59 マイトトキシン：マイトトキシン（maitotoxin）　→ Jmolトピック（特別展「毒」公式図録）
p.59 ストリキニーネ：ストリキニーネ（strychnine）
p.64 鉄 Fe：鉄（面心立方格子構造）｜ ※参考：鉄（体心立方格子）｜黄鉄鉱（pyrite；FeS₂）　→ 分子・結晶・リガンド模型｜鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例
p.70 コバルト Co ：ビタミンB₁₂（シアノコバラミン，cyanocobalamin）　→ ビタミン｜窒素から見る生命の世界
p.73 カリウム K ：カリウムチャネルPDB 1BL8　→ 分子モデルで見るノーベル賞 ∥ ※参考データ：同データのアミノ酸配列から得たAlphaFold3構造例（model 0）
p.87 窒素 N ：窒素分子（nitrogen，N₂）　→ 窒素から見る生命の世界
p.88 ナトリウム Na ：塩化ナトリウム（sodium chloride，NaCl）の結晶構造 ∥ 光駆動ナトリウムポンプKR2 PDB 6XYTのChain A　同PDBsumデータ[319(A)]$　→ Jmolトピック
p.90 酸素 O ：水（water，H₂O）｜氷構造の例（n=4）　氷構造の例（n=28）　→ メタン，アンモニア，水

★以下は生体分子の構成元素から転載・追記したもので，各データの元素はタンパク質に必須なものと，薬剤等として入り込んだものなどがあります。詳細は，RCSB PDBに接続してPDB IDでオリジナル情報を検索してご参照ください。

●Agを含むPDBデータ例
1aoo（Metallothionein）
2aw0のModel 1

●Alを含むPDBデータ例
1a6eのChain A*〔他にF，Mg含む〕

●Asを含むPDBデータ例　→ ヒ素Asを含む生体分子のSITE例
1hyv　→ HIVとエイズ
8cffのChain A・B（亜ヒ酸が結合した亜ヒ酸オキシダーゼ）〔他にFe，S含む〕　→ Jmolトピック

●Auを含むPDBデータ例　→ Jmolトピック
1e3uのChain A・C
1hug〔他にZn含む〕

●Brを含むPDBデータ例
1rv1*　→ 抗がん剤開発

●Caを含むPDBデータ例　→ カルシウムCaを含む生体分子のSITE例
1c9uのChain A（PQQを含むタンパク質）　Ca選択　→ ビタミン
1k93のChain A・D（カルモジュリン，炭疽菌の浮腫因子（EF））　Ca選択
1su4（Calcium Pump）*〔他にNa含む〕　Ca選択

●Cdを含むPDBデータ例
1ca1（ウェルシュ菌α毒素，ガス壊疽）〔他にZn含む〕
1dmd（Metallothionein）のModel 1　→ ファイトレメディエーション
1n2zのChain A（Vitamin B12 結合タンパク質）〔他にCl含む〕　→ ビタミン
2v4b〔ADAMTS-1，他にMg・Na・Ni・Zn含む〕

●Coを含むPDBデータ例
1reqのChain A・B（Vitamin B12含む）
7reqのChain A（Vitamin B12含む）

●Csを含むPDBデータ例
1i0j
3e86（NaKチャネル）〔他にNa，Ca含む〕 ∥ 参考データ（PQSによる4量体）： Chain A × 4*

●Cuを含むPDBデータ例　→ 銅Cuを含む生体分子のSITE例
1aozのChain A
1c9e〔他にMg含む〕
1spd〔他にZn含む〕
1yewのChain A-C〔他にZn含む〕　His33・137・139（二核銅近傍）選択

●Erを含むPDBデータ例
3cm6（CRN-4，アポトーシス）〔他にZn含む〕

●Feを含むPDBデータ例　→ 鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例
1hho（human oxyhaemoglobin）のChain A　→ ヘモグロビン
1o7m（Naphthalene Dioxygenase）のChain A*
1f26　→ P450部分データ集
1ezvのChain C（CoQ₆ 結合タンパク質）　→ ビタミン
1isaのChain A*　→ 抗がん剤開発
4hhb（human deoxyhaemoglobin）のChain A

●Gdを含むPDBデータ例
1isr（うま味受容体）　グルタミン酸（Ligand）選択

●Hfを含むPDBデータ例
1o7t（鉄結合タンパク質）のChain A・D・G

●Hgを含むPDBデータ例　→ 水銀Hgを含む生体分子のSITE例
1cwt（Methyl Mercury含む）〔他にCl含む〕　→ 水俣病
1g6h〔他にMg含む〕　→ 抗がん剤開発
1u19（ウシロドプシン）〔他にZn含む〕
2hkk（炭酸脱水酵素，アドレナリン／エピネフリン）〔他にZn含む〕
2i7b（B型血液型，糖転移酵素）
2o9e（アクアポリンZ）

●Hoを含むPDBデータ例
2olc（5-Methylthioribose kinase）のChain A

●Iを含むPDBデータ例
1xzx（3,5,3'-トリヨードチロニン（甲状腺ホルモン，T₃）と受容体）〔他にAs含む〕
1y0x（チロキシン（甲状腺ホルモン，T₄）と受容体）〔他にAs含む〕　→ 甲状腺ホルモンと受容体

●Irを含むPDBデータ例
3d0u*（RNA，リボスイッチ，ヘキサアンミンイリジウム(III)塩）

●Kを含むPDBデータ例
1bl8（イオンチャネルタンパク質の例）
1w22のChain A*〔他にZn含む〕　→ 抗がん剤開発
2hjf* ∥ 参考データ（PQSによる複合体構造）： Chain A・B・C × 4 ｜ Chain C × 4

●Krを含むPDBデータ例
5fst（リゾチーム）〔他にCl，Na含む〕　→ Jmolトピック

●Liを含むPDBデータ例　→ リチウムLiを含む生体分子のSITE例
3c31（グルタミン酸レセプター）〔他にCl含む〕

●Luを含むPDBデータ例
2qmi（ペニシリン結合タンパク質ホモログ，パイロコッカス・アビシ）

●Mgを含むPDBデータ例　→ 窒素から見る生命の世界
1qs4のChain A〔他にCl含む〕　→ HIVとエイズ
821p　→ 抗がん剤開発

●Mnを含むPDBデータ例
1a5v*　→ HIVとエイズ
1o6k　→ 抗がん剤開発
2adp（SOD）〔他にK含む〕

●Moを含むPDBデータ例　→ モリブデン化合物，タングステン化合物を含む生体分子のSITE例
1fiq（キサンチンオキシダーゼ）〔他にFe含む〕
1g20（ニトロゲナーゼ）のChain A・B・E・F〔他にFe，Ca含む〕
1ogp（亜硫酸オキシダーゼ）のChain A・B〔他にCs含む〕
1v97（キサンチンデヒドロゲナーゼ）のChain A〔他にFe，Ca含む〕

●Niを含むPDBデータ例　→ 窒素から見る生命の世界
1e9z（ウレアーゼ）*
2frvのChain S・L*（ニッケル-鉄ヒドロゲナーゼ）〔他にFe，Mg含む〕
3b52（一酸化炭素脱水素酵素）〔他にFe含む〕

●Osを含むPDBデータ例
2ckyのChain A（RNA，リボスイッチ，チアミン二リン酸（TPP））〔他にMg含む〕

●Pbを含むPDBデータ例
1b6g〔他にCl含む〕　CSB（Pb含む）選択
1v0d*〔他にMg，Zn含む〕

●Pdを含むPDBデータ例
2z5r*（フェリチン）〔他にCd含む〕 ∥ 参考データ（PQSによる複合体構造）： Chain A × 24
3c6sのChain A・B

●Prを含むPDBデータ例
2if5

●Ptを含むPDBデータ例　→ プラチナPtを含む生体分子のSITE例
1au6
211d*
2dqa（日本種アサリのリゾチーム）
2k0t（オキサリプラチン，DNA）

●Rbを含むPDBデータ例
2dwe*〔2dwdではTl含む〕 ∥ 参考データ（PQSによる複合体構造）： Chain A・B・C × 4 ｜ Chain C × 4
3b8eのChain A・B・G（Na-Kポンプ）〔他にF，Mg含む〕

●Reを含むPDBデータ例
2i7o*〔他にCu含む〕

●Ruを含むPDBデータ例
2hto*
2iwiのChain A

●Seを含むPDBデータ例
1gp1（グルタチオンペルオキシダーゼ）のChain A　SEC（Se含む）選択
3adb（tRNA^Sec・PSTK複合体）　selenocysteine（Se含む）選択

●Siを含むPDBデータ例
1nd0のChain A・B・C・D

●Smを含むPDBデータ例
2o5w*

●Srを含むPDBデータ例
2box〔他にCl含む〕

●Tbを含むPDBデータ例　→ Jmolトピック
6frmのChain A

●Teを含むPDBデータ例
1el7のChain A（サルコシン酸化酵素）〔他にCl含む；Arg154，Ser179，Asn250，Lys381，LigandのMTDは座標2種のうちAのみ〕

●Tlを含むPDBデータ例
2dwd*〔2dweではRb含む〕

●Uを含むPDBデータ例
1b5i
3dgc〔他にCl含む〕

●Vを含むPDBデータ例
1qi9（Bromoperoxidase）*〔他に I 含む〕
1vnc（Chloroperoxidase）*

●Wを含むPDBデータ例　→ モリブデン化合物，タングステン化合物を含む生体分子のSITE例
2ogx（窒素固定菌のMo貯蔵タンパク質）〔他にMg含む〕

●Xeを含むPDBデータ例
2b2j*（AMT1型アンモニウム輸送体） ∥ 参考データ（PQSによる複合体構造）： Chain A × 3

●Yを含むPDBデータ例
3h1w（マンノース-6-リン酸イソメラーゼ）〔他にZn含む〕

●Ybを含むPDBデータ例
1nch
3fts（ロイコトリエンA4ヒドロラーゼ，リスベラトロール）〔他にZn含む〕

●Znを含むPDBデータ例
1hl4（Superoxide Dismutase）のChain A*
1hcqのChain A・B・C・D（Zinc Finger含む）　→ Zinc Finger例
1l3eのModel 1　→ 抗がん剤開発
1q5wのModel 1（Zinc Finger含む）
1trz*（インスリン）〔他にCl，Na含む〕｜ Chain A・B