プロスタグランジン分子データ集（Jmol版）

◆ プロスタグランジン分子データ集（Jmol版） ◆
《 2006/05/12作成開始，初期表示はPGF_2α 》
※CAS番号の後の〈〉はInteractive LogKow Demoによるlog P値（括弧は計算値）

略号・化合物名，PDB ID 備考

●プロスタグランジン（PG）およびPG誘導体・類似体など

PGD₁ CAS:17968-82-0

PGD₂ CAS:41598-07-6

PGE₂ CAS:363-24-6

PGF_1α CAS:745-62-0

PGF_2α CAS:551-11-1〈4.39〉

PGF_3α CAS:745-64-2

PGI₂（プロスタサイクリン） CAS:35121-78-9

トロンボキサンA₂（TXA₂） CAS:57576-52-0　Chime資料

ゲメプロスト（gemeprost） CAS:64318-79-2

ビマトプロスト（bimatoprost） CAS:155206-00-1　Jmolトピック

●PG関連化合物

アラキドン酸 CAS:506-32-1〈6.98〉

2-アラキドノイルグリセロール（2-AG） CAS:53847-30-6

●PG関連PDBデータ

1cqeのChain A PGH₂合成酵素

1cz2のModel 1 PGB₂

1ry0のChain A
　　PDBsum1ry0_PG2$（NADP削除） PGF合成酵素（PGD₂が結合）

2f38
　　PDBsum2f38_15M$（NADP結合）
　　ビマトプロスト選択 PGF合成酵素（ビマトプロストが結合）

8iukのChain R　→ GPCR
　　PDBsum8iuk_lp$ PGF_2α受容体

（今後データを追加します）

バックボーン　二次構造｜ DNA/RNA（ATGCU，backbone）
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）　水分子表示（*印のみ）
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　｜　アミノ色　Chain色　CPK色　｜　リガンドの元素記号表示
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別　疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順　コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示　S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填　｜　ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO

酸性

中性

芳香族

塩基性

ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS

極性

酸性

塩基性

非極性（疎水性）

SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP

ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE

ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE

ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG

アミノ酸のコンホメーション選択性

HGS分子模型で作成したプロスタグランジン分子例（一部未完成）
※2006/05/11の演習でゼミ生が分担して作成
◎上村大輔・袖岡幹子，「現代化学への入門(15) 生命科学への展開」，岩波書店(2006) …p.198図6.10のプライマリーPGより

プロスタグランジン構造例PGF_2αと同分子結合受容体例 PDB 8IUKとそのPDBsumデータ　→ GPCR
Nature Communications誌論文（2023/05/09） [NEW!]

■参考文献・Webページ

室田誠逸・山本尚三編，「プロスタグランジン研究の新展開」，東京化学同人(2001)
上村大輔・袖岡幹子，「岩波講座現代化学への入門(15) 生命科学への展開」，岩波書店(2006)　※4章『医薬の化学 ―生体内で活躍する低分子化合物と医薬』のpp.197-208がプロスタグランジン
京都大学大学院薬学研究科編，「新しい薬をどう創るか　創薬研究の最前線」，講談社ブルーバックス(2007)　※p.27・28・32・249など
本間善夫・川端潤，「パソコンで見る動く分子事典」，講談社ブルーバックス(1999)　※p.73にプロスタグランジンF_2α，p.63，66，127でもプロスタグランジンに言及
梶本哲也，『プロスタグランジンとアスピリン』，化学と教育 2006年8号，458-459　※コラム欄１についてはシクロデキストリン参照
雑誌特集『驚異の生理活性物質プロスタグランジン』，現代化学 1983年2月号，現代化学同人
雑誌特集『プロスタグランジンの多様性』，炎症と免疫 2006年1月号，先端医学社
プロスタグランジン（化合物命名法談義）｜トロンボキサン
身近な天然物プロスタグランジンについて（化学電子図書館）
プロスタグランジンH2シンターゼ-1（eProts）
プロスタグランジン - Wikipedia ｜ Prostaglandin
The Nobel Prize in Physiology or Medicine 1982 ｜ Press Release
GoogleによるPHARMISKサイト（MLリソース）での“プロスタグランジン”検索結果
Googleによる“プロスタグランジン”イメージ検索結果｜同ニュース検索結果｜ “prostaglandin”イメージ検索結果
Yahoo!ブログ検索による“プロスタグランジン”言及記事検索結果
トピックス　※Web上のニュースは一定期間で削除されます．またNatureの記事は利用者登録（無料）が必要なものもあります．
- 発熱、炎症などに関与するプロスタグランジン受容体EP3シグナリング複合体の可視化（大阪大学，2022/09/14）　※PDBデータ7WU9
- 東大、食物アレルギーの症状を抑える物質を発見―根本的な治療法につながる可能性（財経新聞，2015/07/15）
  - PGD₂ deficiency exacerbates food antigen-induced mast cell hyperplasia（Nature　Communications，2015/07/10）
- がん増殖抑制物質（プロスタグランジンD2）合成促進酵素を用いた新たな胃がん治療法を発見（大阪市立大学，2014/12/25）
  - 大阪市立大:がん細胞自身の物質で、がん増殖抑制に成功　がん細胞細胞膜から作られる物質「PGD2」に注目（毎日，2014/12/25）
- 最も強力な睡眠誘発作用をもたらすプロスタグランジンD2とは？（マイナビニュース，2014/10/15）
- 大腸がん抑える生理物質PGD2を発見（マイナビニュース，2014/06/05）
- アラキドン酸：卵・海藻含有の栄養素、心の病予防効果？　東北大など、動物で発見（毎日，2009/04/08） → アラキドン酸が神経新生促進と精神疾患予防に役立つ可能性を発見（JST，2009/04/08）　※大隅典子教授らによる
- アルツハイマー病の原因物質　生成メカニズム発見　熊本大学の水島教授ら　新薬開発へ期待（西日本新聞，2007/09/11）　※水島徹教授らによる
  
  プロスタグランジンE₂
- 経口プロスタグランジンE1誘導体製剤に頸椎疾患の神経症状改善の可能性（日経，2007/07/02）
- アルツハイマー病：原因物質の蓄積を抑える酵素発見　大阪（毎日，2007/03/27）　※プロスタグランジンD₂の合成酵素（リポカリン型酵素と造血器型酵素の2種類が存在。アルツハイマー病治療薬も参照）
- 塩野義製薬、プロスタグランジンD₂受容体拮抗剤「S-5751」の開発を中止（日経，2006/10/27）
- 脳梗塞：症状悪化の関与物質突き止める　新薬開発に期待（毎日，2006/07/27）　※北里大学・佐々木泰治教授らによるPGE2が悪化に関与するとする研究
- 食欲抑制の成分を合成、京大（日経スマートウーマン，2006/03/21）　※大日向耕作講師らによる
- 陣痛促進剤：適正使用徹底で国に申し入れへ　被害者の会（毎日，2005/12/08）
  - 陣痛促進剤による被害を考える会／第62回厚生省交渉の要望書（2005/12/09）
  〔左〕陣痛促進剤の例：プロスタグランジンF2α
  〔右〕オキシトシン（1npoのB鎖；amino色表示で空間充填はCysのS原子；MDL形式Chime分子）
  ※参考：関連ブログ記事

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