◆ タンパク質中の20種類のアミノ酸 ◆
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α-アミノ酸の基本構造
《中心炭素に，水素・アミノ基（−NH2）・カルボキシル基（-COOH）と特有の置換基が結合している》

アミノ酸のいろいろな情報を表示させてみよう（初期表示ははアラニン）

空間充填　 球棒モデル　 スティック　 OFF
Dot Surface表示　 OFF　｜　 ラベル表示　 OFF
静電ポテンシャル　 親油ポテンシャル　 OFF　※
光沢表示　 OFF　｜　 光量20%　 OFF
軸表示　 OFF　｜　 bounding box表示　 OFF
原子球・白　 OFF（CPK）
背景・黒　 背景・灰　 背景・白
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Gly
Ala
Val
Leu
Ile
Ser
Thr
Cys
Met
Phe
Trp
Tyr
Pro
Glu
Asp
Gln
Asn
Lys
Arg
His

《参考》
アミノ酸20種全表示（下図参照）
※下表hydropathy index順（上段の左から右へ昇順）
※PDBデータのため二重結合も単結合表示
※大きく表示したい場合は別窓表示（初期表示は針金モデル）
★Potential表示はエラーになるので不可
芳香族アミノ酸（Phe，Tyr，Trp）
BCAA（Ile，Leu，Val）
※Sculpt Mode（分子上マウス右クリックで指定）でコンホメーション変更後も各Potential再表示可
→ Chimeマニュアル参照


※hydropathy index順に示したアミノ酸（上段の左から右へ昇順） → 生体分子と水素結合
※構成元素は，H，C，N，O，S の5種類
※参考：秀丸マクロamino_bcaa.mac（BCAAのIle・Val・LeuおよびCysの区別とカウント）

アミノ酸および特性基の親水性・疎水性
→ 簡略版（有機性・無気性値除く） ｜ PDB部分データリスト／別版 ←
アミノ酸 分子式 CAS RN hydropathy
index		 O I I/O 特性基 R log P 酸性・塩基性 極性・非極性 等電点
O' I' I'/O'
Asn N アスパラギン H2NCOCH2CH(NH2)COOH 70-47-3 -3.5 80 420 5.250 40 200 5.000 -3.82 中性 極性（中性） 5.41
Ser S セリン HOCH2CH(NH2)COOH 56-45-1 -0.8 60 320 5.333 20 100 5.000 -3.07 中性 極性（中性） 5.68
Asp D アスパラギン酸 HOOCCH2CH(NH2)COOH 56-84-8 -3.5 80 370 4.625 40 150 3.750 -3.89 酸性 極性（酸性） 2.77
Gln Q グルタミン H2NCO-CH2CH2CH(NH2)COOH 56-85-9 -3.5 100 420 4.200 60 200 3.333 -3.64 中性 極性（中性） 5.65
Glu E グルタミン酸 HOOCCH2CH2CH(NH2)COOH 56-86-0 -3.5 100 370 3.700 60 150 2.500 -3.69 酸性 極性（酸性） 3.22
Thr T トレオニン CH3CH(OH)CH(NH2)COOH 72-19-5 -0.7 80 320 4.000 40 100 2.500 -2.94 中性 極性（中性） 6.16
Arg R アルギニン H2N(=NH)NHC3H6CCH(NH2)COOH 74-79-3 -4.5 120 410 3.417 80 190 2.375 -4.20 塩基性 極性（塩基性） 10.76
His H ヒスチジン H2NCH[CH2(C3H3N2)]COOH 71-00-1 -3.2 120 372 3.100 80 152 1.900 -3.32 塩基性 極性（塩基性） 7.59
Gly G グリシン H2NCH2COOH 56-40-6 -0.4 40 220 5.500 0 0 − -3.21 中性 非極性（疎水性） 5.97
Lys K リシン H2N(CH2)4CH(NH2)COOH 56-87-1 -3.9 120 290 2.417 80 70 0.875 -3.05 塩基性 極性（塩基性） 9.74
Tyr Y チロシン HO(C6H4)CH2CH(NH2)COOH 60-18-4 -1.3 180 335 1.861 140 115 0.821 -2.26 中性 極性（中性） 5.66
Trp W トリプトファン (C8H6N)-CH2CH(NH2)COOH 73-22-3 -0.9 220 350 1.591 180 130 0.722 -1.05 中性 非極性（疎水性） 5.89
Cys C システイン HSCH2CH(NH2)COOH 52-90-4 2.5 100 240 2.400 60 20 0.333 -2.49 中性 極性（中性） 5.07
Met M メチオニン CH3SCH2CH2CH(NH2)COOH 63-68-3 1.9 140 240 1.714 100 20 0.200 -1.87 中性 非極性（疎水性） 5.74
Pro P プロリン (C4H8N)-COOH 147-85-3 -1.6 100 230 2.300 60 10 0.167 -2.54 中性 非極性（疎水性） 6.30
Phe F フェニルアラニン (C6H5)CH2CH(NH2)COOH 63-91-2 2.8 180 235 1.306 140 15 0.107 -1.38 中性 非極性（疎水性） 5.48
Ala A アラニン CH3CH(NH2)COOH 56-41-7 1.8 60 220 3.667 20 0 0 -2.85 中性 非極性（疎水性） 6.00
Val V バリン (CH3)2CHCH(NH2)COOH 72-18-4 4.2 90 220 2.444 50 0 0 -2.26 中性 非極性（疎水性） 5.96
Leu L ロイシン (CH3)2CHCH2CH(NH2)COOH 61-90-5 3.8 110 220 2.000 70 0 0 -1.52 中性 非極性（疎水性） 5.98
Ile I イソロイシン C2H5CH(CH3)CH(NH2)COOH 73-32-5 4.5 120 220 1.833 80 0 0 -1.70 中性 非極性（疎水性） 6.02
※hydropathy indexは以下を参照；Kyte and Doolittle, J. Mol. Biol., 157, 105-132(1982)
※log PはOn-Line Log P Calculation掲載の実験値
※極性・非極性はChimeのProtein選択様式と関連（参考ページ）
《参考》分子と分子の相互作用（QSARと有機概念図から）〔特性基RのI・O値を用いた計算例：1ereのSITE表示と有機概念図計算〕
《参考》１文字アミノ酸配列から各種HTMLデータを作成する秀丸マクロ


図１　アミノ酸残基のhydropathy indexとI'/O'値の比較（Glyを除く）


図２（拡大）　アミノ酸または残基の親水性・疎水性による色分け（1ereのChain A）．
《上》左から，二次構造，酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別，極性・非極性区別，hydropathy index順表示．
《下》左から，log P値順， 有機概念図I/O値順（アミノ酸），同（特性基 R），等電点順表示．
※PDBコード順データリスト，PDBデータのLigand結合部位で各表示可能．


図３　芳香族アミノ酸（Phe，Tyr，Trp）；図２の塩基性アミノ酸区別，極性・非極性区別表示では黄緑色で表示される．
※参考雑誌記事：青木康展，『ベンゼンはなぜ動物には有害か ─毒性研究を広く自然界を見渡して考える』，科学，2007年9月号，pp.986-989
…p.987の「動物のフェニル基は植物に依存している」に関連して（Jmol版では親油ポテンシャル表示不可）；関連資料

旧資料　有機概念図I/O値順（アミノ酸）に示したアミノ酸
※以下の分子モデル上でクリックすると，別窓にChime版分子が表示されます
→ 分子と分子の相互作用（QSARと有機概念図から） ｜ PDB部分データリスト ←


※有機概念図について　『Excel97用有機概念図計算シート』の使用方法 ｜ アミノ酸とDNA塩基の有機性・無機性（画像）

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