◆ Jmolで見るトピックス分子（1-1） ◆

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。

  1. 特別展：菌類のふしぎ−きのことカビと仲間たち（国立科学博物館，2008/10/11〜2009/01/12）

    プラバスタチン（pravastatin）
    ［スタチン - Wikipedia］
    		空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    Jmol色　Rasmol色
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

  2. 浅野前宮城県知事が急性白血病で入院（産経，2009/06/04）

    PDBデータ 2b7fのChain A・B・I（HTLV-1ウイルスのプロテアーゼ）
    ［Human T-lymphotropic virus - Wikipedia］
    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  3. Molecule of the Month（PDB，2009/06），Vaults｜ヴォールト（PDBj）

    PDBデータ 2zuoのChain A-M[4.23MB]（タンパク質ボルトの部分構造；First entry）
    		2zuoのChain A-M（タンパク質ボルトの部分構造；First entry, ）
    参考：別の研究グループによるデータ例 2qzv
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ボルトの部分構造（First entry）2zuoのChain A-M

  4. NHKクローズアップ現代「抗うつ薬の死角　〜転換迫られるうつ病治療〜」（NHK総合TV，2009/06/01・19:30〜放映） [終了]

    パロキセチン（paroxetine）
    ［Selective serotonin reuptake inhibitor - Wikipedia］
    		パロキセチン（paroxetine）
    フルボキサミン（fluvoxamine）
    セルトラリン（サートラリン，sertraline） ベンゾ[b]チオフェンカルボン酸誘導体2種の同時表示
    dcypt〈(3,4-ビス(ジシクロヘキシルホスフィノ)チオフェン；3,4-bis(dicyclohexylphosphino)thiophene〉
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    Jmol色　Rasmol色
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

  5. ニセクロハツの強毒原因物質を解明　“謎の毒キノコ”　京薬大准教授ら（京都新聞，2009/05/25）

    シクロプロプ-2-エンカルボン酸（cycloprop-2-enecarboxylic acid）
    		空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    Jmol色　Rasmol色
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    シクロプロプ-2-エンカルボン酸

  6. 生命ナノシステム科学研究科　朴三用准教授らのグループがインフルエンザウイルスのRNAポリメラーゼの構造を解明しました（横浜市立大学，2009/05/28）　※PB1-PB2サブユニット：下掲3a1gおよび2ztt

    PDBデータ 2znl（インフルエンザウイルスのRNAポリメラーゼPA-PB1サブユニット）
    		2znl（インフルエンザウイルスのRNAポリメラーゼPA-PB1サブユニット）
    3a1g（同 PB1-PB2サブユニット） ｜ 同Chain A・B
    T-705（RNAポリメラーゼ阻害剤）
    CS-8958（ノイラミニダーゼ阻害剤）
    ペラミビル（peramivir；ノイラミニダーゼ阻害剤）　［Peramivir - Wikipedia］
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

    z   
    インフルエンザウイルスのRNAポリメラーゼ
    ［左］PA-PB1サブユニット2znl　［右］PB1-PB2サブユニット3a1gのChain A・B

  7. RCSB PDB新規データ（2009/05/27）：3d90（プロゲステロン受容体，レボノルゲストレル（合成プロゲステロン，緊急避妊薬））

    PDBデータ 3d90（プロゲステロン受容体）
    ［Progesterone - Wikipedia］
    		PDBデータ 3d90（プロゲステロン受容体）　［Progesterone - Wikipedia］
    レボノルゲストレル（levonorgestrel，(-)-form）　［Levonorgestrel - Wikipedia］
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    プロゲステロン受容体3d90

  8. 村上春樹さん「1Q84」予約１万冊超、アマゾン新記録（読売，2009/05/25）　※同小説と下掲PDBデータ1Q84は無関係です！（単なるジョークです）
    PDBデータ 1Q84（アセチルコリンエステラーゼ）
    		1q84（アセチルコリンエステラーゼ）　同PDBsumデータ1q84_TZ4$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    PDBデータ1Q84（アセチルコリンエステラーゼ）とそのPDBsumデータ（1q83との比較）　→ 別トピック

  9. ナトリウム・カリウムポンプの立体構造の解明（JASRI，2009/05/21）
    PDBデータ 2zxe（ナトリウム・カリウムポンプ）
    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ナトリウム・カリウムポンプ2zxe

  10. アース「チュッとおすだけノーマット」（新商品FINDER，2009/05/19）

    トランスフルトリン（transfluthrin）
    ［Transfluthrin - Wikipedia］
    		空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    Jmol色　Rasmol色
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」