◆ Jmolで見るトピックス分子（11-2） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Javaバージョンの関係でJmol分子が表示されない場合はこちらで最新版をインストールしてください。

  1. Genetic background of extreme violent behavior（Nature，2014/10/28）　※記事中のmonoamine oxidase A（MAOA；モノアミンオキシダーゼA）のPDBデータ例を以下に。

    PDBデータ2bxrのChain A（阻害剤クロルジリン〈クロルギリン〉が結合したモノアミンオキシダーゼA）
    ［Monoamine oxidase A - Wikipedia，Clorgiline - Wikipedia］

    		2bxrのChain A（クロルジリンが結合したモノアミンオキシダーゼA）　同PDBsumデータ 2bxr_FAD-MLG（FAD結合）$　MLG（クロルジリン）選択
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［右］PDBデータ2bxrのChain A　［左］同PDBsumデータ2bxr_FAD-MLG（FADとクロルジリン；大きい球がクロルジリン）

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. カネボウ化粧品「白斑」症状、近畿の十数人が集団提訴へ（朝日，2014/10/30）　※ロドデノール（rhododenol；4-(4-hydroxyphenyl)-2-butanol）を含む製品で，以下旧トピックスからの転載含む。

    ロドデノール（rhododenol）

    ロドデノール（rhododenol；4-(4-hydroxyphenyl)-2-butanol 異性体あり）
    ラズベリーケトン（raspberry ketone；4-(4-hydroxyphenyl)-2-butanone）
    タクロリムス（tacrolimus）
    ビタミンD3〈コレカルシフェロール〉　活性型 → Jmolビタミン
    空間充填　球棒　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺

     
    〔左〕ロドデノール　〔右〕ロドデノールとラズベリーケトンの有機概念図
    （ロドデノール：I=215，O=200　　ラズベリーケトン：I=180，O=200）

  3. 難病新法 改革に揺れる患者たち - NHK　クローズアップ現代（2014/10/28放映）　※“難病、多発性のう胞腎の進行を抑える治療薬、トルバプタン”を以下に。

    トルバプタン（tolvaptan）
    ［Tolvaptan - Wikipedia］

    空間充填　球棒　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺


    R-トルバプタン（R-tolvaptan）

  4. 小野薬品、Gたんぱく質共役受容体の立体構造解明へ国際連携組織を発足（日刊工業新聞，2014/10/30）　※記事とは直接ないが最近公開されたGPCRデータ例を以下に。

    PDBデータ 4qin（アゴニストSAG1.5が結合したスムーズンド）

    		 4qin*#（スムーズンド；アゴニストSAG1.5が結合）　同PDBsumデータ 4qin_SG8$
    4pxf（ウシロドプシン；GPCR共役制御タンパク質ファミリーのアレスチン〔B鎖〕が結合）　同PDBsumデータ 4pxf_BOG406$　BOG_406A選択　［Arrestin - Wikipedia］
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左・中］アゴニストSAG1.5が結合したスムーズンド4qinと；GPCR共役制御タンパク質ファミリーのアレスチンが結合したウシロドプシン4pxf　［右］4qinのPDBsumデータ

  5. 今月の分子 179: メチル補酵素M還元酵素（Methyl-coenzyme M Reductase）（PDBj，2014/11） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    PDBデータ 1mro（メチル補酵素Mレダクターゼ）

    		1mro（メチル補酵素Mレダクターゼ）　同PDBsumデータ 1mro_F43（1-thioethanesulfonic acid結合）$　F43（F430）選択
    9h1lのChain A・C・D・F（メチル補酵素Mレダクターゼ）　同Chain G・H・I　同PDBsumデータ 9h1l_F43[601(A)]（1-thioethanesulfonic acid結合）$　同PDBsumデータ 9h1l_S5Q[401(H)]$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    メチル補酵素Mレダクターゼ1mroと同PDBsumデータ1mro_F43（F430と1-チオエタンスルホン酸；大きい球がF430）
    →　今月の分子 179: メチル補酵素M還元酵素（Methyl-coenzyme M Reductase）（PDBj，2014/11）

      
    左から メチル補酵素Mレダクターゼ9h1lのChain A・C・D・FとPDBsumデータ（factor 430），
    同Chain G・H・IとPDBsumデータ（[8Fe-9S-C] cluster）

      
    参考図：テトラピロール4分子同時表示と関連川上モデル
    ※参考：生化学： メタン触媒の分子構成（Nature ハイライト，2017/03/02）
    ※参考：ビタミンB12等の分子の結晶写真集（Facebookページ）

  6. 血小板上の受容体「CLEC-2」は糖鎖とペプチド鎖の両方を認識　−マムシ毒は糖鎖に依存せず受容体と結合−（理研，2014/11/10）

    PDBデータ 3wsr（ポドプラニンが結合したCLEC-2受容体）
    ［CLEC1B - Wikipedia，PDPN - Wikipedia］

    		3wsr（CLEC-2受容体；ポドプラニン〈podoplanin〉が結合）　同PDBsumデータ 3wsr_AEDDVVTPGC（ALA-GLU-ASP-ASP-VAL-VAL-THR-PRO-GLY-CYS）$　　同PDBsumデータ 3wsr_A2G-SIA-GAL$　C鎖（podoplaninの各結合部位）選択
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    PDBデータ3wsrのPDBsumデータ3wsr_AEDDVVTPGC

  7. 肥大型心筋症iPS細胞の作製、病気を悪化させる因子の同定に成功　−iPS細胞を用いた肥大型心筋症の創薬開発に期待−（慶應義塾大学，2014/11/12）

    PDBデータ 1edn（エンドセリンの例；ヒトのendothelin-1）
    ［Endothelin - Wikipedia］

    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ヒトのendothelin-1構造例，PDBデータ1edn

  8. Facebookタイムライン画像（RCSB PDB，2014/11/05）

    PDBデータ 4tkvのChain A・B（ニトロゲナーゼ）

    		 4tkvのChain A・B（ニトロゲナーゼ）　同Chain A
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
    ICE（C-Fe-Mo-Sクラスター；CFe7MoS8）選択　CLF（Fe(8)-S(7)クラスター）選択　一酸化炭素選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    PyMOLによる4tkvChain Aの表示


    4tkv_CLF（Fe(8)-S(7)クラスター）
     
    I'/O'＝0.801
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択
     
     空間充填　球棒　球60％　スティック　消去
    CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順
    ｜ 背景・黒　灰　白　紺

    4tkv_ICE [502(A)]（Fe-Mo-Sクラスター；C〈格子間炭素〉含む）
    ※一酸化炭素と3-ヒドロキシ-3-カルボキシ-アジピン酸が結合
    （I'/O'＝0.889）
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択
    C-Fe-Mo-Sクラスター（CFe7MoS8）選択　一酸化炭素選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　消去
    CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順
    ｜ 背景・黒　灰　白　紺

    4tku_CLF（Fe(8)-S(7)クラスター）
     
    I'/O'＝0.899
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択
     
     空間充填　球棒　球60％　スティック　消去
    CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順
    ｜ 背景・黒　灰　白　紺

    4tku_ICS [502(A)]（Fe-Mo-Sクラスター；C〈格子間炭素〉含む）
    ※3-ヒドロキシ-3-カルボキシ-アジピン酸が結合
    （I'/O'＝0.973）
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択
    C-Fe-Mo-Sクラスター（CFe7MoS9）選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　消去
    CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順
    ｜ 背景・黒　灰　白　紺

  9. 第82回サイエンスカフェにいがた『古代ガラスにみる技術と心　〜日中韓のガラス工芸〜』（RCSB PDB，2014/11/22開催，会場：ジュンク堂書店新潟店）

    石英ガラス（シリカガラス）の部分構造例〈不定形，無機高分子〉
    ［Fused quartz - Wikipedia］

    空間充填　球棒　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺
    ※以下を参考にデータ作成：内野隆司，『ガラスにおける秩序構造とは　−分子軌道計算によるガラスの構造と振動状態の解析』，化学と工業，52(2)，128(1999)

    【参考】左水晶と右水晶
    → 分子の科学｜二酸化ケイ素の結晶構造　左水晶と右水晶 …放送大学「分子の科学」ご担当の時田澄男先生作成の構造データです。
    左水晶

    空間充填　球棒　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺
    右水晶

    空間充填　球棒　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺

  10. 「現代化学」，2014年12月号（特集：2014年ノーベル賞） → 電子版発刊記念の無料版　※連載『結晶美術館(24)　アルカロイド』のアコニチン，カフェインを以下に。

    アコニチン（aconitine）
    ［Aconitine - Wikipedia］

    アコニチン（aconitine） ‖ カフェイン（caffeine）
    空間充填　球棒　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺


    Winmostarクラウド    によるアコニチン（aconitine）の表示

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」