◆ 分子の重ね合わせ(2)/モルヒネ(モルフィン)とペチジン ◆


 文献の図(「メディシナルケミストリー」,図2.11)を参考に作図し,以下の分子モデルも組み立てたもの。ただし原図ではどちらも塩酸塩で描いてあり,上のアミンの部分がアンモニウム塩になっている。また下の分子モデルは構造解析で得られている安定構造ではなく,重ね合わせモデルも上図矢印の3原子を指定した場合の参考例に過ぎない。
 分子の重ね合わせは,いくつかの分子計算ソフト(市販分子科学計算ソフトウェアの比較参照)で可能であり,ここではAlchemy 2000の“RMS Fit”機能を用いて実行し,PDB形式で保存した。


球棒モデル  空間充填  OFF(スティック)
色分け1  色分け2  OFF(CPK)
初期化(色分け1で重ね合わせ元原子を球棒)  色分け1でペチジンを球棒  色分け1でモルフィンを球棒

モルフィンとペチジンの重ね合わせ例

・色分け1(Chain):青がモルフィン,緑がペチジン
・色分け2(Group):主にグループ(置換基)で色分け

空間充填  球棒モデル  OFF
Electrostatic Potential  Lipophilic Potential  OFF
距離表示  OFF

モルフィン/モルヒネ(morphine)


空間充填  球棒モデル  OFF
Electrostatic Potential  Lipophilic Potential  OFF
距離表示  OFF

ペチジン(pethidine)



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