◆ SOSUIで求めた膜貫通タンパク質1jgjの膜貫通部分アミノ酸配列 ◆
全データの疎水性インデックス順の表全データの疎水性インデックス値
膜貫通部分アミノ酸配列(アミノ酸残基種類別;Excelデータ掲載)同(極性・非極性区別)データ集メニュー膜貫通タンパク質PDBデータ集
PDBとSOSUIを利用した演習(1f88_Aを例に)

1文字アミノ酸配列から各種HTMLデータを作成する秀丸マクロ


●1jgjの疎水性インデックス アミノ酸の親水性・疎水性参照


1jgjの膜貫通部分とそれ以外の部分の各ブロックの疎水性インデックス値の平均値(膜貫通部分に全平均は 1.477

MVGLTTLFWLGAIGMLVGTLAFAWAGRDAGSGERRYYVTLVGISGIAAVAYAVMALGVGWV
PVAERTVFVPRYIDWILTTPLIVYFLGLLAGLDSREFGIVITLNTVVMLAGFAGAMVPG
IERYALFGMGAVAFIGLVYYLVGPMTESASQRSSGIKSLYVRLRNLTVVLWAIYPFIW
LLGPPGVALLTPTVDVALIVYLDLVTKVGFGFIALDAAA

No. a 1 b 2 c 3 d 4 e 5 f 6 g 7 h
アミノ酸数 n 3 23 12 23 12 22 2 23 5 23 7 23 10 23 6
hydropathy index
平均値
1.900 1.604 -1.558 1.878 -0.042 1.423 -4.000 1.743 -1.875 1.335 -1.286 0.957 1.720 1.396 1.250


1jgjの膜貫通部分の参照
※初期表示では,膜貫通部分を疎水性インデックス順着色で球棒表示,他を水色表示
●1jgj
1jgj(再読み込み)  初期表示
    ▼SOSUIによる領域選択
  • 膜貫通部分: 1  2  3  4  5  6  7  all
  • 膜貫通以外: a  b  c  d  e  f  g  h  all
    ▼オリジナルPDBデータのヘッダによる選択
  • α-ヘリックス: 1  2  3  4  5  6  7  all
  • β-シート: 1  2  all
バックボーン 二次構造
リガンド表示 OFF
水分子表示  OFF

全選択 タンパク質選択 ヘリックス選択 シート選択
リガンド選択 水選択
空間充填 球棒 スティック OFF
原子色(CPK) アミノ色 チェイン
濃赤 濃青 濃ピンク 水色
ドット表面表示 OFF ラベル表示 OFF
水素結合(細) 同(太) OFF
S-S結合(太) OFF
S原子(タンパク質中)空間充填
静電ポテンシャル 同(透明) OFF
親油ポテンシャル 同(透明) OFF
光沢表示 OFF 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白 背景・紺
回転 OFF
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ステレオ表示 OFF

酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
極性・非極性区別
疎水性インデックス順
log P値順
等電点順


※amino表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR
ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO

= 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 =
酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR
ASN GLN PRO MET
 PHE TYR TRP LYS ARG HIS

極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG
HIS
 GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP

※疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP
SER THR GLY
 ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE

※等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP
VAL GLY LEU
 ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG



1jgjの膜貫通部分(上)とそれ以外の部分(下)の疎水性インデックス値の分布


1jgjの膜貫通部分とそれ以外の部分のアミノ酸配列の違い
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
膜貫通部分 1 Leu Thr Thr Leu Phe Trp Leu Gly Ala Ile Gly Met Leu Val Gly Thr Leu Ala Phe Ala Trp Ala Gly
2 Thr Leu Val Gly Ile Ser Gly Ile Ala Ala Val Ala Tyr Ala Val Met Ala Leu Gly Val Gly Trp Val
3 Ile Asp Trp Ile Leu Thr Thr Pro Leu Ile Val Tyr Phe Leu Gly Leu Leu Ala Gly Leu Asp Ser  
4 Phe Gly Ile Val Ile Thr Leu Asn Thr Val Val Met Leu Ala Gly Phe Ala Gly Ala Met Val Pro Gly
5 Leu Phe Gly Met Gly Ala Val Ala Phe Ile Gly Leu Val Tyr Tyr Leu Val Gly Pro Met Thr Glu Ser
6 Ile Lys Ser Leu Tyr Val Arg Leu Arg Asn Leu Thr Val Val Leu Trp Ala Ile Tyr Pro Phe Ile Trp
7 Thr Pro Thr Val Asp Val Ala Leu Ile Val Tyr Leu Asp Leu Val Thr Lys Val Gly Phe Gly Phe Ile
膜貫通以外 a Met Val Gly                  
b Arg Asp Ala Gly Ser Gly Glu Arg Arg Tyr Tyr Val
c Pro Val Ala Glu Arg Thr Val Phe Val Pro Arg Tyr
d Arg Glu                    
e Ile Glu Arg Tyr Ala              
f Ala Ser Gln Arg Ser Ser Gly          
g Leu Leu Gly Pro Pro Gly Val Ala Leu Leu    
h Ala Leu Asp Ala Ala Ala            


1jgjの膜貫通部分とそれ以外の部分それぞれを構成するアミノ酸のhydropathy index値の違い
-4.5 〜 -3.9-3.5 〜 -3.2-1.6 〜 -0.41.8 〜 2.84.2 〜 4.5
膜貫通部分 1 3.8 -0.7 -0.7 3.8 2.8 -0.9 3.8 -0.4 1.8 4.5 -0.4 1.9 3.8 4.2 -0.4 -0.7 3.8 1.8 2.8 1.8 -0.9 1.8 -0.4
2 -0.7 3.8 4.2 -0.4 4.5 -0.8 -0.4 4.5 1.8 1.8 4.2 1.8 -1.3 1.8 4.2 1.9 1.8 3.8 -0.4 4.2 -0.4 -0.9 4.2
3 4.5 -3.5 -0.9 4.5 3.8 -0.7 -0.7 -1.6 3.8 4.5 4.2 -1.3 2.8 3.8 -0.4 3.8 3.8 1.8 -0.4 3.8 -3.5 -0.8  
4 2.8 -0.4 4.5 4.2 4.5 -0.7 3.8 -3.5 -0.7 4.2 4.2 1.9 3.8 1.8 -0.4 2.8 1.8 -0.4 1.8 1.9 4.2 -1.6 -0.4
5 3.8 2.8 -0.4 1.9 -0.4 1.8 4.2 1.8 2.8 4.5 -0.4 3.8 4.2 -1.3 -1.3 3.8 4.2 -0.4 -1.6 1.9 -0.7 -3.5 -0.8
6 4.5 -3.9 -0.8 3.8 -1.3 4.2 -4.5 3.8 -4.5 -3.5 3.8 -0.7 4.2 4.2 3.8 -0.9 1.8 4.5 -1.3 -1.6 2.8 4.5 -0.9
7 -0.7 -1.6 -0.7 4.2 -3.5 4.2 1.8 3.8 4.5 4.2 -1.3 3.8 -3.5 3.8 4.2 -0.7 -3.9 4.2 -0.4 2.8 -0.4 2.8 4.5
膜貫通以外 a 1.9 4.2 -0.4                  
b -4.5 -3.5 1.8 -0.4 -0.8 -0.4 -3.5 -4.5 -4.5 -1.3 -1.3 4.2
c -1.6 4.2 1.8 -3.5 -4.5 -0.7 4.2 2.8 4.2 -1.6 -4.5 -1.3
d -4.5 -3.5                    
e 4.5 -3.5 -4.5 -1.3 1.8              
f 1.8 -0.8 -3.5 -4.5 -0.8 -0.8 -0.4          
g 3.8 3.8 -0.4 -1.6 -1.6 -0.4 4.2 1.8 3.8 3.8    
h 1.8 3.8 -3.5 1.8 1.8 1.8            


●1occのA鎖の疎水性インデックス(12回膜貫通;貫通部分のみ)

※以下の表はNo.部分を除いてSOSUIで求めた膜貫通部分の配列から自作秀丸マクロ(近日公開)で自動作成

1 Leu Leu Phe Gly Ala Trp Ala Gly Met Val Gly Thr Ala Leu Ser Leu Leu Ile Arg Ala Glu Leu Gly
2 Phe Val Met Ile Phe Phe Met Val Met Pro Ile Met Ile Gly Gly Phe Gly Asn Trp Leu Val Pro Leu
3 Asn Met Ser Phe Trp Leu Leu Pro Pro Ser Phe Leu Leu Leu Leu Ala Ser Ser Met Val Glu Ala Gly
4 Ile Phe Ser Leu His Leu Ala Gly Val Ser Ser Ile Leu Gly Ala Ile Asn Phe Ile Thr Thr Ile Ile
5 Trp Ser Val Met Ile Thr Ala Val Leu Leu Leu Leu Ser Leu Pro Val Leu Ala Ala Gly Ile Thr Met
6 Pro Glu Val Tyr Ile Leu Ile Leu Pro Gly Phe Gly Met Ile Ser His Ile Val Thr Tyr Tyr Ser Gly
7 Tyr Met Gly Met Val Trp Ala Met Met Ser Ile Gly Phe Leu Gly Phe Ile Val Trp Ala His His Met
8 Ser Ala Thr Met Ile Ile Ala Ile Pro Thr Gly Val Lys Val Phe Ser Trp Leu Ala Thr Leu His Gly
9 Met Trp Ala Leu Gly Phe Ile Phe Leu Phe Thr Val Gly Gly Leu Thr Gly Ile Val Leu Ala Asn Ser
10 Ala His Phe His Tyr Val Leu Ser Met Gly Ala Val Phe Ala Ile Met Gly Gly Phe Val His Trp Phe
11 Trp Ala Lys Ile His Phe Ala Ile Met Phe Val Gly Val Asn Met Thr Phe Phe Pro Gln His Phe Leu
12 Met Gly Ser Phe Ile Ser Leu Thr Ala Val Met Leu Met Val Phe Ile Ile Trp Glu Ala Phe Ala Ser
※こちらの表は2005/02/10修正(Lys表記が誤っていたため)


1 3.8 3.8 2.8 -0.4 1.8 -0.9 1.8 -0.4 1.9 4.2 -0.4 -0.7 1.8 3.8 -0.8 3.8 3.8 4.5 -4.5 1.8 -3.5 3.8 -0.4
2 2.8 4.2 1.9 4.5 2.8 2.8 1.9 4.2 1.9 -1.6 4.5 1.9 4.5 -0.4 -0.4 2.8 -0.4 -3.5 -0.9 3.8 4.2 -1.6 3.8
3 -3.5 1.9 -0.8 2.8 -0.9 3.8 3.8 -1.6 -1.6 -0.8 2.8 3.8 3.8 3.8 3.8 1.8 -0.8 -0.8 1.9 4.2 -3.5 1.8 -0.4
4 4.5 2.8 -0.8 3.8 -3.2 3.8 1.8 -0.4 4.2 -0.8 -0.8 4.5 3.8 -0.4 1.8 4.5 -3.5 2.8 4.5 -0.7 -0.7 4.5 4.5
5 -0.9 -0.8 4.2 1.9 4.5 -0.7 1.8 4.2 3.8 3.8 3.8 3.8 -0.8 3.8 -1.6 4.2 3.8 1.8 1.8 -0.4 4.5 -0.7 1.9
6 -1.6 -3.5 4.2 -1.3 4.5 3.8 4.5 3.8 -1.6 -0.4 2.8 -0.4 1.9 4.5 -0.8 -3.2 4.5 4.2 -0.7 -1.3 -1.3 -0.8 -0.4
7 -1.3 1.9 -0.4 1.9 4.2 -0.9 1.8 1.9 1.9 -0.8 4.5 -0.4 2.8 3.8 -0.4 2.8 4.5 4.2 -0.9 1.8 -3.2 -3.2 1.9
8 -0.8 1.8 -0.7 1.9 4.5 4.5 1.8 4.5 -1.6 -0.7 -0.4 4.2 -3.9 4.2 2.8 -0.8 -0.9 3.8 1.8 -0.7 3.8 -3.2 -0.4
9 1.9 -0.9 1.8 3.8 -0.4 2.8 4.5 2.8 3.8 2.8 -0.7 4.2 -0.4 -0.4 3.8 -0.7 -0.4 4.5 4.2 3.8 1.8 -3.5 -0.8
10 1.8 -3.2 2.8 -3.2 -1.3 4.2 3.8 -0.8 1.9 -0.4 1.8 4.2 2.8 1.8 4.5 1.9 -0.4 -0.4 2.8 4.2 -3.2 -0.9 2.8
11 -0.9 1.8 -3.9 4.5 -3.2 2.8 1.8 4.5 1.9 2.8 4.2 -0.4 4.2 -3.5 1.9 -0.7 2.8 2.8 -1.6 -3.5 -3.2 2.8 3.8
12 1.9 -0.4 -0.8 2.8 4.5 -0.8 3.8 -0.7 1.8 4.2 1.9 3.8 1.9 4.2 2.8 4.5 4.5 -0.9 -3.5 1.8 2.8 1.8 -0.8


1occ Chain Aの膜貫通部分各ブロックの疎水性インデックス値の平均値(全平均は 1.422


※本データ集作成に当たっては,県立新潟女子短期大学生活科学科生活科学専攻・生活環境化学研究室2004年度ゼミ生の広瀬可奈子さんの協力を得ました。


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