◆ Jmolで見るトピックス分子（Vol.4） ◆
※初期表示はエリブリン

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  1. エリブリン（eribulin，E7389）　［Eribulin - Wikipedia］
  2. PDBデータ 3apo（ERdj5）
  3. クマリン　［Coumarin - Wikipedia］ ‖ 参考：クマリンを含むPDBsumデータ例 2pwb_COU$（プロテイナーゼK）
  4. cis-ウイスキーラクトン　trans-ウイスキーラクトン
  5. PDBデータ 1melのChain A・L*（ナノボディ〈単一ドメイン抗体〉；A鎖がナノボディ，L鎖はリゾチーム）　［今月の分子 2011/04（PDBj），Single-domain antibody - Wikipedia］
  6. PDBデータ 2x8m（コリン結合タンパク質；抗コリン薬イプラトロピウム結合）　X8M（イプラトロピウム）選択　［Ipratropium bromide - Wikipedia］
  7. PDBデータ 3pqr*#（ロドプシン；Choeらによる） ‖ 2x72*#（同；Standfussらによる）　［Rhodopsin - Wikipedia，G protein-coupled receptor］
  8. PDBデータ 2y3w（SAS-6）　［SASS6 - Wikipedia］
  9. PDBデータ 3aicのChain A（グルカンスクラーゼ〈GSase〉；阻害剤アカルボース結合）　アカルボースのSITE選択　同PDBsumデータ 3aic_ACR$　［Glucansucrase - Wikipedia，Acarbose - Wikipedia］
  10. PDBデータ 3pcvの3量体（Chain A×3；ロイコトリエンC4合成酵素）　同PDBsumデータ 3pcv_GTT$　GTT（グルタチオン）選択　［Leukotriene C4 synthase - Wikipedia］
  11. テトラシラシクロブタジエン（4つのEMind基結合）
  12. ジフェンヒドラミン（diphenhydramine）　［Diphenhydramine - Wikipedia］ ‖ 参考：ジフェンヒドラミンを含むPDBデータ 2aot（ヒスタミン-N-メチルトランスフェラーゼ）　同PDBsumデータ 2aot_2PM$　［Histamine N-methyltransferase - Wikipedia］
  13. PDBデータ 2om2のChain A・B（Gタンパク質Gαi1〈A鎖〉，RGS14〈B鎖〉）　［RGS14 - Wikipedia］
  14. PDBデータ 3os1の10量体（Chain ABCDT×2；プロトタイプ泡沫状ウイルス〈PFV〉のインテグラーゼとDNA） ｜ 1qs4のChain A（HIVウイルスのインテグラーゼ；阻害剤5CITEP含む）　［Integrase - Wikipedia］
  15. オクタデシルジメチル(3-トリメトキシシリルプロピル)アンモニウムクロリド〔octadecyldimethyl(3-triethoxysilypropyl) ammonium chloride〕
  16. テキサノール（Texanol〈2,2,4-trimethyl-1,3-pentanediol monoisobutyrate〉；異性体あり）
  17. リバスチグミン（rivastigmine）　［Rivastigmine - Wikipedia］ ‖ 参考：リバスチグミンの脱離基のSITE例PDBsumデータ 1gqr_SAF$（アセチルコリンエステラーゼ；SITEにEMMも含む）
  18. PDBデータ 3alwの4量体#（Chain A×4；麻疹ウイルスのヘマグルチニン，Form I）　［Measles hemagglutinin - Wikipedia］　→ 別トピック
  19. バニリン（vanillin）　［Vanillin - Wikipedia］ ‖ 参考：バニリンを含むPDBsumデータ例 2vss_V55（PDBsumデータからアセチルCoA削除）$
  20. ペントバルビダール（pentobarbital）　［Pentobarbital - Wikipedia］
  21. PDBデータ 1xg0（集光性タンパク質フィコエリトリン〈フィコエリスリン〉）　同PDBsumデータ 1xg0_PEB$　PEB（フィコエリスロビリン）選択　［Phycoerythrin - Wikipedia，Phycoerythrobilin - Wikipedia］
  22. ロラタジン（loratadine）　［Loratadine - Wikipedia］
  23. PDBデータ 1mjv（細胞増殖因子A〈VEGF-A〉）　［Vascular endothelial growth factor - Wikipedia］ // 参考：t-PA（組織プラスミノゲンアクチベーター）のPDBデータ例 1a5hのChain A・C　［Tissue plasminogen activator - Wikipedia］
  24. PDBデータ 1xk4のChain A-D（カルシウム結合タンパク質 カルプロテクチン；A・B鎖がS100A8，C・D鎖がS100A9）
  25. PDBデータ 3pcq（好熱性シアノバクテリアBP-1の光合成光化学系I）　同36量体（Chain A-F・I-M・X×3；α炭素のみ）
  26. PDBデータ 3eqm*（アロマターゼ，P450 19A1；アンドロステンジオンが結合）　［Aromatase - Wikipedia］
  27. PDBデータ 3fcs#（インテグリンαIIbβ3）　［Integrin - Wikipedia］
  28. PDBデータ 2f10*（ノイラミニダーゼ；ペラミビル〈peramivir〉含む）　同PDBsumデータ 2f10_BCZ$　［Neuraminidase - Wikipedia，Peramivir - Wikipedia］
  29. フルベンジアミド（flubendiamide）
  30. PDBデータ 1e79（ATP合成酵素 F1部分；ミトコンドリア由来）　同PDBsumデータ 1e79_ATP$　［Mitochondrion - Wikipedia，ATP synthase - Wikipedia］
  31. PDBデータ 3id5（リボソームタンパク質L7AeとRNA；C・G鎖がL7Ae）　同Chain C・D　［Ribosome - Wikipedia］
  32. PDBデータ 3nkr#（オートタキシン）　NKR（22:6-LPA）選択　［Autotaxin - Wikipedia，G protein-coupled receptor - Wikipedia］
  33. ロキソプロフェン（loxoprofen；異性体あり）　［Loxoprofen - Wikipedia］
  34. イミダクロプリド（imidacloprid） ‖ PDBデータ 3c79*（アセチルコリン結合タンパク質；ネオニコチノイド系農薬イミダクロプリドが結合）　［Neonicotinoid - Wikipedia，Imidacloprid - Wikipedia］
  35. PDBデータ 3po7のChain A（モノアミンオキシダーゼB；ゾニサミドが結合）　［Monoamine oxidase - Wikipedia，Zonisamide - Wikipedia］
  36. PDBデータ 1om4（神経性一酸化窒素合成酵素）　［今月の分子 2011/01（PDBj），Nitric oxide synthase - Wikipedia］
  37. PDBデータ 3py4#（ラクトペルオキシダーゼ；アセトアミノフェン含む）　［Lactoperoxidase - Wikipedia，Paracetamol - Wikipedia］
  38. PDBデータ 1gtcのModel 1（DNA-RNAハイブリッド，岡崎フラグメント；重複座標データ削除）　RNA選択　［Okazaki fragment - Wikipedia］
  39. トリニトラミド（trinitramide）　［Trinitramide - Wikipedia］
  40. キサントプテリン（xanthopterin）　［Xanthopterin - Wikipedia］
  41. コウミン（koumine）
  42. PDBデータ 2j25*#（イミグルセラーゼ）　［Imiglucerase - Wikipedia，Gaucher's disease - Wikipedia］
  43. PDBデータ 3aih#（レクチンOS-9）　［Lectin - Wikipedia］
  44. PDBデータ 3ahq（ヒト由来ジスルフィド結合形成酸化酵素Ero1）
  45. テトラブロモビスフェノールA（tetrabromobisphenol A）　［Tetrabromobisphenol A - Wikipedia］
  46. PDBデータ 1yhu（ヘモグロビン；チューブワーム由来）　［Lamellibrachia - Wikipedia］ ‖ 1jhd（ATPスルフリラーゼ；チューブワームに共生する硫黄酸化細菌由来）
  47. PDBデータ 1kacの6量体（Chain AB×3；アデノウイルス）　［今月の分子 2010/12（PDBj），Adenoviridae - Wikipedia］
  48. スフィンゴシン-1-リン酸（sphingosine-1-phosphate，S1P）　［Sphingosine-1-phosphate - Wikipedia］
  49. DNA部分構造のPをAsに変更したデータ（座標はそのまま；As型DNAの模擬構造） ｜ 1d66Chain D・Eの同様変更データ　As選択　※何れも水素結合表示は不可
  50. 3aoiのChain A-E・P・Q・X（RNAポリメラーゼ，Gfh1，DNA，RNA）　［RNA polymerase - Wikipedia］

バックボーン　二次構造 ｜ DNA/RNA（ATGCU，backbone）
全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択
リガンド選択　HB選択（$印のみ）　（*印のみ）
 空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　スティック（太）　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色
濃赤　濃青　緑　ピンク　濃ピンク　橙　紫　青
糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
Asn,Ser,Thr選択 ｜ Asn　Ser　Thr
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別　疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）
等電点順　コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
 水素結合表示 ｜ S-S結合表示　
　　　 ｜ 背景・黒　灰　白　紺
　Chain選択： A B C D E F G H I J

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