◆ ノイラミニダーゼ立体構造予測データベース（理研）のデータより：Jmol版 ◆
※同データベースのPDB形式データ転載について，理化学研究所のご担当者からお認めいただいたことを深く感謝いたします。

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　本データ集は，ノイラミニダーゼ立体構造予測データベース（理化学研究所，日本語：http://protein.gsc.riken.jp/jp/Research/index_na.html　英語：http://protein.gsc.riken.jp/Research/index_na.html　；以下NSDBと略記）のデータをJmolの機能により詳しく見るために作成したものです。詳細は以下をご参照ください。

ノイラミニダーゼ立体構造予測データベース（理研）のデータ例
※国内で採取されたH5N1型ウイルスのデータより；初期表示はBAD89307.1.pdb

BAD89307.1 neuraminidase [Influenza A virus (A/chicken/Yamaguchi/7/2004(H5N1))]
BAD89317.1 neuraminidase [Influenza A virus (A/chicken/Oita/8/2004(H5N1))]
BAD89337.1 neuraminidase [Influenza A virus (A/crow/Kyoto/53/2004(H5N1))]
BAD89347.1 neuraminidase [Influenza A virus (A/crow/Osaka/102/2004(H5N1))]
BAE07157.1 neuraminidase [Influenza A virus (A/duck/Yokohama/aq10/2003(H5N1))]
BAE47132.1 neuraminidase [Influenza A virus (A/blow fly/Kyoto/93/2004(H5N1))]
※参考（構造データが既知のneuraminidase例；PDBより）
2qwk [オセルタミビルが変化した有効成分GS4071結合]　GS4071空間充填
バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択
リガンド選択　（*印のみ）
 空間充填　球棒　同（球大き目）　スティック　針金
Jmol色　Rasmol色
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）#
 水素結合（太）　OFF
　
　
背景・黒　背景・灰　背景・白
    ●amino表示の凡例
    ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR
    ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
    ＝ 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 ＝
    ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
    ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR
    ASN　GLN　PRO　MET    　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
    ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
    SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG
    HIS    　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
    ●疎水性インデックス順
    ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP
    SER　THR　GLY    　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
    ●等電点順
    ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP
    VAL　GLY　LEU    　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG

[TOPIC] 本データベースを拡充させたRIKEN FAMSBASE（プレスリリース）が公開されました！

※以下の画像はChime版で作成

ノイラミニダーゼのCASTpデータから得たPocketサイズ
※PocketのうちVol_msのベスト4（単位は，VolumeがÅ3，AreaがÅ2）
NSDB ID Pocket
Pocket No. Volume Area
AAC14419.1
Chicken/Hong Kong		 77 542.37 470.22
76 526.64 373.69
74 370.46 345.05
BAD89307.1
Chicken/Yamaguchi		 88 531.24 405.78
86 381.50 307.16
85 358.90 302.84
BAD89317.1
Chicken/Oita		 81 618.24 532.66
80 236.59 329.91
75 226.25 155.82


AAC14419.1


〔左〕阻害剤Aromatic Bana109を含むノイラミニダーゼ（A型ウイルス，サブタイプN2）のPDBデータ例1ING
〔右〕構造予測データ例AAC14419.1のPocket 77
※何れも上は2次構造，下は酸性・中性・塩基性アミノ酸区別（図のクリックで拡大）



左から，BAD89307.1（chicken/Yamaguchi），BAD89317.1（chicken/Oita），BAD89337.1（crow/Kyoto），BAD89347.1（crow/Osaka），BAE07157.1（duck/Yokohama），BAE47132.1（blow fly/Kyoto）
※何れも上は2次構造，下は酸性・中性・塩基性アミノ酸区別（図のクリックで拡大）