eF-siteとProModeを見るために

eF-site（タンパク質分子表面の形状と性質） ｜ ProMode（タンパク質ドメインの運動）〈早稲田大学版〉
大阪大学蛋白質研究所 ｜ 蛋白質立体構造データベース（PDB国内サイト）

※eF-siteのデータ参照に必要なビューワ（詳細）：Java Plug-in 1.4／Java 3D 1.2 ｜ About Java Plug-in（早稲田大学版；Automatic）

データ表示（初期表示は117eのChain A）
※〈 〉はデータのキーワード（下線があるものは関連資料例にリンク）
※2003/02： アミノ酸のラベル表示ボタンを追加．新規データは1utr_A．

Backbone 2oStructure Termini
DNA/RNA（ATGCU）
Ligands表示 OFF
Water表示（*印データのみ）　 OFF

Protein選択 DNA/RNA選択 Ligand選択 全選択
 空間充填 球棒モデル スティック OFF
CPK amino ｜ ラベル表示 OFF
酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
有機概念図I/O値順（Protein）
Dot Surface表示 OFF
水素結合表示（細） 同（太） OFF
S-S結合表示（太） OFF
S原子（Protein中）空間充填
静電ポテンシャル 親油ポテンシャル OFF
Specular OFF ｜ 光量30% OFF
軸表示 OFF ｜ Bounding Box表示 OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
回転 OFF ｜ 画像をクリップボードへコピー

※amino表示の凡例
ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR
ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO

※酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR
ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
※有機概念図I/O値順表示（Protein）の凡例
GLY　SER　ASN　ASP　GLN　THR　GLU　ALA　ARG　HIS
VAL　LYS　CYS　PRO　LEU　TYR　ILE　MET　TRP　PHE
（有機概念図参考資料：分子と分子の相互作用，Excelシート）
※PDB部分データリストではlog P値順表示も可
データ eF-site ProMode PDB
（original）
117eのChain A　117e_1_A｜B−117e
11baのChain B　11ba_1_A｜B−11ba
19hcのChain A〈Cytochrome〉19hc_1_A｜B−19hc
1a02のChain F・J＋DNA1a02_1_F−1a02
1a03のModel 1〈2002ノーベル賞〉1a03_1_A−1a03
1a0lのChain A 1a0l_1_A｜B｜C｜D −1a0l
1a0sのChain P*1a0s_1_P−1a0s
1a2iのModel 11a2i_1_0−1a2i
1a4zのChain A〈Mitochondria〉* 1a4z_1_A｜B｜C｜D −1a4z
1afsのChain A〈testosterone〉*1afs_1_A｜B−1afs
1aisのChain A＋DNA　1ais_1_A｜B−1ais
1aquのChain A〈estradiol〉1aqu_1_A｜B−1aqu
1ayaのChain A・P−1ayaA1aya
1axmのChain A・B・G1axm_1_A｜B｜C｜D｜E｜F−1axm
1ayoのChain A＋NAG−1ayoA1ayo
1bawのChain A−1bawA1baw
1bbhのChain A〈Cytochrome〉1bbh_1_A｜B1bbhA1bbh
1bgyのChain D〈Cytochrome〉1bgy_1_D｜P−1bgy
1bkzのChain A1bkz_1_A｜B1bkzA1bkz
1bl8〈KcsAチャンネル〉*1bl8_1_ABCD−1bl8
1ckmのChain A1ckm_1_A｜B−1ckm
1c1eのChain H〈有機塩素化合物〉1c1e_1_H−1c1e
1e7kのChain A＋RNA1e7k_1_A−1e7k
1ea1〈P-450〉*1ea1_1_A−1ea1
1esmのChain A〈Coenzyme A〉1esm_1_A−1esm
1etaのChain 1〈thyroxine〉1eta_1_1 | 2−1eta
1ezvのChain C〈Coenzyme Q〉1ezv_1_B | C | D−1ezv
1finのChain A〈ATP〉1fin_1_A | C−1fin
1foeのChain A〈ボツリヌス毒素〉1foe_1_A−1foe
1ivhのChain A 1ivh_1_A｜B｜C｜D −1ivh
1j78のChain B〈Vit.D〉1j78_1_A−1j78
1j7nのChain A〈炭疽菌〉1j7n_1_A−1j7n
1jpzのChain A〈P-450〉1jpz_1_A−1jpz
1js3のChain A〈DOPA〉1js3_1_A−1js3
1jx2のChain A〈GTPase〉1jx2_1_B−1jx2
2kceのChain A〈抗がん剤〉2kce_1_A｜B−2kce
1lldのChain A*1lld_1_A｜B−1lld
1lthのChain T*1lth_1_T｜R−1lth
1lucのChain A〈Luciferase〉1luc_1_A｜B−1luc
1nwpのChain A−1nwpA1nwp
2occのChain A〈Cytochrome〉2occ_1_A｜B｜F−2occ
1pagのChain A1pag_1_A｜B−1pag
1psrのChain A1psr_1_A1psrB1psr
1tehのChain A*1teh_1_A｜B−1teh
1tf3のModel 1＋DNA1tf3_1_A−1tf3
1thaのChain A*1tha_1_A｜B−1tha
1tupのChain A＋DNA〈p53〉1tup_1_A−1tup
1utrのChain A〈PCB〉1utr_1_A−1utr
1yprのChain A*1ypr_1_A1yprA1ypr
《今後もデータを追加します》
    【トピックデータ】（eF-site，ProModeデータなし）
    1wavのChain A・B〈2002ノーベル賞〉 → PDB_1wav
    　　 A鎖球棒，B鎖スティック　 S-S結合表示（太）　 S原子空間充填
    　　 A鎖末端(Gly,Asn)・B鎖末端(Phe,Ala)空間充填／Ligands OFF
    1qlzのModel 1〈2002ノーベル賞〉 → PDB_1qlz
    1hy5のChain A〈ペスト菌〉 → PDB_1hy5
    1hb8のChain A*〈ジアゼパム〉 → PDB_1hb8

※ボタンの押す順序を工夫すれば，画像例（1afsの場合；拡大図）のように多様な表示が可能です。いろいろお試しください。

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「分子の形と性質」学習帳 ｜ 「生活環境化学の部屋」ホームページ