◆ 今週の分子 ◆
連載96（2005/09/08〜）：ヌクレオソームコアの構造例（PDBデータ1EQZより）
＝ 丸善「化学便覧 基礎編　改訂5版」CD-ROMに収載されているPDBデータから ＝

　丸善の「化学便覧 基礎編」の『分子構造と結晶構造』の章には，分子の結晶構造や生体分子の構造がカラーで掲載されていて見ているだけでも楽しいのですが，昨年出された，

では，CD-ROM版ということで検索なども容易になり，書籍電子化の流れを実感しながら楽しんでいます。
　今回は，その中に掲載されている生体高分子のいくつかを表示できるようにしてみました。初期表示は，少し時期が早いですがクリスマスリースにも見えるデータを取り上げてみました。表示変更でいろいろ楽しんでみてください。


    化学便覧に出てくるPDBデータ（初期表示は図16.46(b)の1EQZ）
    ※PDB-IDクリックでオリジナルデータへ（ボタンがあるものは上に表示）
  • 図16.46 タンパク質核酸複合体 (a)IHF：1IHF ，(b)ヌクレオソームコアの構造：1EQZ
  • 図16.47 tRNA の構造：4TRA
  • 図16.48 リボザイムの構造：1GID （A鎖）
  • 図16.49 シアノバクテリアsynechococcus elongatusの光化学系I複合体の構造：1JB0
  • 図16.50 ウシ心臓のミトコンドリアのシトクロムc 酸化酵素の構造：2OCC （A鎖）
  • 図16.51 ウシ心臓ミトコンドリアF1-ATPアーゼの構造：1H8E
  • 図16.52 アフリカツメガエルのヌクレオソームコア粒子の構造：1KX5
  • 図16.53 Thermus thermophilus のリボソーム30Sサブユニットの構造：1IBL
  • 図16.54 Haloarcula marismortui のリボソーム50Sサブユニット：1KQS
  • 図16.55 風邪ウイルスであるライノウイルスHRV 16の構造：1AYM （部分構造；全体構造は下図）
      ［注］筆者所有の版のCDでは1AMYと誤記

    HRV 16の全体像の画像（PDB）

 バックボーン 二次構造
DNA/RNA（ATGCU）
リガンド表示 OFF
水分子表示　 OFF

全選択 リガンド選択 タンパク質選択
DNA/RNA全選択 同バックボーン選択
 空間充填 球棒 スティック OFF
CPK アミノ色 ｜ ラベル表示 OFF
酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
極性・非極性区別
疎水性インデックス順（タンパク質）
等電点順
 Dot Surface表示 OFF
水素結合（細） 同（太） OFF
光沢表示 OFF ｜ 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
回転 OFF ｜ 画像をクリップボードへコピー

※amino表示の凡例
ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR
ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
＝ 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 ＝
※酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR
ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
※極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG
HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
※疎水性インデックス順
ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP
SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
※等電点順
ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP
VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG

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