[TOPIC] 日本コンピュータ化学会2005秋季年会（2005/10/15-16，徳島大学蔵本キャンパス；プログラム；要旨掲載）で本データ集Chime版について発表しました（講演番号1P15）．HTML版要旨転載．
[TOPIC] 日本コンピュータ化学会2006秋季年会（2006/10/14-15，北海道教育大学函館校；プログラム）において，本データ集などChimeコンテンツのJmol版への移植について発表しました（講演番号1P06）．

• 膜貫通タンパク質PDBデータ集（英語版） ｜ Chime版 #
• SOSUIで求めた膜貫通部分アミノ酸配列（残基種類別）　※Excel形式データダウンロード可能
• 　同　（極性・非極性区別）
• 　同　（疎水性インデックス順） ｜ 数値表示
• 1jgjの膜貫通部分アミノ酸配列 #

  

• βバレル型膜タンパク質データ集 ｜ Chime版 #
• βバレル型膜タンパク質の疎水性インデックス値

• GPCR - 2012年ノーベル化学賞 [NEW!]

図１　SOSUIで求めた膜貫通タンパク質（α-ヘリックス型）の貫通部分の疎水性インデックスの平均値順に並べたグラフ

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図２　2at9の構造，およびSOSUIで求めた膜貫通部分アミノ酸配列（疎水性インデックス順）とその値から作成したグラフ
ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE

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図３　1jgjの膜貫通部分アミノ酸配列で作成した画像例（クリックで拡大）

参考文献・Webサイト　※他の文献はこちら
• Bruce Alberts ほか著，中村桂子・松原謙一　監訳，「細胞の分子生物学 第4版」，ニュートンプレス(2004)
• W.M.Becker ほか著，村松正実 ほか監訳，「細胞の世界」，西村書店(2005)
• T.A.Brown 著，村松正実 監訳，「ゲノム 第2版　新しい生命情報システムへのアプローチ」，メディカル・サイエンス・インターナショナル(2003)
• C.K.Mathews ほか著，清水孝雄 ほか監訳，「カラー生化学」，西村書店(2003)
• G.A.Petsko・D.Ringe 著，横山茂之 監訳，宮島郁子 訳，「カラー図説　タンパク質の構造と機能 ─ゲノム時代のアプローチ」，メディカル・サイエンス・インターナショナル(2005)
• 加藤茂明 編，「受容体がわかる　シグナル伝達を司る受容体の機能から多様な生命現象まで」，羊土社(2003)
• B.D.Gomperts ほか著，上代淑人 監訳，「シグナル伝達　生命システムの情報ネットワーク」，メディカル・サイエンス・インターナショナル(2004)
• 永田和宏・遠藤斗志也 編，「細胞内タンパク質の社会学　合成・品質管理・輸送・分解のケアシステムと疾患発症機構」，羊土社(2005)
• 岡崎康司・坊農秀雅 編，「ゲノム情報はこう活かせ！ 比較ゲノム学を遺伝子・タンパク質の機能解析や疾患遺伝子探索に活用する方法がわかる」，羊土社(2005)
• 佐々木成 編，「みずみずしい体のしくみ 水の通り道「アクアポリン」の働きと病気」，クバプロ(2005)
• 佐々木成 編，「水とアクアポリンの生物学」，中山書店(2008)

• Protein Data Bank (RCSB PDB) ｜ SearchLite ｜ 3DB Browser ‖ 国内サイト大阪大学蛋白質研究所・蛋白質立体構造データベース ｜ PDBj ｜ eProtS（タンパク質構造百科辞典） ｜ eF-site ※タンパク質分子表面の形状と性質 ｜ ProMode ※タンパク質ドメインの運動
  • Membrane Protein Browser [NEW!]
• SCOP (Structural Classification of Proteins)
• SOSUI WWW Server
• TMHMM Server v. 2.0
• Home page of ANTHEPROT
• ConPred II ※「ループの長さでピタリと当てる膜貫通タンパク質の機能」 Web版参照
• Membrane Proteins of Known Structure
  

• ゲノムネット ｜ バイオインフォマティクス入門コース
  • タンパク質二次構造予測、膜貫通部位予測（nnpredict, SOSUI）
  • モチーフ検索（MOTIF, Pfam）
• GPCRDB ｜ GPCRDB: 3D information
• SEVENS database（生命情報科学技術センター）
• GPCR
• MEMBRANE TRANSPORT (Department of Chemistry, Wellesley College / Intro To Biochem) ｜ MEMBRANES ｜ MEET the FATS
• Lipid Bilayers and the Gramicidin Channel　※ブラウザはNetscape Communicator 4.Xを要求
• Structure, Dynamics, and Function of Aquaporins　※Science and Engineering Visualization Challenge 2004: Illustration（Science，2004/09/24）も参照
• 岩田プロジェクト-膜受容体（GPCR）, 膜タンパク, 構造解析- [URL変更]　※参考：特別講演要旨『膜蛋白質結晶構造解析とその創薬への応用』（第29回情報化学討論会＆第34回構造活性相関シンポジウム）[PDF] ｜ リンク集　※本ページへのリンクも掲載

• 本サイトのコンテンツから　#印のChime版はIE以外のブラウザを推奨
  • PSBとSOSUIを利用した演習 #
  • 生体分子のかたちの不思議 ｜ Chime版 #
  • セカンドメッセンジャー #
  • イオンチャネルタンパク質の例（PDBデータ1BL8より） #
  • 緑色蛍光を発するタンパク質／GFP #
  • １文字アミノ酸配列から各種HTMLデータを作成する秀丸マクロ

[TOPIC]

Webトピックス　　※Web上のニュースは一定期間で削除されます．またNature，Scienceの記事は利用者登録（無料）が必要なものもあります．
• 番組情報：サイエンスZERO「ZEROスペシャル　美肌から病気まで 細胞の不思議な形に迫る」（NHK教育TV，2008/06/21・24:00〜）
  ▼番組で紹介された研究室等
  • 杉山義宣さん（カネボウ）のシンポジウム参加例：杉山義宣，『ドライスキン：アクアポリン研究から肌の水を見つめなおす』，文部科学省科学研究費補助金研究成果公開促進費「研究成果公開発表（A)」第19回「大学と科学」公開シンポジウム『みずみずしい体のしくみ　−水の通り道「アクアポリン」の働きと病気−』
  • 京都大学・藤吉好則研究室 ｜ Structural determinants of water permeation through aquaporin-1
• 世界最大規模のタンパク質の電子状態計算に成功　−スーパーコンピューティング国際会議SC|05で最優秀研究論文賞を受賞−（産総研，2005/11/28）
  
  参考：Rhodopseudomonas viridisの光合成反応中心の例 1vrn（他1r2cになど）

• 新薬開発へ10年計画　文科省、ヒトのたんぱく質解析へ（朝日，2005/05/29）　※“病気に関係する基本的な人のたんぱく質約１万個のうち、まず約500個の膜たんぱく質から解析を目指す”
• Googleによる“膜タンパク質 OR 膜たんぱく質 OR 膜蛋白質”ニュース検索結果

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※2005/02/03における検索エンジン比較：sourcefeed（Google/YST/MSNの比較可能）での“膜貫通タンパク質”検索結果
（○が膜貫通タンパク質PDBデータ集，○が本サイトのコンテンツ；画像クリックで現在の検索結果へ）

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※本データ集作成に当たっては，県立新潟女子短期大学生活科学科生活科学専攻・生活環境化学研究室2004年度ゼミ生の広瀬可奈子さんの協力を得ました。