- High-resolution structure of the human GPR40 receptor bound to allosteric agonist TAK-875（Nature，2014/07/20）
- 武田薬品工業、GPR40作動薬の開発を中止（日経メディカル，2013/12/27）
- GPCR - 2012年ノーベル化学賞（本サイト）
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4phu（ヒトGPR40；アゴニストTAK-875が結合） 2YB（TAK-875）選択 同PDBsumデータ 4phu_2YB$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
アゴニストTAK-875が結合したヒトGPR40のPDBデータ例4phuとそのPDBsumデータ
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- Changes in Apaf-1 Conformation That Drive Apoptosome Assembly（Biochemistry，2013/03/22）
- カスパーゼ - Wikipedia
- アポトソーム - meddic
［Apoptosome - Wikipedia］
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ヒトのアポトソームのPDBデータ例3j2t
- 水俣病、初の治療薬誕生へ光 既存の緑内障薬に効果（朝日，2015/01/05） ※“数年以内に臨床試験をしたい考え”。
- 水俣病初の治療薬 臨床へ 環境省国水研 しびれ軽減に効果（西日本新聞，2014/09/12）
- くも膜下出血の治療薬 国水研、水俣病向け実用期待（日経，2014/09/08）
- 環境毒による神経機能障害に対するローキナーゼ阻害剤の効果に関する実験的研究（KAKEN - 科学研究費助成事業データベース） [PDF]
- 関連論文例：Fasudil, a ROCK inhibitor, recovers methylmercury-induced axonal degeneration by changing microglial phenotype in rats（ResearchGate，2020/03/12）
- 医学のあゆみ 227巻4号 ROCK阻害薬の臨床応用 - 医歯薬出版
- ROCK阻害剤 Y-27632、Fasudil - 和光純薬工業
［Rho-associated protein kinase - Wikipedia，Y-27632 - Wikipedia，Fasudil - Wikipedia］
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Y-27632（ROCK阻害剤） ファスジル（fasudil；ROCK阻害剤） 参考（Y-27632結合Rho関連キナーゼ2の例）：2h9v 同PDBsumデータ 2h9v_Y27$ 参考（ファスジル結合Rho関連キナーゼ2の例）：2f2u 同PDBsumデータ 2f2u_M77$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
Rho関連キナーゼ2の例 2h9v（Y-27632結合）と2f2u（ファスジル〈fasudil〉結合）のPDBsumデータ
- Protein assembly mediated by sulfonatocalix[4]arene（Chemical Communications，2014/07/21）
- スルホナートカリックス[8]アレーン研究
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Protein-macrocycle polymorphism: crystal form IV of the Ralstonia solanacearum lectin-sulfonato-calix[8]arene complex（Acta Crystallographica Section D: Structural Biology，2023/07/01） ※2023/07/12公開データ8c9y（下掲）・8c9z
- Supramolecular Synthons in Protein-Ligand Frameworks（Crystal Growth & Design，2024/02/19） [NEW!] ※2024/03/06公開データ8q6a・8q6b（下掲）・8q6c
- カリックスアレーン関連情報
- カリックスアレーン - Wikipedia
- 有賀克彦・国武豊喜 著，「岩波講座・現代化学への入門・第16巻 超分子化学への展開」，p.24・p.92，岩波書店(2000)
- 増殖する「アレーン」類（有機化学美術館・分館，2013/02/23）
- 壹岐伸彦，『チアカリックスアレーン －分離・センシング機能試薬の新規プラットホームの創薬－』，化学と工業，2001年2月号，p.124
- 荒木孝司，『人工超分子カリックスアレーン －分子とイオンを識別する大環状化合物－』，化学と教育，1997年7号，p.377
- 新海征治・池田篤志，『カリックスアレーン』，化学，1998年3月号，p.26，化学同人
- カリックスアレーンを用いる包接･認識システム（科学技術振興事業団・新海包接認識プロジェクトの研究成果）
- 別トピック（本サイト）
［Calixarene - Wikipedia］
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4prq（スルホナートカリックス[4]アレーン〈SCLX4〉が結合した卵白リゾチーム） T3Y（SCLX4）選択 同PDBsumデータ4prq_T3Y[202(A)]$ 8c9y（スルホナートカリックス[8]アレーンが結合したレクチン） 同PDBsumデータ8c9y_lp[101(A)]$ 8q6b（スルホナートカリックス[8]アレーンが結合したRSLタンパク質の3量体；Chain A×3） 同PDBsumデータ8q6b_EVB[101(A)]$ カリックス[4]アレーン（calix[4]arene） ｜ カリックス[4]アレーン ＋ C60 ※空孔が小さいために包接されていない。 カリックス[6]アレーン（calix[6]arene） ｜ カリックス[6]アレーン ＋ C60 チアカリックス[4]アレーン（thiacalix[4]arene） ｜ チアカリックス[4]アレーン ＋ 1,2-ジクロロエタン バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
スルホナートカリックス[4]アレーンが結合した卵白リゾチーム4prqのPDBsumデータ
スルホナートカリックス[8]アレーンが結合したレクチン8c9yとそのPDBsumデータ
スルホナートカリックス[8]アレーンが結合したRSLタンパク質8q6bの3量体（Chain A×3）とそのPDBsumデータ
カリックス[n]アレーン（左）とチアカリックス[n]アレーン（右；SをSO2やSOにする場合もある）．R はtert- ブチル基またはtert- オクチル基など．
［左］カリックス[6]アレーン ＋ C60 … カリックスアレーンとチアカリックスアレーン（Chime版）で作成
［右］同3Dクリスタル（作：元 函館高専・長尾輝夫先生 → 参考情報）
- C型肝炎の新薬、承認へ 「重い副作用少ない」（朝日，2014/09/08） ※ソホスブビルを以下に
- 今年発売された製品やサービス（WSJ，2013/12/24） ※ソフォスブビル紹介
- C型肝炎への切り札・ソバルディ（有機化学美術館・分館，2016/04/08 ※ソフォスブビル紹介
- 日本人C型慢性肝炎患者を対象としたMK-5172及びMK-8742併用投与の安全性、忍容性及び有効性を評価するための第II相無作為化試験及び日本人C型慢性肝炎患者を対象としたMK-5172及びMK-8742併用投与の安全性、忍容性及び有効性を評価するための第III相無作為化プラセボ対照試験（臨床研究情報ポータルサイト，2019/12/14更新）
- C型肝炎 - Wikipedia ｜ C型肝炎ウイルス
- HIVとエイズ ※「現代化学」2014年9月号では抗HIV薬も解説
- The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2020 - NobelPrize.org
［Hepatitis C virus - Wikipedia］
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3sudのChain A（阻害剤MK-5172が結合したHCV由来のプロテアーゼNS3/4A） SUE（MK-5172）選択 同PDBsumデータ 3sud_SUE$ テラプレビル（telaprevir；NS3/4Aプロテアーゼ阻害剤） ソフォスブビル（sofosbuvir；NS5Bポリメラーゼ阻害剤） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
阻害剤MK-5172が結合したC型肝炎ウイルス（HCV）由来のプロテアーゼNS3/4A 3sudのPDBsumデータ
- Crystal Structure of Anti-polysialic Acid Antibody Single Chain Fv Fragment Complexed with Octasialic Acid（Journal of Biological Chemistry，2013/10/07）
- 脳神経系におけるポリ（ジ、オリゴ）シアル酸 - Glycoforum
- 糖タンパク質データ集（本サイト）
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3wbd 同PDBsumデータ 3wbd_SIA(8mer)$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 糖鎖別着色： Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
- c-Src Binds to the Cancer Drug Ruxolitinib with an Active Conformation（PLOS ONE，2014/09/08）
- 骨髄線維症を対象にJAK1/JAK2選択的阻害薬ルキソリチニブが承認（日経メディカル，2014/07/07）
- 今月の分子 43: Srcチロシンキナーゼ（Src Tyrosine Kinase）（PDBj，2003/07） ｜ Molecule of the Month（PDB）
- Long-term efficacy and safety of ruxolitinib versus best available therapy in polycythaemia vera (RESPONSE): 5-year follow up of a phase 3 study（Lancet Haematology，2020/03/01）
- Src (遺伝子) - Wikipedia ｜ ルキソリチニブ
- 参考：JAK2関連別研究例
- Identification of Novel Small Molecule Ligands for JAK2 Pseudokinase Domain（Pharmaceuticals，2023/01/04） ※2023/02/01公開8b8n・8b8u・8b99・8b9e・8b9h・8ba2・8ba3・8ba4（下掲）・8bab・8bak・8ex0・8ex1・8ex2
- ルキソリチニブ（ruxolitinib）・ベムセンチニブ（bemcentinib）が登場する論文例：Small molecules in the treatment of COVID-19（Signal Transduction and Targeted Therapy，2022/12/05） ※引用文献中のPDBデータとして6lu7（新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）情報）
- RCSB PDB 2023/12/20新規公開データより：8bxh Crystal structure of JAK2 JH1 in complex with momelotinib ※モメロチニブ結合，他に8bx6（セルデュラチニブ結合）・8bx9（イルギナチニブ結合）・8bxc（イタシチニブ結合）公開
- WebLSD検索結果: Srcファミリー
- 抗がん剤開発と標的タンパク質（本サイト） ｜ 別トピック[1]・[2]
［Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src - Wikipedia，Ruxolitinib - Wikipedia］
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4u5jのChain A（がん原遺伝子チロシンプロテインキナーゼC-Src；ルキソリチニブ〈ruxolitinib〉が結合） 同PDBsumデータ4u5j_RXT$ ｜ ルキソリチニブ（ruxolitinib） 8ba4のChain A（チロシンプロテインキナーゼJAK2；ベムセンチニブ〈bemcentinib〉が結合） 同PDBsumデータ8ba4A_lp$ ［Bemcentinib - Wikipedia］ 8bxh（JAK2；モメロチニブ〈momelotinib〉が結合） 同PDBsumデータ8bxh_lp$ ［Momelotinib - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 糖鎖別着色： Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ルキソリチニブ（ruxolitinib）が結合した がん原遺伝子チロシンプロテインキナーゼC-Src 4u5jのPDBsumデータ
ベムセンチニブ（bemcentinib）が結合したチロシンプロテインキナーゼJAK2 8ba4のChain AとそのPDBsumデータ
モメロチニブ（momelotinib）が結合したJAK2 8bxhとそのPDBsumデータ
- Statin treatment rescues FGFR3 skeletal dysplasia phenotypes（Nature，2014/09/18）
- スタチンが軟骨無形成症の病態を回復 ～疾患特異的iPS細胞モデルによるドラッグ・リポジショニングの可能性～（JST，2014/09/18） ※“ロバスタチンを投与すると、異常の見られていた細胞外マトリックスの形成が回復しました（図3左）。また、誘導後に増殖細胞も増加していることが分かりました。加えて、その他のスタチン類である、メバスタチン、アトルバスタチン、プラバスタチン、ロスバスタチン、フルバスタチンにおいても…”。
- Researchers use iPS cells to show statin effects on diseased bone（Medical Xpress，2014/09/18）
- iPS細胞で難病の治療薬開発へ（NHK WEB特集，2014/09/22）
- iPS使い薬の有効性確認 京大、軟骨の病気再現（京都新聞，2014/09/18）
- iPS細胞使い治療薬の候補の物質特定（NHK，2014/09/18）
- iPS細胞が変える薬の“常識” ～最前線からの報告～ - NHK クローズアップ現代（NHK，2014/09/18放送）
- スタチン - Wikipedia ｜ ロスバスタチン
- 日本発の医薬品（本サイト） ｜ スタチン類を含む生体分子のSITE例 ｜ 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝（コレステロールほか） ∥ 上記NHKクローズアップ現代で紹介されたアルツハイマー病関連： アルツハイマー病治療薬（治療薬候補T-817MAなど）
［Statin - Wikipedia，Rosuvastatin - Wikipedia］
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ロスバスタチン（rosuvastatin） ｜ ロバスタチン（lovastatin） ｜ アトルバスタチン，プラバスタチン，メバスタチン，ロスバスタチン，ロバスタチンの同時表示（上から順に） 参考：コレステロール 参考（ロスバスタチンが結合したPDBデータ）：1hwl（HMG-CoAレダクターゼ ） FBI（ロスバスタチン）選択 同PDBsumデータ1hwl_FBI$（ 2(A)，4(C)，3(D)のうち 2(A) → こちらにに 2(A)・3(D) を並べて表示） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
アトルバスタチン，プラバスタチン，メバスタチン，ロスバスタチン，ロバスタチンの同時表示（上から順に）
スタチン類結合のPDBsumデータ例；1hwk（アトルバスタチン結合），1hw9（シンバスタチン結合），3hlf（同），1hw8（メバスタチン結合），1hwl（ロスバスタチン結合），1cqp（ロバスタチン結合）
- アラガンと塩野義 睫毛貧毛症治療薬グラッシュビスタを共同販売（ミクスOnline，2014/09/16） ※“プロスタグランジンF2α誘導体の作用により、不十分な睫毛の長さや太さ、濃さを改善”。
- プロスタグランジン（本サイト）
［Bimatoprost - Wikipedia］
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ビマトプロスト（bimatoprost） 参考（ビマトプロスト結合PDBデータ例）：2f38（プロスタグランジンF合成酵素） 同PDBsumデータ 2f38_15M（NADP結合）$ 15M（ビマトプロスト）選択 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［Acetylcholinesterase - Wikipedia，Acetylcholinesterase inhibitor - Wikipedia］
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大量破壊兵器 サリン（sarin） ∥ 2y2vのChain A#（マウスのアセチルコリンエステラーゼ；サリンが結合） SGB選択 医薬（アルツハイマー病治療薬など） フプリンX（huprine X） ∥ 1e66#（ゴマフシビレエイのアセチルコリンエステラーゼ；フプリンXが結合） HUX（フプリンX）選択 同PDBsumデータ1e66_HUX$ ヒューペルジンA（フペルジンA，huperzine A） ∥ 1vot（ゴマフシビレエイのアセチルコリンエステラーゼ；フプリンXが結合） 同PDBsumデータ1vot_HUP$ ガランタミン（galantamine，galanthamine） ∥ 1w6r#（ゴマフシビレエイのアセチルコリンエステラーゼ；ガランタミンが結合） GNT（ガランタミン）選択 同PDBsumデータ1w6r_GNT$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 糖鎖別着色： Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |