シクロデキストリン（Jmol版）

◆ シクロデキストリン（Jmol版） ◆
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《初期表示はα-シクロデキストリン》
※包接化合物は適当にドッキングしてMM2計算したもので実測ではありません。

●α-シクロデキストリン
α-シクロデキストリン
　　α-シクロデキストリン＋エタノール　α-CD選択
　　α-シクロデキストリン＋フェノール　α-CD選択
　　α-シクロデキストリン＋安息香酸 [1]　α-CD選択
　　α-シクロデキストリン＋安息香酸 [2]　α-CD選択
●β-シクロデキストリン
β-シクロデキストリン
　　β-シクロデキストリン＋プロスタグランジンE₂　β-CD選択
●γ-シクロデキストリン
γ-シクロデキストリン
　　γ-シクロデキストリン＋PCB 169（3,3',4,4',5,5'-HxCB）　γ-CD選択

◆シクロデキストリン類を含むPDBデータ例
1btc*（α-シクロデキストリン）　同PDBsumデータ 1btc_aCD$
3cgt（β-シクロデキストリン）
3c6gのChain B*（β-シクロデキストリン，P450 2R1，ビタミンD₃）
2qkh（メチル-β-シクロデキストリン）
　　メチル-β-CD選択　　Tyr1・Ile7選択
1d3c（γ-シクロデキストリン）
◆参考：シクロアミロース
1c58（Crystal Structure Of Cycloamylose 26）のChain A

バックボーン　二次構造｜ DNA/RNA（ATGCU，backbone）
全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）　（*印のみ）
空間充填　球棒　球10％　球30％　球40％　球60％　スティック　スティック（太）　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色 ∥ 濃赤　濃青　緑　ピンク　濃ピンク　橙　紫　青
糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA ∥ Asn,Ser,Thr選択｜ Asn　Ser　Thr
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別　疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順　コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示｜ S-S結合表示　｜　　｜背景・黒　灰　白　紺
　Chain選択： A B C D E F G H I J K L M N O P Q R

ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO

酸性

中性

芳香族

塩基性

ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS

極性

酸性

塩基性

非極性（疎水性）

SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP

ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE

ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE

ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG

シクロデキストリンの諸性質
※佐藤充克，『シクロデキストリンの開発と特性について』，化学と教育，2001年1月号，p.5

シクロデキストリン	α-CD	β-CD	γ-CD
構成グルコースの数	6	7	8
分子量	972	1135	1297
空洞直径（nm）	0.6	0.7-0.8	0.9-1.0
空洞内容量（nm³）	0.176	0.346	0.510
水への溶解度（25℃，％）	14.5	1.85	23.2

α-シクロデキストリンの場合で示した分子の親水性・疎水性の部位

β-シクロデキストリンの分子情報（Chime版で作成）

β-シクロデキストリン＋プロスタグランジンE₂

メチル-β-シクロデキストリンを含む胃抑制ペプチド（胃酸分泌抑制ホルモン, GIP；B鎖）とGIP受容体（A鎖）2qkh
※メチル-β-CDに包摂されているのはB鎖のTyr1およびIle7

α-シクロデキストリンを含む1btcのSITE部分（分子はこちらでも参照可能）

ʟ-α-シクロデキストリン（ʟ-α-cyclodextrin，α-ʟ-cyclodextrin）
空間充填　球棒　スティック
　　　
背景・黒　灰　白　紺

α-シクロデキストリン（α-cyclodextrin）
空間充填　球棒　スティック
　　　
背景・黒　灰　白　紺

ʟ-α-シクロデキストリン（ʟ-α-cyclodextrin，α-ʟ-cyclodextrin）とα-シクロデキストリン（α-cyclodextrin）

参考文献・Webページ

有賀克彦・国武豊喜著，「岩波講座・現代化学への入門・第16巻　超分子化学への展開」，p.21・p.91・p.112，岩波書店(2000)　※上記の空孔径は本書p.22より
佐藤充克，『シクロデキストリンの開発と特性について』，化学と教育，2001年1号，pp.4-7
原田明，『ロタキサン』，化学，1998年3月号，p.29，化学同人
シクロデキストリン学会
先端科学をのぞいてみようシクロデキストリン
シクロデキストリンとは？（秋田大学・浜井三洋研究室）
Chem2O6／The Molecule on the Home Page　※β-シクロデキストリン＋ビフェニル
トピックス
- Molecules of the year 2024 - C&EN [NEW!]　※α-ʟ-cyclodextrin（上掲）ほか
- Mirror-image cyclodextrins（Nature Synthesis，2024/03/28）
  - First mirror-image cyclodextrins come together ‘like Lego’（Royal Society of Chemistry，2024/04/05）
- 梶本哲也，『プロスタグランジンとアスピリン』，化学と教育，2006年8号，458-459　※参考：プロスタグランジン
- Googleによる“シクロデキストリン”ニュース検索結果｜同イメージ検索結果
糖タンパク質データ集（糖鎖を含むタンパク質）
イオンをつかめ！／クラウンエーテルの例（Chime版）

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