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バイオミネラルとして鉄Feを含むPDBデータ1TKPのSITE例


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バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド#
水素結合(太) OFF
 
 
背景・黒 灰 白 
2Z5Rの24量体(Chain A × 24;旧PQSによる複合体構造) → RCSB PDBPDBsum
※参考:直径12ナノのタンパク質かご分子: フェリチンが金属を吸込む謎を原子レベルで解明(京都大学,2009/03/18)


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2z5r_CD〈 211(A) 〉(フェリチン)→ PDBsum
I'/O'=3.7500
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

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2z5r_PD_6〈 206(A) 〉(フェリチン)→ PDBsum
I'/O'=1.4167
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

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1aoo_AG〈 47(A) 〉(メタロチオネイン)→ PDBsum
I'/O'=0.3333
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

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1mt2_CDZ〈 CDZ 2 〉(メタロチオネイン)→ PDBsum
I'/O'=0.4828
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

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1tkp_FE〈 307(A) 〉(金属結合タンパク質)→ PDBsum
I'/O'=2.5000
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

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1o7t_HF5_le〈 1310(A) 〉(金属結合タンパク質)→ Ligand Explorer*
I'/O'=1.9821
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 
* PDBsumデータが遠方のアミノ酸表示になっているためRCSB - Ligand Explorerデータを読み取り



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