◆ 今週の分子 ◆
★連載55(2004/05/12〜):
シトクロムP450の例(PDBデータ1OG5より)

 体内で解毒などの重要な働きをしているのがユニークな形をしたシトクロムP450ファミリー(Googleによる“cytochrome P450”イメージ検索結果参照)。今週は,以下の講演会で結晶構造解明の重要性に言及されているヒトcytochrome P450(CYP)2C9の例です。

第242回CBI学会研究講演会「Cytochrome P450の分子計算」(2004/05/19開催,東京)
※P450関連のコンテンツ例:P450部分データ集ステロイドホルモンの生合成と代謝

 なお,シトクロムP450は昔放映されたNHKスペシャル『驚異の小宇宙 人体/壮大な化学工場 <肝臓>』(DVDあり;先日,NHK教育TVジュニアスペシャル版放映)で手数の多い円盤のようなCGで登場して強く印象に残っていますが,450nmの光を吸収することから,大阪大学蛋白質研究所の佐藤了名誉教授が命名されたとのことです。


ヒトcytochrome P450(CYP)2C9のPDBデータ例
シアリターゼ(sialidase)分子1og5のChain A

Backbone Termini 2nd Structure
Ligands表示 OFF
Water表示 OFF

Protein選択
Ligand選択 Water選択 全選択
空間充填 球棒 スティック OFF
CPK amino | ラベル表示 OFF
酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
極性・非極性区別
hydropathy index順(Protein)
log P値順(Protein)
有機概念図I/O値順(Protein特性基 R)| 同(アミノ酸)
Dot Surface表示 OFF
Specular OFF 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
回転 OFF
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※amino表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR
ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO

= 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 =
酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR
ASN GLN PRO MET
 PHE TYR TRP LYS ARG HIS

極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG
HIS
 GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP

※hydropathy index順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP
SER THR GLY
 ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE

※log P値順
ARG ASP ASN GLU GLN HIS GLY SER LYS THR
ALA PRO
 CYS VAL TYR MET ILE LEU PHE TRP

※有機概念図I/O値順(特性基 R
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS
TYR TRP
 CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE

※同上(アミノ酸)
GLY SER ASN ASP GLN THR GLU ALA ARG HIS
VAL LYS
 CYS PRO LEU TYR ILE MET TRP PHE


ヒトcytochrome P450(CYP)2C9の構造例1OG5
〔左〕Chain A全体,〔右〕そのHEME CのSITE部分(PDBデータのLigand結合部位で作成)


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