◆ 今週の分子 ◆
★連載69(2004/10/13〜):
プロテアソームの例(PDBデータ1G0Uより)
= 2004年ノーベル化学賞(その2) =

 前回に続いて2004年のノーベル化学賞に関連して,目印となっているユビキチンの情報をもとに,ダメージを受けるなどして不要になったタンパク質を実際に分解するプロテアソームの部分構造例を取り上げました。なお,プロテアソーム発見と構造解明には,東京都臨床医学総合研究所副所長の田中啓二さんが多大な貢献をしています(参考:朝日新聞科学欄,2004/10/13)。


20Sプロテアソームのβリング(活性部位)の例
1G0UのChain H-N)

バックボーン 二次構造
リガンド表示 OFF

タンパク質選択
リガンド選択 全選択
空間充填 球棒 スティック OFF
CPK amino | ラベル表示 OFF
酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
極性・非極性区別
疎水性インデックス順(タンパク質)
log P値順(タンパク質)
有機概念図I/O値順(Protein特性基 R)| 同(アミノ酸)
ドット表面表示 OFF
光沢表示 OFF 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
回転 OFF
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※amino表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR
ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO

= 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 =
酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR
ASN GLN PRO MET
 PHE TYR TRP LYS ARG HIS

極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG
HIS
 GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP

※hydropathy index順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP
SER THR GLY
 ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE

※log P値順
ARG ASP ASN GLU GLN HIS GLY SER LYS THR
ALA PRO
 CYS VAL TYR MET ILE LEU PHE TRP

※有機概念図I/O値順(特性基 R
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS
TYR TRP
 CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE

※同上(アミノ酸)
GLY SER ASN ASP GLN THR GLU ALA ARG HIS
VAL LYS
 CYS PRO LEU TYR ILE MET TRP PHE


2004年ノーベル化学賞解説ページの図(左)と20Sプロテアソーム1g0uのαリングの例(Chain A-G)


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