◆ 今週の分子 ◆
★連載76(2004/12/01〜):クラスリンの例(PDBデータ1XI4より;Jmol版)
Chime版

 サッカーボール型分子としてフラーレンがすっかり有名になりましたが,タンパク質が集合してサッカーボール型の構造体になったのがクラスリン(clathrin)です。この話題は,2004/08/29の高エネルギー加速器研究機構(KEK)一般公開で催された,若槻壮市さんによる講演「放射光で探るタンパク質のライフサイクル」の中で取り上げられたものです。そこで紹介されたアニメーションも以下で参照できます。
 なお,分子モデルはα-炭素原子だけですので,ご注意ください。


※Googleイメージ検索による“clathrin”検索結果例

若槻壮市(高エネルギー加速器研究機構物質構造科学研究所),『輸送系の構造生物学』 〈PDF〉
◎若槻壮市,『タンパク質の成熟:糖鎖修飾と輸送』(田之倉優 編,「タンパク質のかたちから生命のなぞを解く」,クバプロ 2005)
Clathrin Protein (Movie by Allison Bruce)
クラスリン格子:膜輸送の重要な成分 (Nature,2004/12/02号)
Clathrin - Molecule of the Month(PDB,2007/04)

クラスリンの例
1XI4のChain A-C,α-炭素原子のみ

バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
Gly選択 Pro選択 ヒドロキシPro選択

空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色
濃赤 濃青  ピンク 濃ピンク  

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド#
水素結合(太) OFF
 
 
背景・黒 灰 白 


1XI4の全体構造(A〜IがHeavy Chain,j〜rがLight Chain)


KEK入口のモニュメント


「生活環境化学の部屋」ホームページJmol版「分子の学習帳」Chime版「分子の学習帳」