◆ 今週の分子 ◆
連載82(2005/02/03〜):
レトロウイルスのキャプシド六角環構造(PDBデータ1U7Kより)

 雪の結晶やミツバチの巣の穴の構造など,六角形構造は自然界にも数多く見られ,私たちの心を惹きつけるものがあります。朝倉書店「形の科学百科事典」の索引を引くと,六角形または六角パターンで,『単層上皮細胞はなぜ六角形か』,『ミツバチの巣はなぜ六角形か』,『緑藻アミミドロがつくる六角形の網目』,『蜂の巣のような酸化皮膜の形』,『商業と都市の形』,『雪結晶のサイズと形』が出てきます。
 分子の世界でもベンゼンに代表される化合物は芳香族と呼ばれて一大分野を成しています。今を時めくフラーレンやナノチューブなども六角形の世界です。
 上の例のように生物の世界でも六角形は重要ですが,ウイルスの世界でも今回取り上げたレトロウイルスのキャプシドに,タンパク質が集まってできる六角形構造を見ることができます。詳しくは以下のページからリンクしてある資料をどうぞ。

レトロウイルスのキャプシド六角環構造

●1U7K
1u7k(全体) | 初期表示
六角形-1表示(隣接α1-α1間)| 同部分選択
六角形-2表示(主に隣接α1-α2間) | 同部分選択
六角形-3表示(隣接α2-α3間) | 同部分選択
六角形1〜3表示 | 同部分選択
全α-helix選択 | α1 | α2 | α3 | α4 | α5 | α6
全β-helix選択# β1 | β2
 # PDBデータヘッダ記載ではβ1がアミノ酸番号2-4,β2が同10-12(Chain Bのみ一部異なるが無視)
タンパク質バックボーン 同・二次構造
リガンド表示 OFF
水分子表示  OFF

全選択 リガンド選択 タンパク質選択

空間充填 球棒 球・大き目 スティック OFF
CPK色 アミノ色 チェイン | 水分子赤
濃赤 濃青 濃ピンク 水色
ラベル表示 OFF
ドット表面表示 OFF
静電ポテンシャル OFF
親油ポテンシャル OFF
水素結合(細) 同(太) OFF
S-S結合(太) OFF
S原子(Protein中)空間充填
光沢表示 OFF 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
Z軸回転 Y軸回転 X軸回転 OFF
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酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
極性・非極性区別
疎水性インデックス順
等電点順


※amino表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR
ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO

= 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 =
酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR
ASN GLN PRO MET
 PHE TYR TRP LYS ARG HIS

極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG
HIS
 GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP

※疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP
SER THR GLY
 ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE

※等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP
VAL GLY LEU
 ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG

※春季休業のため,次回は2005/04/14の予定です(急遽更新の場合あり)。


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