【1】分子の組み立て(ChemDrawとChem3Dによる)
[TOPIC] 2006/06/28,筆者PCにようやくChem3D UltraのVersion 10.0を導入できました(上は最初に組み立てたベンゼン)!
※以下のマニュアルはVer. 4によるもので,アイコン等は異なりますが基本的な操作方法は同様ですのでどうぞ参考にしてください。
Ver. 4のアイコン
1.ChemDrawで分子を描いて必要であれば保存する。分子を全選択してコピーする。
図1
2.Chem3Dを開いて,ペーストする。
図2
3.Ctrl+Aで全範囲指定し,ToolメニューのClean Up Structureを実行する。必要があればこの計算前の分子を保存する。
※原子間の距離,結合角,二面角の変更方法
結合の長さ(原子間距離)の変更
- まず最初の原子を左クリックで選択し,Shiftキーを押しながらもう1つの原子を左クリックすると,2つの原子が強調表示される。
- Ctrl+Lによって表示される表に距離を入力してEnterキーを押す。
結合角の変更
- まず最初の原子を左クリックで選択し,Shiftキーを押しながら残りの2つの原子を左クリックする。
- Ctrl+Lによって表示される表に角度を入力してEnterキーを押す。
二面角の変更
- まず最初の原子を左クリックで選択し,Shiftキーを押しながら残りの3つの原子を左クリックする。
- Ctrl+Lによって表示される表に二面角を入力してEnterキーを押す。
図3 原子間距離r,結合角θ,二面角(ねじれ角)φ
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