【参考】Chime版分子をホームページで表示する方法(1)「計算化学演習」でChme3Dにより分子科学計算した分子データ（MDL MOL形式など）を用いれば，以下のようなHTMLの記述で自作ページにモデルを表示することができます。
《例》（上のモデルで背景が白の場合）
<HTML>
<HEAD>
<TITLE>TEST</TITLE>
</HEAD>
<BODY BGCOLOR="#DDFFFF">
<CENTER>
<embed src="indigo.mol" width=400 height=400 display3D=ball&stick bgcolor="#FFFFFF"><P>
</CENTER>
</BODY>
</HTML>
上のHTMLのindigo.molの部分を表示したい自作分子ファイル名にし，その分子データのあるディレクトリにHTMLを任意の“????????.html”という名前で保存して，ブラウザで作成したHTMLデータを読み込めばよい。HTMLのタイトルの変更や説明文追加等は各自で行ってください。
より高度な表示形式にするには，「動く分子事典」付録CDのサンプル教材や以下のメニューから参照できるページのソースを参考にすればよいでしょう。
『分子の学習帳』（本間作成）