◆ 「世界で一番美しい元素図鑑」で気になった元素の関連データSITE例 ◆
→
生命を知り生命に学ぶ
|
金属原子を含む生体分子のSITEデータ集
←
●ランタノイド
※RCSB PDBデータがある元素のみ
La(57)
1djg_LA〈 LA 4(A) 〉(ホスホリパーゼ)→
PDBsum
I'/O'=3.7500
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 紺
Ce(58)
1ak8_CE〈 CE 77(A) 〉(カルモジュリン)→
PDBsum
I'/O'=3.4091
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 紺
Pr(59)
2if5_PR〈 129(A) 〉(ヒドロラーゼ)→
PDBsum
I'/O'=3.7500
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 紺
Sm(62)
2o5w_SM〈 170(B) 〉(ヒドロラーゼ)→
PDBsum
I'/O'=2.5000
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 紺
Eu(63)
1qsl_EU〈 1(A) 〉(DNAポリメラーゼ)→
PDBsum
I'/O'=3.2143
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 紺
Gd(64)
1okj_GD 〈 1216(A) 〉(ヒドロラーゼ)→
PDBsum
I'/O'=2.3750
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 紺
Ho(67)
3eeu_HO〈 155(B) 〉(ピロホスホヒドロラーゼ)→
PDBsum
I'/O'=2.5000
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 紺
Er(68)
3cm6_ER3 〈 300(A) 〉(ヒドロラーゼ)→
PDBsum
I'/O'=3.2143
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 紺
Yb(70)
1nch_YB〈 500(A) 〉(細胞接着タンパク質)→
PDBsum
I'/O'=2.8125
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 紺
Lu(71)
1qmm_LU〈 2005(A) 〉(ホスホイノシチド3-キナーゼ)→
PDBsum
I'/O'=3.7500
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 紺
【参考】
ランタノイドにSc(17),Y(39)を加えた17元素が
レアアース
(希土類元素)になります。RCSB PDBにはY(39)を含むデータがあります。
Y(39)
3h1w_Y1〈 398(A) 〉(イソメラーゼ)→
PDBsum
I'/O'=2.5000
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 紺
●最も密度の高い元素は?
※
単体の密度
参照
Os(76)
3bwf_DWC〈 315(A) 〉(トランスフェラーゼ)→
PDBsum
I'/O'=0.8850
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 紺
Ir(77)
3f2t_IRI〈 401(X) 〉(RNA,リボスイッチ)→
PDBsum
─
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 紺
考図書および関連情報
セオドア・グレイ 著, 若林文高 監修), 武井摩利 訳,「世界で一番美しい元素図鑑」,創元社(2010)
TheodoreGray.com
Theodore Gray - Wikipedia
iPad対応 元素図鑑: The Elements in Japanese(iTunes)
Apple iPad Guided Tour: The Elements (YouTube)
美麗な元素のおもちゃ箱を貴方に―『世界で一番美しい元素図鑑』(Chem-Station,2010/11/26)
|
世界の化学者データベース - テオ・グレイ Theodore Gray
Togetter - 「人気の本「世界で一番美しい元素図鑑」」
ランタノイド - Wikipedia
|
希土類元素
RSC Visual Elements Periodic Table
「生活環境化学の部屋」ホームページ
|
Jmol版「分子の学習帳」
|
Chime版「分子の学習帳」