GNU libiconv で configure 時に --enable-extra-encodings を付けると、EUC-JISX0213, Shift_JISX0213, ISO-2022-JP-3 が利用できるようになります。
現在では、それぞれ EUC-JIS-2004, Shift_JIS-2004, ISO-2022-JP-2004 という名前で扱えた方が便利かと思いますので、従来の日本語パッチにこれらのエリアスも追加されてはいかがでしょう。
UCS互換漢字10文字の有無の違いがあるので新たに10文字追加の必要はあるかもしれません。
しかし、EUC-JISX0213 と EUC-JIS-2004 等の区別まで必要はないでしょうから、10文字追加した EUC-JIS-2004, Shift_JIS-2004, ISO-2022-JP-2004 のそれぞれのエリアスを EUC-JISX0213, Shift_JISX0213, ISO-2022-JP-3 とするだけで十分かと思います。
GNU libiconv のソースを熟知されている森山さんなら、おそらくこの修正はそれほど難しいものではないのではないかと思いますので、お暇な時に対応ということで、ご検討いただければ幸いです。
私の方でもパッチを考えてはみますが...。