◆ 今週の分子 ◆
★連載31(2003/07/02〜):
エストロゲン受容体4種のSite部分重ね合わせ
(PDBデータ1ere,1err,3erd,3ertより)

 2003/06/25-27に新潟市朱鷺メッセ国際会議場で開かれた日本環境化学会第12回討論会において,「有機概念図で見る環境ホルモン関連分子」というテーマで発表しました。以下はそこで紹介して視覚化資料例です。

有機概念図で見る環境ホルモン関連分子(1) | (2)
3次元構造活性相関手法(3D-QSAR)の紹介


1ere,1err,3erd,3ertの各L+S重ね合わせ
(初期表示では,球棒がL,スティックがS)

※Site配列は,estradiol受容体1qkuのSite情報と同一配列番号アミノ酸を抽出
●分子選択(Lはligand,Sはsite)
全選択
1ere: L(17β-estradiol) | S ‖ L+S
1err: L(raloxifene) | S ‖ L+S
3erd: L(diethylstilbestrol) | S ‖ L+S
3ert: L(4-hydroxytamoxifen) | S ‖ L+S

●表示変更(選択分子について)
空間充填  球棒モデル  スティック  OFF
Dot Surface表示  OFF |  ラベル表示  OFF
赤  青  緑  黄緑  水色  ピンク  黄  橙  CPK

光沢表示  OFF |  光量30%  OFF
回転  OFF
背景・黒  背景・灰  背景・白
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※参考:複合分子と分子の重ね合わせ/分子データの作成方法



作図例(siteは特性基の有機概念図I/O値順の着色;3次元構造活性相関手法の紹介参照).


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