◆ 鳥インフルエンザ&新型インフルエンザ情報〈Chime分子表示〉 ◆
★今週の分子/連載49(2004/01/15〜):鳥インフルエンザウイルス関連PDBデータ例(1JSOより)

→ 詳細情報掲載のオリジナル版(分子表示はJmolによる)

※分子モデル表示にはChimeプログラム(無料)のインストールが必要です(分子を見ない場合は不要)!

〔鳥〕インフルエンザ関連PDBデータ例
※初期表示は1jso
CASTpにより,PDB ID または Keyword Search(influenza 等で検索)によりポケット部位探索可能
1jsoインフルエンザウイルス(H5)/ヘマグルチニン(haemagglutinin)〉 → PDBデータ
1hgg〈インフルエンザウイルス/ヘマグルチニン〉 → PDBデータ ※下記文献[3]p.189参照
1kenのChain A-F〈インフルエンザウイルス/ヘマグルチニン〉 → PDBデータ
1ingのChain A*〈A型インフルエンザウイルス(N2)/ノイラミニダーゼ(neuraminidase)〉 → PDBデータ
1a4gのChain A(ザナミビルを含む/ノイラミニダーゼ)*PDBデータ
2qwk(オセルタミビルが変化したGS4071結合/ノイラミニダーゼ) → PDBデータ   下記仮SITE部分選択
  ※CASTpによるGS4071近傍Pocketデータより: ID54  ID53  ID54+53  ID53+54から目視で選んだ仮SITE


    ◆参考データ
    シアル酸
    ※抗インフルエンザウイルス薬の例
      オセルタミビル(※タミフル) | GS4071(オセルタミビルが変化して機能)
      ザナミビル
      ペラミビル
Backbone Termini 2nd Structure
Ligands表示 OFF
Water表示(*印データのみ)  OFF

Protein選択
Ligand選択 Water選択 全選択
空間充填 球棒 スティック OFF
CPK amino | ラベル表示 OFF
Dot Surface表示 OFF
静電ポテンシャル 親油ポテンシャル OFF
光沢表示 OFF 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
回転 OFF
画像をクリップボードへコピー

酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
極性・非極性区別
hydropathy index順(Protein)
log P値順(Protein)
有機概念図I/O値順(Protein特性基 R)| 同(アミノ酸)


※amino表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR
ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO

= 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 =
酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR
ASN GLN PRO MET
 PHE TYR TRP LYS ARG HIS

極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG
HIS
 GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP

※hydropathy index順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP
SER THR GLY
 ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE

※log P値順
ARG ASP ASN GLU GLN HIS GLY SER LYS THR
ALA PRO
 CYS VAL TYR MET ILE LEU PHE TRP

※有機概念図I/O値順(特性基 R
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS
TYR TRP
 CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE

※同上(アミノ酸)
GLY SER ASN ASP GLN THR GLU ALA ARG HIS
VAL LYS
 CYS PRO LEU TYR ILE MET TRP PHE



インフルエンザウイルスの構造;サブタイプ『H?N?』を決めるのがヘマグルチニン(HA;H1〜H15)とノイラミニダーゼ(NA;N1〜N9)
※2004年の鳥インフルエンザはH5N1,1918年のスペイン風邪はH1N1
インフルエンザウイルス Q&A−特徴と性状−(東京都立衛生研究所)などを参考に作図
※参考:Googleイメージ検索による“haemagglutinin”検索結果,同“neuraminidase”


ヘマグルチニン分子の3本鎖の例(1kenのChain A-F)
「分子レベルで見た薬の働き」(平山令明,講談社ブルーバックス),pp.198-209参照


シアル酸および抗インフルエンザウイルス薬(プラグ薬の例)のザナミビルとGS4071・オセルタミビル;親油ポテンシャル表示
「別冊日経サイエンス143 世界を脅かす感染症とどう闘うか」,p.51参照


シアル酸ザナミビルの重ね合わせ例
シアル酸選択  ザナミビル選択  全選択
球棒モデル  空間充填  OFF(スティック)
色分け初期化  選択分子CPK(光量50%)→ 光量35%→ 光量20%
色分け初期化でシアル酸を球棒  色分け初期化でザナミビルを球棒


ザナミビル〔※リレンザ〕を含むPDBデータ1a4gのChain A → 新しい風邪薬・インフルエンザ治療薬


GS4071(オセルタミビル〔※タミフル〕が血液・肝臓中で変化)を含む2qwk


「生活環境化学の部屋」ホームページ「分子の形と性質」学習帳「今週の分子」トップ