◆ 今週の分子 ◆
★連載69（2004/10/13〜）：プロテアソームの例（PDBデータ1G0Uより）
＝ 2004年ノーベル化学賞（その２） ＝

　前回に続いて2004年のノーベル化学賞に関連して，目印となっているユビキチンの情報をもとに，ダメージを受けるなどして不要になったタンパク質を実際に分解するプロテアソームの部分構造例を取り上げました。なお，プロテアソーム発見と構造解明には，東京都臨床医学総合研究所副所長の田中啓二さんが多大な貢献をしています（参考：朝日新聞科学欄，2004/10/13）。


20Sプロテアソームのβリング（活性部位）の例
（1G0UのChain H-N）
バックボーン 二次構造
リガンド表示 OFF

タンパク質選択
リガンド選択 全選択
 空間充填 球棒 スティック OFF
CPK amino ｜ ラベル表示 OFF
酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
極性・非極性区別
疎水性インデックス順（タンパク質）
log P値順（タンパク質）
有機概念図I/O値順（Protein特性基 R）| 同（アミノ酸）
 ドット表面表示 OFF
光沢表示 OFF ｜ 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
回転 OFF
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※amino表示の凡例
ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR
ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
＝ 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 ＝
※酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR
ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
※極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG
HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
※hydropathy index順
ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP
SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
※log P値順
ARG　ASP　ASN　GLU　GLN　HIS　GLY　SER　LYS　THR
ALA　PRO　CYS　VAL　TYR　MET　ILE　LEU　PHE　TRP
※有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS
TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
※同上（アミノ酸）
GLY　SER　ASN　ASP　GLN　THR　GLU　ALA　ARG　HIS
VAL　LYS　CYS　PRO　LEU　TYR　ILE　MET　TRP　PHE


※2004年ノーベル化学賞解説ページの図（左）と20Sプロテアソーム1g0uのαリングの例（Chain A-G）

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