◆ コラーゲンの例（Jmol版） ◆

　PDBj「今月の分子」から商品広告でもよく目にするコラーゲン。骨，腱，皮膚などを形成している硬タンパク質の一種で，3本のタンパク質が三つ編みのようになっている三重ヘリックスでできているのが強さの秘密です。種類によってアミノ酸組成などが異なりますが，グリシン（Gly）を周期的に含み，プロリン（Pro）やヒドロキシプロリン（Hyp）も特徴的に含まれます。


 1bkv（コラーゲン様モデルペプチド T3-785）
7cwk（ヒトのコラーゲンtype I）
8k4wのChain A・B・C（ヒトのコラーゲンtype I）
1cag（コラーゲン様ペプチド）
バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
Gly選択　Pro選択　ヒドロキシPro選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色
濃赤　濃青　緑　ピンク　濃ピンク　橙　紫

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）#
 水素結合（太）　OFF
　
　
背景・黒　灰　白　紺


●：Gly　●：Pro　●：ヒドロキシPro
参考：1BKVのアミノ酸配列；3残基ごとに改行
着色はアミノ色，およびHyp（ヒドロキシPro）
※Sequence：PXGPXGPXGITGARGLAGPXGPXGPXGPXG（Chain A・B・C共通）
FASTA配列は PPGPPGPPGITGARGLAGPPGPPGPPGPPG
Pro Hyp Gly
Pro Hyp Gly
Pro Hyp Gly
Ile Thr Gly
Ala Arg Gly
Leu Ala Gly
Pro Hyp Gly
Pro Hyp Gly
Pro Hyp Gly
Pro Hyp Gly
コラーゲン様モデルペプチド T3-785の例 1bkv

参考：7CWKのアミノ酸配列；3残基ごとに改行
着色は有機概念図I/O値順（特性基 R）
FASTA配列は XPPGPPGPPGQRGERGFPGPPGPPGPPG
（Chain A〜L共通〈上掲データはChain A・B・C〉でこの配列が各Chainでそれぞれ10回ほど繰り返し）

●：Gly　●：Pro　●：ヒドロキシPro
参考：7CWKのアミノ酸配列；3残基ごとに改行
着色は有機概念図I/O値順（特性基 R）
FASTA配列は XPPGPPGPPGQRGERGFPGPPGPPGPPG（Chain A・B・C共通）
   
X
Pro Pro Gly
Pro Pro Gly
Pro Pro Gly
Gln Arg Gly
Glu Arg Gly
Phe Pro Gly
Pro Pro Gly
Pro Pro Gly
Pro Pro Gly
ヒトのコラーゲンtype Iの例 7cwk

参考：8K4Wのアミノ酸配列；3残基ごとに改行
着色は有機概念図I/O値順（特性基 R）
FASTA配列は XPPGPPGPPGQRGERGFPGPPGPPGPPG
（Chain A〜L共通〈上掲データはChain A・B・C〉でこの配列が各Chainでそれぞれ10回ほど繰り返し）
Pro Pro Gly
Pro Pro Gly
Pro Pro Gly
Ala Arg Gly
Glu Arg Gly
Phe Pro Gly
Glu Arg Gly
Pro Pro Gly
Pro Pro Gly
Pro Pro Gly
ヒトのコラーゲンtype Iの例 8k4w

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