◆ Jmol版「分子の学習帳」 ◆


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※Windows では Windows 版 Java Runtime Environment (JRE)のインストール〔手動〕が必要です。
[TOPIC] この度，本コンテンツ群作成の業績により2007年度の日本コンピュータ化学会学会賞を受賞いたしました。

  
関連論文（J-STAGE版および学会サーバHTML版）の電子付録図Fig_a1.gif（左）とFig_a2.gif（右）の縮小版；PDBデータ1fc1より

[お知らせ] Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11およびFirefox（バージョン51以前）で閲覧できます。 → 一時Jmolコンテンツが各サイトで表示できなくなりましたが，本サイトではJmol 14.4.0 2015-10-17版に更新して表示可能になりました（さらに同2015-10-20版にアップしました）。 [NEW!]
[お知らせ] 2015年のGoogle ChromeのアップデートでJavaが無効化され，Jmolが表示できなくなります（こちらを参照）。Chrome以外のブラウザをご利用ください。
[お知らせ] Javaバージョンの関係でJmol分子が表示されない場合はこちらで最新版をインストールしてください。
[お知らせ] 2014年1月のJavaバージョンアップへの対応でJmolアプレットをver.14.0.4に更新しました！ なお旧アプレットのままの国内外のJmol利用ページ（MolviZ.Orgなど）では分子表示ができなくなっていますのでご注意ください。アプレット更新についてはJmol Wiki - Files DescriptionおよびJmol Applet/ja（和訳者に深謝）をご参照ください（特にJmol.jsについて）。
[お知らせ] 2012/12/14，Jmolアプレットをver.13.0.10に更新しました!!
[お知らせ] 2012/06/27，Jmolアプレットをver.12.2.32に更新しました（機能が追加され表示変更メニューが日本語に）。
[お知らせ] 2010/03/26，「分子の科学」（放送大学 2010〜，Jmol版補助教材）を公開しました。
[お知らせ] Windows版FirefoxでJmolなどJavaが動作しない場合はこちらをご参照ください。
[お知らせ] カスタマイズ版Jmolにより約3000の分子データを参照できる「パソコンで見る動く分子事典 Windows Vista対応版 DVD-ROM付」（講談社ブルーバックス）が発刊されました!!
[注意] 本学習帳で利用している分子データ（MDL MOL形式とPDB形式の一部）は本サイト作成者が著作権を有しています。また，Protein Data Bankおよび理化学研究所の登録データ転載については教育目的の利用ということで管理機関からの承諾を得ています。何れも無断で転用等はできません。ただし，各コンテンツで独自に作成した画像については，引用元を明記すれば商用目的以外に限り利用可能です。

JmolによるPDBデータ表示例
※初期表示は1f88 Chain Aのアニメーション表示 → loopアニメ版

1f88のChain A　※参考：生体分子模型Kawakami Model（ウシロドプシンPDB 3PQR）
1a02のChain F・J＋DNA　※Leucine Zipperの例
1iu6*（D2O）　※中性子回折による
バックボーン　二次構造　｜　DNA/RNA（ATGCU）
全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　リガンド選択
（*印のみ）
 空間充填　球棒　球80％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
 水素結合（太）　OFF
　
　
背景・黒　灰　白　紺

※amino表示の凡例
ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR
ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
＝ 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 ＝
※酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR
ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
※極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG
HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
※疎水性インデックス順
ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP
SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
※有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS
TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
※等電点順
ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP
VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG
# アミノ酸のコンホメーション選択性参照。


1f88のChain A（による表示）

放送大学「分子の科学」（2010）補助教材の使い方（slideboom版）
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※Jmolの使い方


参考：Jmol ver.11で追加された分子表面表示のメニュー


1a02（Leucine Zipperの例）の表示変更により作成したアニメーション
※Chimeでは静電・新油ポテンシャル表示が可能であるが，Jmolではタンパク質を上のように色分け表示することで，ある程度の分子情報表示可能

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ 「分子の形と性質」学習帳（Chime版）

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