◆ ミトコンドリア関連生体分子のSITE例 ◆
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PDBsumのLigand-SITE情報と有機性・無機性
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金属原子を含む生体分子のSITEデータ集
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※関連データ:
古細菌
,
光合成
,
窒素から見る生命の世界
1e79
(ATP合成酵素 F1部分;ウシミトコンドリア由来)
1qo1
(ATP合成酵素;パン酵母由来〈α炭素のみ〉)
PDBsumデータ
1e79_ADP
(ATP合成酵素;F1部分) →
今月の分子 No. 72
PDBsumデータ
2b3y_SF4
(アコニターゼ) →
今月の分子 No. 89
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鉄硫黄クラスター
PDBsumデータ
1oco_HEA-CMO
(チトクロムc酸化酵素;CO結合状態)
9z2d
のChain A・B(阻害剤uciが結合したミトコンドリアクレアチンキナーゼ,
cif→pdb変換
) 同PDBsumデータ
9z2d_lp
$
[
CKMT2 - Wikipedia
]
バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
($印のみ)
空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(
αヘリックス
・
βストランド
)
ヒトの必須・非必須区別
水素結合表示
背景・黒 灰 白 紺
《 今後もデータを追加します 》
阻害剤uciが結合したミトコンドリアクレアチンキナーゼ
9z2d
のChain A・BとPDBsumデータ
【参考】
ニック・レーン 著,斉藤隆央 訳,「ミトコンドリアが進化を決めた」,みすず書房(2007)
同じ著書・訳者による別書籍について:
ニック・レーン 著,斉藤隆央 訳,「生命は変換の環である 生・死・再生のディープケミストリー」,みすず書房(2026)
[NEW!]
太田成男ほか 編著,「NHKサイエンスZERO ミトコンドリアの新常識」,NHK出版(2011)
呼吸鎖 - 電子伝達系と酸化的リン酸化 ミトコンドリア
(
福岡大学大学院理学研究科化学専攻機能生物化学研究室
)
ミトコンドリア - Wikipedia
LSDシソーラス: ミトコンドリア
今月の分子 - ATP合成酵素(PDBj)
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アコニターゼと鉄制御蛋白質1
|
シトクロムc酸化酵素
最近の研究例・トピックなど
Uncompetitive Allosteric Inhibitor of Mitochondrial Creatine Kinase Prevents Binding and Release of Creatine by Stabilization of Loop Closure(bioRxiv,2026/01/08)
[NEW!]
※2026/01/28公開9z2d(上掲)・9z2f
今週のハイライト: 老化の軸となるテロメア/ミトコンドリア(Nature,2011/02/17)
爆笑問題のニッポンの教養 | FILE135:「ミトコンドリアで若返れ!」(NHK,2011/01/18放映)
日本医科大学大学院・太田成男研究室
Togetter - NHK爆笑問題のニッポンの教養「ミトコンドリアで若返れ!」(2011/01/18放映)
ミトコンドリアの機能不全により脱髄がおこることを発見(京都大学,2011/01/07)
植物が持つ2つのイソプレノイド生合成経路の制御機構を発見 ―ミトコンドリアで働くタンパク質が、葉緑体と細胞質における生合成を制御―(理研,2009/12/21)
サイエンスZERO「健康のカギをにぎる!?ミトコンドリアの新常識」(NHK,2009/11/07放映)
Googleによる“ATP Synthase”動画検索結果
YouTube動画例:
grt video of atp synthase
(
制作者サイト
)
「生活環境化学の部屋」ホームページ
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Jmol版「分子の学習帳」
|
Chime版「分子の学習帳」