p.79 図8 p.66 ほか 呼吸鎖の複合体I：4heaのChain 1-H（呼吸鎖の複合体I）　同リガンドのみ　FMN（フラビンモノヌクレオチド）選択　FMN・鉄硫黄クラスター選択　同PDBsumデータ4hea_FMN$　同4hea_SF4 [501(1)]$
※参考（呼吸鎖複合体Iとの比較を示した研究例から）：5xf9のChain A-D（NAD⁺還元[NiFe]ヒドロゲナーゼ；air-oxidized state）　同リガンドのみ　同5xf9_Ni$ ｜ 5xfaのChain A-D（NAD⁺還元[NiFe]ヒドロゲナーゼ；H²-reduced state）　同リガンドのみ　同5xfa_Ni$
p.85 図10 p.68 ほか ATP合成酵素：1e79（ATP合成酵素；F1部分）　同PDBsumデータ1e79_ATP$　同PDBsumデータ1e79_ADP$
p.121 図11 p.108 ほか 鉄硫黄鉱物と鉄硫黄クラスター：Fe₂S₂・Fe₄S₄・Fe₃S₄（以上2wqyより），Fe₈S₇（3minより），黄鉄鉱（pyrite）部分構造の同時表示
p.225 図26　核膜孔：5ijoの208量体（Chain A-Z×8，α炭素のみ；核膜孔複合体 ）
p.233 図27　スプライソソーム：5mqf（スプライソソーム）
p.275 図31　呼吸鎖の複合体III：5gupのChain u-9（呼吸鎖の複合体III）　鉄硫黄クラスター（FESのみ）選択
※呼吸鎖複合体IIの構造例：1zoy
p.25 ほか多数　グルコース（ブドウ糖）：α-D-グルコース（α-D-glucose）　→ 分子の科学（第10章）：多彩な炭水化物分子と分子認識の話
p.42　CHNOPS元素：代表的な生体分子　→ 生体分子の構成元素
p.43 ほか　ピルビン酸：ピルビン酸（pyruvic acid）
p.45 ほか多数　NADH：NADH
p.53 オルニチン：オルニチン（ornithine）　→ アミノ酸
p.58 ほか　アセチルCoA：アセチルCoA^&
p.78 ほか　ルビスコ（Rubisco）：ルビスコの例 1geh（古細菌ルビスコ）　→ Jmolトピック
p.109 ほか多数　NADPH：NADPH^&
p.223　マラリア原虫：マラリア原虫PTEXの中心部分6e10（α炭素のみ）　→ Jmolトピック
p.268 ほか　インスリン：インスリン構造例 1wavのChain A・B（牛インスリン）