タンパク質中の20種類のアミノ酸(初期表示はアラニン)
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性とコンホメーション選択性
参考:アミノ酸および特性基の親水性・疎水性(特性基 R のI/O値順)
【参考】20種のアミノ酸をI/O値順に結合させたポリペプチドのα-ヘリックス構造
hydropathy index順に示したアミノ酸(上段の左から右へ昇順) → 生体分子と水素結合
※構成元素は,H,C,N,O,S の5種類
※参考:秀丸マクロamino_bcaa.mac(BCAAのIle・Val・LeuおよびCysの区別とカウント)
→ 簡略版(コンホメーション選択性除く) | 別版(特性基 R のI/O値順) ‖ PDB部分データリスト/別版 ←
※1文字アミノ酸記号の欄の色はamino色(Jmol,RasMol共通)
※hydropathy indexは以下を参照;Kyte and Doolittle, J. Mol. Biol., 157, 105-132(1982)
アミノ酸
分子式
CAS番号
疎水性
インデックス log P
酸性・塩基性
極性・非極性
等電点
コンホメーション
選択性
Arg
R
アルギニン
H2N(=NH)NHC3H6CCH(NH2)COOH
74-79-3
-4.5
-4.20
塩基性
極性(塩基性)
10.76
α
Lys
K
リシン
H2N(CH2)4CH(NH2)COOH
56-87-1
-3.9
-3.05
塩基性
極性(塩基性)
9.74
α
Asp
D
アスパラギン酸
HOOCCH2CH(NH2)COOH
56-84-8
-3.5
-3.89
酸性
極性(酸性)
2.77
−
Asn
N
アスパラギン
H2NCOCH2CH(NH2)COOH
70-47-3
-3.5
-3.82
中性
極性(中性)
5.41
−
Glu
E
グルタミン酸
HOOCCH2CH2CH(NH2)COOH
56-86-0
-3.5
-3.69
酸性
極性(酸性)
3.22
α
Gln
Q
グルタミン
H2NCO-CH2CH2CH(NH2)COOH
56-85-9
-3.5
-3.64
中性
極性(中性)
5.65
α
His
H
ヒスチジン
H2NCH[CH2(C3H3N2)]COOH
71-00-1
-3.2
-3.32
塩基性
極性(塩基性)
7.59
α
Pro
P
プロリン
(C4H8N)-COOH
147-85-3
-1.6
-2.54
中性
非極性(疎水性)
6.30
−
Tyr
Y
チロシン
HO(C6H4)CH2CH(NH2)COOH
60-18-4
-1.3
-2.26
中性
極性(中性)
5.66
β
Trp
W
トリプトファン
(C8H6N)-CH2CH(NH2)COOH
73-22-3
-0.9
-1.05
中性
非極性(疎水性)
5.89
β
Ser
S
セリン
HOCH2CH(NH2)COOH
56-45-1
-0.8
-3.07
中性
極性(中性)
5.68
−
Thr
T
トレオニン
CH3CH(OH)CH(NH2)COOH
72-19-5
-0.7
-2.94
中性
極性(中性)
6.16
β
Gly
G
グリシン
H2NCH2COOH
56-40-6
-0.4
-3.21
中性
非極性(疎水性)
5.97
−
Ala
A
アラニン
CH3CH(NH2)COOH
56-41-7
1.8
-2.85
中性
非極性(疎水性)
6.00
α
Met
M
メチオニン
CH3SCH2CH2CH(NH2)COOH
63-68-3
1.9
-1.87
中性
非極性(疎水性)
5.74
α
Cys
C
システイン
HSCH2CH(NH2)COOH
52-90-4
2.5
-2.49
中性
極性(中性)
5.07
β
Phe
F
フェニルアラニン
(C6H5)CH2CH(NH2)COOH
63-91-2
2.8
-1.38
中性
非極性(疎水性)
5.48
β
Leu
L
ロイシン
(CH3)2CHCH2CH(NH2)COOH
61-90-5
3.8
-1.52
中性
非極性(疎水性)
5.98
α
Val
V
バリン
(CH3)2CHCH(NH2)COOH
72-18-4
4.2
-2.26
中性
非極性(疎水性)
5.96
β
Ile
I
イソロイシン
C2H5CH(CH3)CH(NH2)COOH
73-32-5
4.5
-1.70
中性
非極性(疎水性)
6.02
β
※log PはOn-Line Log P Calculation掲載の実験値
※極性・非極性はChimeのProtein選択様式と関連(参考ページ)
※アミノ酸のコンホメーション選択性は以下による;From Sequence to Structure [PDF],p.18
《参考》分子と分子の相互作用(QSARと有機概念図から)〔特性基RのI・O値を用いた計算例:1ereのSITE表示と有機概念図計算〕
《参考》1文字アミノ酸配列から各種HTMLデータを作成する秀丸マクロ
疎水性インデックス(hydropathy index)のグラフ
→ 有機概念図簡易計算機 ←
% 宮田隆,「分子からみた生物進化 DNAが明かす生物の歴史」,p.89,講談社ブルーバックス(2014) より。
アミノ酸
特性基 R
hydropathy
indexlog P
酸性・塩基性
極性・非極性
Cleftの分類
等電点
必須・非必須
(ヒト)
O
I
I/O
Ile
I
イソロイシン
80
0
0
4.5
5.2
-1.70
中性
非極性(疎水性)
Aliphatic
6.02
必須
Leu
L
ロイシン
70
0
0
3.8
4.9
-1.52
中性
非極性(疎水性)
Aliphatic
5.98
必須
Val
V
バリン
50
0
0
4.2
5.9
-2.26
中性
非極性(疎水性)
Aliphatic
5.96
必須
Ala
A
アラニン
20
0
0
1.8
8.1
-2.85
中性
非極性(疎水性)
Aliphatic
6.00
非必須
Phe
F
フェニルアラニン
140
15
0.107
2.8
5.2
-1.38
中性
非極性(疎水性)
Aromatic
5.48
必須
Pro
P
プロリン
60
10
0.167
-1.6
8.0
-2.54
中性
非極性(疎水性)
Pro & Gly
6.30
非必須
Met
M
メチオニン
100
20
0.200
1.9
5.7
-1.87
中性
非極性(疎水性)
Aliphatic
5.74
必須
Cys
C
システイン
60
20
0.333
2.5
5.5
-2.49
中性
極性(中性)
Cysteine
5.07
非必須
Trp
W
トリプトファン
180
130
0.722
-0.9
5.4
-1.05
中性
非極性(疎水性)
Aromatic
5.89
必須
Tyr
Y
チロシン
140
115
0.821
-1.3
6.2
-2.26
中性
極性(中性)
Aromatic
5.66
非必須
Lys
K
リシン
80
70
0.875
-3.9
11.3
-3.05
塩基性
極性(塩基性)
Positive
9.74
必須
Gly
G
グリシン
0
0
−
-0.4
9.0
-3.21
中性
非極性(疎水性)
Pro & Gly
5.97
非必須
His
H
ヒスチジン
80
152
1.900
-3.2
10.4
-3.32
塩基性
極性(塩基性)
Positive
7.59
必須
Arg
R
アルギニン
80
190
2.375
-4.5
10.5
-4.20
塩基性
極性(塩基性)
Positive
10.76
準必須
Thr
T
トレオニン
40
100
2.500
-0.7
8.6
-2.94
中性
極性(中性)
Neutral
6.16
必須
Glu
E
グルタミン酸
60
150
2.500
-3.5
12.3
-3.69
酸性
極性(酸性)
Negative
3.22
非必須
Gln
Q
グルタミン
60
200
3.333
-3.5
10.5
-3.64
中性
極性(中性)
Neutral
5.65
非必須
Asp
D
アスパラギン酸
40
150
3.750
-3.5
13.0
-3.89
酸性
極性(酸性)
Negative
2.77
非必須
Ser
S
セリン
20
100
5.000
-0.8
9.2
-3.07
中性
極性(中性)
Neutral
5.68
非必須
Asn
N
アスパラギン
40
200
5.000
-3.5
11.6
-3.82
中性
極性(中性)
Neutral
5.41
非必須
有機概念図のI/O値順に並べたアミノ酸(有機概念図簡易計算機,Log Pをポケットに!参照)
アミノ酸残基の極性%とI'/O'値の比較(マークの色はI'/O'値順;Glyを除く)
ヒトの必須・準必須(色やや薄目)・非必須(色薄目)アミノ酸の区別
H-IleLeuValAlaPheProMetCysTrpTyrLysGlyHisArgThrGluGlnAspSerAsn-OH
アミノ酸残基のhydropathy indexとI'/O'値の比較(Glyを除く)
芳香族アミノ酸(Phe,Tyr,Trp);上表の酸性・中性・塩基性区別表示における中性のうち芳香族アミノ酸は黄緑色で表示される.
※参考雑誌記事:青木康展,『ベンゼンはなぜ動物には有害か ─毒性研究を広く自然界を見渡して考える』,科学,2007年9月号,pp.986-989
…p.987の「動物のフェニル基は植物に依存している」に関連して(親油ポテンシャル表示はChime版でのみ可能);関連資料1・2
参考:What is a Protein? - YouTube ※旧版
参考:The flyer What is a Protein? (RCSB PDB) [PDF]
※数研出版「フォトサイエンス生物図録」,同「チャート式 新化学」,講談社ブルーバックス「動く分子事典」p.256なども参照。
●ニュース