◆ 「亀-C-C-N」構造をもつ脳内物質のSITE例 ◆
旧版PDBsumのLigand-SITE情報と有機性・無機性に戻る ←

  


アドレナリンノルアドレナリンドーパミン/ドパミンアセチルコリン*セロトニンメラトニンエルゴタミンパロキセチン*
フェニルプロパノールアミンメタンフェタミンMDMA(R)-ケタミン*
* 「亀-C-C-N」構造を持たない参考データ

初期表示は4a7u_ALE(アドレナリン;I/O値順(特性基 R)着色
バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 リガンド中N選択 HB選択
空間充填 球棒 球10% 球30% 球60% スティック(太) 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色 ‖ 濃赤  濃ピンク 
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示  
背景・黒 灰 白 
◆アドレナリン ※I/O = 2.139
2hkk_ALE(炭酸脱水酵素) I'/O' = 1.708
4a7u_ALE(スーパーオキシドジスムターゼ1,SOD1) I'/O' = 2.379
4ldo_ALE(β2アドレナリン受容体) I'/O' = 1.500 →
GPCR
◆ノルアドレナリン ※I/O = 2.406
2qeo_LNR(D7タンパク質D7r4;マラリア蚊) I'/O' = 1.017
3dye_LNR(D7タンパク質AeD7;マラリア蚊) I'/O' = 1.096
3hcd_LNR(アドレナリン合成酵素PNMT) I'/O' = 1.305
4pah_LNR(フェニルアラニンヒドロキシラーゼ) (I'/O' = 1.203) ※水2原子とFe 1原子含む
◆ドーパミン(ドパミン) ※I/O = 1.781
2a3r_LDP I'/O' = 0.868
◆アセチルコリン ※「亀-C-C-N」構造は有しません;I/O = 3.286
2ha4_ACH I'/O' = 0.574
◆セロトニン ※I/O = 1.500
3adv_SRO I'/O' = 0.740
3q6k_SRO I'/O' = 0.807
◆メラトニン ※I/O = 1.346
2qx4_ML1-FAD(FAD含む) (I'/O' = 0.281) …FAD除くアミノ酸残基のみ メラトニン選択 メラトニン中N選択
◆エルゴタミン ※I/O = 1.200
4iar_ERM I'/O' = 0.700
4ib4_ERM I'/O' = 0.864
4nc3_ERM I'/O' = 0.991
※参考:エルゴタミン(MDL MOL形式)
◆パロキセチン(SSRIの例) ※「亀-C-C-C-N」構造;I/O = 0.481
4l9i_8PR I'/O' = 1.151
◆フェニルプロパノールアミン(PPA) ※I/O = 1.028
3u8q_NPU I'/O' = 1.543
◆メタンフェタミン ※I/O = 0.425
3gkz_B40 I'/O' = 0.861
◆シロシビン(サイロシビン) ※I/O = 3.596
8qxq(シロシビン〈サイロシビン〉が結合したシロシビンシンターゼPsiM) X8Q(シロシビン)選択 同PDBsumデータ8qxq_lp(A・B座標のうちA) (I'/O' = 0.955) | シロシビン(サイロシビン,psilocybin)
◆MDMA ※I/O = 0.614
3gm0_B41 I'/O' = 0.861
◆ケタミン ※「亀-C-N」構造;I/O = 0.567
4f8h_RKE((R)-ケタミン) I'/O' = 1.167

◆L-DOPA〈参考〉 ※パーキンソン病治療薬;ドーパミン,ノルアドレナリン,アドレナリンの前駆体;I/O = 2.417
8j8l_DAH(L-DOPA) I'/O' = 0.539 | L-DOPA(L-ドーパ,レボドパ) →
分子モデルで見るノーベル賞Jmolトピック



アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


    
「亀-C-C-N」構造例:左から メチルフェニデート,セロトニン,L-ドーパ → Jmolトピック


アドレナリンが結合したデータのPDBsumデータ:4a7u2hkk4ldoの比較


ノルアドレナリンが結合したデータのPDBsumデータ:2qeo3dye3hcd4ldo4pahの比較
    
[左]ノルアドレナリン(noradrenaline,PuzMolによる) [中]同(Jmol形式)
[右]フェニルエタノールアミン-N-メチルトランスフェラーゼ 3hcd(Chain A)とAlphaFill構造 P11086のPDBsumデータ
  
[左]AlphaFill構造 P11086の回転画像(空間充填表示が無秩序・非構造化領域)
[右]PyMOLによる3hcdのChain AとAlphaFill構造 P11086の重ね合わせ → AlphaFold構造データ集


セロトニン結合したデータのPDBsumデータ:3adv3q6k

  
[左・中]メラトニンが結合したキノンレダクターゼ2 2e2rおよびAlphaFill構造 P16083のPDBsumデータ → PDBsumサイトで入手したAlphaFold構造
[右]PyMOLによる2e2rのChain AとAlphaFill構造 P16083の重ね合わせ


エルゴタミンが結合したデータのPDBsumデータ(「亀-C-C-N」構造が3か所):3dye4iar4ib44nc3の比較


2件の研究による5-HT3A受容体のPDBsumデータ;左から5データはセロトニン(「亀-C-C-N」構造あり)結合,右端はトロピセトロン(tropisetron)結合 → Jmolトピック

  
[左]シロシビン(サイロシビン,psilocybin) [中・右]シロシビン(サイロシビン)が結合したシロシビンシンターゼPsiM 8qxqとそのPDBsumデータ





(-)-アドレナリンの受容体との結合
※参考文献:山川ほか「メディシナルケミストリー 第5版」(講談社)p.25,野崎ほか「創薬化学」(化学同人)p.49


「生活環境化学の部屋」ホームページJmol版「分子の学習帳」Chime版「分子の学習帳」