◆ HIVとエイズ ◆
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[TOPIC] HTLV-1情報(Jmol版)
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プロテアーゼ阻害剤関連核酸系/非核酸系逆転写酵素阻害剤関連,インテグラーゼ阻害剤関連その他
詳細情報参考資料
Jmolトピック(2017/10/11)


●プロテアーゼ阻害剤関連

バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 DNA選択 DNA/RNA backbone選択
(*印のみ) HB選択($印のみ)
空間充填 球棒 球10% 球30% 球60% スティック(太) 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色 ‖ 濃赤  濃ピンク 
糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示S-S結合表示  
背景・黒 灰 白 
 Chain選択: A B C D E F G H I J K L M N O P
◆プロテアーゼ阻害剤関連
1aid〈C23H27ClFNOS2(プロテアーゼ阻害剤)〉
1hpx*〈KNI-272(プロテアーゼ阻害剤)〉
1hsg〈インジナビル/indinavir/IDV(プロテアーゼ阻害剤)〉 | インジナビル/(indinavir)
1hxb〈サキナビル/saquinavir/SQV(プロテアーゼ阻害剤)〉
1hxw〈リトナビル/ritonavir/RTV(プロテアーゼ阻害剤)〉 同PDBsumデータ 1hxw_RIT$
1msm〈KNI-764(プロテアーゼ阻害剤)〉
1mui〈ロピナビル/lopinavir/LPV(プロテアーゼ阻害剤);lopinavirは座標2種のうちAのみ〉
1ohr〈メシル酸ネルフィナビル/nelfinavir mesylate/NFV(プロテアーゼ阻害剤)〉
1rl8〈リトナビル/ritonavir/RTV(プロテアーゼ阻害剤)〉
2aqu*〈アタザナビル/atazanavir/ATV(プロテアーゼ阻害剤);atazanavirは座標2種のうちAのみ〉
2f8g〈ダルナビル/darunabir/TMC-114(プロテアーゼ阻害剤);TMC-114は座標2種のうちAのみ〉
2fgv〈サキナビル/saquinavir/SQV(プロテアーゼ阻害剤)〉
2hc0*〈AB-2(プロテアーゼ阻害剤);リガンド・水分子は座標2種のうちAのみ〉
2i4d〈GS-8373(プロテアーゼ阻害剤)〉
2i4u〈TMC-126(プロテアーゼ阻害剤)〉
2i4w〈GS-8374(プロテアーゼ阻害剤)〉
2j9j*〈JG-365(プロテアーゼ阻害剤);阻害剤の複数座標混在〉
2j9k〈MVT-101(プロテアーゼ阻害剤);B鎖NLEの複数座標混在〉
2qci〈GRL-98065(プロテアーゼ阻害剤);A鎖Arg8ほか,B鎖Lys107ほか,GRL-98065は座標2種のうちAのみ〉
2o4p〈チプラナビル/tipranavir/TPV(プロテアーゼ阻害剤)〉
2p3a〈TL-3(プロテアーゼ阻害剤);リガンドは座標2種のうちAのみ〉
2pk5〈KNI-10075(プロテアーゼ阻害剤);リガンドは座標2種のうちAのみ〉
2pk6〈KNI-10033(プロテアーゼ阻害剤);リガンドは座標2種のうちAのみ〉
2psu〈CARB-AD37(プロテアーゼ阻害剤)〉
2psv〈CARB-KB45(プロテアーゼ阻害剤)〉
2pym〈ネルフィナビル/nelfinavir/NFV(プロテアーゼ阻害剤)〉
2qnn*〈ピロリジン誘導体の例(プロテアーゼ阻害剤);リガンドは座標2種のうちAのみ〉
2zye*〈KNI-272(プロテアーゼ阻害剤);中性子回折データ〉 KNI(KNI-272)選択 D(重水素)選択 ※PDBsumデータ集参照
3a07(抗HIVタンパク質アクチノヒビン) 同Chain A
3bhe〈“three armed pyrrolidine derivative”(プロテアーゼ阻害剤)〉
3cyw〈ダルナビル/darunabir/TMC-114(プロテアーゼ阻害剤);darunavirおよび近傍アミノ酸は座標2種のうちAのみ〉
3dk1〈GRL-0105A(プロテアーゼ阻害剤);リガンドは座標2種のうちAのみ〉
3ekv〈アンプレナビル/amprenavir(プロテアーゼ阻害剤)〉
3ggt〈ダルナビル/darunabir(プロテアーゼ阻害剤);リガンドは座標2種のうちAのみ〉
3h5b〈GRL-02031(プロテアーゼ阻害剤);リガンドは座標3種のうちAのみ〉



アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


●核酸系/非核酸系逆転写酵素阻害剤関連,インテグラーゼ阻害剤関連

バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 DNA選択 DNA/RNA backbone選択
(*印のみ) HB選択($印のみ)
空間充填 球棒 球10% 球30% 球60% スティック(太) 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色 ‖ 濃赤  濃ピンク 
糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示S-S結合表示  
背景・黒 灰 白 
 Chain選択: A B C D E F G H I J K L M N O P
◆核酸系逆転写酵素阻害剤関連
1n5yのChain A・P・T〈ジドブジン/zidovudine monophosphate/ZDVMP(核酸系逆転写酵素阻害剤)〉
1t03のChain A・P・T〈テノホビル/tenofovir/TDF(核酸系逆転写酵素阻害剤)〉
◆非核酸系逆転写酵素阻害剤関連
1fk9のChain A〈エファビレンツ/efavirenz/EFV(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉
1lwcのChain A〈ネビラピン/nevirapine/NVP(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉
2ic3*〈HBY 097(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉
2opp*〈GW420867X(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉
2rki〈非核酸系逆転写酵素阻害剤〉
2vg5*〈チオカルバメート系非核酸系逆転写酵素阻害剤〉
2won〈UK-453061(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉
2zd1〈リルピビリン/リルピヴィリン/rilpivirine/TMC-278(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉
3c6t〈非核酸系逆転写酵素阻害剤〉
3dle〈GF128590(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉
3dlg〈GW564511(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉
3dok*〈GW678248(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉
3dol〈GW695634(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉
3drp〈MK-4965(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉
3dya〈ピラゾール系(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉
◆インテグラーゼ阻害剤関連
1a5v*〈Y3(インテグラーゼ阻害剤)〉
1qs4のChain A〈5CITEP(インテグラーゼ阻害剤)〉(Web資料[PDF]参照)3l2t*〈ラルテグラビル/raltegravir/MK-0518(インテグラーゼ阻害剤);インテグラーゼはプロトタイプ泡沫状ウイルス由来〉
3l2u〈エルビテグラビル〔エルビテグラビア〕/elvitegravir/GS-9137/JTK-303(インテグラーゼ阻害剤);インテグラーゼはプロトタイプ泡沫状ウイルス由来〉 [国内では2013年3月承認] ELV(elvitegravir)選択
3s3m〈ドルテグラビル/dolutegravir(インテグラーゼ阻害剤;プロトタイプフォーミーウイルス(PFV)のインテグラーゼとDNAに結合)〉 | 同Chain A | 同PDBsumデータ 3s3m_DLU$ → Jmolトピック
◆カプシド(キャプシド)阻害剤関連
6v2fのChain A〈lenacapavir/GS-6207(カプシド阻害剤;HIV-1カプシドに結合)〉 同PDBsumデータ6v2f_QNG[300(A)]$ → Jmolトピック


●その他

バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 DNA選択 DNA/RNA backbone選択
(*印のみ) HB選択($印のみ)
空間充填 球棒 球10% 球30% 球60% スティック(太) 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色 ‖ 濃赤  濃ピンク 
糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示S-S結合表示  
背景・黒 灰 白 
 Chain選択: A B C D E F G H I J K L M N O P
◆その他
2i5j*〈DHBNH(逆転写酵素の一部であるリボヌクレアーゼH阻害剤)〉
4mbsのChain A〈マラビロク/maraviroc(ケモカイン受容体CCR5阻害剤)〉 同PDBsumデータ 4mbs_MRV$ MRV(マラビロク)選択 [CCR5 - WikipediaMaraviroc - Wikipedia[NEW!;Scientist記事(2013/09/12)参照]

◆グリッドコンピューティングによるHIV関連治療薬候補探索で用いられたタンパク質
HIV-1 Protease1a30
HIV Integrase1hyv
HIV gp411czq
HIV gp1201g9m

 Find-a-Drug: Projects - HIV(現在終了;Team Japan HIVWorld Community Grid [日本語版]参照)で用いられたタンパク質

◆その他の参考データ
1a8kのChain A-C 〔プロテアーゼ〕
1u04* 〔アルゴノート(argonaute)〕
1zlw# 〔抗体2G12〕
2bf1# 〔SIV由来の非結合型gp120〕
2cmr 〔gp41,中和抗体〕
2exfのModel 1 〔ヌクレオカプシド NCp7,DNA〕
2i5yのChain G・H・L・M# 〔gp120,CD4〕
2jzwのModel 1 〔HIV-1,ヌクレオカプシド NCp7,逆転写,DNA〕
2nxy# 〔gp120,CD4,抗体17b〕
2oiy 〔RNA〕
2qad# スルホチロシン(Tys)選択 〔HIV-1,gp120,CD4,CCR5,抗体412d〕
2qsc*# 〔抗HIV-1抗体,gp120〕
2rll スルホチロシン(Tys)選択 〔HIV-1,CCR5 N末端〕
3c3z* 〔HIV-1,二本鎖RNA,リボスタマイシン(アミノグリコシド系抗生物質)〕
3c44* 〔HIV-1,二本鎖RNA,パロモマイシン(アミノグリコシド系抗生物質)〕
3c5d* 〔HIV-1,二本鎖RNA,リビドマイシン(アミノグリコシド系抗生物質)〕
3c7r* 〔HIV-1,二本鎖RNA,ネオマイシン(アミノグリコシド系抗生物質)〕
3dvv* 〔HIV-1ゲノムRNA,二本鎖RNA,リボスタマイシン〕
3gut 〔転写因子p65(ACEG鎖,ヒト),NF-κB(BDFH鎖,ヒト),HIV-1 LTR(IJXY鎖)〕
3p05 〔HIV-1,カプシド〕


= HIVとエイズの詳細情報 =



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抗HIV薬ネルフィナビルを含むPDBsumデータ1ohrより


  
阻害剤KNI-272結合HIV-1プロテアーゼの中性子構造解析データ2zye
〔左上〕全体構造,〔左下〕PDBsumデータ2zye_KNIにH・D原子追加(トピックス分子で参照可),〔右〕下記資料図2の該当部分
日本原子力研究開発機構:プレス発表(2009/05/10)参照




グラフ1 国内におけるHIV感染者数の推移(年齢階級別)
※データ引用:
平成16年エイズ発生動向年報(厚生労働省,2005/04/25)Excelデータ
※最新データ:平成20(2008)年エイズ発生動向年報(エイズ動向委員会,2009/06/17)平成18年年報2009/02/18版xlsデータ
※他サイトのグラフ例(社会実情データ図録より):世界の状況HIV感染者・エイズ患者報告数推移都道府県別HIV感染者・エイズ患者数(2004年)


参考 多剤併用療法(HAART)の例 → Jmol版/エイズ薬の例
※吉開泰信 編,「ウイルス・細菌と感染症がわかる」,p.102,羊土社(2004)
※画像は抗HIV薬情報HIV/AIDS先端医療開発センター)より
例1 例2

AZT+3TC+EFV

AZT+3TC+NFV


表1 1970年代以降に出現した主な新興感染症
※以下の文献から主要部分を抜粋して編集
◎感染症:竹田美文・岡部信彦,
「SARSは何を警告しているのか」,岩波ブックレット(2003)
新興感染症
病原微生物 種類 疾病
 1973  ロタウイルス ウイルス 小児の下痢
1977 エボラウイルス ウイルス エボラ出血熱
1977 Legionella pneumophila 細菌 レジオネラ症(在郷軍人病)
1977 ハンタウイルス ウイルス 腎症候性出血熱
1980 HTLV-I ウイルス 成人T細胞白血病
1982 病原性大腸菌O157:H7 細菌 出血性大腸炎,溶血性尿毒症症侯群
1983 HIV ウイルス エイズ
1983 Helicobacter pylori 細菌 胃潰瘍
1988 E型肝炎ウイルス ウイルス E型肝炎
1989 C型肝炎ウイルス ウイルス C型肝炎
1992 Vibrio cholerae O139 細菌 コレラ
1996 牛海綿状脳症プリオン プリオン(タンパク質 変異型クロイツフェルト・ヤコブ病
1997 トリ型インフルエンザウイルス ウイルス インフルエンザ
1998 ニパウイルス ウイルス 脳炎
2002 SARSコロナウイルス ウイルス 肺炎
2004 トリ型インフルエンザウイルス ウイルス インフルエンザ


表2 いろいろなウイルス(DNAウイルスとRNAウイルス)
※以下を編集:吉開泰信 編,
「ウイルス・細菌と感染症がわかる」,p.37,羊土社(2004)
  分類
主なDNAウイルス ポックスウイルス科  
ヘルペスウイルス科 ※鯉ヘルペス
アデノウイルス科  
パピローマウイルス科
(ポリオーマウイルス科も酷似)
子宮頸がん
ヘパドナウイルス科 # B型肝炎
パポバウイルス科  
主なRNAウイルス パラミクソウイルス科 麻疹
オルトミクソウイルス科
(オルソミクソウイルス科)
インフルエンザ
コロナウイルス科 SARS
アレナウイルス科 ラッサ熱
レトロウイルス科 # AIDS
フィロウイルス科  
レオウイルス科 ロタ
ピコルナウイルス科 ポリオ,A型肝炎
カリシウイルス科 ノロ
ラブドウイルス科 狂犬病
フラビウイルス科
(トガウイルス科も酷似)
日本脳炎,ウエストナイル熱,デング熱,C型肝炎
※豚コレラ
ブニヤウイルス科  

# 最近のICTVレポートでは,ヘパドナウイルス科とレトロウイルス科は,『逆転写を行うDNAおよびRNAウイルス』として同じカテゴリに分類されている。




Kawakami Model
開発の川上 勝先生からいただいた3Dプリンタ模型とJmol画像
川上さんの該当ツイート


「生活環境化学の部屋」ホームページJmol版「分子の学習帳」