◆ Jmolで見るトピックス分子（13-5） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。

  1. 『生物の科学　遺伝』，2016年1月号（エヌ・ティー・エス） ｜ 同誌専用ページ ｜ 同誌Facebook　※p.18で環境省レッドリストランクが絶滅危惧II類としてあげられているキキョウ関連分子例等を以下に（何れも記事とは無関係です）。


    （本号より本間が編集委員に加わりました）

    キキョウ由来のサポニン例プラチコン酸A（platyconic acid A）
    		p.18 キキョウ：プラチコン酸A（platyconic acid A；キキョウ由来のサポニン）
    pp.28-33 サンゴ：　サンゴ由来のタンパク質例　4p76（蛍光タンパク質Xpa〈Crystalizable and photo-activatable：クリスパ〉） → 別トピック ｜ 4dxnのChain A（GFP様タンパク質） → 別トピック
    p.62 Toll様受容体： → Toll様受容体
    p.65 クリプトクロム：4gu5のChain A（ショウジョウバエのクリプトクロム）　同PDBsumデータ 4gu5_FAD（Mg含む）$　Trp314・375・420選択 → 別トピック
    ※FAD結合タンパク質研究例から：8xcmのChain A（フルクトースデヒドロゲナーゼ）　同PDBsumデータ 8xcm_FAD$　同PDBsumデータ 8xcm_F3S$　→ 鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    プラチコン酸A（platyconic acid A；キキョウ由来のサポニン）


    ［左］クリプトクロム4gu5のA鎖（左）とそのPDBsumデータ（右）；何れもFAD近傍の3つのTrpを強調表示 → 別トピック

       
    フルクトースデヒドロゲナーゼ8xcmのChain AとそのPDBsumデータ

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. RCSB PDB 2015/12/30 新規公開データより：5bvh CO-bound form of Selenium incorporated nitrogenase MoFe-protein (Av1-Se-CO) from A. vinelandii

    PDBデータ 5bvhのChain A・B（MoFeコファクターにSeを取り込んだニトロゲナーゼ；COが結合）
    ［Nitrogenase - Wikipedia］

    		5bvhのChain A・B（MoFeコファクターにSeを取り込んだニトロゲナーゼ）　ICH（CFe7MoS6Se3）選択　ICS（CFe7MoS9）選択　CLF（Fe8S7）選択　CMO（一酸化炭素）選択　同PDBsumデータ 5bvh_ICH（ホモクエン酸が結合）$
    バックボーン　二次構造

    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    MoFeコファクターにSeを取り込んだニトロゲナーゼ5bvhのChain A・B（左）とそのPDBsumデータ（右；ICHにHCA〈ホモクエン酸〉が結合）

  3. 2016年，あけましておめでとうございます!! [HAPPY NEW YEAR !!]

      

    申年記念分子（実在しません）
    		空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    　
    背景・黒　灰　白　紺

  4. 今月の分子 193: シデロカリン（Siderocalin）（PDBj，2016/01） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    PDBデータ 3cmpのChain A（シデロカリン；シデロフォアのエンテロバクチンが結合）
    ［Siderocalin - Wikipedia，Siderophore - Wikipedia，Enterobactin - Wikipedia］

    		3cmpのChain A（エンテロバクチンが結合したシデロカリン）　同PDBsumデータ 3cmp_EB4$
    EB4（エンテロバクチン）選択　Fe選択
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    エンテロバクチンが結合したシデロカリン3cmpのChain A（左）と同PDBsumデータ（右）

  5. Rational design of α-helical tandem repeat proteins with closed architectures（Nature，2015/12/16）

    PDBデータ 4yxyの8量体（Chain A-D×2；ドーナツ型のデノボタンパク質）

    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ドーナツ型のデノボタンパク質4yxyの8量体（Chain A-D×2）

  6. エボラ患者死亡率、マラリア治療薬で低下　長崎大助教ら（朝日，2016/01/09）　※“治療薬の一つアーテスネート・アモジアキン（ASAQ）の場合”のASAQを以下に。

    ASAQ；アーテスネート（artesunate；AS）とアモジアキン（amodiaquine；AQ）の同時表示
    ［Artesunate - Wikipedia，Amodiaquine - Wikipedia］

    		アーテスネート（artesunate；AS）
    アモジアキン（amodiaquine；AQ）
    ASAQ；アーテスネート（AS）とアモジアキン（AQ）の同時表示
    ※参考（アモジアキンが結合したPDBデータ例）：4fgzのChain A（アモジアキンが結合した熱帯熱マラリア原虫由来のホスホエタノールアミン-N-メチルトランスフェラーゼ）　同PDBsumデータ 4fgz_CQA [301(A)]$　CQA（エンテロバクチン）選択
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］ASAQ；アーテスネート（artesunate；AS）とアモジアキン（amodiaquine；AQ）の同時表示
    ［右］参考データ（アモジアキン結合PDBデータから）：熱帯熱マラリア原虫由来のホスホエタノールアミン-N-メチルトランスフェラーゼ4fgzのPDBsumデータ

  7. RCSB PDB 2016/01/13 新規公開データより：4xi3 Estrogen Receptor Alpha Ligand Binding Domain in Complex with Bazedoxifene　※同日でリガンドデータ件数が20000件を超えたが，Bazedoxifene（29S）も初登場である。

    PDBデータ 4xi3のChain A（バゼドキシフェンが結合したエストロゲン受容体α）
    ［Bazedoxifene - Wikipedia，Estrogen receptor alpha - Wikipedia］

    		4xi3のChain A（バゼドキシフェンが結合したエストロゲン受容体α）　同PDBsumデータ 4xi3_29S [601(A)]$
    バックボーン　二次構造

    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    バゼドキシフェン（bazedoxifene）が結合したエストロゲン受容体α4xi3のChain AとそのPDBsumデータ

  8. 最近認可された小児用HIV治療薬の試験がケニアで始まります（DNDi Japan，2016/01/15）　※以下に“ロピナビル/リトナビル（LPV/r）”の2分子同時表示。

    LPV/r（ロピナビル/リトナビル）
    ［Lopinavir/ritonavir - Wikipedia，Lopinavir - Wikipedia，Ritonavir - Wikipedia］

    		LPV/r（ロピナビル/リトナビル）
    ロピナビル（lopinavir，LPV）
    リトナビル（ritonavir，RTV）
    ※参考（ロピナビルが結合したPDBデータ例）：1mui（ロピナビルが結合したHIV-1プロテアーゼ）　同PDBsumデータ 1mui_AB1$
    ※参考（リトナビルが結合したPDBデータ例）：1rl8（リトナビルが結合したHIV-1プロテアーゼ）　同PDBsumデータ 1rl8_RIT$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］LPV/r（ロピナビル/リトナビル）　［右］HIV-1プロテアーゼ1muiと1rl8のPDBsumデータ

  9. 新刊：ポルフィリン-ALA学会 編，「機能性アミノ酸 5-アミノレブリン酸の科学と医学応用　─がんの診断・治療を中心に─」，東京化学同人(2015)　※以下に5-アミノレブリン酸とポルフィリンの同時表示。

    5-アミノレブリン酸（5-aminolevulinic acid；δ-aminolevulinic acid；5ALA）とポルフィリン（porphyrin）の同時表示
    ［Aminolevulinic acid - Wikipedia，Porphyrin - Wikipedia］

    		5-アミノレブリン酸（5ALA）とポルフィリンの同時表示
    5-アミノレブリン酸（5-aminolevulinic acid；5ALA）
    ポルフィリン（porphyrin）
    生物界で見られる4種類のテトラピロール → 窒素から見る生命の世界
    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金
    　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］5-アミノレブリン酸（5ALA）とポルフィリン　　[右]4種類のテトラピロール

  10. 【生態】欧州の海洋哺乳類の脂肪中のPCB濃度が有害なレベルに達している（Nature ハイライト，2016/01/15）

    3,3',4,4',5-ペンタクロロビフェニル（3,3',4,4',5-5塩化ビフェニル；3,3',4,4',5-PeCB）
    ［Polychlorinated biphenyl - Wikipedia］

    分類・同族体名 WHO-TEF〔ヒト・ほ乳類〕
    （ ）は2006年に示された新しい値
    ●PCBs（Non-ortho）
    3,4,4',5-TCB(81) 0.0001 a,b,c,e（0.0003）
    3,3',4,4'-TCB(77) 0.0001
    3,3',4,4',5-PeCB(126) 0.1
    3,3',4,4',5,5'-HxCB(169) 0.01（0.03）
    ●PCBs（Mono-ortho）
    2,3,3',4,4'-PeCB(105) 0.0001（0.00003）
    2,3,4,4',5-PeCB(114) 0.0005 a,b,c,d（0.00003）
    2,3',4,4',5-PeCB(118) 0.0001（0.00003）
    2',3,4,4',5-PeCB(123) 0.0001 a,c,d（0.00003）
    2,3,3',4,4',5-HxCB(156) 0.0005 b,c（0.00003）
    2,3,3',4,4',5'-HxCB(157) 0.0005 b,c,d（0.00003）
    2,3',4,4',5,5'-HxCB(167) 0.00001 a,d（0.00003）
    2,3,3',4,4',5,5'-HpCB(189) 0.0001 a,c（0.00003）
    ●参考：DecaPCB
    DecaCB −
    【参考】PCDDsの例
    2,3,7,8-TCDD 1〔基準〕
    ※参考（PCB誘導体が結合したPDBデータ例）
  11. 1g3mのChain A（TCBジオールが結合したエストロゲンスルホトランスフェラーゼ）　同PDBsumデータ 1g3m_PCQ$
  12. 1utrのChain A（(MeSO2)2-TCBが結合したウテログロビン）　同PDBsumデータ 1utr_PCB$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺
    		13.


    TCBジオールが結合したエストロゲンスルホトランスフェラーゼ1g3mと(MeSO2)2-TCBが結合したウテログロビン1utrのPDBsumデータ

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