◆ Jmolで見るトピックス分子(Vol.2) ◆
→ 関連:バイオ関連トピックス
※初期表示はアトルバスタチン

本サイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。データ番号と資料番号が対応しているほか,[ ]の事項クリックで関連情報やブログエントリーにジャンプします。
※話題50件ごとにデータをアーカイブに移動します。 → Vol.1(No.1-50)
  1. (S)-サリドマイド | (R)-サリドマイド [Thalidomide - Wikipedia
  2. 2-アラキドノイルグリセロール(2-arachidonoylglycerol,2-AG) [2-Arachidonoylglycerol - Wikipedia
  3. PDBデータ 3l2t*(PFV由来インテグラーゼ;阻害剤ラルテグラビル含む) ラルテグラビル(raltegravir,MK-0518) [Raltegravir - Wikipedia]  ‖ PDBデータ 3l2u(PFV由来インテグラーゼ;阻害剤elvitegravir含む) elvitegravir(GS-9137,JTK-303) [Elvitegravir - Wikipedia
  4. PDBデータ 3g61のChain A(P-糖タンパク質) [今月の分子 2010/03(PDBj)P-glycoprotein - Wikipedia
  5. アトラジン(atrazine) [Atrazine - Wikipedia
  6. パラウアミン(Palau'amine) [Palau'amine - Wikipedia
  7. PDBデータ 1ubq(ユビキチン) Lys選択 [Ubiquitin - Wikipedia
  8. アブシジン酸(abscisic acid,ABA) [Abscisic acid - Wikipedia] ‖ アブシジン酸を含むPDBデータ 3jrq(受容体とプロテインホスファターゼ2C) 同PDBsumデータ 3jrq_A8S$
  9. PDBデータ 1a5hのChain A・C(t-PA;組織プラスミノゲンアクチベーター) [Tissue plasminogen activator - Wikipedia
  10. クロコン酸 [Croconic acid - Wikipedia
  11. [1]1pwcペニシリンG)|[2]1hxb(サキナビル)|[3]1mxk(ブレオマイシン)|[4]1jffタキソール)|[5]2rh1*カラゾロール [Carazolol - Wikipedia])|[6]1pthアスピリン)|[7]1lpb;BOG・MUPは座標2種のうちAのみ(アルキルホスホネート阻害剤)|[8]1hwkのChain A・B(アトルバスタチン)|[9]2j0dのChain A*エリスロマイシン)
  12. アトルバスタチン(atorvastatin) ‖ アトルバスタチンを含むPDBデータ 1hwkのChain A・B 同PDBsumデータ 1hwk_117$
  13. PDBデータ 1t2k*(エンハンセオソーム,インターフェロン-βエンハンサー) 1t2k・2pi0・2o6g・2o61複合体 [Enhanceosome - Wikipedia
  14. CS-8958
  15. ペラミビル (peramivir) [Peramivir - Wikipedia] ‖ 参考:ペラミビルを含むPDBデータ例 2f10*(ノイラミニダーゼ) 同PDBsumデータ 2f10_BCZ$
  16. PDBデータ 2aai#(リシン,ricin;Protein中S原子を空間充填表示) [Ricin - Wikipedia
  17. PDBデータ 2wdi(70Sリボソーム;Ramakrishnanらによる) 4.87MB [Ribosome - Wikipedia
  18. ラパマイシン(rapamycin)
  19. 1d66のChain D・E(DNA,2010年 寅年年賀バージョン)[DNA - Wikipedia
  20. シクロプロプ-2-エンカルボン酸(cycloprop-2-enecarboxylic acid)
  21. PDBデータ 1fd9の2量体(レジオネラ感染症関連タンパク質;Model 2をChain A → Bに変更) 同・単量体 [Legionella - Wikipedia
  22. PDBデータ 2pne(不凍タンパク質,antifreeze protein) [Antifreeze protein - Wikipedia
  23. シタグリプチン(sitagliptin) [Sitagliptin - WikipediaDipeptidyl peptidase-4 inhibitor - Wikipedia] ‖ 参考:シタグリプチン類似阻害剤(C17H17F6N5O)を含むPDBsumデータ 2qoe_448$
  24. PDBデータ 3gbiの12量体(A-D鎖×3;人工設計DNA結晶) [今月の分子 2009/11(PDBj)
  25. PDBデータ 3a0rの4量体(A・B鎖×2;ヒスチジンキナーゼとレスポンスレギュレーターの複合体) [理研資料
  26. PDBデータ 1kf1(DNAのG-四重らせん構造;ヒトのテロメア反復配列はTTAGGG) | 2r4g(テロメラーゼのRNA結合ドメイン,テトラヒメナ・サーモフィラ) | 2feyのModel 1(テロメラーゼRNA,テトラヒメナ;"HO"原子削除) [Telomere - WikipediaTelomerase - Wikipedia
  27. PDBデータ 3b8eのChain A・B・G(Na-Kポンプ) | 2zxe*#(同;再掲) [今月の分子 2009/10(PDBj)Na+/K+-ATPase - Wikipedia
  28. サリチル酸(salicylic acid) [Salicylic acid - Wikipedia
  29. 阻害薬コホルマイシン(coformycin)を含むアデノシンデアミナーゼのPDBデータ例 3ewc* [Adenosine deaminase - Wikipedia
  30. グリシドール(glycidol;2,3-epoxy-1-propanol,異性体あり) [Glycidol - Wikipediaa] ‖ 参考:ジアシルグリセロール(C10)を含むPDBデータ例2z9y*(セラミド選別輸送タンパク質,CERT) 同PDBsumデータ 2z9y_DDR$
  31. ウミホタルルシフェリン(Vargula luciferin) 参考:ゲンジボタルルシフェラーゼのPDBデータ例 2d1t(変異体,赤色型)
  32. 薬理色素NK-4(キノリン骨格3核シアニン系色素;2つのI-1は略)
  33. 参考:P450 1A2(CYP1A2)のPDBデータ例 2hi4*(α-ナフトフラボンを含む) α-ナフトフラボン選択 [ブログ記事
  34. PDBデータ 1fo4(キサンチン酸化還元酵素,xanthine oxidoreductase) [Xanthine dehydrogenase - Wikipedia
  35. ファトスタチン(fatostatin)
  36. ブチルカルビトール(butyl carbitol;ジエチレングリコールモノブチルエーテル,diethylene glycol monobutyl ether)
  37. アミトリプチリン(amitriptyline,第1世代/三環系の例) アモキサピン(amoxapine,第2世代/三環系の例) マプロチリン(maprotiline,第2世代/四環系の例) [Amitriptyline - WikipediaAmoxapine - WikipediaMaprotiline - Wikipedia
  38. 二酸化塩素(chlorine dioxide) [Chlorine dioxide - Wikipedia
  39. PDBデータ 2arv(アクチビンA,activin A) [Activin and inhibin - Wikipedia
  40. PDBデータ 1aquのChain A(スルホトランスフェラーゼ,sulfotransferase) [Sulfotransferase - Wikipedia
  41. アレンドロネート(alendronate;ビスフォスフォネート剤の例,アレンドロン酸) [Alendronic acid - WikipediaBisphosphonate - Wikipediaブログ記事] | 参考:アレンドロネートを含むPDBデータ例2f92 同PDBsumデータ 2f92_AHD$
  42. エピガロカテキンガレート(epigallocatechin 3-gallate,EGCG) [Epigallocatechin gallate - Wikipedia] | 参考:EGCGを含むPDBデータ例2kdhのModel 1 同データ中のEGCG原子情報を一部改変(HO→H) 同PDBsumデータ 2kdh_KDH_g$(Model 1データをアップロードして生成)
  43. PDBデータ2z5r*(フェリチン;CdPd含む) PQSによる24量体 [Ferritin - Wikipedia
  44. PDBデータ 1m4hのChain A・C(β-セクレターゼ;阻害剤OM00-3含む) | 2zhrのChain A・C*(同;阻害剤OM99-2含む) [今月の分子 2009/07(PDBj)Beta secretase - Wikipedia
  45. PDBデータ 1rw5のModel 1(プロラクチン〈乳汁分泌ホルモン〉,prolactin) [Prolactin - Wikipedia
  46. インドメタシン(indomethacin) [Indometacin - Wikipedia] | インドメタシンを含むPDBデータ例3hwz#
  47. サリン(sarin) [Sarin - Wikipedia] | 参考:サリンがSer273に結合したPDBデータ3f96のChain A(血小板活性化因子アセチルヒドロラーゼ;修飾残基SGBは座標2種のうちAのみ) SGB選択 [PAF acetylhydrolase - Wikipedia
  48. PDBデータ 2k6bのModel 1(プログラム細胞死,PDCD5) [Programmed cell death - Wikipediaブログ記事
  49. ホルムアルデヒド(formaldehyde) [ICSC情報Multiple chemical sensitivity - Wikipedia
  50. DNA部分構造例 [DNA profiling - Wikipedia

 (適宜追加します)


バックボーン 二次構造 | DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択
リガンド選択 HB選択($印のみ) (*印のみ)
空間充填 球棒 球30% 球60% スティック スティック(太) 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色
濃赤 濃青  ピンク 濃ピンク   
糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
Asn,Ser,Thr選択 | Asn Ser Thr
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R)
等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示S-S結合表示 
   背景・黒 灰 白 
 Chain選択: A B C D E F G H I J



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