◆ Jmolで見るトピックス分子(Vol.2) ◆
→ 関連:バイオ関連トピックス ← ※初期表示はアトルバスタチン
本サイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。データ番号と資料番号が対応しているほか,[ ]の事項クリックで関連情報やブログエントリーにジャンプします。 ※話題50件ごとにデータをアーカイブに移動します。 → Vol.1(No.1-50)
- (S)-サリドマイド | (R)-サリドマイド [Thalidomide - Wikipedia]
- 2-アラキドノイルグリセロール(2-arachidonoylglycerol,2-AG) [2-Arachidonoylglycerol - Wikipedia]
- PDBデータ 3l2t*(PFV由来インテグラーゼ;阻害剤ラルテグラビル含む) ラルテグラビル(raltegravir,MK-0518) [Raltegravir - Wikipedia] ‖ PDBデータ 3l2u(PFV由来インテグラーゼ;阻害剤elvitegravir含む) elvitegravir(GS-9137,JTK-303) [Elvitegravir - Wikipedia]
- PDBデータ 3g61のChain A(P-糖タンパク質) [今月の分子 2010/03(PDBj),P-glycoprotein - Wikipedia]
- アトラジン(atrazine) [Atrazine - Wikipedia]
- パラウアミン(Palau'amine) [Palau'amine - Wikipedia
- PDBデータ 1ubq(ユビキチン) Lys選択 [Ubiquitin - Wikipedia]
- アブシジン酸(abscisic acid,ABA) [Abscisic acid - Wikipedia] ‖ アブシジン酸を含むPDBデータ 3jrq(受容体とプロテインホスファターゼ2C) 同PDBsumデータ 3jrq_A8S$
- PDBデータ 1a5hのChain A・C(t-PA;組織プラスミノゲンアクチベーター) [Tissue plasminogen activator - Wikipedia]
- クロコン酸 [Croconic acid - Wikipedia]
- [1]1pwc(ペニシリンG)|[2]1hxb(サキナビル)|[3]1mxk(ブレオマイシン)|[4]1jff(タキソール)|[5]2rh1*(カラゾロール [Carazolol - Wikipedia])|[6]1pth(アスピリン)|[7]1lpb;BOG・MUPは座標2種のうちAのみ(アルキルホスホネート阻害剤)|[8]1hwkのChain A・B(アトルバスタチン)|[9]2j0dのChain A*(エリスロマイシン)
- アトルバスタチン(atorvastatin) ‖ アトルバスタチンを含むPDBデータ 1hwkのChain A・B 同PDBsumデータ 1hwk_117$
- PDBデータ 1t2k*(エンハンセオソーム,インターフェロン-βエンハンサー) 1t2k・2pi0・2o6g・2o61複合体 [Enhanceosome - Wikipedia]
- CS-8958
- ペラミビル (peramivir) [Peramivir - Wikipedia] ‖ 参考:ペラミビルを含むPDBデータ例 2f10*(ノイラミニダーゼ) 同PDBsumデータ 2f10_BCZ$
- PDBデータ 2aai#(リシン,ricin;Protein中S原子を空間充填表示) [Ricin - Wikipedia]
- PDBデータ 2wdi(70Sリボソーム;Ramakrishnanらによる) 4.87MB [Ribosome - Wikipedia]
- ラパマイシン(rapamycin)
- 1d66のChain D・E(DNA,2010年 寅年年賀バージョン)[DNA - Wikipedia]
- シクロプロプ-2-エンカルボン酸(cycloprop-2-enecarboxylic acid)
- PDBデータ 1fd9の2量体(レジオネラ感染症関連タンパク質;Model 2をChain A → Bに変更) 同・単量体 [Legionella - Wikipedia]
- PDBデータ 2pne(不凍タンパク質,antifreeze protein) [Antifreeze protein - Wikipedia]
- シタグリプチン(sitagliptin) [Sitagliptin - Wikipedia,Dipeptidyl peptidase-4 inhibitor - Wikipedia] ‖ 参考:シタグリプチン類似阻害剤(C17H17F6N5O)を含むPDBsumデータ 2qoe_448$
- PDBデータ 3gbiの12量体(A-D鎖×3;人工設計DNA結晶) [今月の分子 2009/11(PDBj)]
- PDBデータ 3a0rの4量体(A・B鎖×2;ヒスチジンキナーゼとレスポンスレギュレーターの複合体) [理研資料]
- PDBデータ 1kf1(DNAのG-四重らせん構造;ヒトのテロメア反復配列はTTAGGG) | 2r4g(テロメラーゼのRNA結合ドメイン,テトラヒメナ・サーモフィラ) | 2feyのModel 1(テロメラーゼRNA,テトラヒメナ;"HO"原子削除) [Telomere - Wikipedia,Telomerase - Wikipedia]
- PDBデータ 3b8eのChain A・B・G(Na-Kポンプ) | 2zxe*#(同;再掲) [今月の分子 2009/10(PDBj),Na+/K+-ATPase - Wikipedia]
- サリチル酸(salicylic acid) [Salicylic acid - Wikipedia]
- 阻害薬コホルマイシン(coformycin)を含むアデノシンデアミナーゼのPDBデータ例 3ewc* [Adenosine deaminase - Wikipedia]
- グリシドール(glycidol;2,3-epoxy-1-propanol,異性体あり) [Glycidol - Wikipediaa] ‖ 参考:ジアシルグリセロール(C10)を含むPDBデータ例2z9y*(セラミド選別輸送タンパク質,CERT) 同PDBsumデータ 2z9y_DDR$
- ウミホタルルシフェリン(Vargula luciferin) 参考:ゲンジボタルルシフェラーゼのPDBデータ例 2d1t(変異体,赤色型)
- 薬理色素NK-4(キノリン骨格3核シアニン系色素;2つのI-1は略)
- 参考:P450 1A2(CYP1A2)のPDBデータ例 2hi4*(α-ナフトフラボンを含む) α-ナフトフラボン選択 [ブログ記事]
- PDBデータ 1fo4(キサンチン酸化還元酵素,xanthine oxidoreductase) [Xanthine dehydrogenase - Wikipedia]
- ファトスタチン(fatostatin)
- ブチルカルビトール(butyl carbitol;ジエチレングリコールモノブチルエーテル,diethylene glycol monobutyl ether)
- アミトリプチリン(amitriptyline,第1世代/三環系の例) アモキサピン(amoxapine,第2世代/三環系の例) マプロチリン(maprotiline,第2世代/四環系の例) [Amitriptyline - Wikipedia,Amoxapine - Wikipedia,Maprotiline - Wikipedia]
- 二酸化塩素(chlorine dioxide) [Chlorine dioxide - Wikipedia]
- PDBデータ 2arv(アクチビンA,activin A) [Activin and inhibin - Wikipedia]
- PDBデータ 1aquのChain A(スルホトランスフェラーゼ,sulfotransferase) [Sulfotransferase - Wikipedia]
- アレンドロネート(alendronate;ビスフォスフォネート剤の例,アレンドロン酸) [Alendronic acid - Wikipedia,Bisphosphonate - Wikipedia,ブログ記事] | 参考:アレンドロネートを含むPDBデータ例2f92 同PDBsumデータ 2f92_AHD$
- エピガロカテキンガレート(epigallocatechin 3-gallate,EGCG) [Epigallocatechin gallate - Wikipedia] | 参考:EGCGを含むPDBデータ例2kdhのModel 1 同データ中のEGCG原子情報を一部改変(HO→H) 同PDBsumデータ 2kdh_KDH_g$(Model 1データをアップロードして生成)
- PDBデータ2z5r*(フェリチン;CdとPd含む) 同PQSによる24量体 [Ferritin - Wikipedia]
- PDBデータ 1m4hのChain A・C(β-セクレターゼ;阻害剤OM00-3含む) | 2zhrのChain A・C*(同;阻害剤OM99-2含む) [今月の分子 2009/07(PDBj),Beta secretase - Wikipedia]
- PDBデータ 1rw5のModel 1(プロラクチン〈乳汁分泌ホルモン〉,prolactin) [Prolactin - Wikipedia]
- インドメタシン(indomethacin) [Indometacin - Wikipedia] | インドメタシンを含むPDBデータ例3hwz#
- サリン(sarin) [Sarin - Wikipedia] | 参考:サリンがSer273に結合したPDBデータ3f96のChain A(血小板活性化因子アセチルヒドロラーゼ;修飾残基SGBは座標2種のうちAのみ) SGB選択 [PAF acetylhydrolase - Wikipedia]
- PDBデータ 2k6bのModel 1(プログラム細胞死,PDCD5) [Programmed cell death - Wikipedia,ブログ記事]
- ホルムアルデヒド(formaldehyde) [ICSC情報,Multiple chemical sensitivity - Wikipedia]
- DNA部分構造例 [DNA profiling - Wikipedia]
(適宜追加します)
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