◆ Jmolで見るトピックス分子(Vol.1) ◆
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本サイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。データ番号と資料番号が対応しているほか,[ ]の事項クリックで関連情報やブログエントリーにジャンプします。
- プラバスタチン(pravastatin) [スタチン - Wikipedia,ブログ記事1・2]
- PDBデータ 2b7fのChain A・B・I(HTLV-1ウイルスのプロテアーゼ) [Human T-lymphotropic virus - Wikipedia]
- PDBデータ 2zuo[4.23MB](タンパク質ボルトの部分構造;First entry, chain A-M) | 参考:別の研究グループによるデータ例 2qzv [ブログ記事]
- パロキセチン(paroxetine) | フルボキサミン(fluvoxamine) | セルトラリン(サートラリン,sertraline) [Selective serotonin reuptake inhibitor - Wikipedia]
- シクロプロプ-2-エンカルボン酸(cycloprop-2-enecarboxylic acid)
- PDBデータ 2znl*(インフルエンザウイルスのRNAポリメラーゼPA-PB1サブユニット) ‖ 3a1g*(同 PB1-PB2サブユニット)| Chain A・B* ‖ T-705(RNAポリメラーゼ阻害剤) ‖ CS-8958(ノイラミニダーゼ阻害剤) | ペラミビル(peramivir;ノイラミニダーゼ阻害剤) [Peramivir - Wikipedia]
- PDBデータ 3d90(プロゲステロン受容体) [Progesterone - Wikipedia] | レボノルゲストレル(levonorgestrel,(-)-form) [Levonorgestrel - Wikipedia]
- PDBデータ 1Q84(アセチルコリンエステラーゼ) [ブログ記事]
- PDBデータ 2zxe*#(ナトリウム・カリウムポンプ)
- トランスフルトリン(transfluthrin) [Transfluthrin - Wikipedia]
- PDBデータ 2zye*(阻害剤KNI-272が結合したHIV-1プロテアーゼ) 同PDBsumデータ2zye_KNI*$ PDBsumデータにH・D原子追加*$(異常表示防ぐために一部H・D原子割愛) [HIV-1 protease - Wikipedia]
- PDBデータ 1nn2*#(ノイラミニダーゼ,neuraminidase) 同PQSによる4量体 [Neuraminidase - Wikipedia,Molecule of the Month(PDB,2009/05)]
- PDBデータ 2iga(プロトカテキュ酸ジオキシゲナーゼ) 同PDBsumデータ 2iga_FE2$ [PDBsum,Oxygenase - Wikipedia]
- PDBデータ 2v0zのChain C(高血圧治療薬アリスキレンが結合したレニン) 同PDBsumデータ 2v0z_C41$ [Aliskiren - Wikipedia]
- PDBデータ 3giw(ロスマンフォールド) [Rossmann fold - Wikipedia]
- アラキドン酸(arachidonic acid) [Arachidonic acid - Wikipedia]
- PDBデータ 1gt0*(Oct4・Sox2・DNA 複合体の例) [今月の分子 2009/04(PDBj)]
- 代替フロンの一種HCFC(ハイドロクロロフルオロカーボン)の例:HCFC-123 [代替フロン - Wikipedia,]
- PDBデータ 2zw3(ヒト由来ギャップ結合チャネル) [Gap junction - Wikipedia]
- テトラヒドロカンナビノール(tetrahydrocannabinol,Δ9-THC) [Tetrahydrocannabinol - Wikipedia]
- MDMA [Methylenedioxymethamphetamine - Wikipedia]
- PDBデータ 3gj2のChain A(光活性化型GFP;2009/03/24 RCSB PDB公開) [Green fluorescent protein - Wikipedia]
- PDBデータ 2z5r*(フェリチン,ferritin) 同PQSによる24量体 [Ferritin - Wikipedia,Biomineralisation - Wikipedia]
- PDBデータ 3cs9のChain A(ニロチニブ結合チロシンキナーゼ) 同PDBsumデータ 3cs9_NIL$ [PDBsum,Nilotinib - Wikipedia] ‖ PDBデータ 3g5d(ダサチニブ結合チロシンキナーゼ) 同PDBsumデータ 3g5d_1N1$ [PDBsum,Dasatinib - Wikipedia]
- 1,2,4-トリメチルベンゼン(1,2,4-trimethylbenzene) [ICSC情報]
- フラーレン(fullerene,C60) [Fullerene - Wikipedia,Nanotechnology - Wikipedia]
- PDBデータ 2d57(アクアポリン4) 同PQSによる4量体 [Aquaporin - Wikipedia]
- PDBデータ 2rogのModel 1(TTHA1718,in living E. coli cells) PDBデータ 2roeのModel 1(TTHA1718,in vitro) [in vivo - Wikipedia,in vitro - Wikipedia,in silico - Wikipedia]
- PDBデータ 2frvのChain S・L*(ニッケル-鉄ヒドロゲナーゼ) 同PDBsumデータ 2frv_Ni$ [今月の分子 2009/03(PDBj),ブログ記事]
- キノリン酸(quinolinic acid) キノリン酸を含むPDBデータ 1qap*(キノリン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ QPRT) 同PDBsumデータ 1qap_NTM$ [Quinolinic acid - Wikipedia]
- CS-8958(臨床試験中) | ペラミビル(peramivir) ペラミビルを含むPDBデータ 2f10*(参考) [Peramivir - Wikipedia] | T-705(臨床試験中)
- ビマトプロスト(bimatoprost) ビマトプロストを含むPDBデータ 2f38(参考) [Bimatoprost - Wikipedia]
- PDBデータ 2v84(梅毒トレポネーマ Treponema pallidum のリポタンパク質)
- サルコシン(sarcosine) [Sarcosine - Wikipedia]
- PDBデータ 1wua*(アメフラシ由来アプリロニンAとアクチンとの複合体構造) | アプリロニンA(aplyronine A) [理研資料,ブログ記事]
- PDBデータ 3ebj(鳥インフルエンザ,RNAポリメラーゼのPAサブユニット) | A鎖
- PDBデータ 2w69(インフルエンザ,キャップスナッチング〔cap-snatching〕) | A鎖 [ブログ記事]
- PDBデータ 2p1p(オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ) | PDBsumデータ 2p1p_IAC$ | インドール酢酸(IAA,オーキシンの例) [今月の分子 2009/02(PDBj),ブログ記事]
- PDBデータ 1xj9*(ペプチド核酸〔PNA〕) | 参考:別の研究グループによるデータ例 1pnn*(PNA/DNA)
- 白リン(white phosphorus,P4) [白リン弾 - Wikipedia]
- 2,2'-ビピリジン(別名2,2'-ジピリジル) [ICSC情報]
- ヒアルロン酸(hyaluronic acid,繰り返し単位) | PDBデータ3hya*(ヒアルロン酸 8mer) [糖タンパク質データ集]
- PDBデータ 1jb0中のP700形成ヘテロ2量体例(CL1 1011, CL1 1021, His680A, His660B) CL1 1011選択 [ブログ記事]
- PDBデータ 2jp9のModel 1(WT-1〔WT1〕結合DNA,Zinc Finger) [ブログ記事]
- ソラフェニブトシル酸塩(sorafenib tosylate;商品名 ネクサバール,Nexavar)
- PDBデータ 2zsh(ジベレリン受容体;ジベレリンA3結合) [ブログ記事]
- PDBデータ 3bla(DcpS) [Scavenger Decapping Enzyme DcpS (PSI-Nature)]
- メラミン(melamine) [ブログ記事]
- テトラクロロエチレン(tetrachloroethylene,パークレン) [ドライクリーニング溶剤]
- PDBデータ 2rh1*(β2アドレナリンレセプター) 同PDBsumデータ 2rh1_CAU$ [PDBsum,Adrenergic Receptor - Wikipedia]
(適宜追加します)
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