◆ 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン（Jmol版） ◆
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※初期表示はビタミンC

■ビタミン
●水溶性ビタミン
ビタミンC〈L-アスコルビン酸〉
ビタミンB1〈チアミン，thiamin，thiamine〉　※2008/03/02，データを差替えました。
ビタミンB2〈リボフラビン，riboflavin〉
ビタミンB6〈ピリドキシン，pyridoxine〉
ビタミンB12〈シアノコバラミン，cyanocobalamin〉　→ テトラピロール - 川上モデル
ビタミンB9〈ビタミンM，葉酸〉
ナイアシン〈ニコチン酸〉 ｜ ナイアシンアミド〈ニコチン酸アミド〉　※ビタミンB3はナイアシンとナイアシンアミドの総称
パントテン酸　※以前はビタミンB5という名称も。
●脂溶性ビタミン
ビタミンA〈all-trans-ビタミンA〉　11-cis-ビタミンA
　※all-trans-レチナール　11-cis-レチナール
　※β-カロテン（β-カロチン）
ビタミンD2〈エルゴカルシフェロール，ergocalciferol〉
ビタミンD3〈コレカルシフェロール，cholecalciferol〉　活性型〈カルシトリオール，calcitriol〉
ビタミンE〈トコフェロール，tocopherol〉
ビタミンK1〈フィロキノン，phylloquinone〉 ｜ ビタミンK2〈メナキノン-4，menaquinone-4〉　ビタミンK2〈メナキノン-6，menaquinone-6〉

◆参考：新しい酵素の報告例（未確定）
PQQ（ビタミンB群）
　※理研記事１・２（PQQはビタミンか？），ChemFinder参照
◆参考：補酵素の例
コエンザイム A（CoA）
コエンザイム Q10（CoQ10）〈ユビデカレノン，ユビキノン 10〉
◆ビタミンAとビタミンCの同時表示（原子球白色表示；塗り絵用）
ビタミンA〈all-trans-ビタミンA〉＋ビタミンC
■ビタミン関連分子を含んだタンパク質例（一部はPDBsumデータのみ）
※〈　〉内はLigandとして含むビタミン関連分子（または補酵素），
1E0PのModel 1（基底状態）〈Vit.A（レチナール）；Photoreceptor〉
1F88のChain A〈Vit.A（レチナール）；Signaling Protein〉　同PDBsumデータ1f88_RET$　→ GPCR
1IG0〈Vit.B1；Transferase〉　同PDBsumデータ1ig0_VIB$
1BU5のChain A〈Vit.B2；Electron Transport〉　同PDBsumデータ1bu5_RBF$
1BJNのChain A〈Vit.B6；Aminotransferase〉
4LRHのChain A〈Vit.B9，Vit.M，葉酸〉　同PDBsumデータ 4lrh_FOL$　→ Jmolトピック
1N2ZのChain A〈Vit.B12；Transport Protein〉　同PDBsumデータ1n2z_CNC$　→ 窒素から見る生命の世界
1C9UのChain A〈PQQ，上掲記事とは無関係；Oxidoreductase〉　同PDBsumデータ1c9u_PQQ$
1J78のChain B〈Vit.D〉　同PDBsumデータ1j78_VDY（25-hydroxyvitamin D3）$　→ eF-siteデータ
3CZHのChain A〈Vit.D2；P450 2R1〉　→ P450データ集
1IE9〈活性型Vit.D3〉　同PDBsumデータ1ie9_VDX$　→ 活性化経路
3C6GのChain B*〈Vit.D3；P450 2R1〉〈Vit.D3；P450 2R1〉〈Vit.D3；P450 2R1〉　→ P450データ集
PDBsumデータ8pz8_IFU$〈Vit.D3アナログ〉
1FE7のChain A〈Vit.E〉　…1KPMに変更　同PDBsumデータ1kpm_VIT$ ∥ 1R5L（α-トコフェロールが結合したα-トコフェロール輸送タンパク質；α-トコフェロールはビタミンEの1種；トコフェロールにはα・β・γ・δあり）　同PDBsumデータ1r5l_VIV$
3W67のChain A〈Vit.E〉　同PDBsumデータ3w67_VIV$
PDBsumデータ6wv8_PQN$〈Vit.K1；vitamin K epoxide reductase〉
PDBsumデータ7f4v_1L3$〈Vit.K2；photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1〉　1L3選択　…mmCIF → PDB converterでPDBデータ取得し加工
■ビタミン関連タンパク質例
2YXUのChain A（ピリドキサールキナーゼ；Vit.B6活性化酵素）　
◆参考：補酵素を含んだPDBデータ例
1CM0のChain B〈CoA；Signaling Protein〉
7REQのChain A〈CoB12；Isomerase〉
1EZVのChain C〈CoQ6；Oxidoreductase/Electron Transport〉

バックボーン　二次構造 ｜ DNA/RNA（ATGCU，backbone）
全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）　（*印のみ）
 空間充填　球棒　球10％　球30％　球40％　球60％　スティック　スティック（太）　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色 ∥ 濃赤　濃青　緑　ピンク　濃ピンク
糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA ∥ Asn,Ser,Thr選択 ｜ Asn　Ser　Thr
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別　疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順　コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
 水素結合表示 ｜ S-S結合表示　
　　　 ｜ 背景・黒　灰　白　紺


アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！


PDB-101 News（2023/12/04）

  
左から　Vit.B1ビタミンB1 1ig0，Vit.B2 ビタミンB2 1bu5

  
左から　Vit.B6ビタミンB6，関連化合物PLP（ピリドキサールリン酸，pyridoxal phosphate）
→ Jmolトピック

  
［左］Vit.B9 葉酸（ビタミンB9，ビタミンM）受容体 4lrhおよびAlphaFill構造 P15328（データ掲載ページ）のPDBsumデータ
［右］PyMOLによる4lrhのChain Aと構造 P15328の重ね合わせ

  
Vit.B12ビタミンB12（シアノコバラミン，cyanocobalamin）を含む4種類のテトラピロール
→ 窒素から見る生命の世界 ｜ 川上モデル

  
［左］Vit.B12 ビタミンB12 1n2z
［右］Vit.B候補 PQQ（ピロロキノリンキノン）1c9u　※理研プレスリリース（2003/04/24） [PDF]参照


Vit.A レチナール（ビタミンAの例）1f88　→ GPCR

    
［左］Vit.D類 25-ヒドロキシビタミンD3 1j78　［中］Vit.D類 活性型ビタミンD3 1ie9　［右］Vit.D類 D3アナログ 8pz8

  
［左］α-トコフェロール輸送タンパク質3w67（今月の分子 288掲載データ）
［右］同PDBsumデータ（Vit.E d-α-トコフェロール；1r5lとの比較），1kpmのPDBsumデータ（Vit.E α-トコフェロール）
※α-トコフェロールはビタミンE（vitamin E）の1種；トコフェロールにはα・β・γ・δあり

    
［左・中］α-トコフェロール輸送タンパク質のAlphaFill構造 P49638（データ掲載ページ），および同データと1r5lのPDBsumデータ
［右］PyMOLによる1r5lとAlphaFill構造 P49638の重ね合わせ

    
左から　Vit.K1 フィロキノン（phylloquinone，ビタミンK1） → Jmolトピック，同分子結合6wv8，
Vit.K2類 メナキノン-4（ビタミンK2の例） 7f4v　→ 光合成に関係する生体分子のSITE例

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