◆ Jmolで見るトピックス分子（24-1） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記　→ No.571（環境ホルモン） ｜ No.979（カプサイシン受容体） ｜ No.1046（ディールス・アルドラーゼ）

  1. 細胞膜の中ではたらく特殊なタンパク質分解酵素の構造を解明　～細菌感染症の新たな治療法の開発へ期待～（SPring-8，2022/08/25）　※2022/09/07公開データ7w6x（下掲）・7w6y・7w6z・7w70・7w71

    バチマスタット（batimastat）が結合した大腸菌由来プロテアーゼRseP 7w6x
    		7w6x（バチマスタットが結合した大腸菌由来プロテアーゼRseP）　同PDBsumデータ7w6x_BAT$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    バチマスタット（batimastat）が結合した大腸菌由来プロテアーゼRseP 7w6xとそのPDBsumデータ

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. Structural basis for directional chitin biosynthesis（Nature，2022/09/21） ※2022/09/28公開データ7wjm・7wjn・7x05・7x06・7wjo（下掲）

    ニッコマイシンZ（nikkomycin Z）が結合したキチンシンターゼ7wjoのChain A
    ［Chitin synthase - Wikipedia］
    		7wjoのChain A（ニッコマイシンZが結合したキチンシンターゼ）　同PDBsumデータ7wjo_BGI$
    ※参考：キチン（chitin）の繰り返し単位　→ 代表的な高分子　［Chitin - Wikipedia］
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左・中］ニッコマイシンZ（nikkomycin Z）が結合したキチンシンターゼ7wjoのChain A　［右］キチン（chitin）の繰り返し単位

  3. 立方体型分子に電子を閉じこめる　―産学連携により前人未到の含フッ素分子の合成に成功―（東京大学，2022/08/17）

    オクタフルオロキュバン（octafluorocubane〈ペルフルオロキュバン，perfluorocubane〉）
    ［Octafluorocubane - Wikipedia］ ）
    		オクタフルオロキュバン（octafluorocubane〈ペルフルオロキュバン，perfluorocubane〉）
    キュバン（cubane）
    バックボーン　二次構造
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    オクタフルオロキュバン（octafluorocubane）とキュバン（cubane）

  4. The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2022 - NobelPrize.org


    「An Ancient DNA View of Human Origins」スバンテ・ペーボ博士（2020 Japan Prize　受賞記念講演）

    Homo sapiens neanderthalensisのアデニロコハク酸リアーゼ5nxaのChain A-D
    ［Adenylosuccinate lyase - Wikipedia，Neanderthal - Wikipedia］
    		5nxaのChain A-D（Homo sapiens neanderthalensisのアデニロコハク酸リアーゼ）　同PDBsumデータ5nxa_AMZ[502(C)]$　同PDBsumデータ5nxa_SSS[501(A)]$
    2a07（FOXP2；言語関連遺伝子）
    バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    Homo sapiens neanderthalensisのアデニロコハク酸リアーゼ5nxaのChain A-D


    DNAに結合した言語関連遺伝子FOXP2のフォークヘッドドメインの構造2a07

  5. ナトリウムポンプのつくりかた H+輸送タンパク質をNa+輸送タンパク質に改造!?（名古屋大学，2022/09/13）　※2022/10/05公開7x20・7x21・7x22・7x23（下掲）・7x24

    ナトリウムポンプ化されたP型ATPアーゼ7x23
    ［P-type ATPase - Wikipedia］
    		7x23（ナトリウムポンプ化されたP型ATPアーゼ）　同PDBsumデータ7x23_NA[1103(A)；他に1102(A)・1104(A)あり]$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ナトリウムポンプ化されたP型ATPアーゼ7x23とそのPDBsumデータ[1103(A)；他に1102(A)・1104(A)あり]

  6. The Nobel Prize in Chemistry 2022 - NobelPrize.org　※"for the development of click chemistry and bioorthogonal chemistry"

    アセチルコリン結合タンパク質5kzu
    		5kzu（アセチルコリン結合タンパク質）　同PDBsumデータ5kzu_74S[302(D)]$　→ 別トピック（アセチルコリン結合タンパク質）
    1q84（アセチルコリンエステラーゼ）　同PDBsumデータ1q84_TZ4$　→ 別トピック（PDBデータ1q84）
    ｜ PDBsumデータ1q83_TZ5$ メロペネム（meropenem，カルバペネム系抗生物質）　→ 抗生物質分子データ集
    インジナビル／（indinavir，HIVプロテアーゼ阻害剤）　→ HIVとエイズ
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    アセチルコリン結合タンパク質5kzuとそのPDBsumデータ

      
    アセチルコリンエステラーゼ1q84とそのPDBsumデータ（1q83との比較）　→ 別トピック

      
    ［左］メロペネム（meropenem，カルバペネム系抗生物質）　［右］インジナビル／（indinavir，HIVプロテアーゼ阻害剤）

  7. Structure and Enzymatic Activity of an Intellectual Disability-Associated Ornithine Decarboxylase Variant, G84R（ACS Omega，2022/09/13）　※2022/10/19公開7u6p・7u6u（下掲）

    オルニチン脱炭酸酵素G84R変異体7u6uのChain A
    ［Ornithine decarboxylase - Wikipedia］
    		7u6uのChain A（オルニチン脱炭酸酵素G84R変異体）　Arg84・Phe420選択　同PDBsumデータ7u6u_lp$
    8s5lのChain B（シスタチオニン-β-シンターゼ）　同PDBsumデータ8s5l_PLP$
    8s5lのChain B（シスタチオニン-β-シンターゼ）　同PDBsumデータ8s5l_PLP$
    8tqfのChain A（PLP-glycineが結合したセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ）　PLG（PLP-glycine）選択　同PDBsumデータ8tqf_PLG$
    PLP（ピリドキサールリン酸，pyridoxal phosphate）　［Pyridoxal phosphate - Wikipedia］ ｜ ビタミンB6（ピリドキシン，pyridoxine）　→ 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］PLP（ピリドキサールリン酸，pyridoxal phosphate）
    ［右］ビタミンB6（ピリドキシン，pyridoxine）　→ 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン


    PLP（ピリドキサール5'-リン酸）が結合したオルニチン脱炭酸酵素G84R変異体 7u6uのChain AとそのPDBsumデータ


    PLPが結合したシスタチオニン-β-シンターゼ 8s5lのChain BとそのPDBsumデータ


    PLP-glycineが結合したセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ 8tqfのChain AとそのPDBsumデータ

  8. 蛋白質アクチンの高分解能構造とATP加水分解反応メカニズムの解明　- 地球上の生命の最も重要な化学反応の一つの理解の前進 -（九州工業大学，2022/10/20）　※2022/10/26公開7w4z（下掲）・7w50・7w51・7w52・7yne

    AMP-PNPが結合したF型アクチン-アクチン結合タンパク質フラグミン複合体7w4z
    		7w4z　ANP（AMP-PNP）選択
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    AMP-PNPが結合したF型アクチン-アクチン結合タンパク質フラグミン複合体7w4z

  9. 今月の分子 275: Arp2/3複合体によるアクチン分岐（Actin Branching by Arp2/3 Complex）（PDBj，2022/11） ｜ Molecule of the Month（PDB）　※「今月の分子 276」はJmolトピックNo.1156に

    Arp2/3複合体とアクチンフィラメントの一部7tptのChain A-K・a-e
    		7tptのChain A-K・a-e（Arp2/3複合体と新たにつくられたアクチンフィラメント）　Chain A-Gを空間充填　Chain a-eを空間充填
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    Arp2/3複合体と新たにつくられたアクチンフィラメント7tptのChain A-K・a-e（親鎖除く）

  10. 植物が根から鉄を吸収する機構の解明　－不良土壌を改善する次世代肥料の開発に期待－（理研，2022/12/05）　※2022/11/30公開7wsr・7wst・7wsu（下掲）

    イエローストライプ1（YS1）トランスポーター7wstのChain A
    		7wstのChain A（イエローストライプ1トランスポーター）　Fe(III)-DMA選択　同PDBsumデータ7wst_lp（Fe(III)-DMA）$ ｜ PDBsumデータ7wsuA_lp（Fe(III)-PDMA結合）$
    ※参考：ムギネ酸（mugineic acid）　［ムギネ酸 - Wikipedia］
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    左から　Fe(III)-DMAが結合したイエローストライプ1（YS1）トランスポーター7wstのChain AとそのPDBsumデータ（Fe(III)-PDMA結合の7wsuとの比較），ムギネ酸（mugineic acid）
    ※DMAは2'-デオキシムギネ酸（2'-deoxymugineic acid），PDMAはプロリン2'-デオキシムギネ酸（proline 2'-deoxymugineic acid）

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」