◆ Jmolで見るトピックス分子（14-5） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11およびFirefox（バージョン51以前）で閲覧できます。
★一時Jmolコンテンツが表示できなくなりましたが，Jmol 14.4.0 2015-10-20版に更新して表示可能になりました。

  1. RCSB PDB 2016/08/24 新規公開データより：5kaw The structure of SAV2435 bound to TETRAPHENYLPHOSPHONIUM and RHODAMINE 6G　※他に5kat・5kau・5kav・5kax（下掲）・5kcb

    PDBデータ 5kaw（テトラフェニルホスホニウムとローダミン6Gが結合したGyrI様タンパク質SAV2435；多剤耐性に関係）
    ［Rhodamine - Wikipedia，Rhodamine 6G - Wikipedia，Tetraphenylphosphonium chloride - Wikipedia］

    		5kaw（テトラフェニルホスホニウムとローダミン6Gが結合したGyrI様タンパク質SAV2435）P4P（テトラフェニルホスホニウム）選択　RHQ（ローダミン6G）選択　同PDBsumデータ5kaw_RHQ$
    5kaxのChain A（ローダミン6Gが結合したGyrI様タンパク質CTR107）　同PDBsumデータ5kax_RHQ$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    テトラフェニルホスホニウムとローダミン6Gが結合したGyrI様タンパク質5kaw（左；テトラフェニルホスホニウムも結合したSAV2435）と5kaxのChain A（右；CTR107）


    同上PDBsumデータ

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. 今月の分子 201: イソプレン合成酵素（Isoprene Synthase）（PDBj，2016/09） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    PDBデータ 3n0gのChain A（イソプレン合成酵素）
    ［Isoprene synthase - Wikipedia］
    		3n0gのChain A（イソプレン合成酵素）
    ※参考：ポリイソプレン（高分子）　→ 代表的な高分子
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    イソプレン合成酵素3n0gのChain A

  3. RCSB PDB 2016/09/07 新規公開データより：5glh Crystal Structure of a Protein_1　※他に5gli

    PDBデータ 5glh（エンドセリン-1が結合したエンドセリンB受容体）
    ［Endothelin receptor type B - Wikipedia，Endothelin receptor - Wikipedia，Endothelin - Wikipedia］

    		5glh（エンドセリン-1が結合したエンドセリンB受容体）　Chain B（エンドセリン-1）選択
    5gli（エンドセリンB受容体）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    エンドセリン-1が結合したエンドセリンB受容体5glh

  4. これからは「ペフボトル」　東洋紡、「ペット」を進化（朝日，2016/09/07）

    ポリエチレンフラノエート（ポリエチレンフラノアート，polyethylene furanoate；PEF）の繰り返し単位
    ［Polyethylene 2,5-furandicarboxylate - Wikipedia］

    		ポリエチレンフラノエート（ポリエチレンフラノアート；PEF）の繰り返し単位
    ポリエチレンテレフタレート（ポリエチレンテレフタラート；PET）の繰り返し単位
    PEFとPETの同時表示
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    PEFとPETの繰り返し単位

  5. RCSB PDB 2016/09/28 新規公開データより：5b2d Crystal structure of Mumps virus hemagglutinin-neuraminidase bound to 3-sialyllactose

    PDBデータ 5b2dのChain A（3-シアリルラクトースに結合したムンプスウイルスのHNタンパク質）
    ［Mumps hemagglutinin-neuraminidase - Wikipedia，Mumps virus - Wikipedia］

    		5b2dのChain A（3-シアリルラクトースに結合したムンプスウイルスのHNタンパク質）　同PDBsumデータ5b2d_SLT$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　SLT（3-シアリルラクトース）選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    3-シアリルラクトースに結合したムンプスウイルスのHNタンパク質5b2dのChain A（左）と同PDBsumデータ（右）

  6. 「薬用せっけん」１年以内の切り替え要請　企業に厚労省 （日経，2016/10/01）

    トリクロサンとトリクロカルバンの同時表示
    ［Triclosan - Wikipedia，Triclocarban - Wikipedia］

    		トリクロサン（triclosan）
    トリクロカルバン（triclocarban）
    トリクロサンとトリクロカルバンの同時表示
    フェノール（phenol）　→ アルコールとフェノール
    ※参考（トリクロサンが結合したPDBデータ例）：4w9nのChain B（トリクロサンが結合したエノイルアシルキャリアータンパク質レダクターゼ）　TCL（トリクロサン）選択　同PDBsumデータ4w9n_TCL$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    トリクロサンとトリクロカルバン（右は参考としてトリクロサン結合タンパク質例4w9nのPDBsumデータ）

  7. The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2016 - Nobelprize.org　※2016年ノーベル生理学医学賞受賞の大隅良典先生らによるオートファジータンパク質構造例4p1wほかを以下に（初期表示を2cy7から変更）。

    PDBデータ 4p1w（オートファジータンパク質Atg1317BR-Atg17-Atg29-Atg31複合体）
    ［Autophagy - Wikipedia］

    		4p1w（オートファジータンパク質Atg1317BR-Atg17-Atg29-Atg31複合体）　Chain G（Atg1317BR）選択　→ Nature Structural & Molecular Biology（2014/05/04）
    5jhf（オートファジータンパク質Atg1317BR-Atg1317LR-Atg17-Atg29-Atg31複合体）　Chain G・H（Atg1317BR）選択　Chain I・J（Atg1317LR）選択　→ Developmental Cell（2016/07/11）
    4p1w（オートファジータンパク質Atg1317BR-Atg17-Atg29-Atg31複合体）
    2cy7（ヒトのオートファジータンパク質Atg4B）
    3vqiのChain A（酵母Kluyveromyces marxianusのオートファジータンパク質Atg5）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    オートファジータンパク質Atg1317BR-Atg17-Atg29-Atg31複合体4p1w（左）とヒトのオートファジータンパク質Atg4B2cy7（右）

  8. The Nobel Prize in Chemistry 2016 - Nobelprize.org

    Ben L. Feringaらによる光動力キラル分子モーター例の回転構造（(3R,3'R)-(P,P)-(E)-3体と(3R,3'R)-(P,P)-(Z)-4体の同時表示）

    		Feringaらによる分子モーター例の構造：(3R,3'R)-(P,P)-(E)-3体 ｜ (3R,3'R)-(P,P)-(Z)-4体 ｜ 両者の同時表示
    ※参考（Feringa, B.L.らによるPDBデータ例）：4c5u（フェニルアラニン-2,3-アミノムターゼ）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

        
    Ben L. Feringaらによる分子モーター例（左：Jmol表示　中：ノーベル財団資料 [PDF]，右：本サイト旧資料）

  9. 今月の分子 202: ジペプチジルペプチダーゼ4（Dipeptidyl Peptidase 4）（PDBj，2016/10） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    PDBデータ 1nu8（ジペプチジルペプチダーゼ4；ジペプチジルペプチダーゼIV）
    ［Dipeptidyl peptidase-4 - Wikipedia］
    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　Chain D（3-merペプチド）選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ジペプチジルペプチダーゼ4 1nu8

  10. ゲノム編集でマッチョなトラフグ　餌モリモリ、成長早く（朝日，2016/10/07）　※“筋肉の成長を抑えている「ミオスタチン」という遺伝子を働かなくし…”のミオスタチン（マイオスタチン）構造例を以下に。

    PDBデータ 3sek（ミオスタチン；フォリスタチン関連タンパク質3が結合）
    ［Myostatin - Wikipedia，FSTL3 - Wikipedia］ （）」
    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　Chain C（フォリスタチン関連タンパク質3）選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    フォリスタチン関連タンパク質3（FSTL3）が結合したミオスタチン3sek

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