◆ Jmolで見るトピックス分子（12-2） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。

  1. RCSB PDB 2015/02/25 新規公開データより：4uwz Native FGFR1 with an inhibitor

    PDBデータ 4uwzのChain A（阻害剤のdovitinib類縁体が結合した線維芽細胞増殖因子受容体1〈FGFR1〉）
    ［Fibroblast growth factor receptor 1 - Wikipedia］

    		4uwzのChain A（阻害剤が結合した線維芽細胞増殖因子受容体1）　同PDBsumデータ4uwz_DOV [1000(A)]$ ｜ レンバチニブ（lenvatinib）
    8ykiのChain A（タスルグラチニブ〈tasurgratinib〉が結合した線維芽細胞増殖因子受容体1；cif→pdb変換）　同PDBsumデータ8yki_lp$［タスルグラチニブ - KEGG DRUG］
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    阻害剤ドビチニブ（dovitinib）が結合した線維芽細胞増殖因子受容体1（FGFR1）4uwz（5am6に更新）のChain AとそのPDBsumデータ


    タスルグラチニブ（tasurgratinib）が結合したFGFR1 8ykiのChain AとそのPDBsumデータ

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. 「体によい」食品に指針　第3の表示制度、今夏にも発売（朝日，2015/03/03）　※図中のメチル化カテキン，DHAなどをいかに。

    メチル化カテキンの例（EGCGの3-O-メチル体）

    		 β-クリプトキサンチン　→ モノはなぜ見える
    メチル化カテキンの例 ｜ EGCG（没食子酸エピガロカテキン） ｜ EGCGとメチル化カテキン例の同時表示　→ エピガロカテキンガレート（EGCG）を含む生体分子のSITE例
    DHA（ドコサヘキサエン酸，docosahexaenoic acid）
    アントシアニンの例： シアニジン（cyanidin） ｜ ペラルゴニジン（pelargonidin） ｜ デルフィニジン（delphinidin）　→ フラボノイドの生合成経路
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    EGCGとメチル化カテキン例の同時表示

  3. 「エボラウイルスなど抗体結合構造を解明（JST，2015/03/02）

    PDBデータ 3x2d（抗体MR78と結合したマールブルグウイルスGPタンパク質）
    ［Amyloid beta - Wikipedia］

    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
    A・E・I・M鎖（マールブルグウイルスGP1）選択　B・F・J・N鎖（同GP2）選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    3x2d（ドット表面表示がマールブルグウイルスGPタンパク質，他が抗体MR78と球表示の糖鎖）

  4. 今月の分子 183: フォトトロピン（Phototropin）（PDBj，2015/03） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    PDBデータ 2z6c（フォトトロピン1のLOV1ドメイン）
    ［Phototropin - Wikipedia，Flavin mononucleotide - Wikipedia］

    		2z6c（フォトトロピン1のLOV1ドメイン）　同PDBsumデータ2z6c_FMN（フラビンモノヌクレオチド）$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    2z6cと同PDBsumデータ（フラビンモノヌクレオチド）

  5. ボツリヌス毒素体内侵入の仕組み解明　食中毒予防に期待（朝日，2015/02/17）

    PDBデータ 3winの15量体（Chain A-E × 3；ボツリヌス菌のヘマグルチニン）
    ［Botulinum toxin - Wikipedia，Hemagglutinin - Wikipedia］

    		3winの15量体（Chain A-E × 3；ボツリヌス菌のヘマグルチニン）
    3bta（A型ボツリヌス毒素）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
    A・E・I・M鎖（マールブルグウイルスGP1）選択　B・F・J・N鎖（同GP2）選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］3winの15量体（Chain A-E × 3；ボツリヌス菌のヘマグルチニン）　［右］3bta（A型ボツリヌス毒素）

  6. アジア産のハーブ抽出成分、エボラウイルスに有効か 研究（AFPBB News，2015/02/27）

    テトランドリン（tetrandrine）
    ［Tetrandrine - Wikipedia］

    空間充填　球棒　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺


    テトランドリン（tetrandrine）

  7. Microbial soil cleanup at Fukushima（phys.org，2015/03/10）

    PDBデータ 3ws0のChain A（β-ラクタマーゼ；Ca2+，Cl-，Cs+が結合）
    ［Beta-lactamase - Wikipedia，Bioremediation - Wikipedia］

    		3ws0のChain A（Ca2+，Cl-，Cs+が結合したβ-ラクタマーゼ）　同PDBsumデータ3ws0_CS（Cs+）$
    3ws5のPDBsumデータ3ws5_SR（Sr2+）$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    3ws0と3ws5のPDBsumデータ

  8. Structural Basis of Activity against Aztreonam and Extended Spectrum Cephalosporins for Two Carbapenem-Hydrolyzing Class D β-Lactamases from Acinetobacter baumannii（Biochemistry，2015/02/24）　※2015/03/11公開4x53・4x55・4x56（下掲）

    PDBデータ 4x56（アシル化セフタジジムが結合したβ-ラクタマーゼ）
    ［Beta-lactamase - Wikipedia，Ceftazidime - Wikipedia］

    		4x56（アシル化セフタジジムが結合したβ-ラクタマーゼ）　同PDBsumデータ4x56_CAZ$
    9ixrのChain A（セフタジジムが結合したβ-ラクタマーゼOXA-101，A124T変異体）　同PDBsumデータ9ixr_lp$
    セフタジジム（ceftazidime）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    アシル化セフタジジム（acylated ceftazidime）が結合したβ-ラクタマーゼ4x56のリガンド周辺部分とPDBsumデータ

      
    ［左・中］セフタジジム（ceftazidime）が結合したβ-ラクタマーゼOXA-101 9ixrのChain AとPDBsumデータ
    ［右］セフタジジム（ceftazidime）

  9. 細胞内巨大プロテインクリスタルの運命　−自食機構によって隔離されるタンパク質結晶−（理研，2015/03/13）　※該当PDBデータと同じ研究グループによるKikGRタンパク質構造例を下掲（2009年，細胞外で人為的に結晶化）。

    PDBデータ 4p76（蛍光タンパク質Xpa〈Crystalizable and photo-activatable：クリスパ〉）

    		4p76（蛍光タンパク質Xpa，2量体）
    2ddc（紫外線を浴びて緑色から赤色に変わる蛍光タンパク質KikGR；赤色状態，2量体）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    蛍光タンパク質のXpa4p76とKikGR2ddc

  10. カメレオンの体色はなぜ七変化する？長年の謎をジュネーブ大学が解明（IRORIO，2015/03/15）


    ※Suppl Movie S1（わかりやすい別動画）

    グアニン（guanine）
    ［Guanine - Wikipedia，Structural coloration - Wikipedia］

    グアニン（guanine）
    ※参考（グアニンの集合構造例；PDBデータ1kf1から作成）グアニンの集合構造例（記事の結晶構造とは異なります）
    空間充填　球棒　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺


    PDBデータ1kf1から作成したグアニンの集合構造例（模擬的なもので記事の結晶構造ではありません）

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」